WikiDer > Соленоид (ДНК)

Solenoid (DNA)
Волокно хроматина 30 нм - соленоидная структура

В соленоид структура хроматин модель структуры 30 нм волокно. Это вторичная структура хроматина, которая помогает упаковать эукариотический ДНК в ядро.

Фон

Хроматин был впервые открыт Вальтер Флемминг используя анилиновые красители для окрашивания. В 1974 г. он был впервые предложен Роджер Корнберг этот хроматин был основан на повторяющейся единице октамер гистонов и около 200 пар оснований ДНК.[1]

Модель соленоида была впервые предложена Джоном Финчем и Аарон Клуг в 1976 г. они использовали электронная микроскопия изображения и дифракция рентгеновских лучей шаблоны для определения их модели конструкции.[2] Это была первая модель, которая была предложена для структуры волокна 30 нм.

Структура

ДНК в ядре обернута вокруг нуклеосомы, которые представляют собой октамеры гистонов, образованные из ядер гистоновых белков; два гистона H2A-H2B димеры, два гистон H3 белки и два гистон H4 белки. Первичная структура хроматина, наименее упакованная форма, представляет собой форму размером 11 нм, или форму «бусинок на нитке», где ДНК обвивается вокруг нуклеосом через относительно регулярные промежутки времени, как предположил Роджер Корнберг.

Белок гистона H1 связывается с участком, где ДНК входит и выходит из нуклеосомы, оборачивая 147 пар оснований вокруг ядра гистона и стабилизируя нуклеосому,[3] эта структура является хроматосома.[4] В структуре соленоида нуклеосомы складываются и уложены друг на друга, образуя спираль. Они связаны изогнутой линкерной ДНК, которая размещает последовательные нуклеосомы рядом друг с другом в спирали. Нуклеосомы расположены так, что белки гистона H1 обращены к центру, где они образуют полимер.[3] Финч и Клуг определили, что спиральная структура имеет только одну начальную точку, потому что они в основном наблюдали небольшие подача углы 11 нм,[2] который примерно такого же диаметра, как нуклеосома. В каждом витке спирали находится примерно по 6 нуклеосом.[2] Финч и Клаг на самом деле наблюдали широкий диапазон нуклеосом за один ход, но они объяснили это уплощением.[2]

Электронно-микроскопические изображения Финча и Клуга не имели видимых деталей, поэтому они не могли определить параметры спирали, кроме шага.[2] Более поздние изображения, полученные с помощью электронной микроскопии, позволили определить размеры соленоидных структур и идентифицировать их как левую спираль.[5] Структура соленоидов нечувствительна к изменению длины линкерной ДНК.

Функция

Наиболее очевидная функция соленоидной структуры - помочь упаковать ДНК, чтобы она была достаточно маленькой, чтобы поместиться в ядре. Это большая задача, поскольку ядро млекопитающее ячейка имеет диаметр примерно 6 мкм, в то время как ДНК в одной человеческой клетке растянулась бы до чуть более 2 метров в длину, если бы ее размотали.[6] Структура «бусинки на нитке» способна сжать ДНК в 7 раз меньше.[1] Конструкция соленоида может увеличить его до 40 раз меньше.[2]

Когда ДНК спрессована в структуру соленоида, она все еще может быть транскрипционно активны в определенных областях.[7] Именно вторичная структура хроматина важна для репрессии транскрипции, поскольку in vivo активный гены собраны в больших структуры третичного хроматина.[7]

Формирование

Существует множество факторов, которые влияют на формирование соленоидной конструкции или нет. Некоторые факторы изменяют структуру 30-нм волокна, а некоторые вообще препятствуют его формированию в этой области.

Концентрация ионы, особенно двухвалентный катионы влияет на структуру волокна 30 нм,[8] вот почему Финч и Клуг не смогли сформировать соленоидные структуры в присутствии хелатирующие агенты.[2]

На поверхности белков гистона H2A и гистона H2B есть кислотное пятно, которое взаимодействует с хвостами белков гистона H4 в соседних нуклеосомах.[9] Эти взаимодействия важны для образования соленоида.[9] Варианты гистонов могут влиять на формирование соленоидов, например H2A.Z является гистоновым вариантом H2A, и у него более кислый участок, чем на H2A, поэтому H2A.Z будет иметь более сильное взаимодействие с хвостами гистона H4 и, вероятно, будет способствовать соленоиду. формирование.[9]

Хвост гистона H4 необходим для образования волокон длиной 30 нм.[9] Однако ацетилирование хвостов коровых гистонов влияет на сворачивание хроматина за счет дестабилизации взаимодействий между ДНК и нуклеосомами, делая модуляцию гистонов ключевым фактором в структуре соленоида.[9] Ацетилирование H4K16 ( лизин который является 16-м аминокислота от N-конца гистона H4) ингибирует образование волокон 30 нм.[10]

Чтобы декомпактировать 30-нм волокно, например, чтобы активировать его транскрипцию, требуется как ацетилирование H4K16, так и удаление белков гистона H1.[11]

Дальнейшая упаковка

Хроматин может образовывать третичную структуру хроматина и уплотняться даже дальше, чем структура соленоида, за счет образования суперспиралей, которые имеют диаметр около 700 нм.[12] Эта суперспираль образована участками ДНК, называемыми области прикрепления каркаса / матрицы (SMAR) прикрепляясь к центральной матрице каркаса в ядре, создавая петли соленоидного хроматина длиной от 4,5 до 112 пар оснований.[12] Сама центральная матрица строительных лесов имеет спиральную форму для дополнительного уплотняющего слоя.[12]

Альтернативные модели

Модель соленоида (слева) и модель двухзаходной скрученной ленты (справа) 30-нм волокна, демонстрирующая только ДНК.

Было предложено несколько других моделей, и все еще существует большая неопределенность в отношении структуры 30-нм волокна.

Даже самые последние исследования дают противоречивую информацию. Существуют данные измерений с помощью электронной микроскопии волокна размером 30 нм, которое имеет физические ограничения, которые означают, что его можно моделировать только с помощью спиральной структуры с одним запуском, такой как структура соленоида.[5] Это также показывает, что нет линейной зависимости между длиной линкерной ДНК и размерами (вместо этого существует два различных класса).[5] Есть также данные экспериментов, в которых сшиваются нуклеосомы, демонстрирующие двухстартовую структуру.[13]Имеются данные, свидетельствующие о том, что в волокнах с длиной волны 30 нм присутствуют как соленоидная, так и зигзагообразная (двухзаходная) структуры.[14] Возможно, что структура хроматина не так упорядочена, как считалось ранее.[15] или что 30-нм волокно может даже не присутствовать на месте.[16]

Двухзаходная модель с витой лентой

Двухзаходная модель с витой лентой была предложена в 1981 году Уорселем, Строгацем и Райли.[17] Эта структура включает чередующиеся стэки нуклеосом с образованием двух параллельных спиралей, при этом линкерная ДНК зигзагообразно перемещается вверх и вниз по оси спирали.

Двухстартовая кросс-линкерная модель

Модель двухстартового сшивающего агента была предложена в 1986 году Уильямсом. и другие.[18] Эта структура, как и модель двухзаходной скрученной ленты, включает в себя чередование нуклеосом, укладывающихся в стопку для образования двух параллельных спиралей, но нуклеосомы находятся на противоположных сторонах спиралей, а линкерная ДНК пересекает центр оси спирали.

Модель Superbead

Модель Superbead была предложена Ренцем в 1977 году.[19] Эта структура не является спиральной, как в других моделях, а состоит из дискретных глобулярных структур вдоль хроматина, которые различаются по размеру.[20]

Некоторые альтернативные формы упаковки ДНК

Хроматин у млекопитающих сперма является наиболее уплотненной формой эукариотической ДНК, она упакована протаминами, а не нуклеосомами,[21] пока прокариоты упаковать свою ДНК через суперспирализация.

Рекомендации

  1. ^ а б Корнберг, Р. Д. (24 мая 1974 г.). «Структура хроматина: повторяющаяся единица гистонов и ДНК». Наука. 184 (4139): 868–871. Bibcode:1974Наука ... 184..868K. Дои:10.1126 / science.184.4139.868. PMID 4825889.
  2. ^ а б c d е ж грамм Finch, J. T .; Клуг, А. (июнь 1976 г.). «Соленоидная модель надстройки в хроматине». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 73 (6): 1897–901. Bibcode:1976PNAS ... 73.1897F. Дои:10.1073 / пнас.73.6.1897. ЧВК 430414. PMID 1064861.
  3. ^ а б Thoma, F .; Коллер, Т .; Клуг, А. (1 ноября 1979 г.). «Участие гистона H1 в организации нуклеосомы и солевой надстройки хроматина». Журнал клеточной биологии. 83 (2): 403–427. CiteSeerX 10.1.1.280.4231. Дои:10.1083 / jcb.83.2.403. ЧВК 2111545. PMID 387806.
  4. ^ Тропп, Бертон Э. (2012). Молекулярная биология, Глава 6: Структура хромосом (4-е изд.). Издательство "Джонс и Бартлетт". С. 210–252. ISBN 9780763786632.
  5. ^ а б c Робинсон, П. Дж. Дж .; Fairall, L .; Huynh, V.A.T .; Родс, Д. (14 апреля 2006 г.). «Электромагнитные измерения определяют размеры« 30-нм »хроматинового волокна: свидетельство компактной встречно-гребенчатой ​​структуры». Труды Национальной академии наук. 103 (17): 6506–6511. Bibcode:2006ПНАС..103.6506Р. Дои:10.1073 / pnas.0601212103. ЧВК 1436021. PMID 16617109.
  6. ^ Уолтер, Питер; Робертс, Кейт; Рафф, Мартин; Льюис, Джулиан; Джонсон, Александр; Альбертс, Брюс (2002). Брюс Альбертс; Александр Джонсон; Джулиан Льюис; Мартин Рафф; Кейт Робертс; Питер Уолтер (ред.). Молекулярная биология клетки, глава 4: ДНК и хромосомы, хромосомная ДНК и ее упаковка в хромосоме (4-е изд.). Наука о гирляндах. ISBN 978-0-8153-3218-3.
  7. ^ а б Чжоу, Цзяньшэн; Fan, июн Y; Рангасами, Дэнни; Треметик, Дэвид Дж (28 октября 2007 г.). «Поверхность нуклеосом регулирует уплотнение хроматина и связывает его с репрессией транскрипции». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (11): 1070–1076. Дои:10.1038 / nsmb1323. PMID 17965724.
  8. ^ Уокер, П. Р.; Сикорска, М .; Уитфилд, Дж. Ф. (25 мая 1986 г.). «Структура хроматина. Профили расщепления нуклеазой отражают промежуточные стадии сворачивания 30-нм волокна, а не наличие субъединиц». Журнал биологической химии. 261 (15): 7044–7051. ISSN 0021-9258. PMID 3700426.
  9. ^ а б c d е Ли, Гохун; Чжу, Пин (7 октября 2015 г.). «Структура и организация хроматинового волокна в ядре». Письма FEBS. 589 (20PartA): 2893–2904. Дои:10.1016 / j.febslet.2015.04.023. PMID 25913782.
  10. ^ Шогрен-Кнаак, М. (10 февраля 2006 г.). «Ацетилирование гистона H4-K16 контролирует структуру хроматина и белковые взаимодействия». Наука. 311 (5762): 844–847. Bibcode:2006Научный ... 311..844С. Дои:10.1126 / science.1124000. PMID 16469925.
  11. ^ Робинсон, Филип Дж. Дж .; Ан, Уджин; Раус, Эндрю; Мартино, Фабрицио; Чепмен, Линда; Roeder, Роберт Дж .; Родос, Даниела (сентябрь 2008 г.). «Разложение 30 нм хроматинового волокна требует как ацетилирования H4-K16, так и вытеснения линкерного гистона». Журнал молекулярной биологии. 381 (4): 816–825. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.04.050. ЧВК 3870898. PMID 18653199.
  12. ^ а б c Griffiths, A. J. F .; Miller, J. H .; Судзуки, Д. Т .; Lewontin, R.C .; Гелбарт, В. М. (2000). Введение в генетический анализ, Глава 3: Хромосомные основы наследственности, Трехмерная структура хромосом (7. изд., 1. печат. Изд.). Нью-Йорк: У. Х. Фриман. ISBN 978-0-7167-3520-5.
  13. ^ Дориго, Б. (26 ноября 2004 г.). «Массивы нуклеосом раскрывают двухстартовую организацию хроматинового волокна». Наука. 306 (5701): 1571–1573. Bibcode:2004Научный ... 306.1571D. Дои:10.1126 / science.1103124. PMID 15567867.
  14. ^ Григорьев, С. А .; Arya, G .; Correll, S .; Woodcock, C.L .; Шлик, Т. (27 июля 2009 г.). «Доказательства гетероморфных волокон хроматина из анализа нуклеосомных взаимодействий». Труды Национальной академии наук. 106 (32): 13317–13322. Bibcode:2009PNAS..10613317G. Дои:10.1073 / pnas.0903280106. ЧВК 2726360. PMID 19651606.
  15. ^ Luger, K .; Dechassa, M. L .; Треметик, Д. Дж. (22 июня 2012 г.). «Новое понимание структуры нуклеосом и хроматина: упорядоченное состояние или беспорядок?». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 13 (7): 436–447. Дои:10.1038 / nrm3382. ЧВК 3408961. PMID 22722606.
  16. ^ Fussner, E .; Ching, R.W .; Базетт-Джонс, Д. П. (январь 2011 г.). «Жизнь без 30 нм волокон хроматина». Тенденции в биохимических науках. 36 (1): 1–6. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.09.002. PMID 20926298.
  17. ^ Worcel, A .; Strogatz, S .; Райли, Д. (2001). «Структура хроматина и связующее число ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 78 (3): 1461–5. arXiv:cond-mat / 0007235. Bibcode:1981PNAS ... 78.1461W. Дои:10.1073 / pnas.78.3.1461. ЧВК 319150. PMID 6940168.
  18. ^ Williams, S.P .; Athey, B.D .; Muglia, L.J .; Schappe, R. S .; Gough, A.H .; Лэнгмор, Дж. П. (январь 1986 г.). «Волокна хроматина представляют собой левые двойные спирали с диаметром и массой на единицу длины, которые зависят от длины линкера». Биофизический журнал. 49 (1): 233–48. Bibcode:1986BpJ .... 49..233Вт. Дои:10.1016 / S0006-3495 (86) 83637-2. ЧВК 1329627. PMID 3955173..
  19. ^ Ренц, М .; Nehls, P .; Hozier, J. (1 мая 1977 г.). «Участие гистона H1 в организации хромосомного волокна». Труды Национальной академии наук. 74 (5): 1879–1883. Bibcode:1977ПНАС ... 74.1879R. Дои:10.1073 / пнас.74.5.1879. ISSN 0027-8424. ЧВК 431035. PMID 266711.
  20. ^ Zentgraf, H (1 июля 1984 г.). «Различия наднуклеосомной организации в разных типах хроматина: глобулярные субъединицы, специфичные для типа клеток, содержащие разное количество нуклеосом». Журнал клеточной биологии. 99 (1): 272–286. Дои:10.1083 / jcb.99.1.272. ЧВК 2275636. PMID 6736129.
  21. ^ Браун, Роберт Э. (1 мая 2001 г.). «Упаковка отцовских хромосом протамином». Природа Генетика. 28 (1): 10–12. Дои:10.1038/88194. PMID 11326265.

внешняя ссылка