WikiDer > Ориентации белков в базе данных мембран

Orientations of Proteins in Membranes database
Ориентация белков в мембранах
Содержание
ОписаниеБаза данных обеспечивает пространственное расположение белки в липидный бислой
Типы данных
захвачен
Белковые структуры от PDB
ОрганизмыВсе
Контакт
Исследовательский центрФармацевтический колледж Мичиганского университета
Основное цитированиеPMID 16397007
Дата выхода2005
Доступ
Формат данныхмодифицированный Формат PDB
Интернет сайтhttp://opm.phar.umich.edu
Скачать URLФайлы OPM
Инструменты
ИнтернетСервер для расчета позиций белков в мембранах
Разное
ЛицензияCC-BY 3.0
Версия2.0
Политика курированияКураторский

Ориентация белков в мембранах (OPM) база данных обеспечивает пространственное положение мембранный белок структуры с уважением к липидный бислой.[1][2][3][4] Положения белков рассчитываются с использованием неявная модель сольватации липидного бислоя.[5][6] Результаты расчетов подтверждены экспериментальными исследованиями пространственного расположения трансмембранный и периферийный белки в мембранах.[4][7][8][9][10][11][12]

Белковые структуры взяты из Банк данных белков. OPM также обеспечивает структурную классификацию ассоциированных с мембранами белков на семейства и суперсемейства, топология мембраны, четвертичная структура белков в мембраносвязанном состоянии и тип назначения мембрана для каждого белка. Файлы координат с рассчитанными границами мембраны доступны для скачивания. Сайт позволяет визуализировать белковые структуры с граничными плоскостями мембран через Jmol.

База данных широко использовалась в экспериментальных и теоретических исследованиях мембранно-ассоциированных белков.[13][14][15][16][17] Однако структуры многих мембранно-ассоциированных белков не включаются в базу данных, если их пространственное расположение в мембране нельзя предсказать с помощью вычислений на основе трехмерной структуры. Это тот случай, когда все прикрепляющиеся к мембране части белков (амфифильный альфа спирали, открытые неполярные остатки, или липидированные аминокислотные остатки) отсутствуют в экспериментальных структурах.[4] База данных также не включает структуры с более низким разрешением с только атомами основной цепи, предоставленными Банк данных белков. Расчетное пространственное расположение белковых структур с более низким разрешением в липидном бислое можно найти в других источниках, таких как PDBTM.[18]

Рекомендации

  1. ^ ST NetWatch: белковые базы данных В архиве 2013-06-02 в Wayback Machine обзор OPM в списке Signal Transduction NetWatch от Наука
  2. ^ Ломизе, Михаил А .; Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Мосберг, Генри I. (2006). "OPM: Ориентация белков в базе данных мембран" (PDF). Биоинформатика. 22 (5): 623–625. Дои:10.1093 / биоинформатика / btk023. PMID 16397007.
  3. ^ Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Ломизе, Михаил А .; Мосберг, Генри I. (2006). «Размещение белков в мембранах: вычислительный подход» (PDF). Белковая наука. 15 (6): 1318–1333. Дои:10.1110 / пс 062126106. ЧВК 2242528. PMID 16731967.
  4. ^ а б c Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Ломизе, Михаил А .; Мосберг, Генри I. (2007). «Роль гидрофобных взаимодействий в позиционировании периферических белков в мембранах» (PDF). BMC Структурная биология. 7 (44): 44. Дои:10.1186/1472-6807-7-44. ЧВК 1934363. PMID 17603894.
  5. ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д .; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 1. Параметризация дальнодействующей электростатики и эффектов первой сольватационной оболочки». Журнал химической информации и моделирования. 51 (4): 918–929. Дои:10.1021 / ci2000192. ЧВК 3089899. PMID 21438609.
  6. ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д .; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 2. Энергетика внедрения малых молекул, пептидов и белков в мембраны». Журнал химической информации и моделирования. 51 (4): 930–946. Дои:10.1021 / ci200020k. ЧВК 3091260. PMID 21438606.
  7. ^ Malmberg, Nathan J .; Фальке, Джозеф Дж. (2005). «Использование насыщения мощности ЭПР для анализа геометрии стыковки с мембраной периферических белков: приложения к доменам C2». Annu Rev Biophys Biomol Struct. 34: 71–90. Дои:10.1146 / annurev.biophys.34.040204.144534. ЧВК 3637887. PMID 15869384.
  8. ^ Спенсер, Эндрю Дж .; Турессон, Элизабет; Отто, Джеймс С.; Песня, Инсок; Смит, Тим; DeWitt, Дэвид Л .; Гаравито, Р. Майкл; Смит, Уильям Л. (1999). «Мембранные связывающие домены простагландин-эндопероксид H-синтаз 1 и 2. Пептидное картирование и мутационный анализ». J Biol Chem. 274 (46): 32936–32942. Дои:10.1074 / jbc.274.46.32936. PMID 10551860.
  9. ^ Латроп, Брайан; Гадд, Марта; Biltonen, Rodney L .; Правило, Гордон С. (2001). "Изменения в Ca2+ сродство при активации Агкистродон piscivorus piscivorus фосфолипаза А2". Биохимия. 40 (11): 3264–3272. Дои:10.1021 / bi001901n. PMID 11258945.
  10. ^ Кутателадзе, Татьяна; Overduin, Майкл (2001). «Структурный механизм стыковки эндосом с помощью домена FYVE». Наука. 291 (5509): 1793–1796. Bibcode:2001Наука ... 291,1793K. Дои:10.1126 / science.291.5509.1793. PMID 11230696.
  11. ^ Татулян, Сурен А .; Цинь, Шань; Pande, Abhay H .; Он, Сяомэй (2005). «Позиционирование мембранных белков с помощью новых белковых инженерных и биофизических подходов». Дж Мол Биол. 351 (5): 939–947. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.06.080. PMID 16055150.
  12. ^ Христова, Калина; Уимли, Уильям С .; Мишра, Винод К .; Anantharamiah, G.M .; Segrest, Jere P .; Уайт, Стивен Х. (2 июля 1999 г.). «Амфипатическая α-спираль на границе раздела мембран: структурное исследование с использованием нового метода дифракции рентгеновских лучей». Дж Мол Биол. 290 (1): 99–117. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2840. PMID 10388560.
  13. ^ Парк, Юнгки; Хелмс, Волхард (2007). «О выводе шкал предрасположенности для прогнозирования экспонированных трансмембранных остатков белков спиральной мембраны». Биоинформатика. 23 (6): 701–708. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl653. PMID 17237049.
  14. ^ Марш, Дерек; Йост, Миха; Пеггион, Кристина; Тониоло, Клаудио (2007). «Спиновые метки TOAC в основе аламетицина: исследования ЭПР в липидных мембранах». Биофиз. Дж. 92 (2): 473–481. Bibcode:2007BpJ .... 92..473M. Дои:10.1529 / biophysj.106.092775. ЧВК 1751395. PMID 17056731.
  15. ^ Пунта, Марко; Форрест, Люси Р .; Бигелоу, Генри; Керницкий, Андрей; Лю, Цзиньфэн; Рост, Буркхард (2007). «Методы прогнозирования мембранного белка». Методы. 41 (4): 460–474. Дои:10.1016 / j.ymeth.2006.07.026. ЧВК 1934899. PMID 17367718.
  16. ^ Черезов, В; Ямасита, Э; Лю, Вт; Жальнина, М; Крамер, Вашингтон; Кэффри, М. (8 декабря 2006 г.). "В Мезо Структура переносчика кобаламина, BtuB, при разрешении 1,95 Ангстрема ». J. Mol. Биол. 364 (4): 716–734. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.09.022. ЧВК 1808586. PMID 17028020.
  17. ^ Пали, Тибор; Баштовый, Денис; Марш, Дерек (2006). «Стехиометрия липидных взаимодействий с трансмембранными белками - выведена из трехмерных структур». Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. Дои:10.1110 / пс. 052021406. ЧВК 2242517. PMID 16641489.
  18. ^ «PDBTM: Банк данных о трансмембранных белках». Архивировано из оригинал на 2013-12-25. Получено 2007-06-20.