WikiDer > Архейская транскрипция

Archaeal transcription
Транскрипция - это процесс копирования ДНК в РНК, обычно мРНК.

Архейская транскрипция это процесс, в котором сегмент архейной ДНК копируется во вновь синтезированную цепь РНК используя подошву Pol II-подобный РНК-полимераза (РНАП). Процесс происходит в три основных этапа: начало, удлинение и завершение; и конечным результатом является цепь РНК, которая комплементарна одной цепи ДНК. Номер факторы транскрипции управлять этим процессом с гомологами в обоих бактерии и эукариоты, с основным оборудованием, более похожим на эукариотическая транскрипция.[1][2]

Поскольку у архей нет ядра, заключенного в мембраны, как у бактерий, транскрипция и перевод может произойти в то же время на вновь сгенерированном участке мРНК. Опероны широко распространены у архей.[3]

Посвящение

Посвящение в архее регулируется ТАТА-связывающий белок (TBP), Фактор транскрипции архей B (TFB) и фактор транскрипции архей E (TFE), которые гомологичны эукариотическому TBP, TFIIB, и TFIIE соответственно. Эти факторы признают промоутер основная последовательность (Коробка ТАТА, B элемент распознавания) выше кодирующей области и привлекает RNAP для формирования закрытого комплекс преинициации транскрипции (ПОС).[2]

PIC переводится в открытое состояние с «плавлением» локальной спирали ДНК для загрузки матричной цепи ДНК. RNAP подвергается "неудачное начало": он создает и высвобождает множество коротких (2-15 нт) сегментов перед генерацией транскрипта значительной длины. Это продолжается до тех пор, пока он не пройдет мимо промотора (ускользание от промотора), ослабляя захват TBP на ДНК и заменяя TFE факторами элонгации Spt4 / 5. Как именно происходит этот побег, еще предстоит изучить.[2]

Удлинение

После выхода из области промотора РНКП переходит в состояние элонгации, где она продолжает наращивать новую цепь РНК в процессивный процесс. Двухцепочечная ДНК, которая входит спереди фермента, расстегивается, чтобы использовать матричную цепь для синтеза РНК. Для каждой ДНК базовая пара разделенные продвигающейся полимеразой, сразу образуется одна гибридная пара оснований РНК: ДНК. Нити ДНК и возникающая цепь РНК выходят из отдельных каналов; две цепи ДНК воссоединяются на заднем конце пузыря транскрипции, в то время как однониточная РНК появляется одна.[2]

Ряд факторов удлинения влияет на скорость и процессивность RNAP. Факторы Spt4/Spt5 семейство (бактериальный гомолог Spt5 называется NusG) стимулируют транскрипцию путем связывания с зажимом RNAP на одной стороне канала ДНК и с петлей ворот - с другой. Результирующий DSIF фиксирует зажим в закрытом состоянии, чтобы предотвратить диссоциацию комплекса удлинения (EC). Spt5 также имеет NGN домен это помогает двум прядям разделиться. А KOW домен вероятно, присоединяет RNAP к рибосоме, так что трансляция и транскрипция происходят вместе.[2]

У некоторых архей есть Эльф1 гомолог, который также может действовать как фактор удлинения.[2]

Возврат

RNAP иногда останавливается и начинает движение назад, когда сталкивается с препятствием или некоторыми сложными последовательностями. Когда это происходит, ЭК застревает, потому что реактивный 3 'край РНК выходит за пределы активного сайта. Фактор расщепления транскрипта TFS (a TFIIS homolog) помогает решить эту проблему, создавая разрез, чтобы на активном сайте был доступен новый 3 'конец. У некоторых архей есть до 4 паралогов TFS с расходящимися функциями.[2]

Прекращение

Об окончании архей известно немногое. Эвриархейные RNAP, по-видимому, завершаются сами по себе, когда появляются поли-U-участки.[2]

Рекомендации

  1. ^ Кирпидес, Северная Каролина; Узунис, Калифорния (20 июля 1999 г.). «Транскрипция в архее». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (15): 8545–50. Дои:10.1073 / пнас.96.15.8545. ЧВК 17553. PMID 10411912.
  2. ^ а б c d е ж грамм час Робинсон, Николас П .; Фуко, Томас; Бломбах, Фабиан; Cackett, Гвенни; Карти, Алиса Э .; Matelska, Dorota M .; Офер, Сапир; Пилотто, Симона; Фунг, Дуй Ханх; Вернер, Финн (14 декабря 2018 г.). «Передний край архейной транскрипции». Новые темы наук о жизни. 2 (4): 517–533. Дои:10.1042 / ETLS20180014.
  3. ^ Сантанджело, TJ; Cubonová, L; Мацуми, Р. Атоми, H; Иманака, Т; Рив, Дж. Н. (март 2008 г.). «Полярность в транскрипции оперона архей у Thermococcus kodakaraensis». Журнал бактериологии. 190 (6): 2244–8. Дои:10.1128 / JB.01811-07. ЧВК 2258858. PMID 18192385.