WikiDer > Haploview

Haploview

Haploview[1] обычно используется программное обеспечение для биоинформатики который предназначен для анализа и визуализации закономерностей нарушение равновесия по сцеплению (LD) в генетический данные. Haploview также может выполнять ассоциативные исследования, выбирая тегSNP[2] и оценка гаплотип частоты. Haploview разработан и поддерживается Доктор Марк Дэйлилаборатория в Массачусетский технологический институт/Гарвард Broad Institute.

В настоящее время Haploview поддерживает следующие функции:

  • Анализ LD и гаплотипических блоков
  • Оценка частоты популяции гаплотипов
  • Тесты на ассоциацию отдельных SNP и гаплотипов
  • Перестановка проверка значимости ассоциации
  • Реализация алгоритма выбора SNP Tagger tag Пола де Баккера
  • Автоматический скачать поэтапных данных генотипа из HapMap
  • Визуализация и построение графиков результатов ассоциации всего генома PLINK, включая расширенные параметры фильтрации

Рекомендации

  1. ^ Barrett J.C .; Fry B .; Maller J .; Дэйли М.Дж. (2005). «Haploview: анализ и визуализация LD и карт гаплотипов». Биоинформатика. 21 (2): 263–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth457. PMID 15297300.
  2. ^ де Баккер П. И .; Еленский Р .; Pe'er I .; Габриэль С.Б .; Дэйли М. Дж .; Альтшулер Д. (2005). «Эффективность и мощность в исследованиях генетических ассоциаций». Природа Генетика. 37 (11): 1217–23. Дои:10,1038 / ng1669. PMID 16244653.

внешняя ссылка