WikiDer > Глицин рибопереключатель

Glycine riboswitch
Глицин
RF00504-rscape.svg
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя глицина
Идентификаторы
СимволГлицин
РфамRF00504
Прочие данные
РНК тип Снг; Riboswitch
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000035
PDB структурыPDBe

Бактериальный глициновый рибопереключатель является Элемент РНК который может связывать аминокислоту глицин. Глицин рибопереключатели обычно состоят из двух связывающих метаболит аптамерных доменов с аналогичными структурами в тандеме. Первоначально предполагалось, что аптамеры кооперативно связывают глицин для регулирования экспрессии последующих генов. В Bacillus subtilis, этот рибопереключатель находится перед gcvT оперон, который управляет глицин деградация. Считается, что при избытке глицина он будет связываться с обоими аптамерами, чтобы активировать эти гены и облегчить деградацию глицина.[1]

Первоначально обнаруженная усеченная версия глицинового рибопереключателя демонстрирует сигмоидальные кривые связывания с Коэффициенты Хилла больше единицы, что привело к идее позитивное сотрудничество между двумя доменами аптамера.[1][2] Данные 2012 года показывают, что кооперативное связывание не происходит в коммутаторе с его удлиненным 5 'лидером, хотя назначение двойных аптамеров коммутатора все еще остается неопределенным.[3]

Структуры атомного разрешения частей глициновых рибопереключателей были получены с помощью Рентгеновская кристаллография.[4][5]

В естественных условиях эксперименты показали, что глицин не должен связывать оба аптамера для регуляции. Мутация первого аптамера вызывала наибольшее снижение экспрессии нижележащих генов, в то время как мутация второго аптамера имела различные эффекты. Глицин-индуцированная экспрессия gcvT оперон необходим для Б. subtilise рост, подвижность роения и образование биопленок (в среде с высоким содержанием глицина).[6]

Рекомендации

  1. ^ а б Мандал М., Ли М., Баррик Дж. Э., Вайнберг З., Эмильссон Г. М., Руццо В. Л., Брейкер Р. Р. (октябрь 2004 г.). «Глицин-зависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для контроля экспрессии генов». Наука. 306 (5694): 275–279. Дои:10.1126 / science.1100829. PMID 15472076.
  2. ^ Квон М., Штробель С.А. (январь 2008 г.). «Химические основы кооперативности глицинового рибопереключателя». РНК. 14 (1): 25–34. Дои:10.1261 / rna.771608. ЧВК 2151043. PMID 18042658.
  3. ^ Шерман Э.М., Эскиаки Дж., Эльсайед Дж., Й. Д. (март 2012 г.). «Энергетически выгодное взаимодействие лидер-линкер устраняет кооперативность связывания лиганда в глициновых рибопереключателях». РНК. 18 (3): 496–507. Дои:10.1261 / rna.031286.111. ЧВК 3285937. PMID 22279151.
  4. ^ Батлер Е.Б., Сюн Й., Ван Дж., Штробель С.А. (март 2011 г.). «Структурная основа кооперативного связывания лиганда глициновым рибопереключателем». Химия и биология. 18 (3): 293–298. Дои:10.1016 / j.chembiol.2011.01.013. ЧВК 3076126. PMID 21439473.
  5. ^ Хуан Л., Серганов А., Патель DJ (декабрь 2010 г.). "Структурное понимание распознавания лиганда сенсорным доменом кооперативного глицинового рибопереключателя". Молекулярная клетка. 40 (5): 774–786. Дои:10.1016 / j.molcel.2010.11.026. ЧВК 3726718. PMID 21145485.
  6. ^ Бабина А.М., Леа Н.Е., Мейер М.М. (октябрь 2017 г.). «Bacillus subtilis». мБио. 8 (5). Дои:10,1128 / мBio.01602-17. ЧВК 5666159. PMID 29089431.

внешняя ссылка