WikiDer > AceDB

AceDB

AceDB это биологическая база данных для обработки геномных данных. Он был разработан Ричард М. Дурбин и Жан Тьерри-Миг в 1989 году.[1] AceDB означает база данных C. elegans. Хотя AceDB изначально создавалась как база данных специально для червя нематод, она также стала обозначать само программное обеспечение базы данных, которое использовалось для хранения информации о других видах. Согласно его веб-сайту, AceDB предоставляет настраиваемое ядро ​​базы данных с нестандартной моделью данных, разработанное с учетом гибкости. Например, существует экземпляр AceDB для организма. Pristionchus pacificus называется AppaDB.[2] Большая часть функциональности AceDB для C. elegans был предоставлен через WormBase база данных.[3]

Включенные функции:

  • графический пользовательский интерфейс со множеством конкретных дисплеев и инструментов для геномных данных
  • программное обеспечение с открытым исходным кодом
  • пакет, который реализует простой интерфейс веб-браузера, позволяющий получить доступ к базе данных из любого места
  • Легко взаимодействует с Perl, Java и CORBA
  • Инструменты для сравнительного анализа генома, включая Oxford Grid, The Pairwise Chromosome Map, The One-to-Many Chromosome Map, The Species Grid, Translocation Grid.
  • встроенная возможность обрабатывать филогенетические данные
  • легко связывается с внешними приложениями, такими как [Cmap | http: //soybeanbreederstoolbox.org/]
  • разработан для работы в операционной системе Unix, с использованием X-Windows для графики, с локальной копией файлов базы данных

Разработка AceDB, похоже, прекратилась, поскольку интерфейс все еще использует старую технологию, и многие сайты, которые первоначально использовали его, обновили программное обеспечение до более нового.

Вы можете увидеть дополнительные снимки экрана программного обеспечения на их веб-сайте в Краткое пособие.

Просмотр совмещения нескольких последовательностей

Рекомендации

  1. ^ Экман Ф. Х., Дурбин Р. (1995). «ACeDB и макак». Методы Cell Biol. 48: 583–605. Дои:10.1016 / s0091-679x (08) 61405-3. PMID 8531744.
  2. ^ Сринивасан Дж., Отто Г. В., Кахлоу У., Гейслер Р., Соммер Р. Дж. (Январь 2004 г.). "AppaDB: база данных AcedB для организма-спутника нематод Pristionchus pacificus". Нуклеиновые кислоты Res. 32 (Проблема с базой данных): D421–2. Дои:10.1093 / нар / gkh057. ЧВК 308791. PMID 14681447.
  3. ^ Штейн Л., Штернберг П., Дурбин Р., Тьерри-Миг Дж, Спит Дж. (Январь 2001 г.). «WormBase: сетевой доступ к геному и биологии Caenorhabditis elegans». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (1): 82–6. Дои:10.1093 / nar / 29.1.82. ЧВК 29781. PMID 11125056.

внешняя ссылка