WikiDer > Гаплогруппа E-P2

Гаплогруппа E-P2
Возможное время происхождения	41,700–49,400 лет назад
Возможное место происхождения	Восточная Африка
Предок	E-P177
Потомки	E-V38, E-M215
Определение мутаций	DYS391p, L337, L339, L342, L487, L492, L613, P2 / PN2, P179, P180, P181

Haplogroup E-P2

E-P2, также известный как E1b1, это гаплогруппа ДНК Y-хромосомы человека. Этот отцовский род издревле присутствовал в Средний Восток, и в настоящее время в основном распространяется в Африка откуда он, как полагают, возник, с более низкими частотами на Ближнем Востоке и Европа.

Источник

Trombetta et al. 2011 г., предполагают происхождение из Восточной Африки:

Новая топология, о которой здесь сообщается, имеет важное значение в отношении происхождения гаплогруппы E-P2. Используя принцип филогеографической экономичности, разрешение трифуркации E-M215 в пользу общего предка E-M2 и E-M329 решительно подтверждает гипотезу о том, что гаплогруппа E-P2 возникла в Восточной Африке, как предполагалось ранее, и что хромосомы E-M2, которые так часто наблюдаются в Африке к югу от Сахары, ведут свое происхождение от общего предка, обитавшего в Восточной Африке.^[2]

Распределение

Натуфийский окаменелости, которые были проанализированы на древнюю ДНК, несли отцовскую гаплогруппу E1b1 (xE1b1a1, E1b1b1b1) (1/5; 20%).^[3]

Эта гаплогруппа сейчас встречается в основном в Африка, в основном в виде преобладающих субкладов E-M215 и E-V38. E-M215 чаще встречается в Северная Африка и Африканский рог, а также находится на более низких частотах в Средний Восток, Европа и Южная Африка. E-V38 чаще встречается в Западная Африка, Центральная Африка, Южная Африка и Великие африканские озера, и встречается с низкой частотой в Северной Африке и на Ближнем Востоке.

Параклад, обозначаемый как E-P2 *, включая случаи, которых нет ни в E-V38, ни в E-M215, либо редки, либо отсутствуют. Пока ничего не найдено.^[2]

Semino et al. (2004) обнаружил E-P2 (xM35, xM2) в 10,4% из 48 эфиопских Амхара, 12,8% из 78 эфиопов Оромо, 1.9% из 53 Южноафриканский банту, и 2,9% из 139 Сенегальский.^[4]

Wood et al. (2005) сообщили об обнаружении E-P2 (xP1, xM35) в 11% (1/9) выборки Оромо из Эфиопии, 11% (1/9) выборки Ирак из Танзании, 10% (2/20) смешанной выборки носителей различных Южно-семитский языков из Эфиопии, 6% (1/18) выборки Амхара из Эфиопии, 3% (1/30) выборки Ewe из Ганы, 3% (1/32) выборки Fante из Ганы и 3% (1/34) выборки Волоф из Гамбии / Сенегала.^[5]

Stefflova et al. (2009) сообщил об одном человеке из выборки из 199 афроамериканцев из Филадельфии с E-P2 (xM35, xM2).^[6]

Cruciani et al. (2002) найдено E-P2 (xM35, xM2) в: 18% из 22 Эфиопские евреи, 2% из 49 Мосси из Буркина-Фасо, 3% из 37 Римайбе также из Буркина-Фасо, и 6% из 17 Фульбе из Камерун.^[7]

Semino et al. (2002) обнаружил E-P2 (xM35, xM2) у 18,2% из 88 эфиопов.^[8]^[9]

Moran et al. (2004) обнаружил E-P2 (xM35, xM2) у эфиопских спортсменов и контрольных групп и сообщил о следующих результатах; Общий контроль: 4% (4/95), контроль Арси: 8% (7/85), 5-10 км: 22% (5/23) и легкая атлетика: 11% (2/11).

Филогенетика

Филогенетическая история

До 2002 года в академической литературе было по крайней мере семь систем именования Филогенетического дерева Y-хромосомы. Это привело к значительной путанице. В 2002 году основные исследовательские группы объединились и сформировали Консорциум Y-хромосомы (YCC). Они опубликовали совместный документ, в котором было создано единое новое дерево, которое все согласились использовать. Позже группа гражданских ученых, интересующихся популяционной генетикой и генетической генеалогией, сформировала рабочую группу для создания любительского дерева, стремясь быть, прежде всего, своевременным. В приведенной ниже таблице собраны все эти работы на основе знакового Дерева YCC 2002 года. Это позволяет исследователю, просматривающему ранее опубликованную литературу, быстро перемещаться между номенклатурами.

YCC 2002/2008 (стенография)	(α)	(β)	(γ)	(δ)	(е)	(ζ)	(η)	YCC 2002 (от руки)	YCC 2005 (от руки)	YCC 2008 (от руки)	YCC 2010r (от руки)	ISOGG 2006	ISOGG 2007	ISOGG 2008	ISOGG 2009	ISOGG 2010	ISOGG 2011	ISOGG 2012
E-P29	21	III	3А	13	Eu3	H2	B	E *	E	E	E	E	E	E	E	E	E	E
E-M33	21	III	3А	13	Eu3	H2	B	E1 *	E1	E1a	E1a	E1	E1	E1a	E1a	E1a	E1a	E1a
E-M44	21	III	3А	13	Eu3	H2	B	E1a	E1a	E1a1	E1a1	E1a	E1a	E1a1	E1a1	E1a1	E1a1	E1a1
E-M75	21	III	3А	13	Eu3	H2	B	E2a	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2
E-M54	21	III	3А	13	Eu3	H2	B	E2b	E2b	E2b	E2b1	-	-	-	-	-	-	-
E-P2	25	III	4	14	Eu3	H2	B	E3 *	E3	E1b	E1b1	E3	E3	E1b1	E1b1	E1b1	E1b1	E1b1
E-M2	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a *	E3a	E1b1	E1b1a	E3a	E3a	E1b1a	E1b1a	E1b1a	E1b1a1	E1b1a1
E-M58	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a1	E3a1	E1b1a1	E1b1a1	E3a1	E3a1	E1b1a1	E1b1a1	E1b1a1	E1b1a1a1a	E1b1a1a1a
E-M116.2	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a2	E3a2	E1b1a2	E1b1a2	E3a2	E3a2	E1b1a2	E1b1a2	E1ba12	удаленный	удаленный
E-M149	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a3	E3a3	E1b1a3	E1b1a3	E3a3	E3a3	E1b1a3	E1b1a3	E1b1a3	E1b1a1a1c	E1b1a1a1c
E-M154	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a4	E3a4	E1b1a4	E1b1a4	E3a4	E3a4	E1b1a4	E1b1a4	E1b1a4	E1b1a1a1g1c	E1b1a1a1g1c
E-M155	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a5	E3a5	E1b1a5	E1b1a5	E3a5	E3a5	E1b1a5	E1b1a5	E1b1a5	E1b1a1a1d	E1b1a1a1d
E-M10	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a6	E3a6	E1b1a6	E1b1a6	E3a6	E3a6	E1b1a6	E1b1a6	E1b1a6	E1b1a1a1e	E1b1a1a1e
E-M35	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b *	E3b	E1b1b1	E1b1b1	E3b1	E3b1	E1b1b1	E1b1b1	E1b1b1	удаленный	удаленный
E-M78	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b1 *	E3b1	E1b1b1a	E1b1b1a1	E3b1a	E3b1a	E1b1b1a	E1b1b1a	E1b1b1a	E1b1b1a1	E1b1b1a1
E-M148	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b1a	E3b1a	E1b1b1a3a	E1b1b1a1c1	E3b1a3a	E3b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a1c1	E1b1b1a1c1
E-M81	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b2 *	E3b2	E1b1b1b	E1b1b1b1	E3b1b	E3b1b	E1b1b1b	E1b1b1b	E1b1b1b	E1b1b1b1	E1b1b1b1a
E-M107	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b2a	E3b2a	E1b1b1b1	E1b1b1b1a	E3b1b1	E3b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1a	E1b1b1b1a1
E-M165	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b2b	E3b2b	E1b1b1b2	E1b1b1b1b1	E3b1b2	E3b1b2	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b1a2a
E-M123	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b3 *	E3b3	E1b1b1c	E1b1b1c	E3b1c	E3b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1b2a
E-M34	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3b3a *	E3b3a	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E3b1c1	E3b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1b2a1
E-M136	25	III	4	14	Eu4	H2	B	E3ba1	E3b3a1	E1b1b1c1a	E1b1b1c1a1	E3b1c1a	E3b1c1a	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1b2a1a1

Научные публикации

Следующие исследовательские группы в соответствии с их публикациями были представлены в создании дерева YCC.

α Джоблинг и Тайлер-Смит 2000 и Каладжиева 2001
β Андерхилл 2000
γ Молот 2001
δ Карафет 2001
ε Семино 2000
ζ Вс 1999
η Капелли 2001

Филогенетические деревья

Это филогенетическое дерево субкладов гаплогрупп основано на дереве YCC 2008 Karafet2008^[10] и последующие опубликованные исследования.

E-P2 (DYS391p, L337, L339, L487, L492, L613, P2 / PN2, P179, P180, P181)
- E-V38 (L222.1, V38, V100)
  - E-M2 (DYS271 / M2 / SY81, P1 / PN1, P189, P293, V43, V95)
  - E-M329 (M329)
- E-M215 (M215 / PAGES00040)
  - E-M35 (L336, M35.1, M243)
  - E-M281 (M281, V16)

Смотрите также

Генетика

Y-ДНК E субклады

Основное дерево Y-ДНК

Филогенетическое древо человека Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы ^{[χ 1]}^{[χ 2]}

A0-T ^{[χ 3]}

A1 ^{[χ 4]}

F2

F3

GHIJK

я

J

LT ^{[χ 5]}

K2 ^{[χ 6]}

L

Т

K2a ^{[χ 7]}

K2b ^{[χ 8]}

K2c

K2d

K2e ^{[χ 9]}

K-M2313 ^{[χ 10]}

K2b1 ^{[χ 11]}

п ^{[χ 12]}

НЕТ

S ^{[χ 13]}

M ^{[χ 14]}

P1

P2

Сноски

^ Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.
^ Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)
^ Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).
^ Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.
^ Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.
^ С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.
^ Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».
^ Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.
^ Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).
^ K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является первичной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)
^ Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.
^ Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.
^ Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)
^ Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

Дополнительные источники

Кручиани, Фульвио; Сантоламацца, Пьеро; Шен, Пейдун; Маколей, Винсент; Мораль, Педро; Олькерс, Антонель; Модиано, Дэвид; Холмс, Сьюзен; Дестро-Бизоль, Джованни; Коя, Валентина; Уоллес, Дуглас С.; Oefner, Питер Дж .; Торрони, Антонио; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Скоццари, Розария; Андерхилл, Питер А. (2002), "Обратная миграция из Азии в Африку к югу от Сахары подтверждается анализом гаплотипов Y-хромосомы человека с высоким разрешением", Американский журнал генетики человека, 70 (5): 1197–214, Дои:10.1086/340257, ЧВК 447595, PMID 11910562
Кручиани, Фульвио; Ла Фратта, Роберта; Сантоламацца, Пьеро; Селлитто, Даниэле; Пасконе, Роберто; Мораль, Педро; Уотсон, Элизабет; Гуида, Валентина; Коломб, Элиан Беро; Захарова, Бориана; Лавинья, Жуан; Вона, Джузеппе; Аман, Рашид; Кали, Франческо; Акар, Неджат; Ричардс, Мартин; Торрони, Антонио; Новеллетто, Андреа; Скоццари, Розария (2004), «Филогеографический анализ хромосом гаплогруппы E3b (E-M215) Y выявляет множественные миграционные события в Африке и за ее пределами», Американский журнал генетики человека, 74 (5): 1014–22, Дои:10.1086/386294, ЧВК 1181964, PMID 15042509
Карафет, Т. М .; Mendez, F. L .; Meilerman, M. B .; Андерхилл, П. А .; Zegura, S.L .; Хаммер, М. Ф. (2008), "Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y хромосомы человека", Геномные исследования, 18 (5): 830–8, Дои:10.1101 / gr.7172008, ЧВК 2336805, PMID 18385274
Moran, Colin N .; Скотт, Роберт А .; Адамс, Сьюзан М .; Уоррингтон, Саманта Дж .; Джоблинг, Марк А .; Уилсон, Ричард Х .; Гудвин, Уильям Х .; Георгиадес, Эвелина; Вольде, Безабхе; Пициладис, Яннис П. (2004), "Гаплогруппы Y-хромосомы элитных эфиопских бегунов на выносливость", Генетика человека, 115 (6): 492–7, Дои:10.1007 / s00439-004-1202-у, PMID 15503146, S2CID 13960753
Семино, Орнелла; Сантачиара-Бенеречетти, А. Сильвана; Фаласки, Франческо; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Андерхилл, Питер А. (2002), «Эфиопы и койсаны разделяют самые глубокие клады филогении Y-хромосомы человека», Американский журнал генетики человека, 70 (1): 265–268, Дои:10.1086/338306, ЧВК 384897, PMID 11719903
Семино, Орнелла; Магри, Кьяра; Бенуцци, Джорджия; Лин, Алиса А .; Аль-Захери, Надия; Батталья, Винченца; Макчони, Лилиана; Triantaphyllidis, Costas; Шен, Пейдун; Oefner, Питер Дж .; Животовский, Лев А .; Кинг, Рой; Торрони, Антонио; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Андерхилл, Питер А .; Сантачиара-Бенеречетти, А. Сильвана (2004), «Происхождение, распространение и дифференциация гаплогрупп E и J Y-хромосомы: выводы о неолитизации Европы и более поздних миграционных событиях в Средиземноморском регионе», Американский журнал генетики человека, 74 (5): 1023–34, Дои:10.1086/386295, ЧВК 1181965, PMID 15069642
Стефлова, Клара; Дулик, Мэтью С .; Pai, Athma A .; Уокер, Эми Х .; Zeigler-Johnson, Charnita M .; Gueye, Serigne M .; Schurr, Theodore G .; Реббек, Тимоти Р. (2009), Релетфорд, Джон (редактор), «Оценка группового генетического происхождения популяций из Филадельфии и Дакара в контексте гендерно-предвзятого смешения в Америке», PLOS ONE, 4 (11): e7842, Bibcode:2009PLoSO ... 4.7842S, Дои:10.1371 / journal.pone.0007842, ЧВК 2776971, PMID 19946364
Тромбетта, Бениамино; Кручиани, Фульвио; Селлитто, Даниэле; Скоццари, Розария (2011), Маколей, Винсент (редактор), «Новая топология гаплогруппы E1b1 (E-P2) Y-хромосомы человека, выявленная благодаря использованию недавно охарактеризованных бинарных полиморфизмов», PLOS ONE, 6 (1): e16073, Bibcode:2011PLoSO ... 616073T, Дои:10.1371 / journal.pone.0016073, ЧВК 3017091, PMID 21253605
Андерхилл, Питер А .; Шен, Пейдун; Лин, Алиса А .; Джин, Ли; Пассарино, Джузеппе; Ян, Вэй Х .; Кауфман, Эрин; Бонне-Тамир, Батшева; Бертранпетит, Жауме; Франкалаччи, Паоло; Ибрагим, Мунтасер; Дженкинс, Трефор; Кидд, Джудит Р .; Мехди, С. Касим; Зайелстад, Марк Т .; Уэллс, Р. Спенсер; Пьяцца, Альберто; Дэвис, Рональд У .; Фельдман, Маркус У .; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Эфнер, Питер. J. (2000), "Вариация последовательности Y-хромосомы и история человеческих популяций", Природа Генетика, 26 (3): 358–61, Дои:10.1038/81685, PMID 11062480, S2CID 12893406
Вуд, Элизабет Т; Стовер, Дарин А; Эрет, Кристофер; Дестро-Бизоль, Джованни; Спедини, Габриэлла; Маклеод, Ховард; Луи, Лесли; Бамшад, Майк; Штрассманн, Беверли I; Судьял, Химла; Хаммер, Майкл Ф (2005), "Контрастные модели вариаций Y-хромосомы и мтДНК в Африке: свидетельства предвзятых по полу демографических процессов", Европейский журнал генетики человека, 13 (7): 867–76, Дои:10.1038 / sj.ejhg.5201408, PMID 15856073

внешняя ссылка

[vanOven2014-11] Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.

[ISOGG2015-12] Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)

[A0-T-13] Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).

[A1-14] Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.

[LT-15] Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.

[K2-16] С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.

[K2a-17] Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».

[K2b-18] Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.

[K2e-19] Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).

[K-M2313-20] K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является первичной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)

[K2b1-21] Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.

[P-22] Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.

[S-23] Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)

[M-24] Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

[1] ttps://www.yfull.com/tree/E-P177/

[Trombetta2011-2] а ^б Trombetta et al. (2011)

[3] Лазаридис, Иосиф; и другие. (17 июня 2016 г.). «Генетическая структура первых фермеров мира». bioRxiv 10.1101/059311. – Таблица S6.1 - Гаплогруппы Y-хромосомы

[Semino2004-4] Semino et al. (2004)

[Wood2005-5] Wood et al. (2005)

[Stefflova2009-6] Stefflova et al. (2009)

[Cruciani2002-7] Cruciani et al. (2002)

[Semino2002-8] Semino et al. (2002)

[Underhill2000-9] Андерхилл и др. (2000)

[Karafet2008-10] Карафет и др. (2008)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[χ 1]

[χ 2]

[χ 3]

[χ 4]

[χ 5]

[χ 6]

[χ 7]

[χ 8]

[χ 9]

[χ 10]

[χ 11]

[χ 12]

[χ 13]

[χ 14]

Navigation