WikiDer > Пан-рак анализ

Pan-Cancer Analysis

Пан-рак анализ направлена ​​на изучение сходства и различий между геномными и клеточными изменениями, обнаруженными в разных опухоль типы.[1][2] Международные усилия позволили провести панкологический анализ экзомы и в целом геномы рака, включая его некодирующие области. Атлас генома рака (TCGA) Research Network в 2018 г. использовала экзом, транскриптом, и ДНК метилом данные для разработки комплексной картины общих черт, различий и возникающих тем для разных типов опухолей [см. http://www.nature.com/tcga/ Панораковый анализ TCGA.

В 2020 году Панораковый анализ полных геномов ICGC / TCGA (PCAWG) в рамках проекта опубликовано 23 статьи, в которых анализируются полные геномы рака и транскриптомные данные по 38 типам опухолей. [1]. Полный обзор проекта представлен в его главном документе.[3]

Пан-рак анализ РНК-связывающих белков[4] для рака человека также были созданы для изучения экспрессии, изменения числа соматических копий (SCNA) и мутационных профилей 1542 RBP в ~ 7000 клинических образцах для 15 типов рака. Панкологический анализ РНК-связывающих белков выявил онкогенные свойства шести RBP (NSUN6, ZC3H13, BYSL, ELAC1, RBMS3 и ZGPAT) в клеточных линиях колоректального рака и рака печени с помощью функциональных экспериментов.

Несколько исследований доказали, что существует причинная, предсказуемая связь между геномными изменениями (задуманными как варианты с короткими нуклеотидами или вариантами с большим числом копий) и экспрессией генов во всех типах опухолей. Эта панкологическая взаимосвязь между геномным статусом и транскриптомными количественными данными в целом действительна, и ее можно использовать в качестве основы для подходов к машинному обучению, чтобы предсказать наличие определенного геномного изменения только на основе профилей экспрессии генов.[5]


Ресурсы и базы данных

Все данные, полученные в результате усилий TCGA, доступны в TARGET Data Matrix Национального института рака США и на веб-портале ProteinPaint.[6].

Недавно, Ресурсы Pan-Cancer[7] были созданы для Сети днРНК, микроРНК, CeRNAs и РНК-связывающие белки (ОДП).

Почти 800 терабайт данных из проекта ICGC / TCGA PCAWG были доступны через различные порталы и репозитории, в том числе в Институт Онтарио по исследованию рака, то Европейская лаборатория молекулярной биологиис Европейский институт биоинформатики, а Национальный центр биотехнологической информации (ключевые публичные порталы перечислены на http://www.nature.com/collections/PCAWG).

Пан-раковые исследования

Пан-раковые исследования направлены на точное определение местоположения проводящих генов, а также на повторяющиеся геномные события или аберрации между различными типами опухоли. Для этих исследований необходимо стандартизировать данные между несколькими платформами, устанавливая критерии между различными группами исследователей для работы с данными и представления результатов. Омикс данные позволяют идентифицировать и количественно определять тысячи молекул в одном эксперименте за короткий промежуток времени. Геномика дает информацию о том, что произошло, то есть о возможности того, что что-то может произойти, протеомика о том, что происходит и метаболомика о том, что произошло. В гены содержат информацию о том, что что-то потенциально может произойти. В белки дать информацию о том, что сейчас происходит в исследуемой ткани, те, которые выполняют функции, и метаболиты возникают как следствие функций белков. Сочетание всех них дает информацию о биологических системах.


внешняя ссылка

Рекомендации:

  1. ^ Атлас генома рака, Сеть; Вайнштейн, JN; Коллиссон, EA; Фрезы, Великобритания; Шоу, КР; Озенбергер, BA; Ellrott, K; Шмулевич, я; Сандер, С; Стюарт, JM (октябрь 2013 г.). "Проект пан-рака" Атлас генома рака ". Природа Генетика. 45 (10): 1113–20. Дои:10.1038 / ng.2764. ЧВК 3919969. PMID 24071849.
  2. ^ Омберг, L; Ellrott, K; Юань, Y; Кандот, К; Вонг, C; Келлен, MR; Друг, SH; Стюарт, Дж; Лян, H; Марголин А.А. (октябрь 2013 г.). «Обеспечение прозрачного и совместного компьютерного анализа 12 типов опухолей в Атласе генома рака». Природа Генетика. 45 (10): 1121–6. Дои:10,1038 / нг.2761. ЧВК 3950337. PMID 24071850.
  3. ^ Консорциум ICGC / TCGA по пан-раковому анализу целых геномов (5 февраля 2020 г.). «Пан-рак анализ целых геномов». Природа. 578 (7793): 82–93. Дои:10.1038 / s41586-020-1969-6. ЧВК 7025898. PMID 32025007.
  4. ^ Wang, ZL; Ли, Б; Луо, YX; Линь, Q; Лю, SR; Чжан, XQ; Чжоу, H; Ян, JH; Qu, LH (2 января 2018 г.). «Комплексная геномная характеристика РНК-связывающих белков при раке человека». Отчеты по ячейкам. 22 (1): 286–298. Дои:10.1016 / j.celrep.2017.12.035. PMID 29298429.
  5. ^ Меркателли, Даниэле; Луч, Лес; Джорджи, Федерико М. (2019). «Пан-рак и одноклеточное моделирование геномных изменений посредством экспрессии генов». Границы генетики. 10: 671. Дои:10.3389 / fgene.2019.00671. ISSN 1664-8021. ЧВК 6657420. PMID 31379928.
  6. ^ «Изучение геномных изменений при педиатрическом раке с помощью ProteinPaint». Генетика природы.
  7. ^ Ли, JH; Лю, S; Чжоу, H; Qu, LH; Ян, Дж. Х. (январь 2014 г.). «starBase v2.0: расшифровка сетей взаимодействия miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA и белок-РНК из крупномасштабных данных CLIP-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D92-7. Дои:10.1093 / нар / gkt1248. ЧВК 3964941. PMID 24297251.