WikiDer > Список программ визуализации филогенетического дерева

List of phylogenetic tree visualization software

Этот список программа для просмотра филогенетического дерева представляет собой сборник программных инструментов и веб-порталов, используемых для визуализации филогенетические деревья.

Программное обеспечение онлайн

имяОписаниеЦитирование
АквапонияСредство просмотра дерева Javascript для Beast[1]
Инструментарий ETE Tree Viewerонлайн-инструмент для просмотра филогенетического дерева (формат newick), который позволяет отображать несколько выравниваний последовательностей вместе с деревьями (формат fasta)[2]
EvolViewонлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями[3]
Ледяное деревоКлиентская программа просмотра SVG Javascript для аннотированных корневых деревьев. Также поддерживает филогенетические сети[4]
ИрокиАвтоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев[5]
iTOL - интерактивное Древо Жизнианнотировать деревья с различными типами данных и экспортировать в различные графические форматы; скрипт через пакетный интерфейс[6]
МикрореагироватьСвязывайте, визуализируйте и исследуйте последовательность и метаданные, используя филогенетические деревья, карты и временные шкалы[7]
OneZoomиспользует IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) для отображения филогенетических деревьев, которые можно увеличивать для увеличения детализации[8]
Phylo.ioПросмотр и сравнение до 2 деревьев бок о бок с интерактивными визуализациями HTML5[9]
PhyloExplorerинструмент для облегчения оценки коллекций филогенетических деревьев и управления ими. Учитывая входную коллекцию корневых деревьев, PhyloExplorer предоставляет средства для получения статистики, описывающей коллекцию, исправления недопустимых имен таксонов, извлечения таксономически релевантных частей коллекции с использованием специального языка запросов и определения связанных деревьев в TreeBASE база данных.[10]
PHYLOViZ OnlineВеб-инструмент для визуализации, филогенетического вывода, анализа и совместного использования минимальных остовных деревьев[11]
PhyloWidgetпросматривать, редактировать и публиковать филогенетические деревья в Интернете; интерфейсы с базами данных[12]
T-REX (веб-сервер)Вывод и визуализация дерева (иерархические, радиальные и осевые представления дерева), Горизонтальный перенос генов обнаружение и визуализация сети HGT[13]
TidyTreeКлиентское средство визуализации филогенетических деревьев HTML5 / SVG, основанное на D3.js[14]
ДеревоВектормасштабируемые, интерактивные, филогенетические деревья для Интернета, производящие динамический вывод в формате SVG или PNG, реализованный на Java[15]

Настольное программное обеспечение

имяОписаниеОперационные системы1Цитирование
ARBИнтегрированная программная среда для визуализации дерева и аннотацииLM[16]
АрхеоптериксСредство просмотра и редактирования дерева Java (раньше было ATV)[17]
BioNumericsУниверсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностяхW
Bio :: PhyloКоллекция модулей Perl для управления и визуализации филогенетических данных. Bio :: Philo является частью обширного набора Инструменты биологии PerlВсе[18]
ДендроскопИнтерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев и сетейВсе[19]
DensiTreeСредство просмотра, способное просматривать несколько наложенных деревьев.Все[20]
СмоковницаПростой просмотрщик дерева Java, способный читать файлы деревьев newick и nexus. Может использоваться для окрашивания ветвей и создания векторных изображений.Все[21]
JEvTraceМноговалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивную эволюционную трассировку[22] и другой анализ, вдохновленный филогенезом.Все[23]
МЕГАПрограммное обеспечение для статистического анализа молекулярной эволюции. Он включает в себя различные функции визуализации дереваВсе[24]
МультидендрограммыИнтерактивное приложение с открытым исходным кодом для расчета и построения филогенетических деревьевВсе[25]
ФИЛОВИЗФилогенетический вывод и визуализация данных для профилей аллельных / SNP последовательностей с использованием минимальных связующих деревьевВсе[26]
TreeDynПрограммное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки деревьев и аннотаций, позволяющее включать метаинформациюВсе[27]
TreevolutionИнструмент с открытым исходным кодом для круговой визуализации с искажением секций и колец и рядом других функций, таких как кластеризация ветвей и обрезкаВсе[28]
TreeGraph 2Редактор дерева с открытым исходным кодом с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов.Все[29]
В виде дереваПрограммное обеспечение для просмотра деревьевВсе[30][31]
UGENEВизуальный интерфейс с открытым исходным кодом для пакета Phylip 3.6Все

1 «Все» относится к Microsoft Windows, Apple OSX и Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows

Библиотеки

имяЯзыкОписаниеЦитирование
ggtreeрПакет R для визуализации дерева и аннотации с поддержкой грамматики графики[32]
jsPhyloSVGJavascriptбиблиотека javascript с открытым исходным кодом для визуализации расширяемых настраиваемых филогенетических деревьев; используется для интерактивных деревьев Elsevier[33][34]
PhyD3Javascriptинтерактивная визуализация филогенетического дерева с числовыми аннотационными графами, с выводом SVG или PNG, реализованная в D3.js[35]
phylotree.jsJavascriptphylotree.js - это библиотека, расширяющая популярную среду визуализации данных. D3.js, и подходит для создания приложений JavaScript, в которых пользователи могут просматривать филогенетические деревья и взаимодействовать с ними.[36]
ФитинструментырФилогенетические инструменты для сравнительной биологии (и других вещей) на основе R[37]
игрушечное деревоPythonToytree: минималистичная библиотека для визуализации деревьев и управления ими для Python.[38]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Казо, Бастьен; Кастель, Гийом; Соперники, Эрик (2019-01-14). «АКВАПОНИЯ: визуализация и интерпретация филогеографической информации о филогенетических деревьях» (PDF). Биоинформатика. 35 (17): 3163–3165. Дои:10.1093 / биоинформатика / btz011. ISSN 1367-4803. PMID 30649190.
  2. ^ Уэрта-Сепас Дж., Допазо Дж., Габальдон Т. (январь 2010 г.). "ETE: среда Python для исследования деревьев". BMC Bioinformatics. 11: 24. Дои:10.1186/1471-2105-11-24. ЧВК 2820433. PMID 20070885.
  3. ^ Чжан Х, Гао С., Леркер М.Дж., Ху С., Чен У.Х. (июль 2012 г.). «EvolView, онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W569–72. Дои:10.1093 / нар / gks576. ЧВК 3394307. PMID 22695796.
  4. ^ Воан Т.Г. (август 2017 г.). «IcyTree: быстрая браузерная визуализация для филогенетических деревьев и сетей». Биоинформатика. 33 (15): 2392–2394. Дои:10.1093 / биоинформатика / btx155. ЧВК 5860111. PMID 28407035.
  5. ^ Мур Р.М., Харрисон А.О., Макаллистер С.М., Полсон С.В., Воммак К.Е. (февраль 2020 г.). «Ироки: автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев». PeerJ. 8 (e8584): e8584. Дои:10.7717 / peerj.8584. ЧВК 7049256. PMID 32149022.
  6. ^ Летуник I, Борк П (Январь 2007 г.). «Интерактивное древо жизни (iTOL): онлайн-инструмент для отображения и аннотации филогенетического дерева» (PDF). Биоинформатика. 23 (1): 127–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl529. PMID 17050570.
  7. ^ Аргимон, Сильвия; Абудахаб, Халил; Goater, Ричард Дж. Э .; Федосеев, Артемий; Бхаи, Джйотиш; Гласнер, Коринна; Feil, Эдвард Дж .; Холден, Мэтью Т. Г .; Йейтс, Корин А. (30 ноября 2016 г.). «Microreact: визуализация и обмен данными для геномной эпидемиологии и филогеографии». Микробная геномика. 2 (11): e000093. Дои:10.1099 / mgen.0.000093. ISSN 2057-5858. ЧВК 5320705. PMID 28348833.
  8. ^ Розинделл Дж., Хармон Л. Дж. (2012). «OneZoom: исследователь фракталов для дерева жизни». PLOS Биология. 10 (10): e1001406. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001406. ЧВК 3472976. PMID 23091419.
  9. ^ Робинсон О., Дилус Д., Дессимоз С. (август 2016 г.). "Phylo.io: интерактивный просмотр и сравнение крупных филогенетических деревьев в Интернете". Молекулярная биология и эволюция. 33 (8): 2163–6. arXiv:1602.04258. Bibcode:2016arXiv160204258R. Дои:10.1093 / molbev / msw080. ЧВК 4948708. PMID 27189561.
  10. ^ Ранвез В., Клерон Н., Делсук Ф., Поурали С., Оберваль Н., Дизер С., Берри В. (май 2009 г.). «PhyloExplorer: веб-сервер для проверки, исследования и запроса филогенетических деревьев». BMC Эволюционная биология. 9. 9: 108. Дои:10.1186/1471-2148-9-108. ЧВК 2695458. PMID 19450253.
  11. ^ Рибейру-Гонсалвеш Б., Франсиско А. П., Ваз С., Рамирес М., Каррису Дж. А. (июль 2016 г.). «PHYLOViZ Online: веб-инструмент для визуализации, филогенетического вывода, анализа и совместного использования минимальных остовных деревьев». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (W1): W246–51. Дои:10.1093 / нар / gkw359. ЧВК 4987911. PMID 27131357.
  12. ^ Jordan GE, Piel WH (июль 2008 г.). «PhyloWidget: веб-визуализации для дерева жизни». Биоинформатика. 24 (14): 1641–2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn235. PMID 18487241.
  13. ^ Boc A, Диалло А.Б., Макаренков В. (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W573–9. Дои:10.1093 / нар / гкс485. ЧВК 3394261. PMID 22675075.
  14. ^ Бойлс, Энтони (2019). "TidyTree: бескомпромиссно гибкие филогенетические деревья". CDC.
  15. ^ Петика Р., Баркер Г., Ковач Т., Гоф Дж. (Январь 2010 г.). «TreeVector: масштабируемые интерактивные филогенетические деревья для Интернета». PLOS One. 5 (1): e8934. Bibcode:2010PLoSO ... 5.8934P. Дои:10.1371 / journal.pone.0008934. ЧВК 2812488. PMID 20126613.
  16. ^ Людвиг В., Странк О, Вестрам Р., Рихтер Л., Мейер Х., Бюхнер А., Лай Т., Степпи С., Йобб Г., Фёрстер В., Бреттске I, Гербер С., Гинхарт А. В., Гросс О, Груманн С., Герман С. , Кениг А., Лисс Т., Люссманн Р., Мэй М., Нонхофф Б., Райхель Б., Стрелов Р., Стаматакис А., Штукманн Н., Вильбиг А., Ленке М., Людвиг Т., Боде А., Шлейфер К.Х. (2004). «ARB: программная среда для данных последовательности». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (4): 1363–71. Дои:10.1093 / нар / гх293. ЧВК 390282. PMID 14985472.
  17. ^ Змасек CM, Эдди С.Р. (апрель 2001 г.). «ATV: отображение аннотированных филогенетических деревьев и управление ими». Биоинформатика. 17 (4): 383–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.4.383. PMID 11301314.
  18. ^ Вос Р.А., Каравас Дж., Хартманн К., Йенсен М.А., Миллер С. (февраль 2011 г.). «БИО :: Филофилоинформатический анализ с использованием Perl». BMC Bioinformatics. 12: 63. Дои:10.1186/1471-2105-12-63. ЧВК 3056726. PMID 21352572.
  19. ^ Хусон Д.Х., Рихтер Д.К., Рауш К., Дезулиан Т., Франц М., Рупп Р. (ноябрь 2007 г.). «Дендроскоп: интерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев». BMC Bioinformatics. 8: 460. Дои:10.1186/1471-2105-8-460. ЧВК 2216043. PMID 18034891.
  20. ^ Bouckaert R, Heled J (2014-12-08). «DensiTree 2: Видя деревья сквозь лес». bioRxiv 10.1101/012401.
  21. ^ Рамбаут А. 2018. FigTree 1.4.4. https://github.com/rambaut/figtree/releases
  22. ^ Lichtarge, O .; Bourne, H.R .; Коэн, Ф. Э. (1996-03-29). «Метод эволюционного отслеживания определяет поверхности связывания, общие для семейств белков». Журнал молекулярной биологии. 257 (2): 342–358. Дои:10.1006 / jmbi.1996.0167. ISSN 0022-2836. PMID 8609628.
  23. ^ Иоахимиак МП, Коэн Ф.Э. (2002). «JEvTrace: уточнение и вариации эволюционного следа в Java». Геномная биология. 3 (12): research0077.1. Дои:10.1186 / gb-2002-3-12-research0077. ЧВК 151179. PMID 12537566.
  24. ^ Кумар С., Стечер Г., Ли М., Князь С., Тамура К. (июнь 2018 г.). «MEGA X: молекулярно-эволюционный генетический анализ на вычислительных платформах». Молекулярная биология и эволюция. 35 (6): 1547–1549. Дои:10.1093 / molbev / msy096. ЧВК 5967553. PMID 29722887.
  25. ^ Фернандес А., Гомес С. (2008). «Решение проблемы неединственности в агломеративной иерархической кластеризации с использованием мультидендрограмм». Журнал классификации. 25 (1): 43–65. arXiv:cs / 0608049. Дои:10.1007 / s00357-008-9004-х.
  26. ^ Франсиско А.П., Ваз С., Монтейро П.Т., Мело-Кристино Дж., Рамирес М., Каррисо Дж. А. (май 2012 г.). «PHYLOViZ: филогенетический вывод и визуализация данных для методов последовательной типизации». BMC Bioinformatics. 13: 87. Дои:10.1186/1471-2105-13-87. ЧВК 3403920. PMID 22568821.
  27. ^ Chevenet F, Brun C, Bañuls AL, Jacq B, Christen R (октябрь 2006 г.). «TreeDyn: к динамической графике и аннотациям для анализа деревьев». BMC Bioinformatics. 7: 439. Дои:10.1186/1471-2105-7-439. ЧВК 1615880. PMID 17032440.
  28. ^ Сантамария Р., Терон Р. (август 2009 г.). «Treevolution: визуальный анализ филогенетических деревьев». Биоинформатика. 25 (15): 1970–1. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp333. PMID 19470585.
  29. ^ Стёвер BC, Мюллер К.Ф. (январь 2010 г.). «TreeGraph 2: объединение и визуализация свидетельств из различных филогенетических анализов». BMC Bioinformatics. 11: 7. Дои:10.1186/1471-2105-11-7. ЧВК 2806359. PMID 20051126.
  30. ^ «Архивная копия» (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 2015-02-14. Получено 2008-10-22.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (ссылка на сайт)
  31. ^ Пейдж РД (август 1996 г.). «TreeView: приложение для отображения филогенетических деревьев на персональных компьютерах». Компьютерные приложения в биологических науках. 12 (4): 357–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / 12.4.357. PMID 8902363.
  32. ^ Ю. Г., Смит Д. К., Чжу Х., Гуань Ю., Лам Т. Т. (1 января 2017 г.). «ggtree: пакет R для визуализации и аннотации филогенетических деревьев с их ковариатами и другими связанными данными». Методы в экологии и эволюции. 8 (1): 28–36. Дои:10.1111 / 2041-210X.12628.
  33. ^ [1]
  34. ^ Smits SA, Ouverney CC (август 2010 г.). Пун А.Ф. (ред.). «jsPhyloSVG: библиотека javascript для визуализации интерактивных и векторных филогенетических деревьев в сети». PLOS One. 5 (8): e12267. Bibcode:2010PLoSO ... 512267S. Дои:10.1371 / journal.pone.0012267. ЧВК 2923619. PMID 20805892.
  35. ^ Kreft L, Botzki A, Coppens F, Vandepoele K, Van Bel M (сентябрь 2017 г.). «PhyD3: программа просмотра филогенетического дерева с расширенной поддержкой phyloXML для функциональной визуализации данных геномики». Биоинформатика. 33 (18): 2946–2947. Дои:10.1093 / биоинформатика / btx324. PMID 28525531.
  36. ^ Шэнк С.Д., Уивер С., Косаковский пруд С.Л. (июль 2018 г.). «phylotree.js - библиотека JavaScript для разработки приложений и интерактивной визуализации данных в филогенетике». BMC Bioinformatics. 19 (1): 276. Дои:10.1186 / s12859-018-2283-2. ЧВК 6060545. PMID 30045713.
  37. ^ Ревелл, LJ (2012). "phytools: пакет R для сравнительной филогенетической биологии (и других вещей)". Методы экол. Evol. 3 (2): 217–223. Дои:10.1111 / j.2041-210X.2011.00169.x.
  38. ^ Eaton, DAR (2019). «Toytree: минималистичная библиотека для визуализации деревьев и управления ими для Python». Методы экол. Evol. 11 (1): 187–191. Дои:10.1111 / 2041-210X.13313.

внешняя ссылка