WikiDer > Изоэлектрическая фокусировка

Isoelectric focusing
Схема изоэлектрической фокусировки

Изоэлектрическая фокусировка (IEF), также известный как электрофокусировка, это техника разделения различных молекулы различиями в их изоэлектрическая точка (число Пи).[1][2] Это тип зоны электрофорез обычно исполняется на белки в гель который использует тот факт, что общий заряд интересующей молекулы является функцией pH его окрестностей.

Процедура

IEF включает добавление амфолит решение в иммобилизованный градиент pH (IPG) гели. IPG представляют собой матрицу акриламидного геля, сополимеризованную с градиентом pH, что приводит к полностью стабильным градиентам, за исключением наиболее щелочных (> 12) значений pH. Иммобилизованный градиент pH получается путем непрерывного изменения соотношения иммобилины. Иммобилин - это слабая кислота или основание, определяемое его значением pK.

Белок, уровень pH которого ниже изоэлектрическая точка (pI) будет заряжен положительно и, следовательно, будет перемещаться к катоду (отрицательно заряженному электроду). Однако по мере того, как он мигрирует через градиент увеличения pH, общий заряд белка будет уменьшаться, пока белок не достигнет области pH, соответствующей его pI. В этот момент у него нет чистого заряда, и поэтому миграция прекращается (поскольку нет электрического притяжения ни к одному из электродов). В результате белки фокусируются в четкие неподвижные полосы, причем каждый белок располагается в точке градиента pH, соответствующей его pI. Этот метод обеспечивает чрезвычайно высокое разрешение, когда белки, различающиеся одним зарядом, фракционируются на отдельные полосы.

Фокусируемые молекулы распределяются в среде с градиентом pH (обычно создаваемым алифатический амфолиты). An электрический ток проходит через среду, создавая "положительный" анод и "отрицательный" катод конец. Отрицательно заряженные молекулы мигрируют через градиент pH в среде к «положительному» концу, тогда как положительно заряженные молекулы движутся к «отрицательному» концу. Когда частица движется к полюсу, противоположному ее заряду, она движется через изменяющийся градиент pH, пока не достигнет точки, в которой достигается изоэлектрическая точка pH этой молекулы. В этот момент молекула больше не имеет чистого электрического заряда (из-за протонирования или депротонирования связанных функциональных групп) и, как таковая, больше не будет двигаться в геле. Градиент устанавливается перед добавлением интересующих частиц, сначала подвергая раствор небольших молекул, таких как полиамфолиты с различными значениями pI для электрофореза.

Особенно часто метод применяется при изучении белки, которые разделяются по относительному содержанию кислый и базовый остатки, значение которого представлено pI. Белки вводятся в Иммобилизованный градиент pH гель, состоящий из полиакриламид, крахмал, или же агароза где установлен градиент pH. В этом процессе обычно используются гели с большими порами, чтобы устранить любые эффекты «просеивания» или артефакты в pI, вызванные разными скоростями миграции белков разного размера. Изоэлектрическое фокусирование может разрешить белки, которые различаются число Пи значение всего на 0,01.[3] Изоэлектрическая фокусировка - это первый шаг в двумерный гель-электрофорез, в котором белки сначала разделяются значением pI, а затем - молекулярный вес через SDS-СТРАНИЦА.

Живые клетки

По некоторым мнениям,[4][5] жизнь эукариотический клетки выполняют изоэлектрическую фокусировку белков внутри себя, чтобы преодолеть ограничение скорости метаболической реакции диффузией ферментов и их реагентов, а также для регулирования скорости определенных биохимических процессов. Концентрируя ферменты определенных метаболических путей в отдельных и небольших областях своей внутренней части, клетка может увеличить скорость определенных биохимических путей на несколько порядков. Путем модификации изоэлектрической точки (pI) молекул фермента, например, фосфорилирование или дефосфорилирование, клетка может переносить молекулы фермента между различными частями своего внутреннего пространства, чтобы включать или выключать определенные биохимические процессы.

Микрожидкостный чип на основе

Электрофорез на микрочипах - многообещающая альтернатива капиллярный электрофорез поскольку он может обеспечить быстрый анализ белка, прямую интеграцию с другими операциями микрожидкостных устройств, обнаружение всего канала, нитроцеллюлозные пленки, меньшие размеры образцов и более низкие производственные затраты.

Многопереходный

Повышенный спрос на более быстрые и простые в использовании инструменты для разделения белков ускорил эволюцию IEF в сторону разделения в растворе. В этом контексте была разработана многопереходная система ИЭФ для выполнения быстрого разделения ИЭФ без геля. В многопереходной системе IEF используется серия сосудов, через каждый из которых проходит капилляр.[6] Часть капилляра в каждом сосуде заменена полупроницаемой мембраной. Сосуды содержат буферные растворы с разными значениями pH, так что внутри капилляра эффективно устанавливается градиент pH. Буферный раствор в каждом сосуде имеет электрический контакт с делителем напряжения, подключенным к источнику высокого напряжения, который создает электрическое поле вдоль капилляра. Когда образец (смесь пептидов или белков) вводится в капилляр, присутствие электрического поля и градиента pH разделяет эти молекулы в соответствии с их изоэлектрическими точками. Многопереходная система IEF использовалась для разделения смесей триптических пептидов для двумерной протеомики. [7] и белки плазмы крови из Болезнь Альцгеймера пациентам для открытия биомаркеров.[6]

Рекомендации

  1. ^ Бьеллквист, Бенгт; Эк, Кристина; Джорджио Ригетти, Пирс; Джанацца, Элизабетта; Гёрг, Анжелика; Вестермайер, Райнер; Постель, Вильгельм (1982). «Изоэлектрическая фокусировка в иммобилизованных градиентах pH: принцип, методология и некоторые приложения». Журнал биохимических и биофизических методов. 6 (4): 317–339. Дои:10.1016 / 0165-022X (82) 90013-6. ISSN 0165-022X. PMID 7142660.
  2. ^ Пьер Джорджио Ригетти (1 апреля 2000 г.). Изоэлектрическая фокусировка: теория, методология и применение. Эльзевир. ISBN 978-0-08-085880-7.
  3. ^ Штрайер, Люберт: «Биохимия», стр. 50. Spektrum Akademischer Verlag, 1996 (немецкий)
  4. ^ Флегр Дж (1990). "Выполняет ли клетка изоэлектрическую фокусировку?" (PDF). Биосистемы. 24 (2): 127–133. Дои:10.1016 / 0303-2647 (90) 90005-Л. PMID 2249006.
  5. ^ Баскин Е.Ф .; Букшпан С; Зильберштейн Г. В. (2006). «pH-индуцированный внутриклеточный транспорт белка». Физическая биология. 3 (2): 101–106. Дои:10.1088/1478-3975/3/2/002. PMID 16829696.
  6. ^ а б Пирморадян М .; Асторга-Уэллс Дж., Зубарев Р.А. (2015). «Многопереходное капиллярное изоэлектрическое фокусирующее устройство в сочетании с онлайновым мембранным буферным обменником позволяет фракционировать изоэлектрическую точку интактных белков плазмы человека для обнаружения биомаркеров» (PDF). Аналитическая химия. 87 (23): 11840–11846. Дои:10.1021 / acs.analchem.5b03344. HDL:10616/44920. PMID 26531800.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  7. ^ Пирморадиан, М .; Zhang, B .; Chingin, K .; Astorga-Wells, J .; Зубарев Р.А. (2014). «Изоэлектрическое фокусирующее устройство с мембраной в качестве микропрепаративного фракционатора для двумерной протеомики дробовика». Аналитическая химия. 86 (12): 5728–5732. Дои:10.1021 / ac404180e. PMID 24824042.