WikiDer > Proser2

Proser2

PROSER2, также известный как богатый пролином и серином 2, представляет собой белок что у людей кодируется PROSER2 ген. PROSER2, или c10orf47(Хромосома 10 открытая рамка считывания 47), находится в полосе 14 короткого плеча хромосома 10 (10p14) и содержит высококонсервативный домен SARG.[1][2] Это быстро развивающийся ген с двумя паралоги, c1orf116 и, в частности, изоформа 1 белка гена, регулируемого андрогенами.[1][3][4] Белок PROSER2 выполняет в настоящее время не охарактеризованную функцию, однако у людей он может играть роль в регуляция клеточного цикла, репродуктивный функционирует и является потенциальным биомаркером рак.[5][6][7][8][9][10]

Ген

Этот ген имеет длину 48 880 оснований и 3360 пар оснований в длину после транскрипция к мРНК.[11][12] PROSER2 имеет 5 вариантов стыковки, 3 из которых альтернативно сращенный и 2 из которых являются неразложенными формами.[13] Он содержит восходящий кадр стоп-кодон и 2000 б.п. промоутер.[11][14]

Locus

PROSER2 находится на десятой хромосоме (10p14). Он ориентирован на положительную сторону ДНК и имеет 5 экзоны.[12][15]

PROSER2 стенограмма

Вариант сращивания[14]Имя[16]Длина последовательности (п.о.)[14]Длина белка (аа)[14]Масса (DA)[16]Тип[14]Функции
1 - Первичная стенограммаPROSER2; c10orf473360[11]43545,802Кодирование белков

(полная длина)

5 экзонов; 4 кодирующих экзона[14] Прогнозировано: 1-диметилированный аргинин; 1 омега-N-метиларгинин[16]

37 сайтов фосфорилирования;[17] 2 мотива взаимодействия SUMO;[18] 2 сайта S-пальмитоилирования;[19] 2 сайта O-гликозилирования GalNac[20]

Изоэлектрическая точка: 6,81

Заряд: 3,0[14]

21646341Кодирование белков5 экзонов; 4 кодирующих экзона[14]
3c10orf47 изоформа CRA_b123223924,793Кодирование белков1 экзон; 1 кодирующий экзон

Изоэлектрическая точка: 12,21

Заряд: 19.0[14]

4476859,554Кодирование белков3 экзона; 2 кодирующих экзона

3 'усечено в расшифровке;[14] 85-й аминокислотный остаток является нетерминальным остатком[16]

Изоэлектрическая точка: 4,25

Заряд: -8,0[14]

5728Без белкаОбработанная стенограмма4 экзона; 0 кодирующих экзонов[14]

Гомология и эволюция

Эволюционная история PROSER2 против цитохрома С и альфа-субъединицы фибриногена. Каждая точка данных на графике представляет собой гомолог человеческого гена, обнаруженного у разных видов, который был обнаружен с помощью поиска BLAST. Этот поиск привел к проценту идентичностей, которые отображены в зависимости от предполагаемого времени расхождения с людьми, которое было обнаружено с помощью TimeTree. Этот график демонстрирует, что PROSER2 представляет собой быстро развивающийся ген, похожий на альфа-субъединицу фибриногена.[21][22]

Ортологическое пространство

Ортологическое пространство для PROSER2 довольно большой, так как сообщается, что 143 организма имеют ортологи с человеком PROSER2.[12] Самый далекий ортолог человека PROSER2 это слоновая акула, Callorhinchus milii. Самые дальние родственники людей с PROSER2 бывают рыбы и акулы (хрящевые рыбы). По этой же причине можно сделать вывод, что PROSER2 возник в позвоночные.[3]

Паралогичное пространство

Человек PROSER2 у гена два паралоги: c1orf116 и, в частности, изоформа 1 белка гена, регулируемого андрогенами.[3]

Сохраненные регионы

Множественное выравнивание последовательностей продемонстрировало, что 3’-конец белка, богатого пролином-серином 2, является высококонсервативным как для отдаленных, так и для близких гомологов. Эти широко сохраненные аминокислоты обнаружены у всех приматов, млекопитающих, рептилий, птиц, земноводных, рыб и акул, для которых доступны последовательности: R421, G406, V409, A424, L425, L428, G429 и L430. Можно отметить, что эти высококонсервативные аминокислоты составляют большую часть 3’-конца домена специфического андроген-регулируемого генного белка (SARG). 5’-конец белка, богатого пролином-серином 2, является высококонсервативным у близких родственников людей, включая всех приматов, млекопитающих, рептилий и птиц, для которых доступны последовательности. PROSER2 имеет равный баланс основной и кислый остатки, которые сохраняются во всех гомологах.[23][24]

Эволюционная модель

PROSER2 быстро развивающийся ген, похожий на Альфа-субъединица фибриногена (FGA). Он почти идеально согласуется с историей эволюции фибриногена и намного дальше от эволюционной шкалы времени Цитохром с (CYCS), который развивается медленнее, чем PROSER2 или же FGA. Дублирование генов PROSER2 произошло примерно у рыб, которые отошли от человека - 436,8 млн лет назад.[4]

Пролин и белок, богатый серином 2

В Homo sapiens, PROSER2 кодирует богатый пролином и серином белок 2, который имеет длину 435 аминокислот и имеет молекулярный вес 45,802 Да.[1] Этот белок имеет довольно нейтральный базальный изоэлектрическая точка из 6,81.[25] Богатый пролином и серином 2 белок содержит консервативный домен SARG (специфически регулируемый андрогенами генный белок), который охватывает 388 аминокислот в PROSER2. Домен SARG принадлежит к семейству генов pfam15385. Его истинная функция еще не выяснена, но это предполагаемый рецептор андрогенов, потому что он активируется в присутствии андрогены, но нет глюкокортикоиды.[2] Домен SARG сильно выражен в предстательная железа где также сообщалось о PROSER2.[5]

Внутренняя структура и особенности человеческого белка PROSER2.[2][26][27]

Внутренняя структура белка

ФункцииМесто расположения
Сер-богатый регион[16]аа 8-43[16]
Регион низкой сложности[14]аа 27-43[14]
Область низкой сложности[14]аа 87-105[14]
Область низкой сложности[14]аа 113-126[14]
Регион низкой сложности[14]аа 143-171[14]
Pro-богатый регион[16]аа 147-254[16]
Область низкой сложности[14]аа 228-246[14]
Область низкой сложности[14]аа 291-310[14]
SARG Домен

(В частности, генный белок, регулируемый андрогенами)[2]

аа 44-433[2]

Посттрансляционные модификации

PROSER2 содержит 35 предполагаемых сайтов фосфорилирования серина, а также 2 предполагаемых сайта фосфорилирования треонина на консервативных остатках.[17] Также предполагается, что он содержит 2 мотива взаимодействия SUMO, 2 сайта S-пальмитоилирования, а также 2 сайта O-гликозилирования GalNac, все они расположены на высококонсервативных аминокислотах или рядом с ними.[18][19][20] Эти модификации могут изменить укладку и функцию белка, который, как предполагается, локализуется в ядро.[28]

Прогнозируемая вторичная структура

Структура PROSER2 в настоящее время не охарактеризована. Однако, скорее всего, он будет содержать 4 альфа спирали и 5 доменов бета-листы которые сохраняются у всех млекопитающих гомологи.[29] Основываясь на его структурных особенностях и посттрансляционных модификациях, предполагается, что это растворимый белок, секретируемый из ядра неклассическим путем секреции.[28][30][31]

Функция

Функция белка, богатого пролином и серином 2, в настоящее время неизвестна. Тем не менее, он указан в нескольких патентах США как потенциальный биомаркер рака.[5][6][7][8][9][10]

Взаимодействующие белки

Предыдущие эксперименты показали, что PROSER2 взаимодействует с несколькими другими белки включая: STK24, ESR2, POT1, ACTB, и EPS8.[15][32] Эти взаимодействующие белки участвуют в контроле апоптоз, дифференцировка репродуктивных клеток, теломер обслуживание, целостность ячеек и клеточный цикл прогрессия соответственно. Эти взаимодействия определяют PROSER2 как ген, активно участвующий в регуляции дифференцировки клеток и апоптоза.[15]

Выражение

PROSER2 является чрезвычайно тканеспецифичным по своей экспрессии, которая часто бывает низкой. В людях, PROSER2 наиболее ярко выражено в Костный мозг, мозг плода, почка плода, печень, печень плода, легкое, легкое плода, лимфатический узел, предстательная железа, желудок, вилочковая железа, и трахея (ID профиля GEO: 69555271). Также было обнаружено, что он сильно выражен в двоеточие, яички, околоушной железы, и матка (ID профиля GEO: 10034772). Высокая экспрессия в ткани яичек и простаты является ожидаемой, учитывая наличие в гене домена SARG и его связь с андрогенами. PROSER2 наименее выражен в сердце, спинной мозг, и несколько областей взрослого мозг (ID профиля GEO: 69555271). PROSER2 имеет более высокую экспрессию у пациентов с ETP-ALL (ранний предшественник Т-лимфоцитов с острым лимфобластным лейкозом) по сравнению с контрольной группой (идентификатор профиля GEO: 92018456) и сильно выражен в первичные опухоли простаты по сравнению с доброкачественный и злокачественный образцы (ID профиля GEO: 14264706). PROSER2 недооценивается у мужчин с AIS (Синдром нечувствительности к андрогенам), что следует за ранее описанными доказательствами в отношении домена SARG. Лечение с дигидротестостерон было обнаружено, что генитальный фибробласты увеличить выражение PROSER2, что дополнительно подтверждает, что это ген, чувствительный к андрогенам (идентификатор профиля GEO: 20808032).[33]

Взаимодействие факторов транскрипции

PROSER2 наиболее сильно взаимодействует со следующими факторы транскрипции: Фактор белка, связывающего ТАТА позвоночных, ZF5 POZ домен цинковый палец, CTCF и регуляторы транскрипции генов BORIS, E2F-мой с активатор / регулятор клеточного цикла, белок цинкового пальца MYT1 C2HC, SOX / SRY– определение пола / яичка и связанные факторы HMG-бокса, Факторы связывания CCAAT, Комплексы HOX-PBX и факторы транскрипции цинковых пальцев C2HC 13.[34] Ген SRY является основным фактором в определении образование яичек во время разработки, поэтому логично, что PROSER2связь с андрогенами будет контролироваться факторами транскрипции в SOX /SRY-пол / яички и родственное семейство факторов коробки HMG.[34] Активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла также важен, потому что Мой с участвует в путях развития рака, поэтому эта взаимосвязь с его фактором транскрипции дает дополнительные доказательства того, что PROSER2роль потенциального биомаркера рака.[5][6][7][8][9][10]

Клиническое значение

Несмотря на то что PROSER2Функция его у человека не выяснена, его домен SARG, взаимодействующие белки / факторы транскрипции и паттерны экспрессии указывают на то, что PROSER2 участвует в контроле клеточного цикла и апоптоза и по своей природе является андроген-чувствительным. PROSER2 может быть биомаркером клетка эпителия, грудь, предстательная железа, яичник, легкое, мозг, и рак крови как показано в нескольких патентах США.[5][6][7][8][9][10]

Мутации

Человек PROSER2 содержит следующие неконсервативные однонуклеотидный полиморфизм (SNP) в пределах своего экзоны которые сохраняются среди всех близких гомологи: D9N, C21G, G30S, R35Q, R40H, I69T, S71F, L46F, D83N, D109N, K200M, A412V, F345S, T408A и L425P.[35]

Рекомендации

  1. ^ а б c NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Белок
  2. ^ а б c d е Marchler-Bauer A et al. (2015), «CDD: база данных консервативных доменов NCBI», Nucleic Acids Res. 43 (выпуск базы данных): D222-6.
  3. ^ а б c NCBI BLAST (Национальный центр биотехнологической информации Базовый инструмент поиска местного выравнивания ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  4. ^ а б Дерево времени [http://www.timetree.org/]
  5. ^ а б c d е Павловски Т., Йейтс К. и Ахаван Р. (2012). Циркулирующие биомаркеры рака.
  6. ^ а б c d Биррер, М.Дж., Боном, Т.А., Суд, А., и Л.Ю., К. (2013). Проангиогенные гены в изолятах эндотелиальных клеток опухоли яичников.
  7. ^ а б c d Нгуен, Л.С., Ким, Х.-Г., Розенфельд, Дж. А., Шен, Ю., Гуселла, Дж. Ф., Лакасси, Ю., Лейман, Л. С., Шаффер, Л. Г., и Гец, Дж. (2013). Вклад вариантов числа копий, включающих нонсенс-опосредованные гены пути распада мРНК, в нарушения нервного развития. Гм. Мол. Genet. 22, 1816–1825.
  8. ^ а б c d Schettini, J., Hornung, T., Holterman, D., and Spetzler, D. (2014). Составы и методы биомаркеров.
  9. ^ а б c d Сето М., Тагава Х., Ёсида Ю. и Кира С. (2008). Методы диагностики и прогноза злокачественной лимфомы.
  10. ^ а б c d Зарбл, Х., Грэм, Дж. (2014). Новый метод диагностики и прогноза рака и прогнозирования ответа на терапию.
  11. ^ а б c NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Нуклеотид
  12. ^ а б c NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) Ген
  13. ^ NCBI (Национальный центр биотехнологической информации) AceView [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/]
  14. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс Ансамбль
  15. ^ а б c GeneCards [http://www.genecards.org/]
  16. ^ а б c d е ж грамм час UniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
  17. ^ а б NetPhos. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  18. ^ а б GPS-SUMO. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  19. ^ а б GPS-Lipid. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  20. ^ а б ИноЯН. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  21. ^ NCBI BLAST (Национальный центр биотехнологической информации Базовый инструмент поиска местного выравнивания ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  22. ^ Дерево времени [http://www.timetree.org/]
  23. ^ SDSC (Суперкомпьютерный центр Сан-Диего) Biology Workbench. BOXSHADE [http://workbench.sdsc.edu/]
  24. ^ SDSC (Суперкомпьютерный центр Сан-Диего) Biology Workbench. Выравнивание множественных последовательностей ClustalW [http://workbench.sdsc.edu/]
  25. ^ Определение изоэлектрической точки. Biology WorkBench [http://workbench.sdsc.edu]
  26. ^ Ансамбль
  27. ^ UniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
  28. ^ а б Прогнозирование белка. [Https://www.predictprotein.org/]
  29. ^ ПЕЛЕ. SDSC Biology Workbench [http://workbench.sdsc.edu/]
  30. ^ SOSUI. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  31. ^ Секретом. Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy [http://expasy.org/]
  32. ^ СТРОКА 10: Известные и прогнозируемые белок-белковые взаимодействия. [http://string-db.org/]
  33. ^ Барретт Т., Уилхайт С.Е., Леду П., Евангелиста С., Ким И.Ф., Томашевский М. и др. (2013). "(Январь 2013 г.)" NCBI GEO: архив наборов данных функциональной геномики - обновление"". Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D991–5. Дои:10.1093 / нар / gks1193. ЧВК 3531084. PMID 23193258.
  34. ^ а б Genomatix. Эльдорадо. [Https://www.genomatix.de/cgi-bin//eldorado/eldorado.pl]
  35. ^ dbSNP NCBI (Национальный центр биотехнологической информации Базовый инструмент поиска местного выравнивания) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP]

дальнейшее чтение