WikiDer > ORFeome

ORFeome

В, молекулярная генетика, ORFeome относится к комплектации открытые рамки для чтения (ORF) в геном. Этот термин также может использоваться для описания набора клонированный ORF.[1] ORF соответствуют последовательностям, кодирующим белок (CDS) гены. ORF могут быть обнаружены в последовательностях генома с помощью компьютерных программ, таких как GENSCAN а затем усилен ПЦР. Хотя это относительно тривиально в бактерии проблема нетривиальна в эукариотический геномы из-за наличия интроны и экзоны а также варианты стыковки.

Использование в исследованиях

Использование полных ORFeomes отражает новую тенденцию в биологии, которую можно кратко охарактеризовать как омики. ORFeomes используются для изучения белок-белковых взаимодействий,[2][3] белковые микрочипы, изучение антигенов,[4] и другие области обучения.

Клонированные ORFeomes

Полные наборы ORF были клонированы для ряда организмов, включая Brucella melitensis,[5]Chlamydia pneumoniae,[6]кишечная палочка,[7]Neisseria gonorrhoeae,[8]Синегнойная палочка,[9] Schizosaccharomyces pombe, Золотистый стафилококк[10]и человек герпесвирусы[11]

Также был получен частичный ORFeome человека.[12][13]

Рекомендации

  1. ^ Охара, О. (2009). «Клонирование ORFeome». Обратная химическая генетика. Методы молекулярной биологии. 577. С. 3–9. Дои:10.1007/978-1-60761-232-2_1. ISBN 978-1-60761-231-5. PMID 19718504.
  2. ^ Титц Б., Раджагопала С.В., Голл Дж., Хойзер Р., МакКевитт М.Т., Палцкилл Т., Уетц П. (2008). Зал N (ред.). «Бинарный белковый интерактом Treponema pallidum - спирохета сифилиса». PLOS One. 3 (5): e2292. Дои:10.1371 / journal.pone.0002292. ЧВК 2386257. PMID 18509523. открытый доступ
  3. ^ Уетц П., Раджагопала С.В., Донг Я., Хаас Дж. (Октябрь 2004 г.). «От ORFeomes к картам взаимодействия белков в вирусах». Геномные исследования. 14 (10B): 2029–33. Дои:10.1101 / гр.2583304. PMID 15489322.
  4. ^ МакКевитт, Мэтью; Бринкман, Мэри Бет; Маклафлин, Мелани; Перес, Карла; Хауэлл, Джеррилин К .; Weinstock, George M .; Норрис, Стивен Дж .; Палцкилл, Тимоти (01.07.2005). «Идентификация по шкале генома антигенов Treponema pallidum». Инфекция и иммунитет. 73 (7): 4445–4450. Дои:10.1128 / IAI.73.7.4445-4450.2005. ISSN 0019-9567. ЧВК 1168556. PMID 15972547.
  5. ^ Viadas C, Родригес М.С., Гарсиа-Лобо JM, Сангари Ф.Дж., Лопес-Гони I (октябрь 2009 г.). «Создание и оценка микроматрицы полногеномной ДНК Brucella на основе ORFeome». Микробный патогенез. 47 (4): 189–95. Дои:10.1016 / j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.
  6. ^ Майер К.Дж., Майер Р.Х., Вирок Д.П., Маасс М., Хинтнер Х., Бауэр Дж. В., Ондер К. (2012). «Создание очень гибкой и всеобъемлющей коллекции генов, представляющих ORFeome человеческого патогена Chlamydia pneumoniae». BMC Genomics. 13: 632. Дои:10.1186/1471-2164-13-632. ЧВК 3534531. PMID 23157390.
  7. ^ Раджагопала С.В., Ямамото Н., Цвейфель А.Э., Накамичи Т., Хуанг Х.К., Мендес-Риос Дж.Д., Франка-Кох Дж., Бооргула М.П., ​​Фудзита К., Сузуки К., Ху Дж.С., Ваннер Б.Л., Мори Х., Уетц П. (2010). "Escherichia coli K-12 ORFeome: ресурс для сравнительной молекулярной микробиологии". BMC Genomics. 11: 470. Дои:10.1186/1471-2164-11-470. ЧВК 3091666. PMID 20701780.
  8. ^ Brettin T, Altherr MR, Du Y, Mason RM, Friedrich A, Potter L, Langford C, Keller TJ, Jens J, Howie H, Weyand NJ, Clary S, Prichard K, Wachocki S, Sodergren E, Dillard JP, Weinstock G , Т. М., Арвидсон К. Г. (2005). «Библиотека с поддержкой экспрессии для изучения Neisseria gonorrhoeae, версия 1.0». BMC Microbiology. 5: 50. Дои:10.1186/1471-2180-5-50. ЧВК 1236931. PMID 16137322.
  9. ^ Лабер Дж., Цю К., Анумантан А., Мар В., Цзо Д., Мурти ТВ, Тайчер Х., Халлек А., Хейнсворт Е., Лори С., Брисуэла Л. (октябрь 2004 г.). «Коллекция генов Pseudomonas aeruginosa PA01». Геномные исследования. 14 (10B): 2190–200. Дои:10.1101 / гр.2482804. ЧВК 528936. PMID 15489342.
  10. ^ Бранднер С.Дж., Майер Р.Х., Хендерсон Д.С., Хинтнер Х., Бауэр Дж.В., Ондер К. (2008). «ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1». BMC Genomics. 9: 321. Дои:10.1186/1471-2164-9-321. ЧВК 2474624. PMID 18605992.
  11. ^ Fossum E, Friedel CC, Rajagopala SV, Titz B, Baiker A, Schmidt T., Kraus T, Stellberger T, Rutenberg C, Suthram S, Bandyopadhyay S, Rose D, von Brunn A, Uhlmann M, Zeretzke C, Dong YA, Boulet H, Koegl M, Bailer SM, Koszinowski U, Ideker T, Uetz P, Zimmer R, Haas J (сентябрь 2009 г.). ВС Р. (ред.). «Эволюционно консервативные сети взаимодействия герпесвирусных белков». PLoS Патогены. 5 (9): e1000570. Дои:10.1371 / journal.ppat.1000570. ЧВК 2731838. PMID 19730696.
  12. ^ Ламеш П., Ли Н, Мильштейн С., Фан С, Хао Т, Сабо Дж., Ху З, Венкатесан К., Бетел Дж., Мартин П., Роджерс Дж., Лоулор С., Макларен С., Дрикот А, Борик Х, Кьюсик М.Э., Ванденхаут Дж. , Dunham I, Hill DE, Vidal M (март 2007 г.). «hORFeome v3.1: ресурс человеческих открытых рамок считывания, представляющий более 10 000 человеческих генов». Геномика. 89 (3): 307–15. Дои:10.1016 / j.ygeno.2006.11.012. ЧВК 4647941. PMID 17207965.
  13. ^ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome, выпуск 2011 г.