WikiDer > Расширение на одно основание

Single-base extension

Однобазовое расширение (SBE) это метод определения личности нуклеотид база в определенном месте вдоль нуклеиновая кислота. Метод используется для идентификации однонуклеотидный полиморфизм (SNP).

В методе олигонуклеотид праймер гибридизуется с комплементарной областью нуклеиновой кислоты с образованием дуплекса, при этом концевой 3’-конец праймера непосредственно примыкает к нуклеотидному основанию, которое необходимо идентифицировать. Используя ДНК-полимеразу, олигонуклеотидный праймер ферментативно удлиняется одним основанием в присутствии всех четырех терминаторов нуклеотидов; терминатор нуклеотида, комплементарный основанию в исследуемой матрице, включается и идентифицируется. Присутствие всех четырех терминаторов подавляет неправильное включение некомплементарных нуклеотидов. Для определения идентичности включенного терминатора может быть использовано множество подходов, включая флуоресцентное мечение, масс-мечение для масс-спектрометрии, мечение изотопов, мечение основания гаптеном и хромогенное обнаружение с помощью конъюгата антитело против гаптена-фермент (например, с помощью формат ELISA).

Метод был изобретен Филипом Голетом, Майклом Кнаппом, Ричардом Дугласом и Стивеном Андерсоном во время работы в компании Molecular Tool. Этот подход был разработан для высокопроизводительного генотипирования SNP и первоначально назывался «Генетический битовый анализ» (GBA). Illumina, Inc. использует этот метод в своей технологии Infinium (http://www.illumina.com/technology/beadarray-technology/infinium-hd-assay.html) измерять Метилирование ДНК уровни в геноме человека.

Рекомендации

  • Филип Гоэлет, Майкл Р. Кнапп, Стивен Андерсон (1999), Патент США № 5,888,819. Вашингтон, округ Колумбия: Бюро по патентам и товарным знакам США.