WikiDer > UPF3B
UPF3B
Регулятор бессмысленных транскриптов 3B это белок что у людей кодируется UPF3B ген.[5][6][7]
Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, участвующего как в ядерном экспорте мРНК, так и в надзоре за мРНК. Кодируемый белок является одним из двух функциональных гомологов дрожжевого Upf3p. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок связывается с мРНК и остается связанным после ядерного экспорта, действуя как ядерно-цитоплазматический челночный белок. Он образует с Y14 комплекс, который специфически связывается на 20 нуклеотидов выше экзон-экзонных соединений. Этот ген расположен на длинном плече хромосомы X. Для этого гена были обнаружены два варианта сплайсинга, кодирующие разные изоформы.[7]
Взаимодействия
UPF3B был показан взаимодействовать с участием UPF2[6][8][9][10] и UPF1.[6][9][11]
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000125351 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036572 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Серин Г., Герсаппе А., Блэк Д. Д., Аронофф Р., Макват Л. Е. (январь 2001 г.). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)». Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. Дои:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. ЧВК 88795. PMID 11113196.
- ^ а б c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (февраль 2001 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Ячейка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.
- ^ а б «Ген Entrez: UPF3B UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов (дрожжи)».
- ^ Ленер, Бен; Сандерсон Кристофер М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ISSN 1088-9051. ЧВК 442147. PMID 15231747.
- ^ а б Лежен, Фабрис; Ли Сяоцзе; Maquat Lynne E (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Ячейка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
- ^ Ликке-Андерсен, Йенс (декабрь 2002 г.). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Cell. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. ЧВК 134073. PMID 12417715.
- ^ Шелл, Томас; Кехер Томас; Вильм Матиас; Серафин Бертран; Кулозик Андреас Э; Хентце Маттиас W (август 2003 г.). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
дальнейшее чтение
- Кросс С.Х., Чарльтон Дж. А., Нэн Х, Берд А. П. (1994). «Очистка CpG-островков с использованием колонки для связывания метилированной ДНК». Nat. Genet. 6 (3): 236–44. Дои:10.1038 / ng0394-236. PMID 8012384.
- Уилсон К.Ф., Фортес П., Сингх США и др. (1999). «Комплекс, связывающий ядерный кэп, является новой мишенью для передачи сигнала, связанного с рецептором фактора роста». J. Biol. Chem. 274 (7): 4166–73. Дои:10.1074 / jbc.274.7.4166. PMID 9933612.
- Ким В.Н., Катаока Н., Дрейфус Г. (2001). «Роль нонсенс-опосредованного фактора распада hUpf3 в зависимом от сплайсинга комплексе экзон-экзонного соединения». Наука. 293 (5536): 1832–6. Дои:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873.
- Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Связь положения экзон-экзонных соединений с аппаратом наблюдения мРНК с помощью белка RNPS1». Наука. 293 (5536): 1836–9. Дои:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874.
- Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). «Комплекс соединения экзонов обнаруживается на мРНК, связанной с CBP80, но не связанной с eIF4E, в клетках млекопитающих: динамика ремоделирования мРНП». EMBO J. 21 (13): 3536–45. Дои:10.1093 / emboj / cdf345. ЧВК 126094. PMID 12093754.
- Ликке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Cell. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК 134073. PMID 12417715.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белка, сходного с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который участвует в дефосфорилировании Upf1». РНК. 9 (1): 77–87. Дои:10.1261 / rna.2137903. ЧВК 1370372. PMID 12554878.
- Геринг Н.Х., Ной-Йилик Г., Шелл Т. и др. (2003). «Y14 и hUpf3b образуют комплекс, активирующий NMD». Мол. Ячейка. 11 (4): 939–49. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00142-4. PMID 12718880.
- Шелл Т., Кохер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
- Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Ячейка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Кадлец Дж, Изаурральде Э, Кьюсак С (2004). «Структурная основа взаимодействия между нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК UPF2 и UPF3». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (4): 330–7. Дои:10.1038 / nsmb741. PMID 15004547.
- Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
- Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID 15635413.
- Ким Ю.К., Фурик Л., Desgroseillers L, Maquat LE (2005). «Staufen1 млекопитающих рекрутирует Upf1 на специфические 3'UTR мРНК, чтобы вызвать распад мРНК». Ячейка. 120 (2): 195–208. Дои:10.1016 / j.cell.2004.11.050. PMID 15680326.
- Геринг Н.Х., Кунц Дж. Б., Ной-Йилик Г. и др. (2005). «Компоненты комплекса экзон-соединения определяют различные пути нонсенс-опосредованного распада мРНК с дифференциальными требованиями к кофактору». Мол. Ячейка. 20 (1): 65–75. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.08.012. PMID 16209946.
- Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW и др. (2006). «Функции hUpf3a и hUpf3b в нонсенс-опосредованном распаде и трансляции мРНК». РНК. 12 (6): 1015–22. Дои:10.1261 / rna.12506. ЧВК 1464862. PMID 16601204.
Галерея PDB | |
|---|---|
|
 | Эта статья о ген на человека Х хромосома и / или связанный с ним белок это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |