WikiDer > Наборы инструментов хеминформатики

Cheminformatics toolkits

Наборы инструментов хеминформатики находятся комплекты для разработки программного обеспечения что позволяет хеминформатики для разработки пользовательских компьютерных приложений для использования в виртуальном скрининге, интеллектуальном анализе химических баз данных и исследованиях структуры и активности.[1][2] Наборы инструментов часто используются для экспериментов с новыми методологиями. Их наиболее важные функции связаны с манипулированием химическими структурами и сравнениями между структурами. Программный доступ предоставляется к свойствам отдельных связей и атомов.

Функциональность

Наборы инструментов обеспечивают следующие функции:

  • Чтение и сохранение структур в различных форматах файлов химии.
  • Определите, является ли одна структура подструктурой другой (сопоставление подструктуры).
  • Определите, равны ли две структуры (точное соответствие).
  • Идентификация подструктур, общих для конструкций в наборе (максимальная общая подструктура, MCS).
  • Разбирайте молекулы, разбивая их на фрагменты.
  • Собирайте молекулы из элементов или субмолекул.
  • Применяйте реакции к входным структурам реагентов, в результате чего получаются структуры продуктов реакции.
  • Создавайте молекулярные отпечатки пальцев. Отпечатки пальцев - это битовые векторы, где отдельные биты соответствуют наличию или отсутствию структурных особенностей. Наиболее важное использование отпечатков пальцев - индексирование баз данных по химии.

Список наборов инструментов хеминформатики

ИмяЛицензияAPIДомашняя страницаПримечания
CDKОткрытый исходный кодЯваhttps://cdk.github.io/[3][4][5]
ChemmineRОткрытый исходный кодR, C ++http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer[6][7]
Узлы Enalos KNIMEОткрытый исходный кодKNIMEhttp://tech.knime.org/community/enalos-nodes[8]
Узлы Enalos + KNIMEПроприетарныйKNIMEhttp://enalosplus.novamechanics.com/[9]
ИндигоОткрытый исходный кодC, C #, Java, Pythonhttp://lifescience.opensource.epam.com/indigo
MolEngineПроприетарный.СЕТЬhttps://www.scilligence.com/web/scilligence-regmol/
Молекулярная операционная среда (МЧС)ПроприетарныйНаучный векторный языкhttps://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
OpenBabelОткрытый исходный кодC, Python, Rubyhttp://openbabel.org/,[10][11]
ГелийОткрытый исходный кодC ++https://web.archive.org/web/20140407082845/http://www.moldb.net/helium.html
RDKitОткрытый исходный кодPython, C ++, Java, Knimehttp://www.rdkit.org/
RcpiОткрытый исходный кодрhttps://bioconductor.org/packages/Rcpi[12]
хмуритсяОткрытый исходный кодPythonhttp://frowns.sourceforge.net/
ОЙОткрытый исходный кодHaskellhttp://www.pharmash.com/posts/2010-08-02-ouch.html
ChefОткрытый исходный кодScalahttps://github.com/stefan-hoeck/chemf
3D-электронная химияОткрытый исходный кодPython, Java, Knimehttps://3d-e-chem.github.io/[13][14]
SMSDCreative Commons AttributionЯваhttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SMSD/[15]
Accord SDKПроприетарныйVBA, .NET, PL / SQLhttp://accelrys.com/products/datasheets/accord-software-development-kit.pdf
CACTVSСобственная, бесплатная для академических кругов, личное использование, общедоступные веб-службыTcl, C, C ++, Python, Knimehttp://www.xemistry.com/academic
Дневной светПроприетарныйC, C ++, Java, Фортранhttp://www.daylight.com/products/toolkit.html
OEChemЗапатентованный, бесплатный для академических круговC ++, Python, C #, Javahttp://eyesopen.com/
Марвин, JChemЗапатентованный, бесплатный для академических круговJava, .NET, Javascripthttp://www.chemaxon.com
ChemDoodle APIПроприетарныйJava, Javascripthttp://www.ichemlabs.com
PerlMolОткрытый исходный кодPerlhttps://web.archive.org/web/20120315121757/http://www.perlmol.org/
ADMET Predictor, МедХим Студия, МедХим ДизайнерЗапатентованный, бесплатно для квалифицированных ученыхC ++, KNIME, пилотный конвейерhttp://www.simulations-plus.com
CDD VaultСобственный, бесплатно для CDD Общедоступные данные только для чтенияCDD Vaulthttps://www.collaborativedrug.com/cdd-vault[16]
MolecularGraph.jlЛицензия MITЮляhttps://github.com/mojaie/MolecularGraph.jl

Рекомендации

  1. ^ Жан-Лу Фаулон; Андреас Бендер (апрель 2010 г.). Справочник по алгоритмам хемоинформатики. Чепмен и Холл. ISBN 978-1420082920.
  2. ^ Иоганн Гастайгер (ноябрь 2003 г.). Хемоинформатика. Wiley-VCH. ISBN 3527306811.
  3. ^ Steinbeck C, C .; Хан И; Kuhn S; Хорлахер О; Luttmann E; Виллигэген Э (2003). "Набор для разработки химии". J Chemical Inf. Comput. Наука. 43 (2): 493–500. Дои:10.1021 / ci025584y. ЧВК 4901983. PMID 12653513.
  4. ^ Стейнбек К., Кристоф; Hoppe C .; Kuhn S .; Флорис М .; Guha R .; Виллигэген Э.Л. (2006). «Последние разработки комплекта разработки химии (CDK) - библиотеки Java с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Curr. Pharm. Des. 12 (17): 2111–2120. Дои:10.2174/138161206777585274. HDL:2066/35445. PMID 16796559.
  5. ^ Willighagen, Egon L .; Мэйфилд, Джон В .; Альварссон, Джонатан; Берг, Арвид; Карлссон, Ларс; Елязкова, Нина; Кун, Стефан; Плюскал, Томаш; Рохас-Черто, Микель; Spjuth, Ola; Торранс, Жиллен; Evelo, Chris T .; Гуха, Раджарши; Стейнбек, Кристоф (декабрь 2017 г.). «The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, описание, молекулярные формулы и поиск субструктур». Журнал химинформатики. 9 (1): 33. Дои:10.1186 / s13321-017-0220-4. PMID 29086040. S2CID 2019985.
  6. ^ Цао, Y; Хариси, А; Cheng, LC; Цзян, Т. Гирке, Т. (2008). «ChemmineR: среда разработки сложных месторождений для R.» Биоинформатика. 24 (15): 1733–1734. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn307. ЧВК 2638865. PMID 18596077.
  7. ^ Ван, Y; Бакман, TW; Хоран, К; Гирке, Т. (2013). "fmcsR: поиск максимальной общей подструктуры, допускающей несоответствие, в R." Биоинформатика. 29 (21): 2792–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt475. PMID 23962615.
  8. ^ Требуется Knime (http://www.knime.org/)
  9. ^ Требуется KNIME (http://www.knime.org/)
  10. ^ читает и записывает все химические форматы файлов.
  11. ^ О’Бойл Н; Banck M; Джеймс С; Морли С; Vandermeersch T; Хатчисон G (2011). «Открытый бабель: открытое химическое вещество». Журнал химинформатики. 3 (33): 33. Дои:10.1186/1758-2946-3-33. ЧВК 3198950. PMID 21982300.
  12. ^ Цао Д.С., Сяо Н., Сюй QS, Чен А.Ф. (январь 2015 г.). «Rcpi: R / Bioconductor пакет для создания различных описателей белков, соединений и их взаимодействий». Биоинформатика. 31 (2): 279–281. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu624. PMID 25246429.
  13. ^ Макгуайр Р., Верховен С., Васс М., Вринд Дж., Де Эш И.Дж., Люшер С.Дж., Леурс Р., Риддер Л., Коистра А.Дж., Ритчел Т., де Грааф С. (2017). «3D-e-Chem-VM: инфраструктура исследования структурной химинформатики в свободно доступной виртуальной машине». J. Chem. Инф. Модель. 57 (2): 115–121. Дои:10.1021 / acs.jcim.6b00686. ЧВК 5342320. PMID 28125221.
  14. ^ Kooistra AJ, Vass M, McGuire R, Leurs R, de Esch IJ, Vriend G, Verhoeven S, de Graaf C (2018). «3D-e-Chem: рабочие процессы структурной химиноформатики для компьютерного обнаружения лекарств». ChemMedChem. 13 (6): 614–626. Дои:10.1002 / cmdc.201700754. ЧВК 5900740. PMID 29337438.
  15. ^ С. Асад Рахман, Сайед; М. Баштон; Г. Л. Холлидей; Р. Шредер; Дж. М. Торнтон (2009). "Набор инструментов для обнаружения подграфов малых молекул (SMSD)". Журнал химинформатики. 1 (12): 12. Дои:10.1186/1758-2946-1-12. ЧВК 2820491. PMID 20298518.
  16. ^ Новые веб-инструменты, объединяющие химическую информатику, биологию и социальные сети для открытия лекарств. Хохман М., Грегори К., Чибале К., Смит П.Дж., Экинс С., Бунин Б. Наркотики сегодня. 2009 Март; 14 (5-6): 261-70.