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Biomonitoring ist die systematische Erhebung von Daten zu biotischen Bestandteilen (Organismen) von Ökosysteme in einem Zeitfolgen. In diesem System werden bestimmte Arten als Indikatoren verwendet. Indikatortypen sollte sensibel auf Änderungen der (abiotisch) zu untersuchender Faktor (wie ( Phosphatkonzentrationen in Seen). Für diese Indikatorarten ist bekannt, wie ihre Populationen durch diesen Faktor beeinflusst werden. Studiert man dann das Vorkommen einer Reihe von Indikatorarten in anderen Ökosystemen, lässt sich aus diesen Daten relativ schnell der Zustand des Ökosystems in Bezug auf diese Faktoren bestimmen. Biomonitoring ist in der Naturmanagement, wo die Menschen an der Wirksamkeit verschiedener Managementmaßnahmen interessiert sind. Biomonitoring wird auch indirekt in der Paläologie, wo versucht wird, den Status dieser Faktoren in der Vergangenheit zu ermitteln, basierend auf dem Vorkommen von Indikatorarten wie Fossilien in dem Sediment, um etwas über die „Natürlichkeit“ eines bestimmten Ökosystems sagen zu können.