WikiDer > Встроенный браузер генома - Википедия
 Домашний экран версии 9.1.0 | |
| Операционная система | UNIX, Linux, Mac, MS-Windows |
|---|---|
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | CPL 1.0 |
| Интернет сайт | биовиз |
Встроенный браузер генома (IGB) (произносится как Ig-Bee)[1] является Открытый исходный код браузер генома, а визуализация инструмент, используемый для наблюдения за биологически интересными паттернами в наборах геномных данных, включая данные последовательностей, генные модели, выравнивания, и данные из ДНК-микрочипы.
История
Встроенный браузер генома был впервые разработан в Affymetrix для своих ученых и сотрудников из государственного сектора для визуализации данных из тайловых массивов всего генома. Первые версии IGB были разработаны с использованием финансирования от Национальные институты здравоохранения США присуждается ученым компании Греггу Хелту и Тому Джингерасу. В 2004 году Affymetrix выпустила IGB в качестве программного обеспечения с открытым исходным кодом вместе с Genoviz SDK, графической библиотекой для создания приложений для просмотра генома. Первый выпуск базы кода был выполнен в виде сжатого файлового архива. Вскоре после этого код был импортирован в новый репозиторий SourceForge. С тех пор вся разработка шла публично по модели с открытым исходным кодом. В начале 2008 года группа, возглавляемая бывшей сотрудницей Affymetrix Энн Лорейн, приступила к разработке и поддержке IGB при финансовой поддержке Национального научного фонда и новых исследовательских фондов UNC Charlotte. С тех пор Лорейн, ее ученики и сотрудники добавили множество новых функций и возможностей, в частности поддержку визуализации данных высокопроизводительного секвенирования из Иллюмина и другие платформы. В 2014 году они перенесли исходный код в репозиторий git по адресу Bitbucket.
Описание
IGB построен на основе Genoviz SDK,[2] а Ява библиотека, которая реализует ключевые функции визуализации, такие как динамическое масштабирование в реальном времени и прокрутка геномной карты, функция браузера IGB, которая отличает его от многих подобных инструментов.
IGB также отличается простотой, с которой отдельные лаборатории могут настраивать серверы источников данных для обмена данными, в частности, через ОТДЫХ-стиль веб-сервисов (Распределенная система аннотаций) и простой подход на основе файловой системы под названием QuickLoad.
Поддерживаемые форматы
IGB считывает данные в десятках форматов, включая BAM, BED, Affymetrix ТЭЦ, ФАСТА, GFF, GTF, PSL, SGR и WIG. Самый последний список доступен на BioViz Wiki.
IGB может выводить визуализированные данные в десятках форматов через БесплатноHEP библиотека. К ним относятся EPS, PostScript, PDF, ЭДС, SVG, SWF, CGM, Гифка, PNG, и PPM.
Рекомендации
- ^ Николь Дж. У., Хелт Г. А., Бланшар С. Г., Раджа А., Лорейн А. Е. (октябрь 2009 г.). «Встроенный браузер генома: бесплатное программное обеспечение для распространения и исследования наборов данных в масштабе генома». Биоинформатика. 25 (20): 2730–1. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp472. ЧВК 2759552. PMID 19654113.
- ^ Helt GA, Nicol JW, Erwin E et al. (25 августа 2009 г.). «Genoviz Software Development Kit: набор инструментов Java для создания приложений визуализации геномики». BMC Bioinformatics. 10: 266. Дои:10.1186/1471-2105-10-266. ЧВК 2746221. PMID 19706180.