WikiDer > ФИЛИП

PHYLIP
Пакет PHYLogeny Inference
Оригинальный автор (ы)Йозеф Фельзенштейн
Разработчики)Вашингтонский университет
изначальный выпускОктябрь 1980 г.; 40 лет назад (1980-10)
Стабильный выпуск
3.697 / 2 ноября 2014 г.; 6 лет назад (2014-11-02)
Репозиторий Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC
Операционная системаWindows, Mac OS X, Linux
Платформаx86, x86-64
Доступно ванглийский
ТипФилогенетика
Лицензия=> v3.697: Открытый исходный код
= проприетарный бесплатное ПО
Интернет сайтэволюция.genetics.washington.edu/ phylip.html

Пакет PHYLogeny Inference (ФИЛИП) является бесплатным вычислительная филогенетика пакет программ для вывода эволюционных деревьев (филогении).[1] Состоит из 35 портативный программы, т.е. исходный код написан на языке программирования C. Начиная с версии 3.696, он лицензируется как программное обеспечение с открытым исходным кодом; версии 3.695 и старше были проприетарное программное обеспечение бесплатное ПО. Релизы происходят в виде исходного кода и предварительно скомпилированного исполняемые файлы для многих операционные системы в том числе Windows (95, 98, ME, NT, 2000, XP, Vista), Mac OS 8, Mac OS 9, OS X, Linux (Debian, Красная Шапка); и FreeBSD с FreeBSD.org.[2]Полная документация написана для всех программ в пакете и включена в него. Автор пакета - профессор Йозеф Фельзенштейн, Департамента геномных наук и Департамента биологии, Вашингтонский университет, Сиэтл.[3]

Методы (реализованные каждой программой), доступные в пакете, включают скупость, матрица расстояний, и методы вероятности, включая деревья самонастройки и консенсуса. Типы данных, которые можно обрабатывать, включают молекулярные последовательности, частоты генов, сайты ограничения а также фрагменты, матрицы расстояний и дискретные символы.[2]

Каждая программа управляется через меню, которое спрашивает пользователей, какие параметры они хотят установить, и позволяет им начать вычисления. Данные считываются в программу из текстового файла, который пользователь может подготовить с помощью любого текстового редактора или текстового редактора (но этот текстовый файл не может быть в специальном формате этого текстового процессора, он должен быть в плоский ASCII или только текст формат). Некоторые программы анализа последовательности, такие как ClustalПрограмма выравнивания W может записывать файлы данных в формате PHYLIP. Большинство программ ищут данные в файле с именем infile. Если они не находят этот файл, они просят пользователя ввести имя файла данных.[2]

Вывод записывается в файлы с такими именами, как Outfile и за пределами. Деревья написаны на за пределами находятся в Формат Ньюика, неофициальный стандарт, согласованный в 1986 году авторами семи основных пакетов филогении.

Компонентные программы

Программы, перечисленные в PHYLIP[4]
Название программыОписание
протпарсОценивает филогении пептидные последовательности с использованием скупость метод
днапарсОценивает филогении последовательностей ДНК с помощью метода экономии
днапенныйМетод экономии ветвей и связей ДНК, находит все наиболее экономные филогении для последовательностей нуклеиновых кислот с помощью поиска по ветвям и связям
dnamoveИнтерактивное построение филогений из последовательностей нуклеиновых кислот с их оценкой методом экономии ДНК, с совместимостью и отображением реконструированных оснований предков
dnacompОценивает филогении по данным последовательностей нуклеиновых кислот с использованием критерия совместимости
днамлОценивает филогении по нуклеотидным последовательностям с помощью максимальная вероятность метод
dnamlkМетод максимального правдоподобия ДНК с молекулярными часами; совместное использование dnaml и dnamlk позволяет критерий отношения правдоподобия для молекулярные часы гипотеза
промлОценивает филогении по аминокислотным последовательностям белков с использованием метода максимального правдоподобия.
промлкМетод максимального правдоподобия белковой последовательности с молекулярными часами
restmlОценка филогенеза по максимальной вероятности с использованием данных рестрикционных сайтов; не по рестрикционным фрагментам, а по наличию или отсутствию отдельных сайтов
днаинварДля данных о последовательности нуклеиновых кислот для четырех видов вычислил Лейк и Кавендера. филогенетические инварианты, которые тестируют альтернативные древовидные топологии
dnadistМетод расстояния ДНК, который вычисляет четыре различных расстояния между видами по последовательностям нуклеиновых кислот; расстояния могут затем использоваться в программах матрицы расстояний
протдистМетод расстояния между последовательностями белков, который вычисляет меру расстояния для последовательностей с использованием оценок максимального правдоподобия на основе Dayhoff Матрица PAM, Приближение Кимуры 1983 года к этому, или модель, основанная на генетическом коде плюс ограничение на переход на другую категорию аминокислот
рестдистРасстояния, рассчитанные на основе данных сайтов ограничения или данных фрагментов ограничения
seqbootПрограмма начальной загрузки; читает в набор данных, и генерирует из него несколько наборов данных путем повторной выборки начальной загрузки
фитчФитч-Марголиаш матрица расстояний метод; оценивает филогении на основе данных матрицы расстояний под аддитивная модель дерева согласно которому предполагается, что расстояния равны сумме длин ветвей между видами
китчМетод матрицы расстояний Фитча-Марголиаша с молекулярными часами; оценивает филогении на основе данных матрицы расстояний под ультраметрический модель, аналогичная модели аддитивного дерева, за исключением того, что предполагается наличие эволюционных часов
соседРеализация методов присоединение соседа и UPGMA
contmlМаксимально вероятные непрерывные символы и частоты генов; оценивает филогении на основе данных о частоте генов по максимальной вероятности в рамках модели, в которой все расхождения происходят из-за генетического дрейфа при отсутствии новых мутаций; также проводится анализ максимального правдоподобия непрерывных персонажей, которые развиваются по модели броуновского движения, предполагая, что персонажи развиваются с одинаковой скоростью и некоррелированным образом; не учитывает корреляции персонажей
контрастЧитает дерево из файла дерева и набор данных с данными непрерывных символов и генерирует независимые контрасты для этих символов для использования в любом пакете многомерной статистики
гендерПрограмма генетической дистанции, которая вычисляет одну из трех различных формул генетической дистанции на основе данных частоты генов.
парсыНеупорядоченный метод экономии дискретных символов с несколькими состояниями
смешиваниеОценивает филогении с помощью некоторых методов экономии для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); позволяет использовать методы: Вагнера, Камин-Сокаля или произвольные смеси
пенниСмешанный метод ветвей и границ, который находит все самые экономные филогении для дискретно-символьных данных с двумя состояниями, для критериев Вагнера, Камина-Сокаля и смешанной экономии с использованием метода точного поиска по ветвям и границам
шагИнтерактивное построение филогении из дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); оценивает критерии экономичности и совместимости для этих филогений и отображает реконструированные состояния по всему дереву
ложкаОценивает филогении по Долло или критерии экономии полиморфизма для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1)
долпенныйНаходит все или наиболее экономные филогении для дискретных данных с двумя состояниями, для критериев экономии Долло или полиморфизма с использованием метода точного поиска по ветвям и границам
долманИнтерактивное построение филогений из дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1) с использованием критериев экономии Долло или полиморфизма; оценивает критерии экономичности и совместимости для этих филогений; отображает реконструированные состояния по всему дереву
кликаНаходит наибольшую группу взаимно совместимых символов и рекомендуемую ими филогению для дискретных символьных данных с двумя состояниями (0, 1); самая большая клика (или все клики в пределах заданного диапазона размеров самой большой) обнаруживаются с помощью метода быстрого поиска по ветвям и границам
факторПрограмма перекодирования символов, которая принимает дискретные данные с несколькими состояниями с деревьями состояний символов и выдает соответствующий набор данных с двумя состояниями (0, 1)
DrawgramПрограмма для рисования корневого дерева, которая отображает корневые филогении, кладограммы и фенограммы в большом количестве форматов, контролируемых пользователем. Программа является интерактивной и позволяет предварительно просмотреть дерево на графических экранах ПК или Macintosh, а также на графических терминалах Tektronix или Digital.
деревоПрограмма для рисования деревьев без корней похожа на DRAWGRAM, но отображает филогении
согласиеПрограмма дерева консенсуса, которая вычисляет деревья методом дерева большинства правил, что также позволяет легко находить дерево строгого консенсуса; невозможно вычислить дерево консенсуса Адамса
лесникВычисляет Робинсон – Фулдс симметричное разностное расстояние между деревьями, которое допускает различия в топологии дерева
отступатьПрограмма интерактивной перестановки дерева, которая считывает дерево (с указанием длины ветвей, если необходимо) и позволяет изменять корень дерева, переворачивать ветви, изменять названия видов и длину ветвей, а затем записывать результат; может использоваться для преобразования между корневыми и некорневыми деревьями

использованная литература

  1. ^ Фельзенштейн, Дж. (1981). «Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия». Журнал молекулярной эволюции. 17 (6): 368–376. Bibcode:1981JMolE..17..368F. Дои:10.1007 / BF01734359. PMID 7288891.
  2. ^ а б c "Страница общей информации PHYLIP". Получено 2010-02-14.
  3. ^ Йозеф Фельзенштейн (Август 2003 г.). Вывод филогении. Sinauer Associates. ISBN 0-87893-177-5. Архивировано из оригинал на 2011-10-22. Получено 2006-03-24.
  4. ^ "Сайт-зеркало документации пакета PHYLIP". Архивировано из оригинал на 2005-10-19. Получено 2006-03-24.

внешняя ссылка