WikiDer > Proteindatenbank

Protein Data Bank
Proteindatenbank
ArtDatenbank
SpracheEnglisch
AnmeldungOptional
InhaberWeltweite Proteindatenbank
Statusaktiv
Verknüpfunghttps://www.wwpdb.org/
Portal  Portalsymbol  Medien

Das Proteindatenbank (PDB) ist ein frei zugängliches Datenbank mit Daten aus großen Biomoleküle wie Protein und Nukleinsäuren. Die PDB wird von der Organisation Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) verwaltet. Die Daten in der Datenbank stammen hauptsächlich von Röntgenbeugung und NMR-Spektroskopie von Wissenschaftlern auf der ganzen Welt.[1]

Die HVE ist eine wichtige Quelle unter anderem für die verschiedenen Zweige der Systembiologie, wie zum Beispiel strukturelle Genomik. Die meisten großen Zeitschriften und Organisationen, wie z Nationales Gesundheitsinstitut in dem Vereinigte Staaten, verlangen von Wissenschaftlern, ihre Strukturdaten in der PDB zu veröffentlichen.

Andere Datenbanken verwenden die Daten in der PDB, um Proteine ​​nach bestimmten Mustern zu klassifizieren. SCOP und CATH unterteilen die Strukturen beispielsweise in Gruppen nach der Art der Struktur und der vermuteten evolutionär Beziehungen; Gen-Ontologie kategorisiert die Strukturen nach Genen.[2]

Geschichte

1971 wurde die Datenbank in . eingerichtet Brookhaven.[2] Zwischen 1998 und 1999 entstand aus dem PDB das Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). 2003 wurde die wwPDB als Formalisierung einer bestehenden Zusammenarbeit gegründet, wodurch die PDB zu einer internationalen Organisation wurde. Die vier Mitglieder der wwPDB fungieren als Zentrum für die Platzierung und Verarbeitung der Daten (z.B. kommentieren) und verteilen.

Inhalt

Die PDB wird wöchentlich aktualisiert. Die Statistik kann auf dem . verfolgt werden PDB-Bestandsliste.

Die meisten Strukturen wurden durch Röntgenbeugung bestimmt, etwa 15% der Strukturen wurden durch NMR bestimmt und einige wurden sogar mit . bestimmt Elektronenmikroskopie entschlossen. Für röntgenbeugungsbestimmte Strukturen stehen auch Dateien zur Verfügung, die die Elektronendichte und mit dem es in einem geeigneten Programm grafisch dargestellt werden kann. Diese Dateien befinden sich auf dem Elektronendichteserver.[3]

In der Vergangenheit hat die Zahl der Strukturen im HVE fast exponentiell zugenommen. Dieser Anstieg ist jetzt weniger stark. Im Jahr 2009 kamen weitere 7.448 Bauwerke hinzu, die höchste Zahl aller Zeiten.

Datei Format

Der Erste Dateityp für die PDB war es die PDB-Datei. Dieses Originalformat wurde in der Breite auf die Größe von Lochkarten: 80 Zeichen pro Zeile. Um 1996 wurde es makromolekulare kristallographische InformationsdateiDateityp, kurz mmCIF, eingetragen. EIN XMLVersion dieses Typs, PDBML, wurde 2005 eingeführt.[4]Die Strukturen können in jedem dieser drei Formate heruntergeladen werden. Die einzelnen Dateien können auch als komprimierte Dateien in Grafikpakete über Webadressen heruntergeladen werden:

  • für PDB-Dateien: http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz;
  • für PDBML-Dateien (XML): http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz;

bei welchem ​​"4hhb" ist die sogenannte "PDB-Kennung", ein vierteiliger, alphanumerischer und eindeutiger Name zur Identifizierung des Moleküls. Der gemeinsame Name des Moleküls wird nicht verwendet, da mehrere Strukturen den gleichen Namen haben oder mehrere Versionen einer Struktur vorliegen .

Software zur grafischen Darstellung der Dateien findet man unter anderem im Internet, oft als gratis Software.

Externe Links