WikiDer > Редактор молекул

Molecule editor

А редактор молекул это компьютерная программа для создания и изменения представлений химические структуры.

Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры в симулированных двумерное пространство или же трехмерное пространство, через 2D компьютерная графика или же 3D компьютерная графика, соответственно. Двумерный вывод используется в качестве иллюстраций или для запроса химические базы данных. Трехмерный вывод используется для построения молекулярных моделей, обычно как часть молекулярное моделирование программные пакеты.

Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface,[1] РЕКАП,[2] и слайсер молекул[3] позволяют автоматически изменять большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрывать экзоциклические связи», которые могут быть указаны пользователем.

Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись как минимум одного формат файла или же строчная запись. Примеры каждого включают Molfile и упрощенная спецификация ввода строки молекулярного ввода (УЛЫБАЕТСЯ) соответственно.

Файлы, созданные редакторами молекул, могут отображаться молекулярная графика инструменты.

Автономные программы

ПрограммаРазработчики)ЛицензияПлатформыИнформация
ACD / ChemSketchACD / LabsПроприетарныйWindowsХимически интеллектуальный интерфейс для рисования, который позволяет рисовать практически любую химическую структуру, включая органические, металлоорганические, полимеры и структуры Маркуша. бесплатное ПО версия доступна
Амира (программное обеспечение)Визаж изображения
Институт Цузе Берлин
ПроприетарныйОкна, macOS, LinuxДоступна 14-дневная пробная версия
Аскалаф ДизайнерAgile MoleculeGNU GPLLinux, Windowsбесплатное ПО
АвогадроКоманда проекта АвогадроGNU GPLLinux, macOS, Windows3D редактор молекул, визуализатор
BALLViewКоманда проекта BALLGNU GPL-LGPLLinux, macOS, Windowsпросмотрщик, редактор, инструмент моделирования
БиоклипсРазработчики BioclipseEPLкросс-платформенныйЯва, Затмение Платформа богатого клиента (RCP) на основе
БКХИМБеда КосатаGNU GPLкросс-платформенный2D редактор молекул, написанный на Python
ChemDrawПеркинЭлмерПроприетарныйmacOS, WindowsРедактировать химические структуры и реакции
ДенебАтельГрафикаПроприетарныйLinux, WindowsДоступна пробная версия; удобный графический пользовательский интерфейс рабочего стола для пакетов SIESTA, VASP, QE и др.
ChemWindowWileyПроприетарныйWindowsдоступны как часть программной среды KnowItAll; Бесплатное ПО для академических исследований и преподавания
ГабедитАбдулрахман АллушBSDLinux, macOS, Windows3D-редактор молекул, визуализатор
JChemPaintGNU LGPLкросс-платформенныйРедактор 2D структурных формул, написанный на Ява
Молекулярная операционная среда (MOE)Группа химических вычисленийПроприетарныйWindows, Linux, Mac; Язык программирования SVLПлатформа для приложений молекулярного моделирования / открытия лекарств с трехмерным построением и редактированием молекулярных эскизов, двухмерным изображением и преобразованием двухмерных изображений в трехмерные.
САМСОНInriaПроприетарныйWindows, Linux, macOSПрограммная платформа для интегрированной вычислительной нанонауки. Настраивается с помощью SAMSON Elements (модули для SAMSON)
СпартанскийWavefunction, Inc.ПроприетарныйLinux, macOS, Windows
XDrawChemGNU GPLLinux, macOS, Windowsна основе OpenBabel

Апплеты Java

ApJChemPaintGNU LGPLАпплеты редактора и просмотра
Редактор молекул JMEПитер ЭртльПроприетарныйбесплатное ПО Доступна с Молинспирация; Бесплатное ПО для некоммерческого использования

Встраиваемые редакторы JavaScript

ПрограммаРазработчикНастольный браузер IE6-7-8Настольный браузер другоеiPadiPhoneAndroidтелефон с операционной системой Виндоус
Программа КекулеЛаборатория Kekule.jsдадаНеизвестноНеизвестноНеизвестноНеизвестноОпубликовано под лицензией MIT

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Кенни, Питер В .; Садовски, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в открытии лекарств. Методы и принципы медицинской химии. стр.271–285. Дои:10.1002 / 3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
  2. ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П .; Ханн, Майкл М. (1998). «RECAP-ретросинтетическая комбинаторная процедура анализа: новый мощный метод идентификации привилегированных молекулярных фрагментов с полезными приложениями в комбинаторной химии». Журнал химической информации и компьютерных наук. 38 (3): 511–522. Дои:10.1021 / ci970429i. PMID 9611787.
  3. ^ Вьет, Михал; Сигел, Майлз Дж .; Хиггс, Ричард Э .; Уотсон, Ян А .; Робертсон, Дэниел Х .; Савин, Кеннет А .; Дерст, Грегори Л .; Хипскинд, Филип А. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты продаваемых пероральных препаратов». Журнал медицинской химии. 47: 224–232. Дои:10.1021 / jm030267j. PMID 14695836.

внешняя ссылка