WikiDer > Суперсемейство APC

APC superfamily
Идентификаторы
СимволAPC
TCDB2.A.3
OPM суперсемейство64

В аминокислота-полиамин-органокатион (APC) надсемейство второй по величине надсемейство из вторичные белки-носители в настоящее время известно,[1] и он содержит несколько Носители растворенных веществ.[2][3] Первоначально суперсемейство APC состояло из подсемейств под классификационным номером транспортера (TC #). 2.A.3. С тех пор это суперсемейство было расширено и теперь включает восемнадцать различных семейств.

Самые последние добавленные семейства включают PAAP (Предполагаемая аминокислотная пермеаза), LIVCS (аминокислота с разветвленной цепью: катионный симпортер), NRAMP (белок макрофагов, связанный с естественной резистентностью), CstA (белок углеродного голодания A), KUP (K+ Поглощение пермеазы), BenE (бензоат: H+ Virginia Symporter) и AE (анионообменник). Биоинформатический и филогенетический анализ используется для постоянного расширения существующих в настоящее время семей и суперсемейств.

Другими составляющими суперсемейства APC являются Семья AAAP (ТК № 2.А.18), семейство HAAAP (TC № 2.A.42) и Семья LCT (TC № 2.A.43). Некоторые из этих белков содержат 11 ТМС. Эукариотические члены этого суперсемейства были рассмотрены Wipf et al. (2002) [4] и Fischer et al. (1998).[5][6]

Семьи

В настоящее время признанные семейства в пределах суперсемейства APC (с номерами TC синим цветом) включают:[6]

Белки APC у человека

У человека экспрессируется несколько белков APC, и они SLC белки.[3][7][2] Существует 11 семейств SLC, включая белки APC: SLC4, 5, 6, 7, 11, 12, 23, 26, 32, 36 и 38.[3] В атипичный SLC TMEM104 также принадлежит клану APC.[3]

Структура и функции

Топология хорошо охарактеризованного человеческого анионообменника 1 (AE1) соответствует UraA-подобной топологии 14 TMS (12 α-спиральных TMS и 2 смешанных спиральных / спиральных TMS). Все функционально охарактеризованные члены суперсемейства APC используют симпорт катионов для накопления субстрата, за исключением некоторых членов семейства AE, которые часто используют анион: анионный обмен. Все новые записи содержат две 5 или 7 повторяющихся единиц TMS, характерных для суперсемейства APC, иногда с дополнительными TMS на концах, вероятно, в результате добавления до дублирования. Семейство CstA содержит наибольшее разнообразие TMS. Новые функционально охарактеризованные члены транспортируют аминокислоты, пептиды и неорганические анионы или катионы. За исключением анионов, это типичные субстраты установленных членов суперсемейства APC. ТМС активного центра богаты остатками глицила в вариабельном, но консервативном расположении.

В CadB of Кишечная палочка (2.A.3.2.2), аминокислотные остатки, участвующие как в захвате, так и в экскреции или исключительно в экскреции, расположены в цитоплазматических петлях и цитоплазматической стороне трансмембранных сегментов, тогда как остатки, участвующие в захвате, расположены в периплазматических петлях и трансмембранных сегментах.[8] Предполагается, что гидрофильная полость образована трансмембранными сегментами II, III, IV, VI, VII, X, XI и XII.[8] Основываясь на трехмерных структурах членов суперсемейства APC, Рудник (2011) предложил путь переноса и предложил "качающийся пучок " механизм.[6][9][10]

Структура и функция кадаверин-лизинового антипортера CadB (2.A.3.2.2), и антипортер путресцина-орнитина PotE (2.A.3.2.1), в Кишечная палочка были оценены с использованием модельных структур на основе кристаллической структуры AdiC (2.A.3.2.5), антипортер агматин-аргинин (PDB: 3L1L). Центральная полость CadB, содержащая сайт связывания субстрата, шире, чем у PotE, что отражает различные размеры кадаверина и путресцина. Размер центральной полости CadB и PotE зависит от угла трансмембранной спирали 6 (TM6) относительно периплазмы. Tyr (73), Tyr (89), Tyr (90), Glu (204), Tyr (235), Asp (303) и Tyr (423) из CadB, а также Cys (62), Trp (201), Glu (207), Trp (292) и Tyr (425) PotE сильно участвуют в антипортовой активности. Кроме того, Trp (43), Tyr (57), Tyr (107), Tyr (366) и Tyr (368) из CadB предпочтительно участвуют в поглощении кадаверина при нейтральном pH, в то время как только Tyr (90) из PotE участвует. преимущественно в поглощении путресцина. Результаты показали, что центральная полость CadB состоит из TM 2, 3, 6, 7, 8 и 10, а PotE состоит из TM 2, 3, 6 и 8. Для распознавания кадаверина в организме необходимы несколько остатков. периплазма, потому что уровень кадаверина намного ниже, чем уровень путресцина при нейтральном pH.[6]

Примерно бочкообразная субъединица AdiC размером прибл. Диаметр 45 Å состоит из 12 трансмембранных спиралей, TMS1 и TMS6 прерываются короткими неспиральными участками в середине их трансмембранных промежутков.[11] Биохимический анализ гомологов определяет амино- и карбоксиконцы на внутриклеточной стороне мембраны. TM1 – ​​TM10 окружают большую полость, открытую для внеклеточного раствора. Эти десять спиралей содержат два перевернутых структурных повтора. TM1-TM5 AdiC хорошо выравниваются с TM6-TM10, повернутым «вверх ногами» вокруг псевдодвухкратной оси, почти параллельной плоскости мембраны. Таким образом, TMS1 соединяется с TMS6, TMS2 с TMS7 и т. Д. Спирали TMS11 и TMS12, не участвующие в этом повторе, обеспечивают большую часть гомодимерного интерфейса 2500 Å 2. AdiC отражает общую складку, неожиданно наблюдаемую в четырех филогенетически не связанных семействах Na+-связанные транспортеры растворенных веществ: BCCT (2.A.15), NCS1 (2.A.39), SSS (2.A.21) и НСС (2.A.22).[6][11]

Транспортные реакции

Транспортные реакции, обычно катализируемые членами суперсемейства APC, включают:[6]

Растворенное вещество: протонный симпорт

Раствор (выход) + нГн+ (выход) → растворенное вещество (вход) + nH+ (в).

Растворенное вещество: растворенный антипорт

Растворитель-1 (на выходе) + Раствор-2 (на входе) ⇌ Раствор-1 (на входе) + Раствор-2 (на выходе).

Эти реакции могут различаться для некоторых членов семьи.

Рекомендации

  1. ^ Vastermark A, Wollwage S, Houle ME, Rio R, Saier MH (октябрь 2014 г.). «Расширение суперсемейства вторичных носителей APC». Белки. 82 (10): 2797–811. Дои:10.1002 / prot.24643. ЧВК 4177346. PMID 25043943.
  2. ^ а б Höglund, Pär J .; Nordström, Karl J. V .; Schiöth, Helgi B .; Фредрикссон, Роберт (апрель 2011 г.). «Семейства носителей растворенных веществ имеют удивительно долгую историю эволюции, при этом большинство человеческих семейств существовали до расхождения видов Bilaterian». Молекулярная биология и эволюция. 28 (4): 1531–1541. Дои:10.1093 / molbev / msq350. ISSN 1537-1719. ЧВК 3058773. PMID 21186191.
  3. ^ а б c d Перланд, Эмели; Фредрикссон, Роберт (март 2017 г.). «Системы классификации вторичных активных транспортеров». Тенденции в фармакологических науках. 38 (3): 305–315. Дои:10.1016 / j.tips.2016.11.008. ISSN 1873-3735. PMID 27939446.
  4. ^ Випф Д., Людвиг Ю., Тегедер М., Рентч Д., Кох В., Фроммер В. Б. (март 2002 г.). «Сохранение переносчиков аминокислот в грибах, растениях и животных». Тенденции в биохимических науках. 27 (3): 139–47. Дои:10.1016 / s0968-0004 (01) 02054-0. PMID 11893511.
  5. ^ Фишер, Вашингтон; Андре, B; Рентч, Д; Кролкевич, S; Тегедер, М; Breitkreuz, K; Фроммер, ВБ (1998). «Транспорт аминокислот в растениях». Тенденции Plant Sci. 3 (188–195).
  6. ^ а б c d е ж Saier, MH Jr. "2.A.3 Суперсемейство аминокислота-полиамин-органокация (APC)". База данных классификации транспортеров. Группа компаний Saier Lab Bioinformatics.
  7. ^ Hediger, Matthias A .; Ромеро, Майкл Ф .; Пэн, Цзи-Бин; Рольфс, Андреас; Таканага, Хитоми; Бруфорд, Элспет А. (февраль 2004 г.). «Азбука переносчиков растворенных веществ: физиологические, патологические и терапевтические последствия введения белков мембранного транспорта человека». Архив Пфлюгера: Европейский журнал физиологии. 447 (5): 465–468. Дои:10.1007 / s00424-003-1192-у. ISSN 0031-6768. PMID 14624363.
  8. ^ а б Соксаватмаэхин В., Уэмура Т., Фукиваке Н., Кашиваги К., Игараси К. (сентябрь 2006 г.). «Идентификация сайта распознавания кадаверина на кадаверин-лизиновом антипортере CadB». Журнал биологической химии. 281 (39): 29213–20. Дои:10.1074 / jbc.m600754200. PMID 16877381.
  9. ^ Форрест Л.Р., Рудник Г. (декабрь 2009 г.). «Качающийся пучок: механизм для ионно-связанных потоков растворенных веществ с помощью симметричных переносчиков». Физиология. 24 (6): 377–86. Дои:10.1152 / Physiol.00030.2009. ЧВК 3012352. PMID 19996368.
  10. ^ Рудник Г. (сентябрь 2011 г.). «Путь проникновения в цитоплазму переносчиков нейромедиаторов». Биохимия. 50 (35): 7462–75. Дои:10.1021 / bi200926b. ЧВК 3164596. PMID 21774491.
  11. ^ а б Фанг Y, Джаярам Х., Шейн Т., Колмакова-Партенски Л., Ву Ф., Уильямс С., Сюн Й., Миллер С. (август 2009 г.). «Структура прокариотического виртуального протонного насоса при разрешении 3,2 А». Природа. 460 (7258): 1040–3. Дои:10.1038 / природа08201. ЧВК 2745212. PMID 19578361.

дальнейшее чтение

По состоянию на это редактирование, в этой статье используется контент из "Суперсемейство аминокислот-полиаминов-органических соединений (APC)", который лицензирован таким образом, чтобы разрешить повторное использование в соответствии с Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Непортированная лицензия, но не под GFDL. Все соответствующие условия должны быть соблюдены.