WikiDer > HNCOCA эксперимент

Схема HNCA и HNCOCA для четырех последовательных остатков. Размер азот-15 перпендикулярен экрану. Каждое окно сосредоточено на химическом сдвиге азота этой аминокислоты. Последовательное присвоение осуществляется путем сопоставления химических сдвигов альфа-углерода.

HNCOCA это 3D тройной резонанс ЯМР эксперимент, обычно используемый в области белок ЯМР. Название происходит от пути передачи намагниченности эксперимента: намагниченность амидного протона аминокислотный остаток переносится на амидный азот, а затем на альфа-углерод предыдущего остатка в аминокислотной последовательности белка. В отличие от дополнительных HNCA эксперимент переносит намагниченность на альфа-атомы углерода как исходного, так и предыдущего остатка в последовательности. Эксперимент HNCOCA используется, часто в тандеме с HNCA, для назначения сигналов альфа-углеродного резонанса определенным остаткам в белке. Для этого эксперимента требуется очищенный образец белка, приготовленный с ¹³C и ¹⁵N изотопная маркировка, при концентрации более 0,1 мМ, и поэтому обычно применяется только к рекомбинантные белки.

Спектр, полученный в этом эксперименте, имеет 3 измерения: ось протона, ¹⁵Ось N и ¹³Ось C. Для остатка i пики появятся на {H_N(i), N (i), C_α(i-1)}, а для дополнительных HNCA пики эксперимента появляются на {H_N(i), N (i), C_α(i-1)} и {H_N(i), N (i), C_α (я)}. Вместе эти два эксперимента показывают химический сдвиг альфа-углерода для каждого аминокислотного остатка в белке и предоставляют информацию, связывающую соседние остатки в последовательности белка.

Рекомендации

Цитаты

Bax A, Ikura M (май 1991 г.). «Эффективный метод 3D ЯМР для корреляции резонансов протона и амида основной цепи 15N с альфа-углеродом предыдущего остатка в белках, равномерно обогащенных 15N / 13C». J. Biomol. ЯМР. 1 (1): 99–104. Дои:10.1007 / BF01874573. PMID 1668719.

Общие ссылки

Джон Кавана; Уэйн Дж. Фэйрбразер; Артур Г. Палмер III; Николас Дж. Скелтон (1995). ЯМР-спектроскопия белков: принципы и практика. Академическая пресса.