WikiDer > Amplifikationsfragmentlängenpolymorphismus

Amplifikationsfragmentlängenpolymorphismus (AFLP®) ist eine Identifizierungstechnik zur Identifizierung der Genom von Bakterien und Phagen alle anderen vorstellbaren Organismen zu unterscheiden und zu genotypisieren. Es werden zufällig ausgewählte Primer verwendet, die nachweislich gute Ergebnisse liefern. Die Technik wurde entwickelt und patentiert von Keygene N.V.

Es ist eine Kombination aus a Beschränkung/Liga-Reaktion mit a Polymerase Kettenreaktion (PCR). Nach dem Isolieren der DNA aus der Probe wird die DNA mit in Stücke geschnitten BeschränkungEnzyme. Gleichzeitig werden an diese Schnittstellen Stücke künstlich synthetisierter DNA (Adapter) ligiert.

Für die anschließende PCR-Reaktion Grundierungen hinzugefügt, die die Adaptersequenz erkennen. Die DNA-Fragmente werden zusammen mit den Adaptern in der PCR-Reaktion amplifiziert. Die Anzahl der amplifizierten Restriktionsfragmente kann durch Hinzufügen eines oder mehrerer zusätzlicher Nukleotide zu den Primern kontrolliert werden. Für einfache Genome wie die von Phagen werden Primer ohne Überhang verwendet, damit alle erhaltenen Restriktionsfragmente amplifiziert werden.

Letztlich ist die Erkennung der verstärkt Fragmente treten durch Kapillare aufElektrophorese. Die Fragmente werden während der Migration durch a . getrennt Polymer in einer Kapillare. Die eigentliche Erkennung erfolgt mit a Laserstrahl dass die Fluoreszenz der fluoreszenzmarkierten Primer. Zu jedem AFLP-Produkt wird ein interner Standard hinzugefügt, damit die Länge der Fragmente berechnet werden kann. Eine andere Methode zur Trennung von Fragmenten verwendet eine polymere Gelmatrix, durch die die (radioaktiv) markierten Proben mit Hilfe eines elektrischen Stroms gezogen werden. Der Nachweis erfolgt dann, indem das gesamte Gel einer fotografischen Platte oder einem Scanner ausgesetzt wird, der bzw. der für die radioaktiven oder fluoreszierenden Signale empfindlich ist.