WikiDer > Гэри Стормо

Gary Stormo
Гэри Стормо
Гэри Стормо выступает на ISMB / ECCB 2013
Гэри Стормо выступает на ISMB / ECCB 2013.
Родившийся
Гэри Дин Стормо

1950 (69–70 лет)
Южная Дакота, США[1]
Альма-матерКалифорнийский технологический институт
Университет Колорадо в Боулдере
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Генетика
Молекулярная биология
УчрежденияУниверситет Колорадо в Боулдере
Вашингтонский университет в Сент-Луисе
ТезисКомпьютерная характеристика сайтов инициации трансляции в E. coli (1981)

Гэри Стормо (1950 г.р.) Американец генетик и в настоящее время профессор Джозефа Эрлангера кафедры генетики и Центра геномных наук и системной биологии в Медицинская школа Вашингтонского университета в Сент-Луисе.[2] Он считается одним из пионеров биоинформатика и геномика.[3][4][5] Его исследование сочетает экспериментальный и вычислительный подходы с целью выявления и прогнозирования регуляторные последовательности в ДНК и РНК, и их вклад в регуляторные сети, которые контролируют экспрессия гена.[2]

Образование

Первоначально Стормо специализировался на физике в качестве студента Калифорнийский технологический институт, но переключился на биологию на первом курсе.[1] Он получил докторскую степень в молекулярная биология в 1981 году из Колорадский университет в Боулдере.[2]

Исследование

После получения докторской степени Стормо остался в Университете Колорадо в качестве преподавателя кафедры молекулярной, клеточной биологии и биологии развития, став профессором, прежде чем переехать в Вашингтонский университет в Сент-Луисе в 1999 году.[2][3]

Исследование Стормо сочетает экспериментальный и вычислительный подходы к пониманию регуляции экспрессии генов. Его экспериментальная работа сосредоточена на белок-ДНК взаимодействия и их роль в регуляции генов. Его вычислительная работа включает анализ этих взаимодействий и разработку алгоритмов распознавания образов для обнаружения регуляторных участков в ДНК и РНК.

В 1982 году Стормо и его коллеги представили Матрица веса позиции (PWM), теперь широко используемое представление мотивы (паттерны) в биологических последовательностях.[6] Консенсусные последовательности ранее использовались для представления паттернов в биологических последовательностях, но испытывали трудности с предсказанием новых проявлений этих паттернов.[7] Первое использование ШИМ было в открытии РНК сайты, которые функционируют как перевод сайты инициации. Преимущества ШИМ над консенсусными последовательностями сделали ШИМ популярным методом представления паттернов в биологических последовательностях и важным компонентом современных алгоритмов для открытие мотива.[8][9]

Опубликовал более 150 научных работ.[3]

Роли и почести

Стормо входил в совет директоров Международное общество вычислительной биологии (ISCB) с 2000 по 2004 год и был удостоен звания стипендиата ISCB в 2010 году.[10][11] Он был избран членом Американская ассоциация медицинской информатики в 2001.[12]

Стормо был исполнительным редактором журнала. Биоинформатика с 1994 по 1999 гг.[12] В 2014 году он был назначен одним из первых почетных редакторов журнала. Биоинформатика.[13] Стормо также работал заместителем главного редактора журнала. PLOS вычислительная биология.[14] В настоящее время он соредактор журнала. Текущие протоколы в биоинформатике.[15]

Рекомендации

  1. ^ а б Джонс, Нил С .; Певзнер, Павел А. (2004). Введение в алгоритмы биоинформатики. Кембридж, Массачусетс: MIT Press. п.116. ISBN 978-0-262-10106-6.
  2. ^ а б c d "Гэри Стормо". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Получено 16 января 2014.
  3. ^ а б c "Вычислительные и экспериментальные подходы к моделированию генной регуляции @ uncCharlotte". UNC Charlotte Департамент биоинформатики и геномики. Получено 16 января 2014.
  4. ^ «Гэри Стормо, член Научного консультативного совета по системной биологии, Gene Network Sciences Inc». Получено 16 января 2014.
  5. ^ "LGRC - Консорциум исследований геномики легких - Мик Коррелл". www.lung-genomics.org. Архивировано из оригинал 5 апреля 2015 г.. Получено 16 января 2014.
  6. ^ Стормо, Гэри Д.; Schneider, Thomas D .; Золото, Ларри; Эренфойхт, Анджей (1982). "Использование алгоритма" Перцептрон "для распознавания сайтов инициации трансляции в Кишечная палочка". Исследования нуклеиновых кислот. 10 (9): 2997–3011. Дои:10.1093 / nar / 10.9.2997. ЧВК 320670. PMID 7048259.
  7. ^ Стормо, Г. Д. (1 января 2000 г.). «Сайты связывания ДНК: представление и открытие». Биоинформатика. 16 (1): 16–23. Дои:10.1093 / биоинформатика / 16.1.16. PMID 10812473.
  8. ^ Синха, С. (27 июля 2006 г.). «О подсчете совпадений матрицы весов позиций в последовательности с применением для поиска отличительных мотивов». Биоинформатика. 22 (14): e454 – e463. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl227. PMID 16873507.
  9. ^ Ся, Сюйхуа (2012). «Матрица весовых коэффициентов, выборка Гиббса и соответствующие тесты значимости в характеристике и прогнозировании мотивов». Scientifica. 2012: 1–15. Дои:10.6064/2012/917540. ЧВК 3820676. PMID 24278755.
  10. ^ «Предыдущие должностные лица и совет директоров». www.iscb.org. ISCB. Получено 17 января 2014.
  11. ^ «Стипендиаты ISCB». www.iscb.org. ISCB. Получено 16 января 2014.
  12. ^ а б "Гэри Д. Стормо, доктор философии, FACMI - AMIA". www.amia.org. AMIA. Получено 17 января 2014.
  13. ^ «15 лет» биоинформатики"". Биоинформатика. 30 (6): 747. 2014. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu076. PMID 24642573.
  14. ^ Сансом, Клэр; Morrison McKay, B.J .; Борн, Филип Э. (18 июля 2008 г.). "ISCB чествует Дэвида Хаусслера и Авив Регева". PLoS вычислительная биология. 4 (7): e1000101. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000101. ЧВК 2536508. PMID 18795145.
  15. ^ Текущие протоколы в биоинформатике - онлайн-библиотека Wiley. Вайли. 2002 г. CiteSeerX 10.1.1.419.8061. Дои:10.1002/0471250953. ISBN 9780471250951.