WikiDer > Newbler
Newbler
| Разработчики) | 454 Науки о жизни |
|---|---|
| Стабильный выпуск | v2.7 / 28 февраля 2012 г. |
| Операционная система | Linux i386 / x86_64 |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Коммерческий |
Newbler это программный пакет для de novo ДНК сборка последовательности. Он разработан специально для сборки данных последовательности, генерируемых серией 454 GS. пиросеквенирование платформы, проданные 454 Науки о жизни, а Рош Диагностика Компания.[1]
использование
Newbler может работать через Ява GUI (gsAssembler) или командная строка (запустить сборку). Он изначально работает с данными .SFF, выводимыми секвенсором, но также может принимать ФАСТА файлы, содержащие нуклеотидные последовательности, с информацией о качестве или без нее, и FASTQ файлы. Он будет использовать более старые Последовательность Сэнгера данные, если они правильно отформатированы, чтобы облегчить сборку и строительство лесов.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Genivaldo, GZ; Silva, Bas E; Dutilh, Дэвид; Мэтьюз, Кери; Элкинс, Роберт; Шмидер, Элизабет А; Динсдейл, Роберт Эдвардс (2013). "Комбинирование сборки de novo и сборки на основе справочников с помощью scaffold_builder". Исходный код Biomed Central. 8 (23): 23. Дои:10.1186/1751-0473-8-23. ЧВК 4177539. PMID 24267787.
внешняя ссылка
  | Эта статья по биоинформатике заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |