WikiDer > Внеклеточная РНК

Extracellular RNA

Внеклеточная РНК (exRNA) описывает РНК виды, присутствующие вне клеток, в которые они были транскрибированы. Проведен внутри внеклеточные везикулы, липопротеины, и белок комплексов, exRNAs защищены от повсеместного РНК-разрушающие ферменты. exRNA могут быть обнаружены в окружающей среде или, в многоклеточных организмах, в тканях или биологических жидкостях, таких как венозная кровь, слюна, грудное молоко, моча, сперма, менструальная кровь и вагинальная жидкость.[1][2][3][4][5][6] Хотя их биологическая функция до конца не изучена, было высказано предположение, что exRNA играют роль во множестве биологических процессов, включая синтрофия, межклеточная коммуникация и клеточная регуляция.[7][8] В Соединенные Штаты Национальные институты здоровья (NIH) опубликовал в 2012 году набор запросов на заявки (RFA) для исследования биологии внеклеточной РНК.[9] Финансируется Общий фонд NIH, получившаяся программа была известна как Консорциум коммуникации внеклеточной РНК (ERCC). ERCC был продлен на второй этап в 2019 году.[10][11]

Фон

Мультипликационное изображение среды, в которой были обнаружены внеклеточные РНК.

Известно, что как прокариотические, так и эукариотические клетки выделяют РНК, и это высвобождение может быть пассивным или активным. В Эндосомный сортировочный комплекс, необходимый для транспортного оборудования (ESCRT) ранее рассматривался как возможный механизм секреции РНК из клетки, но недавно были проведены исследования по изучению секреции микроРНК в клетках почек эмбриона человека и Cercopithecus aethiops Клетки почек идентифицировали нейтральную сфингомиелиназу 2 (nSMase2), фермент, участвующий в биосинтезе церамидов, как регулятор уровней секреции микроРНК.[7][8] ExRNA часто обнаруживают упакованными в пузырьки, такие как экзосомы, эктосомы, простасомы, микровезикулы, и апоптотические тела.[12][13][14][15] Хотя РНК могут выводиться из клетки без обволакивающего контейнера, рибонуклеазы присутствующие во внеклеточной среде, в конечном итоге разрушат молекулу.

Типы

Внеклеточную РНК не следует рассматривать как категорию, описывающую набор РНК с определенной биологической функцией или принадлежащих к определенному семейству РНК. Аналогично термину "некодирующая РНК"внеклеточная РНК" определяет группу из нескольких типы РНК чьи функции разнообразны, но они обладают общим признаком, которым в случае exRNAs является существование во внеклеточной среде. За пределами клетки были обнаружены следующие типы РНК:

  • Посланник РНК (мРНК)
  • Передача РНК (тРНК)
  • МикроРНК (miRNA)
  • Малая интерферирующая РНК (миРНК)
  • Длинная некодирующая РНК (днРНК)

Хотя рибосомальная РНК преобладает внутри клетки (рРНК), по-видимому, не является обычной exRNA. Усилия Valadi et al. для характеристики экзосомальной РНК с использованием технологии Agilent Bioanalyzer не было обнаружено следов 18S и 28S рРНК в экзосомах, секретируемых тучными клетками мыши MC / 9,[16] и аналогичные выводы были сделаны Skog et al. для рРНК в микровезикулах глиобастомы.[17]

Функция

Чтобы функционировать или даже выжить как полноразмерная РНК во внеклеточной среде, эксРНК должна быть защищена от переваривания РНКазами. Это требование не распространяется на прокариотическую синтрофию, при которой переваренные нуклеотиды рециклируются.[7] exRNA может быть защищена от РНКаз с помощью РНК-связывающих белков (RBP), самостоятельно или внутри / связанных с липопротеин частицы и внеклеточные везикулы. Внеклеточные везикулы, в частности, считаются способом транспортировки РНК между клетками в процессе, который может быть общим или высокоспецифичным, например, из-за включения маркеров родительской клетки, которые могут распознаваться рецепторами на клетке-реципиенте. Биохимические данные подтверждают идею о том, что захват exRNA является обычным процессом, предлагая новые пути межклеточной коммуникации. В результате присутствие, отсутствие и относительное количество определенных exRNA могут коррелировать с изменениями клеточной передачи сигналов и могут указывать на конкретные болезненные состояния.[18]

Несмотря на ограниченное понимание биологии exRNA, текущие исследования показали, что роль exRNAs многогранна.[18][19][20][21][22] Внеклеточные миРНК способны нацеливать мРНК в клетке-реципиенте через Пути РНК-интерференции.[8][23] В пробирке эксперименты показали перенос специфических exRNAs в клетки-реципиенты, ингибирующие экспрессию белка и предотвращающие рост раковых клеток.[24] В дополнение к мРНК, регулируемой exRNA, мРНК могут действовать как exRNA для переноса генетической информации между клетками. Было показано, что матричная РНК, содержащаяся в микровезикулах, секретируемых глиобластомными клетками, генерирует функциональный белок в клетках реципиента (эндотелиальные сосуды микрососудов головного мозга человека). in vitro. В другом исследовании внеклеточных мРНК мРНК, транспортируемые микровезикулами из эндотелиальных клеток-предшественников (EPC) в микрососудистые и макрососудистые эндотелиальные клетки человека, запускали ангиогенез как в in vitro и in vivo параметр.[12][25] Работа Хантер и др. использовали программное обеспечение Ingenuity Pathway Analysis (IPA), которое связывало exRNA, обнаруженные в микровезикулах крови человека, с путями, участвующими в дифференцировке клеток крови, метаболизме и иммунной функции.[26] Эти экспериментальные и биоинформатические анализы подтверждают гипотезу о том, что exRNA играют роль во многих биологических процессах.

Обнаружение

Были разработаны или адаптированы несколько методов для обнаружения, характеристики и количественного определения эксРНК из биологических образцов. ОТ-ПЦР, кДНК микрочипы, и Секвенирование РНК являются распространенными методами анализа РНК. Применение этих методов для изучения exRNAs в основном отличается от экспериментов с клеточной РНК этапами выделения и / или экстракции РНК.

ОТ-ПЦР

Для известных нуклеотидных последовательностей exRNA может применяться RT-PCR для обнаружения их присутствия в образце, а также для количественной оценки их количества. Это делается путем первой обратной транскрипции последовательности РНК в кДНК. Затем кДНК служит матрицей для амплификации ПЦР. Основными преимуществами использования ОТ-ПЦР являются ее количественная точность в динамическом диапазоне и повышенная чувствительность по сравнению с такими методами, как анализ защиты от РНКаз и дот-блот-гибридизация. Недостатком RT-PCR является необходимость в дорогостоящих расходных материалах, а также необходимость продуманного экспериментального дизайна и глубокого понимания методов нормализации для получения точных результатов и выводов.[27]

Микрофлюидика

Микрофлюидный платформы, такие как Agilent Bioanalyzer, полезны для оценки качества образцов exRNA. С помощью биоанализатора Agilent лаборатория на кристалле технология, которая использует образец изолированной РНК, измеряет длину и количество РНК в образце, а результаты эксперимента могут быть представлены в виде изображение геля для цифрового электрофореза или электрофореграмма. Поскольку с помощью этой технологии может быть обнаружен широкий спектр РНК, это эффективный метод для более общего определения того, какие типы РНК присутствуют в образцах эксРНК, с помощью характеристики размера.[нужна цитата]

кДНК микрочипы

Микроматрицы позволяют проводить более крупномасштабную характеристику и количественную оценку exRNA. Микроматрицы, используемые для исследований РНК, сначала генерируют различные олигонуклеотиды (зонды) кДНК, которые прикрепляются к чипу микроматрицы. Затем образец РНК может быть добавлен к чипу, и РНК с последовательностью, комплементарности к зонду кДНК, будут связываться и генерировать флуоресцентный сигнал, который может быть определен количественно. Массивы микроРНК использовались в исследованиях exRNA для создания профилей miRNA жидкостей организма.[18][28]

Секвенирование РНК

Появление массово-параллельное секвенирование (секвенирование следующего поколения) приводит к вариациям в секвенировании ДНК, что позволяет проводить высокопроизводительный анализ многих геномных свойств. Среди этих методов, основанных на секвенировании ДНК, есть секвенирование РНК. Основным преимуществом секвенирования РНК перед другими методами обнаружения и количественного определения exRNA является его высокая производительность. В отличие от микрочипов, секвенирование РНК не ограничивается такими факторами, как образование олигонуклеотидов и количество зондов, которые можно добавить в чип. Непрямое секвенирование РНК образцов exRNA включает создание библиотеки кДНК из exRNA с последующей амплификацией и секвенированием ПЦР. В 2009 году компания Helicos Biosciences опубликовала метод прямого секвенирования молекул РНК, получивший название Прямое секвенирование РНК (DRS ™).[29] Независимо от платформы секвенирования РНК, на разных этапах эксперимента существуют неотъемлемые смещения, но были предложены методы их исправления с многообещающими результатами.[30][31]

Клиническое значение

По мере того, как растущие данные подтверждают функцию exRNAs как межклеточных коммуникаторов, исследовательские усилия изучают возможность использования exRNAs в диагностике заболеваний, прогнозе и терапии.[1][32]

Биомаркеры

Потенциал внеклеточных РНК в качестве биомаркеров важен не только из-за их роли в межклеточной передаче сигналов, но также из-за разработок в области секвенирования следующего поколения, которые обеспечивают высокопроизводительное профилирование.[33][34] Простейшей формой биомаркера exRNA является наличие (или отсутствие) конкретной внеклеточной РНК. Эти биологические сигнатуры были обнаружены в исследованиях exRNA рака, диабета, артрита и заболеваний, связанных с прионами.[1][18][35] Недавно был проведен биоинформатический анализ внеклеточные везикулы извлечен из Trypanosoma cruzi, в котором SNP были добыты из транскриптомных данных,[36] предположили, что exRNA могут быть биомаркерами забытых болезней, таких как Болезнь Шагаса.

Рак

Основная область исследования exRNA - ее роль в развитии рака. Таблица ниже (адаптирована из Kosaka et al.[23]) перечисляет несколько типов рака, с которыми, как было показано, связаны exRNA:

ТипКандидат в биомаркеры ExRNA
Диффузная В-крупноклеточная лимфома (DLBCL)Уровни экспрессии miR-155, miR-210 и miR-21 были выше в сыворотке пациентов DLBCL по сравнению с контрольной сывороткой; Высокая экспрессия miR-21 была связана с выживаемостью без рецидивов
Рак простатыУровни miR-141 в сыворотке могут отличать пациентов с раком простаты от здоровых людей
Рак яичниковУровни 8 специфических миРНК были сходными между клеточными и экзосомальными миРНК. Экзосомная miRNA от пациентов с раком яичников демонстрировала сходные профили, которые значительно отличались от профилей, наблюдаемых при доброкачественном заболевании; miR-21, miR-92, miR-93, miR-126 и miR-29a были значительно сверхэкспрессированы в

сыворотка от больных раком по сравнению с контролем

Немелкоклеточный рак легкогоБыло обнаружено, что одиннадцать сывороточных miRNA изменяются более чем в 5 раз между группами с большей и меньшей выживаемостью, а уровни четырех miRNA в значительной степени связаны с общей выживаемостью.
Острый миелоидный лейкоз и острый лимфобластный лейкозmiR-92a снижается в плазме больных острым лейкозом
Рак молочной железыПовышенные уровни miR-195 у пациентов отражались в опухолях, а уровни циркулирующих miR-195 и let-7a снизились у онкологических пациентов после операции до уровней, сопоставимых с контрольными субъектами; miR-155 по-разному экспрессировалась в сыворотке крови женщин с гормоночувствительностью по сравнению с женщинами с нечувствительностью к гормонам.

рак молочной железы

Рак желудкаКонцентрации miR-17-5p, miR-21, miR-106a и miR-106b в плазме крови у пациентов были значительно выше, чем в контрольной группе, тогда как let-7a была ниже у пациентов.
Панкреатический ракУровни циркулирующего miR-210 повышены у пациентов с раком поджелудочной железы.
Аденокарцинома протока поджелудочной железыКомбинированный анализ четырех miRNA (miR-21, miR-210, miR-155 и miR-196a) в плазме может отличить пациентов от нормальных здоровых людей.
Плоскоклеточный рак (ПКР) языкаУровни miR-184 в плазме были значительно выше у пациентов с SCC языка по сравнению с нормальными людьми, и уровни были значительно снижены после хирургического удаления первичных опухолей.
Колоректальный ракКак miR-17-3p, так и miR-92 были значительно повышены у пациентов, а уровни этих miRNA в плазме были снижены после операции.
Гепатоцеллюлярная карцинома (ГЦК)Повышенное количество miR-500 было обнаружено в сыворотке пациентов с ГЦК, и его уровни в сыворотке крови вернулись к норме после хирургического лечения.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Чен Икс, Ба И, Ма Л, Цай Х, Инь И, Ван К., Го Дж, Чжан И, Чен Дж, Го Х, Ли Кью, Ли Х, Ван В, Чжан И, Ван Дж, Цзян Х, Сян У , Сюй Ц., Чжэн П, Чжан Дж, Ли Р, Чжан Х, Шан Х, Гонг Т, Нин Дж, Ван Дж, Дзен К., Чжан Дж, Чжан Си (октябрь 2008 г.). «Характеристика микроРНК в сыворотке крови: новый класс биомаркеров для диагностики рака и других заболеваний». Клеточные исследования. 18 (10): 997–1006. Дои:10.1038 / кр.2008.282. PMID 18766170.
  2. ^ Майкл, А; Bajracharya, SD; Yuen, PS; Чжоу, H; Звезда, РА; Illei, GG; Алевизос, I (январь 2010 г.). «Экзосомы из слюны человека как источник биомаркеров микроРНК». Оральные заболевания. 16 (1): 34–8. Дои:10.1111 / j.1601-0825.2009.01604.x. ЧВК 2844919. PMID 19627513.
  3. ^ Kosaka, N; Идзуми, H; Секин, К; Очия Т. (1 марта 2010 г.). «МикроРНК как новый иммунорегуляторный агент в грудном молоке». Тишина. 1 (1): 7. Дои:10.1186 / 1758-907X-1-7. ЧВК 2847997. PMID 20226005.
  4. ^ Менке, ТБ; Варнеке, Дж. М. (июнь 2004 г.). «Улучшенные условия для выделения и количественного определения РНК в образцах мочи». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 1022 (1): 185–9. Bibcode:2004НЯСА1022..185М. Дои:10.1196 / летопись.1318.028. PMID 15251958.
  5. ^ Зубаков Д., Боерсма А.В., Чой Ю., ван Куийк П.Ф., Вимер Е.А., Кайсер М. (май 2010 г.). «Маркеры микроРНК для судебно-медицинской идентификации биологических жидкостей, полученные в результате скрининга микрочипов и количественного подтверждения ОТ-ПЦР». Международный журнал судебной медицины. 124 (3): 217–26. Дои:10.1007 / s00414-009-0402-3. ЧВК 2855015. PMID 20145944.
  6. ^ Hanson, EK; Lubenow, H; Баллантайн, Дж (15 апреля 2009 г.). «Идентификация криминалистически значимых биологических жидкостей с использованием панели дифференциально экспрессируемых микроРНК». Аналитическая биохимия. 387 (2): 303–14. Дои:10.1016 / j.ab.2009.01.037. PMID 19454234.
  7. ^ а б c Demain, AL; Burg, RW; Хендлин, Д. (март 1965 г.). «Экскреция и разложение рибонуклеиновой кислоты Bacillus Subtilis». Журнал бактериологии. 89 (3): 640–6. Дои:10.1128 / JB.89.3.640-646.1965. ЧВК 277514. PMID 14273638.
  8. ^ а б c Игучи, Н; Kosaka, N; Очия, Т. (сентябрь 2010 г.). «Секреторные микроРНК как универсальный инструмент коммуникации». Коммуникативная и интегративная биология. 3 (5): 478–81. Дои:10.4161 / cib.3.5.12693. ЧВК 2974086. PMID 21057646.
  9. ^ NIH, США. «Общий фонд NIH RFA для коммуникации exRNA». Получено 7 ноября 2012.
  10. ^ NIH, США. «Проекты ERCC2». Получено 26 сентября 2019.
  11. ^ Такер, Аянна (19 августа 2019 г.). "Исследование сотовых" пакетов "получило федеральное финансирование в размере 900 тысяч долларов". отдел новостей. Johns Hopkins Medicine. Получено 26 сентября 2019.
  12. ^ а б Deregibus MC, Cantaluppi V, Calogero R, Lo Iacono M, Tetta C, Biancone L, Bruno S, Bussolati B, Camussi G (1 октября 2007 г.). «Микровезикулы, происходящие из эндотелиальных клеток-предшественников, активируют ангиогенную программу в эндотелиальных клетках посредством горизонтального переноса мРНК». Кровь. 110 (7): 2440–8. Дои:10.1182 / кровь-2007-03-078709. PMID 17536014.
  13. ^ Вольферс, Дж; Лозье, А; Рапосо, G; Regnault, A; Тери, C; Мазурье, C; Flament, C; Pouzieux, S; Фор, Ф; Турс, Т; Анжуйский, E; Амигорена, S; Зитвогель, Л. (март 2001 г.). «Экзосомы, происходящие из опухоли, являются источником общих антигенов отторжения опухоли для перекрестного прайминга CTL». Природа Медицина. 7 (3): 297–303. Дои:10.1038/85438. PMID 11231627.
  14. ^ Бабикер А.А.; Нильссон, Б. Ронквист, G; Карлссон, L; Экдаль, KN (1 февраля 2005 г.). «Передача функционального CD59 простасомы из метастатических клеток рака предстательной железы защищает клетки от атаки комплемента». Простаты. 62 (2): 105–14. Дои:10.1002 / pros.20102. PMID 15389819.
  15. ^ Холмгрен, Л; Селеш, А; Rajnavölgyi, E; Folkman, J; Кляйн, G; Эрнберг, я; Фальк, К.И. (1 июня 1999 г.). «Горизонтальный перенос ДНК путем захвата апоптотических тел». Кровь. 93 (11): 3956–63. Дои:10.1182 / кровь.V93.11.3956. PMID 10339505.
  16. ^ Валади, H; Экстрём, К; Боссиос, А; Sjöstrand, M; Ли, Джей Джей; Lötvall, JO (июнь 2007 г.). «Опосредованный экзосомами перенос мРНК и микроРНК - новый механизм генетического обмена между клетками». Природа клеточной биологии. 9 (6): 654–9. Дои:10.1038 / ncb1596. PMID 17486113.
  17. ^ Noerholm, M; Balaj, L; Лимперг, Т; Салехи, А; Zhu, LD; Hochberg, FH; Брейкфилд, старший офицер; Картер, Б.С.; Skog, J (17 января 2012 г.). «Паттерны экспрессии РНК в микровезикулах сыворотки крови пациентов с мультиформной глиобластомой и контрольной группы». BMC Рак. 12: 22. Дои:10.1186/1471-2407-12-22. ЧВК 3329625. PMID 22251860.
  18. ^ а б c d Беллингхэм, SA; Коулман, Б.М.; Хилл, AF (ноябрь 2012 г.). «Глубокое секвенирование малых РНК выявляет отчетливую сигнатуру miRNA, выделяемую в экзосомах из инфицированных прионами нейрональных клеток». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (21): 10937–49. Дои:10.1093 / нар / gks832. ЧВК 3505968. PMID 22965126.
  19. ^ Игучи, Н; Kosaka, N; Очия, Т. (июнь 2010 г.). «Разнообразные применения микроРНК в открытии противораковых лекарств: от терапии до биомаркеров». Современные технологии открытия лекарств. 7 (2): 95–105. Дои:10.2174/157016310793180648. PMID 20836759.
  20. ^ Беллингхэм, SA; Guo, BB; Коулман, Б.М.; Хилл, AF (2012). «Экзосомы: переносчики токсичных белков, связанных с нейродегенеративными заболеваниями?». Границы физиологии. 3: 124. Дои:10.3389 / fphys.2012.00124. ЧВК 3342525. PMID 22563321.
  21. ^ Коулман, Б.М.; Hanssen, E; Лоусон, Вирджиния; Хилл, AF (октябрь 2012 г.). «Инфицированные прионами клетки регулируют высвобождение экзосом с отчетливыми ультраструктурными особенностями». Журнал FASEB. 26 (10): 4160–73. Дои:10.1096 / fj.11-202077. PMID 22767229.
  22. ^ Hessvik, NP; Phuyal, S; Бреч, А; Sandvig, K; Льоренте, А (ноябрь 2012 г.). «Профилирование микроРНК в экзосомах, выпущенных из клеток рака простаты PC-3». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов. 1819 (11–12): 1154–63. Дои:10.1016 / j.bbagrm.2012.08.016. PMID 22982408.
  23. ^ а б Kosaka, N; Игучи, Н; Очия, Т. (октябрь 2010). «Циркулирующая микроРНК в жидкости организма: новый потенциальный биомаркер для диагностики и прогноза рака». Наука о раке. 101 (10): 2087–92. Дои:10.1111 / j.1349-7006.2010.01650.x. PMID 20624164.
  24. ^ Kosaka, N; Игучи, Н; Йошиока, Y; Такешита, ф. Мацуки, Y; Очия Т. (4 июня 2010 г.). «Секреторные механизмы и межклеточный перенос микроРНК в живых клетках». Журнал биологической химии. 285 (23): 17442–52. Дои:10.1074 / jbc.M110.107821. ЧВК 2878508. PMID 20353945.
  25. ^ Ског Дж., Вюрдингер Т., ван Рейн С., Мейер Д.Х., Гайнче Л., Сена-Эстевес М., Карри В.Т., Картер Б.С., Кричевский А.М., Брейкфилд XO (декабрь 2008 г.). «Микровезикулы глиобластомы транспортируют РНК и белки, которые способствуют росту опухоли и обеспечивают диагностические биомаркеры». Природа клеточной биологии. 10 (12): 1470–6. Дои:10.1038 / ncb1800. ЧВК 3423894. PMID 19011622.
  26. ^ Хантер, депутат; Исмаил, N; Чжан, X; Aguda, BD; Ли, EJ; Ю, Л; Сяо, Т; Шафер, Дж; Ли, ML; Шмитген, Т.Д .; Нана-Синкам, ИП; Jarjoura, D; Марш, CB (2008). «Обнаружение экспрессии микроРНК в микровезикулах периферической крови человека». PLOS ONE. 3 (11): e3694. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3694H. Дои:10.1371 / journal.pone.0003694. ЧВК 2577891. PMID 19002258.
  27. ^ Вонг, ML; Медрано, Дж. Ф. (июль 2005 г.). «ПЦР в реальном времени для количественного определения мРНК». Биотехнологии. 39 (1): 75–85. Дои:10.2144 / 05391rv01. PMID 16060372.
  28. ^ Турчинович А; Weiz, L; Лангхайнц, А; Бурвинкель, Б. (1 сентября 2011 г.). «Характеристика внеклеточной циркулирующей микроРНК». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (16): 7223–33. Дои:10.1093 / nar / gkr254. ЧВК 3167594. PMID 21609964.
  29. ^ Озсолак, Ф; Platt, AR; Джонс, Д.Р .; Reifenberger, JG; Sass, LE; McInerney, P; Томпсон, JF; Бауэрс, Дж; Jarosz, M; Милош, PM (8 октября 2009 г.). «Прямое секвенирование РНК». Природа. 461 (7265): 814–8. Bibcode:2009Натура.461..814O. Дои:10.1038 / природа08390. PMID 19776739.
  30. ^ Dillies MA, Rau A, Aubert J, Hennequet-Antier C, Jeanmougin M, Servant N, Keime C, Marot G, Castel D, Estelle J, Guernec G, Jagla B, Jouneau L, Laloë D, Le Gall C, Schaëffer B , Ле Кром С., Гедж М., Яффрезик Ф. (17 сентября 2012 г.). «Комплексная оценка методов нормализации для анализа данных высокопроизводительного секвенирования РНК компании Illumina». Брифинги по биоинформатике. 14 (6): 671–683. Дои:10.1093 / bib / bbs046. PMID 22988256.
  31. ^ Ван, З; Герштейн, М; Снайдер, М. (январь 2009 г.). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики». Природа Обзоры Генетика. 10 (1): 57–63. Дои:10.1038 / nrg2484. ЧВК 2949280. PMID 19015660.
  32. ^ Thind A, Уилсон C (2016). «Экзосомные миРНК как биомаркеры рака и терапевтические мишени». J внеклеточные везикулы. 5: 31292. Дои:10.3402 / jev.v5.31292. ЧВК 4954869. PMID 27440105.
  33. ^ Cloonan, N; Сюй, Q; Faulkner, GJ; Тейлор, Д. Ф.; Тан, ДТ; Kolle, G; Гриммонд, С.М. (1 октября 2009 г.). «RNA-MATE: стратегия рекурсивного картирования для данных высокопроизводительного секвенирования РНК». Биоинформатика. 25 (19): 2615–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp459. ЧВК 2752615. PMID 19648138.
  34. ^ Majewski, J; Пастинен, Т. (февраль 2011 г.). «Изучение вариаций eQTL по RNA-seq: от SNP к фенотипам». Тенденции в генетике. 27 (2): 72–9. Дои:10.1016 / j.tig.2010.10.006. PMID 21122937.
  35. ^ Мурата, К; Ёситоми, H; Танида, S; Ishikawa, M; Нишитани, К; Ито, H; Накамура, Т. (2010). «МикроРНК плазмы и синовиальной жидкости как потенциальные биомаркеры ревматоидного артрита и остеоартрита». Исследования и лечение артрита. 12 (3): R86. Дои:10.1186 / ar3013. ЧВК 2911870. PMID 20470394.
  36. ^ Гаур, Паллави; Чатурведи, Ануп (24 ноября 2016 г.). «Майнинг SNP во внеклеточном везикулярном транскриптоме Trypanosoma cruzi: шаг ближе к ранней диагностике запущенной болезни Шагаса». PeerJ. 4: e2693: e2693. Дои:10.7717 / peerj.2693. ЧВК 5126619. PMID 27904804.

внешняя ссылка