WikiDer > Тинкер (программное обеспечение)

Tinker (software)
Тинкер
Оригинальный автор (ы)Джей Пондер, Пенгю Рен, Жан-Филипп Пикемаль
Разработчики)Лаборатория Джея Пондера, Отделение химии, Вашингтонский университет в Сент-Луисе; Pengyu Ren Lab, Департамент биомедицинской инженерии, Техасский университет в Остине; Жан-Филип Пикемаль, Сорбонна,
изначальный выпуск8 сентября 2004 г.; 16 лет назад (2004-09-08)
Стабильный выпуск
8.1.2 / 17 февраля 2017 г.; 3 года назад (2017-02-17)
Написано вФортран 95, CUDA, OpenMP и MPI параллельный
Операционная системаWindows, OS X, Linux, Unix
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика
ЛицензияПроприетарный бесплатное ПО[1]
Интернет сайтинструменты.org

Тинкер, стилизованный под ТИНКЕР, это компьютер программного обеспечения заявка молекулярная динамика моделирование с полным и общим пакетом для молекулярная механика и молекулярная динамика, с некоторыми особенностями для биополимеры. Ядро пакета - это модульный набор вызываемых подпрограмм, которые позволяют манипулировать координатами и оценивать потенциальную энергию и производные с помощью простых средств.

Тинкер работает над Windows, OS X, Linux и Unix. Исходный код доступен бесплатно по ограниченной лицензии. Код написан на портативном FORTRAN 77, FORTRAN 95 или же CUDA с общими расширениями, а некоторые C.

Основные разработчики: 1) лаборатория Джея Пондера, на химическом факультете, Вашингтонский университет в Сент-Луисе, Святой Луи, Миссури. Заведующий лабораторией Пондер - профессор химии (основное назначение), биохимии, молекулярной биофизики и биомедицинской инженерии; 2) лаборатория Pengyu Ren , на кафедре биомедицинской инженерии Техасский университет в Остине, Остин, Техас. Заведующий лабораторией Рен - профессор биомедицинской инженерии; 3) Исследовательская группа Жана-Филипа Пикемаля в Лаборатории химии Теорика, факультет химии, Сорбонна, Париж. Руководитель исследовательской группы Пикемал - профессор теоретической химии.

Функции

Пакет Tinker основан на 3 кодах: i) канонический Тинкер (версия 8.); II) пакет Tinker-OpenMM для использования Тинкер с GPus; iii) пакет Tinker-HP для массово-параллельных приложений MPI на CPus и GPU . Тинкер-HP получила награду 2018 Премия Атоса-Жозефа Фурье в высокопроизводительных вычислениях.

Предоставляются программы для выполнения многих функций, включая:

  1. минимизация энергии более Декартовы координаты, крутильные углы или твердые тела через сопряженный градиент, переменную метрику или усеченный метод Ньютона
  2. молекулярная, стохастическая динамика и динамика твердого тела с периодическими границами и контролем температуры и давления
  3. колебательный анализ нормального режима
  4. дистанционная геометрия, включая эффективную случайную попарную метризацию
  5. построение структур белков и нуклеиновых кислот из последовательности
  6. имитация отжига с различными протоколами охлаждения
  7. анализ и разбивка одноточечных потенциальных энергий
  8. проверка аналитических производных стандартных и определяемых пользователем потенциалов
  9. расположение переходного состояния между двумя минимумами
  10. полный поиск поверхности энергии с помощью Проверка соответствия метод
  11. расчеты свободной энергии через возмущение свободной энергии или взвешенный анализ гистограммы
  12. подгонка параметров межмолекулярного потенциала к структурным и термодинамическим данным
  13. глобальная оптимизация за счет сглаживания энергетической поверхности, включая Возможное сглаживание и поиск (PSS) метод

Смотрите также

Рекомендации

  • Лагардер, Луи; Джолли, Люк-Анри; Липпарини, Филиппо; Авиат, Феликс; Штамм, Бенджамин; Цзин, Чжифэн Ф .; Харгер, Мэтью; Торабифард, Хеди; Сиснерос, Андрес; Шнидерс, Майкл; Греш, Ноад; Мадай, Ивон; Рен, Пэнъю; Подумай, Джей; Пикемаль, Жан-Филипп (2018). «Tinker-HP: пакет для массово-параллельной молекулярной динамики для многомасштабного моделирования больших сложных систем с расширенными точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями». Химическая наука. 9 (4): 956–972. Дои:10.1039 / C7SC04531J. ЧВК 5909332. PMID 29732110.
  • Харгер, Мэтью; Ли, Даниэль; Ван, Чжи; Долби, Кевин; Лагардер, Луи; Пикемаль, Жан-Филипп; Думай, Джей У .; Рен, Пэнъю (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах». Журнал вычислительной химии. 38 (23): 2047–2055. Дои:10.1002 / jcc.24853. ЧВК 5539969. PMID 28600826.
  • Рен, Пэнъю; Вдумайтесь, Джей У. (2003). "Поляризуемая атомная многополюсная модель воды для моделирования молекулярной механики". Журнал физической химии B. 107 (24): 5933–5947. Дои:10.1021 / jp027815 +.
  • Pappu, Rohit V .; Hart, Reece K .; Вдумайтесь, Джей В. (1998). «Анализ и применение методов сглаживания потенциальной энергии и поиска для глобальной оптимизации». Журнал физической химии B. 102 (48): 9725. Дои:10.1021 / jp982255t.
  • Конг, Йонг; Вдумайтесь, Джей В. (1997). «Расчет поля реакции из-за смещенных от центра точечных мультиполей». Журнал химической физики. 107 (2): 481. Bibcode:1997ЖЧФ.107..481К. Дои:10.1063/1.474409.
  • Дудек, Майкл Дж .; Вдумайтесь, Джей У. (1995). «Точное моделирование внутримолекулярной электростатической энергии белков». Журнал вычислительной химии. 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823. Дои:10.1002 / jcc.540160702.
  • Kundrot, Craig E .; Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1991). «Алгоритмы для расчета исключенного объема и его производных как функции молекулярной конформации и их использование для минимизации энергии». Журнал вычислительной химии. 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419. Дои:10.1002 / jcc.540120314.
  • Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1987). «Эффективный ньютоноподобный метод молекулярной механики минимизации энергии больших молекул». Журнал вычислительной химии. 8 (7): 1016. Дои:10.1002 / jcc.540080710.

Лицензия

внешняя ссылка