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Protein S ist ein gerinnungshemmender Faktor die die Gerinnung hemmen können. Protein S ist zu etwa 60 % an C4b-bindendes Protein gebunden (das eine Rolle bei der Entzündung). Nur das freie Protein S ist bei der Antikoagulation aktiv.

Das freie Protein S hemmt die durch das Protein aktivierte Gerinnung Protein C um den Gerinnungsfaktor V zu senken und die Bildung von Thrombin zu stoppen. Dies stoppt die Produktion der Fibrinfäden.

Eine Thrombose kann daher bei einem Mangel an freiem Protein S auftreten. Dieser Mangel kann erblich bedingt sein (bei etwa 5 % der Patienten mit a venöse Thrombose), sondern auch erworben. Bei einer Hormontherapie (wie der Pille) und während der Schwangerschaft kann das freie Protein S abnehmen. Der Protein-S-Spiegel kann auch während einer Antikoagulanzientherapie sinken, weshalb es nicht klar ist, einen Mangel während der Therapie festzustellen.