WikiDer > Список онтологий OBO Foundry

List of OBO Foundry ontologies

Это список онтологии которые являются частью OBO Foundry по состоянию на январь 2020 года.

Онтологии OBO Foundry

ЗаголовокПрефиксОписаниеОфициальная страница
Онтология агрономииАГРООнтология понятий, относящихся к агрономия эксперименты.[1]
Онтология основных экологических объектовЭКОКОРОнтология для экологический сущности.[2]
Онтология анатомической сущностиУЭООнтология анатомических структур, расширяющая CARO, Common Anatomy Reference Ontology.[3]
Онтология устойчивости к антибиотикамAROОнтология для устойчивость к антибиотикам гены и мутации.[4]
Структурированный словарь Аполлона [1]АПОЛЛОН-СВОнтология для обеспечения взаимодействия модели эпидемии и прикладное программное обеспечение общественного здравоохранения.
[5]
Онтология фенотипа аскомицетовAPOСтруктурированный контролируемый словарь фенотипов Аскомицет грибы.[6]
Базовая формальная онтология [2]BFOОнтология верхнего уровня, на которой построены онтологии OBO Foundry.
[7]
Онтология бета-клеточной геномикиBCGOОнтология приложения, созданная для бета-клетка геномные исследования.[8]
Онтология биологических коллекций [3]BCOОнтология данных о биоразнообразии.
[9]
Онтология методов биологической визуализацииФБРОнтология для методов, связанных с биомедицинской визуализацией, включая подготовку и получение.[10]
Биологическая пространственная онтологияBSPOОнтология для представления пространственных концепций, используемых в биологии.[11]
BRENDA ткань / источник ферментовBTOОнтология источника ферментов.[12]
C. elegans онтология разработки (см. WormBase)WBLSОнтология для разработки Caenorhabditis elegans.[13]
C. elegans Онтология общей анатомии (см. WormBase)WBBTОнтология анатомии Caenorhabditis elegans.[14]
C. elegans фенотип (см. WormBase)WBPHENOTYPEОнтология фенотипов Caenorhabditis elegans.[15]
Онтология сердечно-сосудистых заболеванийCVDOОнтология концепций, связанных с сердечно-сосудистые заболевания.[16]
[17]
Онтология клеточной линии [4]CLOОнтология для описания Сотовые линии.[18]
[19]
Онтология клетки [5]CLОнтология для многоклеточный типы клеток.[20]
[21]
Химические объекты, представляющие биологический интересЧЕБИОнтология малых молекулярных образований, представляющих биологический интерес.[22]
Онтология химической информации [6]ХЕМИНФОнтология для дескрипторов, используемых в базах данных химиоинформатики.[23]
[24]
Онтология химических методовCHMOОнтология методов, используемых в химических экспериментах.[25]
Клиническая лабораторная онтологияLABOОнтология рецептов и отчетов в клинических лабораториях.[26]
Онтология клинических измерений [7]CMOОнтология для классификации клинических измерений экспериментальных животных.[27]
Общая справочная онтология анатомии [8]CAROОнтология для улучшения взаимодействия между анатомия онтологии для разных организмов.
[28]
Онтология сравнительного анализа данных [9]CDAOОнтология понятий и отношений, относящихся к эволюционному сравнительному анализу, например филогенетические деревья.[29]
[30]
Онтология достоверной информации [10]ИТ-директорОнтология для описания достоверной информации в аннотации последовательности.[31]
Онтология ролей участникаCROОнтология для различных ролей, стоящих за научная статья.[32]
[33]
Онтология гребневиковCTENOАнатомическая онтология и онтология развития для гребневики (Гребешки).[34]
Анатомия Dictyostelium discoideum [11]ДДАНАТСтруктурированный контролируемый словарь анатомии слизистой плесени Dictyostelium discoideum[35]
Онтология фенотипа Dictyostelium discoideumДДФЕНООнтология фенотипов слизистой плесени Dictyostelium discoideum.[36]
Развитие дрозофилыFBDVОнтология развития Drosophila melanogaster.[37]
Макроскопическая анатомия дрозофилы [12]FBBTОнтология анатомии Drosophila melanogaster.[38]
Онтология фенотипа дрозофилыFBCVОнтология общих Дрозофила фенотипы.[39]
Онтология доказательств взаимодействия наркотиков и взаимодействий и взаимодействия наркотиков [13]ДИДЕООнтология для лекарственное взаимодействие свидетельство.[40]
Онтология доказательств и выводов [14]ЭКООнтология типов свидетельств, используемых для поддержки научные утверждения.
[41]
онтология ресурсов eagle-iEROОнтология исследовательского оборудования, протоколов и расходных материалов.[42]

[43]

Онтология эмоций [15]МФОЭМОнтология эмоции, настроения и другие чувства.[44]
Онтология окружающей среды [16]ENVOОнтология экологических особенностей и среда обитания.
[45]
Онтология экспериментальных условий [17]XCOОнтология для различных условий, в которых проводятся экспериментальные измерения.[46]
Онтология экспозиции [18]ЭКЗООнтология для описания воздействия факторов окружающей среды (таких как сигаретный дым), которые могут повлиять на клинические исходы.
[47]
Онтология фенотипа делящихся дрожжей[19]FYPOОнтология фенотипов делящиеся дрожжи.[48]
[49]
Онтология фенотипа флоры [20]ФЛОПООнтология признаков и фенотипов цветущие растения.[50]
Словарь, управляемый FlyBaseFBCVОнтология для поддержки FlyBase проект.[51]
Пищевая онтология [21]FOODONОнтология для представления сущностей, играющих еда роль или связанные с едой.[52]
Базовая модель анатомической онтологии (подмножество)FMAOПодмножество базовой модели онтологии анатомии.[53]
Онтология анатомии грибовФАООнтология анатомии грибы.[54]
ГазетирГАЗОнтология, которая действует как географический словарь (географический словарь).[55]
Генная онтологияИДТИОнтология для описания функции генов и генных продуктов.[56]
[57]
Онтология геномной эпидемиологии [22]ГЕНЕПИООнтология для патогены пищевого происхождения и связанные с ними вспышки.[58]
Онтология генотипаGENOОнтология для генотипы и связанные с ними фенотипы и заболевания.[59]
Онтология географического объектаGEOОнтология географических объектов.[60]
Онтология именования гликанов [23]ГНОМОнтология для гликаны на основе GlyTouCan.[61]
Онтология гомологии [24]HOMОнтология концепций, связанных с гомология.[62]
Онтология человеческого происхождения [25]АНСЕСТРООнтология концепций предков, использованная в каталоге NHGRI-EBI опубликованных полногеномные ассоциации исследований.[63]
Стадии развития человекаHSAPDVОнтология этапов жизни человека.[64]
Онтология болезней человекаДЕЛАТЬОнтология для описания болезней человека.[65]
Онтология человеческого фенотипаHPOОнтология фенотипов человека при наследственных и ненаследственных заболеваниях.[66]
[67]
HUPO-PSI реагенты для сшивания и дериватизации контролируемый словарьPSI-MSОнтология реагентов, используемых для сшивания молекул в масс-спектрометрических экспериментах.[68]
Онтология анатомии перепончатокрылых [26]HAOОнтология анатомии Перепончатокрылые (пчелы, осы и муравьи).[69]
Онтология гипертонииHTNОнтология клинических данных о гипертония.[70]
Онтология инфекционных заболеваний [27]Я ДЕЛАЮНабор онтологий, связанных с инфекционные заболевания.[71]
Онтология информационных артефактов [28]IAOОнтология информационных сущностей.
[72]
Онтология информированного согласияICOОнтология концепций, связанных с информированное согласие, например формы и политики.
[73]
Онтология интегративных и сопряженных элементовICEOОнтология бактериального интегративные и сопряженные элементы (ICEs).[74]
Онтология сети взаимодействия [29]Я НЕОнтология генно-генетических взаимодействий.
[75]
Онтология малярии [30]ИДОМАЛЬНЫЙОнтология концепций, связанных с малярия.
[76]
Онтология кормящих мышц млекопитающихМФМООнтология для млекопитающих мышцы которые играют роль в пищевое поведение.[77]
Онтология фенотипа млекопитающихДепутатСтандартные условия аннотирования фенотипических данных млекопитающих.[78]
Онтология масс-спектрометрииMIОнтология концепций для описания масс-спектрометрии в контексте протеомика.[79]
Онтология метода измеренияMMOОнтология методов клинических и лабораторных измерений.[80]
Этапы развития MedakaOlatDvОнтология жизненных этапов рыба медака.[81]
Онтология психических заболеваний [31]MFOMDОнтология для психические заболевания.
[82]
Онтология психического функционирования [31]МФООнтология концепций, связанных с психическим функционированием.[83]
[84]
Онтология ограничения MHC [32]ТОиРОнтология для Ограничение главного комплекса гистосовместимости (MHC) в экспериментах.[85]
Онтология MIAPA[33]МИАПАОнтология для филогенетический данные.[86]
Онтология микробных состояний[34]MCOОнтология условий роста микробов.[87]
Минимальная информационная онтология PDDIMPIOОнтология минимума информации для описания лекарственные взаимодействия.[88]
Словарь, контролируемый молекулярными взаимодействиямиMIОнтология концепций, связанных с изучением белок-белковые взаимодействия.[89]
Онтология болезни МондоМОНДООнтология для интеграции информации о болезни.[90]
Онтология общей анатомии комаров (VectorBase)TGMAОнтология анатомии комары.[91]
Онтология общей анатомии взрослых мышейEMAPAОнтология взрослой анатомии мышь (Mus).[92]
Этапы развития мышиMmusDvОнтология этапов мышь (Mus) жизнь.[93]
Макроскопическая анатомия и развитие мыши, рассчитанное по времениEMAPОнтология анатомических структур мышь (Mus musculus).[94]
Онтология патологии мышей [35]MPATHОнтология фенотипов патологии мышей.[95]
Имя Реакция ОнтологияRXNOОнтология органических реакций в органическом синтезе.[96]
Организационная классификация NCBI [36]NCBITaxonОнтологическое представление NCBI таксономия организмов.[97]
Онтология нейро-поведенияNBOОнтология поведенческих фенотипов животных.[98]
NOMEN - номенклатурная онтология биологических имен. [37]БЕЗ МУЖЧИНОнтология правил номенклатура для биологических названий.[99]
Онтология некодирующей РНК [38]NCROОнтология для некодирующая РНК функция.[100]
Онтологизированный МИАБИСОМИАБИСОнтологическая версия MIABIS (Minimum Information About BIobank data Sharing).[101]
Онтология для биобанкинга [39]OBIBОнтология концепций, связанных с биобанки.[102]
Онтология для биомедицинских исследованийОБИОнтология, которая описывает биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции в живых организмах.[103]
Онтология для общей медициныOGMSОнтология для общих аспектов медицины с акцентом на рак.[104]
Онтология жизненного цикла паразитов [40]OPLСправочная онтология стадий жизненного цикла паразитов.[105]
Онтология нежелательных явлений [41]OAEОнтология нежелательных явлений при схемах приема лекарств.[106]
Онтология кровеносных систем членистоногих [42]OARCSОнтология для системы кровообращения из членистоногие.[107]
Онтология биологической и клинической статистики [43]OBCSОнтология для описания статистические инструменты и методы используется в биомедицинских исследованиях.[108]
Онтология биологических атрибутовOBAОнтология биологических признаков.[109]
Онтология социальных образований, связанных с медициной [44]OMRSEОнтология для сущностей (ролей и организаций), связанных со здравоохранением.[110]
[111]
Онтология микробных фенотипов [45]OMPОнтология фенотипов микроорганизмы.[112]
Онтология организационных структур травмоцентров и травматологических системOOSTTОнтология организационных структур травматологические центры и системы травм.[113]
Онтология точной медицины и исследованийOPMIОнтология концепций, связанных с точная медицина.[114]
Онтология фенотипических и метаболических признаков прокариот [46]МИКРООнтология фенотипических и метаболических признаков прокариот.[115]
Онтология секвенирования РНКORNASEQОнтология для аннотирования Секвенирование РНК эксперименты.[116]
Онтология побочных эффектов вакцины [47]OVAEОнтология нежелательных явлений вакцина.[117]
[118]
Онтология фенотипа взаимодействия патогена-хозяинаФИПООнтология фенотипов, возникающих во взаимодействиях патоген-хозяин.[119]
Онтология передачи патогеновТРАНСОнтология для трансмиссионная болезньn процессов.[120]
Онтология путиPWОнтология для аннотирования генных продуктов для путей.[121]
Онтология отображения сводки производительностиPSDOОнтология концепций, относящихся к информации о производительности для команд и организаций.[122]
Онтология фенотипа и чертFOBIFOBI (Food-Biomarker Ontology) - это онтология, которая представляет данные о потреблении пищи и связывает их с метаболомный данные.[123]
Онтология ПланарииПЛАНАОнтология анатомии и стадий развития планарий (Schmidtea mediterranea.)[124]
Онтология планарийного фенотипаПЛАНПОнтология фенотипов планарий (Schmidtea mediterranea.)[125]
Онтология экспериментальных условий растенийPECOОнтология концепций, связанных с биология растений эксперименты.[126]
Онтология растенийPOРесурс онтологии и базы данных, который связывает характеристики растений с данными геномики.[127]
Онтология фенологии растенийPPOОнтология для описания циклические явления растений.[128]
Онтология свойств растенийКОнтология фенотипических признаков растений.[129]
Стадии развития PlatynereisPDUMDVОнтология жизненных стадий кольчатых червей Platynereis dumerilii.[130]
Онтология населения и сообществаPCOОнтология для описания групп взаимодействующих организмов.
[131]
Онтология Porifera [48]ПОРООнтология анатомии губок (Porifera)[132]
Модификация белка [49]MODОнтология химических модификаций белков[133]
Онтология белка[50]PROОнтологическое представление связанных с белками сущностей[134]
Онтология штамма крыс [51]RSОнтология для лабораторных линии крыс.[135]
Онтология отношений[52]ROОнтология отношений между терминами в онтологиях.[136]
Онтология информации о научных доказательствах и происхожденииSEPIOОнтология происхождения научных заявлений и подтверждающих доказательств.[137]
Типы последовательностей и онтология функцийТАКОнтология для аннотации последовательностей.[138]
Онтология программного обеспечения[53]SWOОнтология для описания программные приложения с упором на инструменты биоинформатики.[139]
Онтология паука[54]СПДОнтология анатомии и поведения пауки а также продукты, полученные из пауков.[140]
Онтология симптомовСИМПОнтология симптомы болезни.[141]
Словарь таксономических ранговНАЛОГОВЫЙ РЕЖИМОнтология таксономические ранги в систематике.[142]
Онтология таксономии костистости [55]TTOОнтология таксономии костистость рыбы.[143]
Онтология использования данных [56]ДУЭТОнтология условий использования данных.[144]
Онтология лекарств [57]ДРОНОнтология для препарат, средство, медикамент товары.[145]
Онтология генов и геномовOGGОнтология генов и геномов биологических организмов.[146]
Онтология здоровья полости рта и заболеваний [58]OHDОнтология содержания медицинские записи, связанные с зубами.[147]
Онтология рецепта лекарств [59]PDROОнтология концепций, связанных с назначением лекарств.[148]
Онтология статистических методовSTATOОнтология статистических методов, таких как тесты и экспериментальные образцы.[149]
Онтология анатомии клещей [60]ТАДСОнтология анатомии поставить галочку семьи Иксодовые и Аргасиды.[150]
Онтология многовидовой анатомии UberonUBERONИнтегративная межвидовая онтология анатомических терминов.[151]
Единая онтология фенотипов (uPheno)UPHENOОнтология унифицированных фенотипических описаний.[152]
Онтология единиц измеренияUOОнтология метрических единиц, связанная с онтологией PATO.[153]
Онтология информированного согласия о вакцинации [61]VICOОнтология клинической информированное согласие сосредоточены на процедурах вакцинации.[154]
Онтология вакцины [62]VOОнтология концепций, связанных с вакцина и вакцинация.[155]
Онтология таксономии позвоночныхVTOОнтология таксономии позвоночных.[156]
Онтология признаков позвоночныхVTОнтология признаков позвоночных[157]
Онтология VEuPathDBEUPATHОнтология для поддержки Ресурс по геномике эукариотических патогенов, хозяев и векторов.[158]
Онтология анатомии Xenopus[63]XAOОнтология анатомии африканской когтистой лягушки (Xenopus laevis).
[159]
Онтология фенотипа XenopusXPOОнтология анатомических, клеточных фенотипов и фенотипов функций генов у африканских когтистых лягушек (Xenopus laevis).[160]
Анатомия рыбок данио и онтология развитияZFAОнтология анатомии и развития рыбок данио (Данио Рерио).[161]
Онтология стадий развития рыбок даниоZFSОнтология стадий развития рыбок данио (Данио Рерио).[162]
Онтология экспериментальных условий на рыбках даниоZECOОнтология экспериментальных условий, используемых в данио исследования и описаны в ZFIN.[163]
Онтология фенотипа рыбок даниоZPОнтология фенотипов рыбок данио (Данио Рерио).[164]

Рекомендации

  1. ^ Hogan WR, Wagner MM, Brochhausen M, Levander J, Brown ST, Millett N, et al. (Август 2016 г.). «Структурированный словарь Apollo: онтология явлений в эпидемиологии инфекционных заболеваний и популяционной биологии OWL2 для использования в моделировании эпидемий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 50. Дои:10.1186 / s13326-016-0092-у. ЧВК 4989460. PMID 27538448.
  2. ^ Арп Р. Построение онтологий с помощью базовой формальной онтологии. ISBN 978-0-262-32958-3. OCLC 951562682.
  3. ^ Walls RL, Deck J, Guralnick R, Baskauf S, Beaman R, Blum S и др. (2014-03-03). «Семантика в поддержку открытия знаний о биоразнообразии: введение в онтологию биологических коллекций и связанные с ней онтологии». PLOS ONE. 9 (3): e89606. Bibcode:2014PLoSO ... 989606W. Дои:10.1371 / journal.pone.0089606. ЧВК 3940615. PMID 24595056.
  4. ^ Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Meehan TF, Diehl AD, Vempati UD и др. (2014-08-13). "CLO: Онтология клеточной линии". Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 37. Дои:10.1186/2041-1480-5-37. ЧВК 4387853. PMID 25852852.
  5. ^ Дил А.Д., Михан Т.Ф., Брэдфорд Ю.М., Браш М.Х., Дахдул В.М., Дугалл Д.С. и др. (Июль 2016 г.). «Cell Ontology 2016: улучшенное содержание, модуляризация и взаимодействие онтологий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 44. Дои:10.1186 / s13326-016-0088-7. ЧВК 4932724. PMID 27377652.
  6. ^ Гастингс Дж., Чепелев Л., Виллигхаген Э., Адамс Н., Стейнбек К., Дюмонтье М. (2011-10-03). «Онтология химической информации: происхождение и устранение неоднозначности химических данных в биологической семантической сети». PLOS ONE. 6 (10): e25513. Bibcode:2011PLoSO ... 625513H. Дои:10.1371 / journal.pone.0025513. ЧВК 3184996. PMID 21991315.
  7. ^ Смит, Дженнифер Р.; Парк, Карисса А; Нигам, Раджни; Лауледеркинд, Стэнли Дж. Ф.; Hayman, G; Ван, Шур-Джен; Лоури, Тимоти Ф; Петри, Виктория; Понс, Джефф; Тутай, Марек; Лю, Вэйсонг (2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ISSN 2041-1480. ЧВК 3882879. PMID 24103152.
  8. ^ Haendel MA, Neuhaus F, Osumi-Sutherland D, Mabee PM, Mejino JL, Mungall CJ, Smith B (2008). "CARO - Общая справочная онтология анатомии". Анатомические онтологии для биоинформатики. Вычислительная биология. 6. Springer London. С. 327–349. Дои:10.1007/978-1-84628-885-2_16. ISBN 978-1-84628-884-5.
  9. ^ Просдокими Ф., Чисхам Б., Понтелли Э., Томпсон Дж. Д., Штольцфус А. (июль 2009 г.). «Первоначальное внедрение онтологии сравнительного анализа данных». Эволюционная биоинформатика в Интернете. 5: 47–66. Дои:10.4137 / ebo.s2320. ЧВК 2747124. PMID 19812726.
  10. ^ Bastian FB, Chibucos MC, Gaudet P, Giglio M, Holliday GL, Huang H и др. (2015-05-09). «Онтология достоверной информации: шаг к стандарту подтверждения достоверности аннотаций». База данных. 2015: bav043. Дои:10.1093 / база данных / bav043. ЧВК 4425939. PMID 25957950.
  11. ^ Gaudet P, Williams JG, Fey P, Chisholm RL (март 2008 г.). «Онтология анатомии для представления биологических знаний в Dictyostelium discoideum». BMC Genomics. 9 (1): 130. Дои:10.1186/1471-2164-9-130. ЧВК 2323390. PMID 18366659.
  12. ^ Коста М., Рив С., Ворчун Г., Осуми-Сазерленд Д. (октябрь 2013 г.). «Онтология анатомии дрозофилы». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 32. Дои:10.1186/2041-1480-4-32. ЧВК 4015547. PMID 24139062.
  13. ^ Утехт Дж., Брохгаузен М., Джудкинс Дж., Шнайдер Дж., Бойс Р.Д. (2017). «Формализация определений типов доказательств для исследований лекарственного взаимодействия с целью улучшения сбора доказательной базы». Исследования в области технологий здравоохранения и информатики. 245: 960–964. ЧВК 5765984. PMID 29295242.
  14. ^ Джильо М., Таубер Р., Надендла С., Манро Дж., Олли Д., Болл С. и др. (Январь 2019). «ОЭС, Онтология доказательств и заключений: стандарт сообщества для информации о доказательствах». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D1186 – D1194. Дои:10.1093 / нар / gky1036. ЧВК 6323956. PMID 30407590.
  15. ^ Гастингс Дж, Брасс А., Кейн С., Джей С., Стивенс Р. (2014). «Оценка онтологии эмоций посредством использования в самоотчетах об эмоциональных реакциях на академической конференции». Журнал биомедицинской семантики. 5: 38. Дои:10.1186/2041-1480-5-38. ЧВК 4417517. PMID 25937879.
  16. ^ Буттигиг П.Л., Моррисон Н., Смит Б., Мунгалл С.Дж., Льюис С.Е. (декабрь 2013 г.). «Онтология окружающей среды: контекстуализация биологических и биомедицинских объектов». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 43. Дои:10.1186/2041-1480-4-43. ЧВК 3904460. PMID 24330602.
  17. ^ Smith JR, Park CA, Nigam R, Laulederkind SJ, Hayman GT, Wang SJ и др. (Октябрь 2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ЧВК 3882879. PMID 24103152.
  18. ^ Юнеси Э., Ансари С., Гендель М., Ахмади С., Коггинс С., Хенг Дж. И др. (2014). «CSEO - Онтология воздействия сигаретного дыма». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-5-31. ЧВК 4120729. PMID 25093069.
  19. ^ Харрис MA, Lock A, Bähler J, Оливер SG, Wood V (июль 2013 г.). «FYPO: онтология фенотипа делящихся дрожжей». Биоинформатика. 29 (13): 1671–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt266. ЧВК 3694669. PMID 23658422.
  20. ^ Hoehndorf R, Alshahrani M, Gkoutos GV, Gosline G, Groom Q, Hamann T. и др. (Ноябрь 2016 г.). «Онтология фенотипа флоры (FLOPO): инструмент для интеграции морфологических признаков и фенотипов сосудистых растений». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 65. Дои:10.1186 / s13326-016-0107-8. ЧВК 5109718. PMID 27842607.
  21. ^ Дули Д.М., Гриффитс Э.Дж., Госал Г.С., Буттигег П.Л., Хендорф Р., Ланге М.С. и др. (Декабрь 2018 г.). «FoodOn: согласованная онтология пищевых продуктов для повышения глобальной прослеживаемости пищевых продуктов, контроля качества и интеграции данных». NPJ Science of Food. 2 (1): 23. Дои:10.1038 / s41538-018-0032-6. ЧВК 6550238. PMID 31304272.
  22. ^ Гриффитс, Эмма; Дули, Дэмион; Грэм, Мораг; Ван Домселаар, Гэри; Brinkman, Fiona S.L .; Сяо, Уильям В. Л. (26.06.2017). «Контекст - это все: гармонизация критических дескрипторов пищевой микробиологии и метаданных для повышения безопасности пищевых продуктов и надзора». Границы микробиологии. 8: 1068. Дои:10.3389 / fmicb.2017.01068. ISSN 1664-302X. ЧВК 5483436. PMID 28694792.
  23. ^ Sahoo SS, Thomas C, Sheth A, York WS, Tartir S (2006). «Моделирование знаний и его применение в науках о жизни». Материалы 15-й Международной конференции по всемирной паутине - WWW '06. Нью-Йорк, Нью-Йорк, США: ACM Press: 317. Дои:10.1145/1135777.1135826. ISBN 1-59593-323-9.
  24. ^ Ру, Жюльен; Робинсон-Рехави, Марк (март 2010 г.). «Онтология для разъяснения концепций, связанных с гомологией» (PDF). Тенденции в генетике. 26 (3): 99–102. Дои:10.1016 / j.tig.2009.12.012. ISSN 0168-9525. PMID 20116127.
  25. ^ Малдер Н (16.09.2018). «Факультет оценки 1000 стандартизированных рамок для представления данных о происхождении в исследованиях геномики с приложением к каталогу NHGRI-EBI GWAS». Дои:10.3410 / ф.732698975.793550674. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)[требуется разъяснение]
  26. ^ Йодер М.Дж., Мико И., Зельтманн К.С., Бертоне М.А., Динс А.Р. (декабрь 2010 г.). «Онтология общей анатомии перепончатокрылых». PLOS ONE. Публичная научная библиотека. 5 (12): e15991. Bibcode:2010PLoSO ... 515991Y. Дои:10.1371 / journal.pone.0015991. OCLC 719846058. ЧВК 3012123. PMID 21209921.
  27. ^ Коуэлл Л.Г., Смит Б. (03.10.2009). Онтология инфекционных заболеваний. Информатика инфекционных болезней. Springer Нью-Йорк. С. 373–395. Дои:10.1007/978-1-4419-1327-2_19. ISBN 978-1-4419-1326-5.
  28. ^ Цеустерс В., Смит Б. (2015), "О сущности: к основам онтологии информационных артефактов", Материалы Шестой Международной конференции по биомедицинской онтологии (ICBO), CEUR vol. 1515, стр. 1–5, получено 2020-02-15
  29. ^ Хур Дж, Озгюр А, Сян З., Хе И (2015-01-06). «Разработка и применение онтологии сети взаимодействия для изучения литературы, связанной с вакцино-связанными взаимодействиями ген-ген». Журнал биомедицинской семантики. 6 (1): 2. Дои:10.1186/2041-1480-6-2. ЧВК 4362819. PMID 25785184.
  30. ^ Topalis P, Mitraka E, Bujila I, Deligianni E, Dialynas E, Siden-Kiamos I, et al. (Август 2010 г.). «ИДОМАЛ: онтология малярии». Журнал Малярии. 9: 230. Дои:10.1186/1475-2875-9-230. ЧВК 2925367. PMID 20698959.
  31. ^ а б Цеустерс В., Смит Б. (декабрь 2010 г.). «Основы реалистической онтологии психических заболеваний». Журнал биомедицинской семантики. 1 (1): 10. Дои:10.1186/2041-1480-1-10. ЧВК 3017014. PMID 21143905.
  32. ^ Вита Р., Овертон Дж. А., Сеймур Е., Сидни Дж., Кауфман Дж., Таллмэдж Р. Л. и др. (2016). «Онтология главного ограничения гистосовместимости». Журнал биомедицинской семантики. 7: 1. Дои:10.1186 / s13326-016-0045-5. ЧВК 4709943. PMID 26759709.
  33. ^ Либенс-Мак Дж., Вижн Т., Бреннер Э., Бауэрс Дж. Э., Кэннон С., Клемент М. Дж. И др. (Июнь 2006 г.). «Первые шаги к стандарту отчетности по филогенезам: минимум информации о филогенетическом анализе (MIAPA)». Омикс. 10 (2): 231–7. Дои:10.1089 / omi.2006.10.231. ЧВК 3167193. PMID 16901231.
  34. ^ Tierrafría VH, Mejía-Almonte C, Camacho-Zaragoza JM, Salgado H, Alquicira K, Ishida C и др. (Март 2019 г.). Рен Дж (ред.). «MCO: к онтологии и унифицированному словарю для основанной на структуре аннотации условий роста микробов». Биоинформатика. 35 (5): 856–864. Дои:10.1093 / биоинформатика / bty689. PMID 30137210.
  35. ^ Schofield PN, Sundberg JP, Sundberg BA, McKerlie C, Gkoutos GV (сентябрь 2013 г.). «Онтология патологии мышей, MPATH; структура и приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 18. Дои:10.1186/2041-1480-4-18. ЧВК 3851164. PMID 24033988.
  36. ^ Федерхен С (январь 2012 г.). «База данных таксономии NCBI». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D136-43. Дои:10.1093 / nar / gkr1178. ЧВК 3245000. PMID 22139910.
  37. ^ Йодер, Мэтью; Дмитриев, Дмитрий; Перейра, Хосе Луис; Чильяно, Мария Марта (2017-08-14). «Разработка и использование NOMEN, онтологии, определяющей правила биологической номенклатуры». Материалы TDWG. 1: e20284. Дои:10.3897 / tdwgproceedings.1.20284. ISSN 2535-0897.
  38. ^ Хуанг Дж., Эйлбек К., Смит Б., Блейк Дж. А., Доу Д., Хуанг В. и др. (2016-05-04). "Онтология некодирующих РНК (NCRO): всеобъемлющий ресурс для унификации биологии некодирующих РНК". Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 24. Дои:10.1186 / s13326-016-0066-0. ЧВК 4857245. PMID 27152146.
  39. ^ Брохгаузен М., Чжэн Дж., Биртуэлл Д., Уильямс Х., Маски А.М., Эллис Х.Д., Стокерт CJ (2 мая 2016 г.). «OBIB - новая онтология для биобанкинга». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 23. Дои:10.1186 / s13326-016-0068-у. ЧВК 4855778. PMID 27148435.
  40. ^ Парих П.П., Чжэн Дж., Логан-Клумплер Ф., Стокерт С.Дж., Луис С., Топалис П. и др. (Май 2012 г.). «Онтология жизненного цикла паразитов (OPL): на пути к согласованному словарю стадий жизненного цикла паразитических организмов». Журнал биомедицинской семантики. 3 (1): 5. Дои:10.1186/2041-1480-3-5. ЧВК 3488002. PMID 22621763.
  41. ^ He Y, Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Guo A, Zhang S и др. (2014). «ОАЭ: онтология нежелательных явлений». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 29. Дои:10.1186/2041-1480-5-29. ЧВК 4120740. PMID 25093068.
  42. ^ Wirkner CS, Göpel T, Runge J, Keiler J, Klussmann-Fricke BJ, Huckstorf K и др. (Сентябрь 2017 г.). «Первая основанная на органах онтология членистоногих (онтология кровеносных систем членистоногих - OArCS) и ее интеграция в новую схему формализации морфологических описаний». Систематическая биология. 66 (5): 754–768. Дои:10.1093 / sysbio / syw108. PMID 28123116.
  43. ^ Чжэн Дж., Харрис М.Р., Маски А.М., Линь И, Герой А, Смит Б., Хе И (сентябрь 2016 г.). «Онтология биологической и клинической статистики (OBCS) для стандартизированного и воспроизводимого статистического анализа». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 53. Дои:10.1186 / s13326-016-0100-2. ЧВК 5024438. PMID 27627881.
  44. ^ Хикс А., Ханна Дж., Уэлч Д., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (июль 2016 г.). «Онтология связанных с медициной социальных объектов: последние разработки». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 47. Дои:10.1186 / s13326-016-0087-8. ЧВК 4942889. PMID 27406187.
  45. ^ Chibucos MC, Zweifel AE, Herrera JC, Meza W, Eslamfam S, Uetz P и др. (Ноябрь 2014 г.). «Онтология микробных фенотипов». BMC Microbiology. 14 (1): 294. Дои:10.1186 / s12866-014-0294-3. ЧВК 4287307. PMID 25433798.
  46. ^ Бланк CE, Цуй Х., Мур Л. Р., Стены Р. Л. (декабрь 2016 г.). «MicrO: онтология фенотипических и метаболических признаков, анализов и питательных сред, найденных в таксономических описаниях прокариот». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 18. Дои:10.1186 / s13326-016-0060-6. ЧВК 4830071. PMID 27076900.
  47. ^ Маркос Э., Чжао Б., Хэ И (ноябрь 2013 г.). «Онтология нежелательных явлений вакцин (OVAE) и ее использование для представления и анализа нежелательных явлений, связанных с лицензированными в США вакцинами для человека». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 40. Дои:10.1186/2041-1480-4-40. ЧВК 4177204. PMID 24279920.
  48. ^ Такер Р.В., Диас М.С., Кернер А., Винь-Леббе Р., Сегерделл Е., Хендель М.А., Мунгалл С.Дж. (08.09.2014). «Онтология Porifera (PORO): улучшение систематики губки с помощью анатомической онтологии». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 39. Дои:10.1186/2041-1480-5-39. ЧВК 4177528. PMID 25276334.
  49. ^ Монтекки-Палацци, Луиза; Бивис, Рон; Бинц, Пьер-Ален; Чалкли, Роберт Дж; Коттрелл, Джон; Кризи, Дэвид; Шофшталь, Джим; Сеймур, Шон Л; Гаравелли, Джон S (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Природа Биотехнологии. 26 (8): 864–866. Дои:10.1038 / nbt0808-864. ISSN 1087-0156. PMID 18688235.
  50. ^ Натале Д.А., Ариги С.Н., Блейк Дж. А., Бона Дж., Чен С., Чен С. К. и др. (Январь 2017 г.). «Онтология протеина (PRO): усиление и масштабирование представления белковых сущностей». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D339 – D346. Дои:10.1093 / нар / gkw1075. ЧВК 5210558. PMID 27899649.
  51. ^ Нигам, Раджни; Munzenmaier, Diane H; Уорти, Элизабет А; Dwinell, Melinda R; Симояма, Мэри; Джейкоб, Ховард Дж (2013). «Онтология штаммов крыс: структурированный контролируемый словарь, разработанный для облегчения доступа к данным по штаммам в RGD». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 36. Дои:10.1186/2041-1480-4-36. ISSN 2041-1480. PMID 24267899.
  52. ^ Смит Б., Цеустерс В., Клаггес Б., Кёлер Дж., Кумар А., Ломакс Дж. И др. (2005). «Отношения в биомедицинских онтологиях». Геномная биология. 6 (5): R46. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r46. ЧВК 1175958. PMID 15892874.
  53. ^ Мэлоун Дж, Браун А., Листер А.Л., Изон Дж., Халл Д., Паркинсон Х, Стивенс Р. (2014). «Программная онтология (SWO): ресурс для воспроизводимости в анализе биомедицинских данных, курировании и цифровом хранении». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 25. Дои:10.1186/2041-1480-5-25. ЧВК 4098953. PMID 25068035.
  54. ^ Рамирес MJ, Михалик П. (22.10.2019). «Онтология анатомии паука (SPD) - универсальный инструмент для связи анатомии с междисциплинарными данными». Разнообразие. 11 (10): 202. Дои:10.3390 / d11100202. ISSN 1424-2818.
  55. ^ Мидфорд П., Балхофф Дж., Дахдул В., Котари С., Лапп Г., Лундберг Дж. И др. (06.07.2010). «Онтология таксономии костистости». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.4629.1.
  56. ^ Дайк С.О., Филиппакис А.А., Рамбла Де Арджила Дж., Палту Д.Н., Люткемайер Э.С., Кнопперс Б.М. и др. (Январь 2016 г.). Барш Г.С. (ред.). «Коды согласия: соблюдение стандартных условий использования данных». PLOS Genetics. 12 (1): e1005772. Дои:10.1371 / journal.pgen.1005772. ЧВК 4721915. PMID 26796797.
  57. ^ Ханна Дж., Джозеф Э., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (декабрь 2013 г.). «Создание онтологии лекарств на основе RxNorm и других источников». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 44. Дои:10.1186/2041-1480-4-44. ЧВК 3931349. PMID 24345026.
  58. ^ Шлейер Т.К., Руттенберг А., Дункан В., Хендель М., Торниаи С., Ачарья А. и др. (2013-03-18). «Онтологический метод вторичного использования данных электронной стоматологической карты». Совместные саммиты AMIA по трансляционным научным исследованиям. Совместные саммиты AMIA по трансляционной науке. 2013: 234–8. ЧВК 3845770. PMID 24303273.
  59. ^ Этье Дж. Ф., Бартон А., Тасин Р. (2018-11-09). «Онтологический анализ рецептов на лекарства». Прикладная онтология. 13 (4): 273–294. Дои:10.3233 / ao-180202.
  60. ^ Topalis P, Tzavlaki C, Vestaki K, Dialynas E, Sonenshine DE, Butler R и др. (Февраль 2008 г.). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых. 17 (1): 87–9. Дои:10.1111 / j.1365-2583.2008.00781.x. PMID 18237287.
  61. ^ Линь И, Чжэн Дж, Хэ И (2016-04-19). «VICO: представление на основе онтологий и комплексный анализ форм информированного согласия на вакцинацию». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 20. Дои:10.1186 / s13326-016-0062-4. ЧВК 4837519. PMID 27099700.
  62. ^ He Y, He Y, Cowell L, Diehl A, Mobley H, Peters B. и др. (2009-08-05). "VO: Онтология вакцины". Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3553.
  63. ^ Сегерделл Э., Понферрада В.Г., Джеймс-Цорн С., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Дахдул В.М. и др. (Октябрь 2013). «Улучшенный XAO: онтология анатомии и развития Xenopus лежит в основе более точной аннотации экспрессии генов и запросов в Xenbase». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-4-31. ЧВК 3816597. PMID 24139024.