| Название вида | Семья | Область, край | Народное название | Положение дел |
|---|
| Aethopyga duyvenbodei | Нектаринииды | Остров Сангихе | Элегантная солнечная птица | EN |
| Гракула робуста | Sturnidae | Северная Суматра | Ниас Хилл Майна | CR |
| Айлуропс Урсинус | Phalangeridae | Сулавеси | Сулавесский медведь кускус | |
| Axis Kuhlii | Cervidae | Восточная Ява | Бавийский олень | |
| Babyrousa babyrussa | Suidae | Сулавеси | Буру Бабируса | |
| Barbourula kalimantanensis | Bombinatoridae | Борнео | Борнейская плоская лягушка | EN |
| Bubalus depressicornis | Bovidae | Сулавеси | Низменные аноа | |
| Bubalus Quarlesi | Bovidae | Сулавеси | Горное аноа | |
| Callosciurus adamsi | Sciuridae | Борнео | | |
| Суматранский козерог суматранский | Bovidae | Суматра | | |
| Казуарий Беннетти | Casuariidae | Папуа | Карликовый казуар | |
| Casuarius unappendiculatus | Casuariidae | Папуа | | |
| Катопума бадиа | Felidae | Борнео | Гнедая кошка | |
| Cervus timorensis | Cervidae | Бали, остров Ява, Тимор | Яванский олень | |
| Chelodina mccordi | Chelidae | Нуса Тенгара Тимур | Змеиная черепаха острова Роти | |
| Chelonia mydas | Cheloniidae | Остров Ява | Зеленая черепаха | |
| Crocodylus raninus[1] | Crocodylidae | Борнео | | |
| Дендролагус пульчерримус | Macropodidae | Папуа | Златопланый древовидный кенгуру | |
| Dermochelys coriacea | Cheloniidae | Остров Ява | | |
| Dicerorhinus sumatrensis | Rhinocerotidae | Суматра | Суматранский носорог | |
| Eos cyanogenia | Psittacidae | Папуа | Чернокрылый лори | |
| Eretmochelys imbricata | Cheloniidae | Остров Ява | Морская черепаха хоксбилл | |
| Hemiscyllium freycineti | Hemiscylliidae | Папуа | Индонезийский крапчатый ковер | |
| Гилобаты молоха | Hylobatidae | Остров Ява | Серебристый гиббон | |
| Hylobates muelleri | Hylobatidae | Борнео | Борнеский гиббон Мюллера | |
| Hystrix javanica | Hystricidae | Остров Ява | Зондский дикобраз | |
| Hystrix sumatrae | Hystricidae | Остров Ява | | |
| Лантанотус борнеенсис[1] | Scincidae | Борнео | Монитор без ушей | |
| Лариск шланг | Sciuridae | Борнео | | |
| Lepidochelys olivacea | Cheloniidae | Остров Ява | | |
| Лептофрин круентата | Bufonidae | Западная Ява | Кровоточащая жаба | |
| Leucopsar rothschildi | Sturnidae | Бали | | |
| Черная макака | Cercopithecidae | Северный Сулавеси | Целебес хохлатая макака | |
| Macaca pagensis | Cercopithecidae | Ментавай | | |
| Макроцефалон малео | Megapodiidae | Центральный Сулавеси | Maleo | |
| Макрогалидия musschenbroekii | Виверриды | Сулавеси | Сулавесская пальмовая циветта | |
| Naja sputatrix | Elapidae | | Индонезийская плюющаяся кобра | |
| Наджа Суматрана | Elapidae | Суматра | Суматранская плюющаяся кобра | |
| Несолагус нетчери | Leporidae | Суматра | Суматранский полосатый кролик | |
| Nisaetus floris | Accipitridae | Малый Сундас | Ястреб-орел Флореса | CR |
| Orcaella brevirostris | Дельфиниды | Восточное Борнео | Дельфин Иравади | |
| Otus manadensis siaoensis | Strigidae | Остров Сиау | Сиау сова сова | CR |
| Panthera pardus | Felidae | Остров Ява | | |
| Panthera tigris Суматры | Felidae | Суматра | Суматранский тигр | |
| Paradisaea rubra | Paradisaeidae | Папуа | Райская птица | |
| Фалангер александра | Phalangeridae | Северный Малуку | Гебе кускус | |
| Фалангер матабиру | Phalangeridae | Малуку | | |
| Фалангер ротшильди | Phalangeridae | Малуку | | |
| Philautus jacobsoni | Phalangeridae | Центральная Ява | | |
| Понго Абелли | Гоминиды | Суматра | | Суматранский орангутанг |
| Pongo pygmaeus | Гоминиды | Борнео | | Борнейский орангутанг |
| Presbytis comata | Cercopithecidae | Остров Ява | Джаван Сурили | |
| Presbytis frontata | Cercopithecidae | Борнео | | |
| Presbytis rubicunda | Cercopithecidae | Борнео | | |
| Prionailurus bengalensis | Felidae | Остров Ява | | |
| Носорог sondaicus | Rhinocerotidae | Западная Ява | | |
| Scleropages formosus | Остеоглоссиды | Суматра | Азиатская арована | |
| Simias concolor | Cercopithecidae | Ментавай | Лангур с косичками | |
| Strigocuscus ceeensis | Phalangeridae | Сулавеси | Сулавесский карликовый кускус | |
| Sundasciurus juvencus | Sciuridae | Суматра, Бали | | |
| Тафозные ахаты | Emballonuridae | Бали | Могила летучая мышь | |
| Tarsius Bancanus | Tarsiidae | Суматра, Борнео | Bangka tarsius | |
| Tarsius pelengensis | Tarsiidae | Сулавеси | Пеленг предплюсний | |
| Tarsius pumilus | Tarsiidae | Сулавеси | Карликовый тарсий | |
| Tarsius sangirensis | Tarsiidae | Северный Сулавеси | Сангирский лапник | |
| Tarsius долгопят | Tarsiidae | Северный Сулавеси | Сулавесский лапник | |
| Trachypithecus auratus | Cercopithecidae | Остров Ява | Javan lutung | |
| Tragulus javanicus | Tragulidae | Остров Ява | Ява Мышь-олень | |
| Тупая хризогастр | Tupaiidae | Ментавай | Златобрюхая древовидная | |
| Varanus komodoensis | Varanidae | Нуса Тенгара | Дракон Комодо | |
| Sturnus melanopterus | Sturnidae | Ява | Чернокрылая майна | |
| Стурнус трехцветный | Sturnidae | Ява | Серая майна | |
| Sturnus tertius | Sturnidae | Бали | Серая майна | |
| Aethopyga mystacalis | Нектариновые | Ява | Яванская солнечная птица | |
| Aethopyga eximia | Нектариновые | Ява | Белобокая солнечная птица | |
| Psaltria exilis | Эгиталиды | Ява | Карликовый буштит | |
| Halcyon cyanoventris | Alcedinidae | Ява | Яванский зимородок | |
| Alcedo coerulescens | Маленький синий кингишер | Ява, Нуса Тенгара, Суматера | Церулеанский зимородок |
|
| Название вида | Семья | Область, край | Народное название | Положение дел |
|---|