WikiDer > График Де Брёйна

De Bruijn graph

В теория графов, п-размерный График де Брюйна из м символы - это ориентированный граф представляющие перекрытия между последовательностями символов. Она имеет м^п вершины, состоящий из всех возможных длин-п последовательности заданных символов; один и тот же символ может появляться в последовательности несколько раз. Если у нас есть набор м символы ${ Displaystyle S: = {s_ {1}, dots, s_ {m} }}$ то набор вершин:

{ displaystyle V = S ^ {n} = {(s_ {1}, dots, s_ {1}, s_ {1}), (s_ {1}, dots, s_ {1}, s_ {2) }), dots, (s_ {1}, dots, s_ {1}, s_ {m}), (s_ {1}, dots, s_ {2}, s_ {1}), dots, ( s_ {m}, dots, s_ {m}, s_ {m}) }.}.

Если одну из вершин можно выразить как другую вершину, сдвинув все ее символы на одну позицию влево и добавив новый символ в конце этой вершины, то последняя будет иметь направленное ребро к первой вершине. Таким образом, набор дуг (то есть направленных ребер) равен

{ displaystyle E = {((t_ {1}, t_ {2}, dots, t_ {n}), (t_ {2}, dots, t_ {n}, s_ {j})): t_ {i} in S, 1 leq i leq n, 1 leq j leq m }.}

Хотя графы Де Брейна названы в честь Николаас Говерт де Брёйн, они были открыты независимо как Де Брёйн^[1] и И. Дж. Хорошо.^[2] Намного раньше Камилла Флай Сент-Мари^[3] неявно использовали их свойства.

Свойства

Если ${ Displaystyle п = 1}$ тогда условие для любых двух вершин, образующих ребро, выполняется в вакууме, и, следовательно, все вершины соединяются, образуя в сумме ${ displaystyle m ^ {2}}$ края.
В каждой вершине ровно ${ displaystyle m}$ входящие и ${ displaystyle m}$ исходящие края.
Каждый ${ displaystyle n}$ -мерный граф Де Брейна - это линейный орграф из ${ Displaystyle (п-1)}$ -мерный граф Де Брёйна с тем же набором символов.^[4]
Каждый граф Де Брейна Эйлеров и Гамильтониан. Циклы Эйлера и гамильтоновы циклы этих графов (эквивалентные друг другу посредством построения линейного графа) равны Последовательности де Брёйна.

В линейный график Построение трех наименьших двоичных графов Де Брёйна изображено ниже. Как видно на иллюстрации, каждая вершина ${ displaystyle n}$ -мерный граф Де Брёйна соответствует ребру ${ Displaystyle (п-1)}$ -мерный граф Де Брёйна, и каждое ребро в ${ displaystyle n}$ -мерный граф Де Брейна соответствует двухреберному пути в ${ Displaystyle (п-1)}$ -мерный граф Де Брейна.

Динамические системы

Бинарные графы Де Брёйна можно нарисовать (внизу слева) таким образом, чтобы они напоминали объекты из теории динамические системы, такой как Аттрактор Лоренца (внизу справа):

Эту аналогию можно провести строго: п-размерный м-символ графа Де Брёйна - это модель Карта Бернулли

{ Displaystyle х mapsto mx { bmod {}} 1}

Отображение Бернулли (также называемое 2x мод 1 карта для м = 2) является эргодический динамическая система, которую можно понимать как единую сдвиг из м-адическое число.^[5] Траектории этой динамической системы соответствуют блужданиям в графе Де Брёйна, где соответствие задается отображением каждого действительного Икс в интервале [0,1) до вершины, соответствующей первому п цифры в база-м представление Икс. Эквивалентно, блуждания в графе Де Брёйна соответствуют траекториям в одностороннем поддвиг конечного типа.

Направленные графы двух B (2, 3) последовательности де Брейна и B (2, 4) последовательность. В B (2,3). каждая вершина посещается один раз, тогда как в B (2,4) каждое ребро проходит один раз.

Вложения, похожие на это, можно использовать, чтобы показать, что бинарные графы Де Брейна имеют номер очереди 2^[6] и что у них есть толщина книги максимум 5.^[7]

Использует

Немного грид-сеть топологии - это графы Де Брейна.
В распределенная хеш-таблица протокол Koorde использует граф Де Брёйна.
В биоинформатика, Графы Де Брёйна используются для de novo сборка секвенирования считывается в геном.^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]

Смотрите также

использованная литература

^ де Брюйн; Н. Г. (1946). «Комбинаторная проблема». Koninklijke Nederlandse Akademie V. Wetenschappen. 49: 758–764.
^ Хорошо, И. Дж. (1946). «Обычные повторяющиеся десятичные дроби». Журнал Лондонского математического общества. 21 (3): 167–169. Дои:10.1112 / jlms / s1-21.3.167.
^ Флай Сент-Мари, К. (1894). «Вопрос 48». L'Intermédiaire des Mathématiciens. 1: 107–110.
^ Чжан, Фу Цзи; Линь, Го Нин (1987). «О графах де Брейна-Гуда». Acta Math. Синица. 30 (2): 195–205.
^ Леру, Филипп (2002). «Коассоциативная грамматика, периодические орбиты и квантовое случайное блуждание по Z». arXiv:Quant-ph / 0209100.
^ Heath, Lenwood S .; Розенберг, Арнольд Л. (1992). «Построение графиков с помощью очередей». SIAM Журнал по вычислениям. 21 (5): 927–958. Дои:10.1137/0221055. Г-Н 1181408.
^ Обренич, Бояна (1993). «Вложение де Брейна и тасование-обмен графов на пяти страницах». Журнал SIAM по дискретной математике. 6 (4): 642–654. Дои:10.1137/0406049. Г-Н 1241401.
^ Певзнер, Павел А .; Тан, Хайсю; Уотерман, Майкл С. (2001). «Подход Эйлера к сборке фрагментов ДНК». PNAS. 98 (17): 9748–9753. Bibcode:2001PNAS ... 98.9748P. Дои:10.1073 / pnas.171285098. ЧВК 55524. PMID 11504945.
^ Певзнер, Павел А .; Тан, Хайсю (2001). «Сборка фрагментов с двуствольными данными». Биоинформатика. 17 (Приложение 1): S225 – S233. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.suppl_1.S225. PMID 11473013.
^ Зербино, Даниэль Р .; Бирни, Юэн (2008). "Velvet: алгоритмы сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брейна". Геномные исследования. 18 (5): 821–829. Дои:10.1101 / гр.074492.107. ЧВК 2336801. PMID 18349386.
^ Чихи, Р; Лимассет, А; Джекман, S; Симпсон, Дж; Медведев, П (2014). «О представлении графов де Брейна». Журнал вычислительной биологии: журнал вычислительной молекулярной клеточной биологии. 22 (5): 336–52. arXiv:1401.5383. Дои:10.1089 / cmb.2014.0160. PMID 25629448.
^ Икбал, Замин; Каккамо, Марио; Тернер, Исаак; Фличек, Пол; Маквин, Гил (2012). «Сборка de novo и генотипирование вариантов с использованием цветных графиков де Брейна». Природа Генетика. 44 (2): 226–32. Дои:10,1038 / нг.1028. ЧВК 3272472. PMID 22231483.

внешние ссылки

[Bruijn1946-1] де Брюйн; Н. Г. (1946). «Комбинаторная проблема». Koninklijke Nederlandse Akademie V. Wetenschappen. 49: 758–764.

[Good1946-2] Хорошо, И. Дж. (1946). «Обычные повторяющиеся десятичные дроби». Журнал Лондонского математического общества. 21 (3): 167–169. Дои:10.1112 / jlms / s1-21.3.167.

[Flye1894-3] Флай Сент-Мари, К. (1894). «Вопрос 48». L'Intermédiaire des Mathématiciens. 1: 107–110.

[Zhang1987-4] Чжан, Фу Цзи; Линь, Го Нин (1987). «О графах де Брейна-Гуда». Acta Math. Синица. 30 (2): 195–205.

[Leroux2002-5] Леру, Филипп (2002). «Коассоциативная грамматика, периодические орбиты и квантовое случайное блуждание по Z». arXiv:Quant-ph / 0209100.

[HeathRosenberg-6] Heath, Lenwood S .; Розенберг, Арнольд Л. (1992). «Построение графиков с помощью очередей». SIAM Журнал по вычислениям. 21 (5): 927–958. Дои:10.1137/0221055. Г-Н 1181408.

[Obrenic-7] Обренич, Бояна (1993). «Вложение де Брейна и тасование-обмен графов на пяти страницах». Журнал SIAM по дискретной математике. 6 (4): 642–654. Дои:10.1137/0406049. Г-Н 1241401.

[Pevzner2001a-8] Певзнер, Павел А .; Тан, Хайсю; Уотерман, Майкл С. (2001). «Подход Эйлера к сборке фрагментов ДНК». PNAS. 98 (17): 9748–9753. Bibcode:2001PNAS ... 98.9748P. Дои:10.1073 / pnas.171285098. ЧВК 55524. PMID 11504945.

[Pevzner2001b-9] Певзнер, Павел А .; Тан, Хайсю (2001). «Сборка фрагментов с двуствольными данными». Биоинформатика. 17 (Приложение 1): S225 – S233. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.suppl_1.S225. PMID 11473013.

[zerbino2008-10] Зербино, Даниэль Р .; Бирни, Юэн (2008). "Velvet: алгоритмы сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брейна". Геномные исследования. 18 (5): 821–829. Дои:10.1101 / гр.074492.107. ЧВК 2336801. PMID 18349386.

[chikhi2014representation-11] Чихи, Р; Лимассет, А; Джекман, S; Симпсон, Дж; Медведев, П (2014). «О представлении графов де Брейна». Журнал вычислительной биологии: журнал вычислительной молекулярной клеточной биологии. 22 (5): 336–52. arXiv:1401.5383. Дои:10.1089 / cmb.2014.0160. PMID 25629448.

[ukmss-37901-12] Икбал, Замин; Каккамо, Марио; Тернер, Исаак; Фличек, Пол; Маквин, Гил (2012). «Сборка de novo и генотипирование вариантов с использованием цветных графиков де Брейна». Природа Генетика. 44 (2): 226–32. Дои:10,1038 / нг.1028. ЧВК 3272472. PMID 22231483.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

Navigation