WikiDer > OmpA-подобный трансмембранный домен

OmpA-like transmembrane domain
OmpA-подобный трансмембранный домен
1qjp opm.png
Идентификаторы
СимволOmpA_membrane
PfamPF01389
Pfam кланCL0193
ИнтерПроIPR000498
PROSITEPDOC00819
SCOP21bxw / Объем / СУПФАМ
TCDB1.B.6
OPM суперсемейство26
Белок OPM1qjp

OmpA-подобный трансмембранный домен это эволюционно сохраненный домен из бактериальная внешняя мембрана белки. Этот домен состоит из восьмицепочечного бета-баррель.[1] OmpA - преобладающая клеточная поверхность антиген у энтеробактерий обнаружено примерно 100 000 копий на клетку.[2] Экспрессия OmpA строго регулируется множеством механизмов. Один механизм, с помощью которого экспрессия OmpA регулируется в Вибрион вид является антисмысловым некодирующая РНК называется VrrA.[3]

Структура

Структура состоит из восьмицепочечной Вверх-вниз бета-ствол. Нити соединены четырьмя внеклеточными петлями и тремя внутриклеточными витками.[4]

Функция

Многочисленные OmpA-подобные мембранные домены способствуют бактериальной вирулентности посредством различных механизмов, таких как связывание с клетками-хозяевами или иммунными регуляторами, такими как Фактор H. Известные примеры включают Кишечная палочка OmpA и Yersinia pestis Ail. Некоторые из этих белков являются кандидатами в вакцины.

Кишечная палочка Было показано, что OmpA специфически взаимодействует с человеком. гликопротеин ЭКГП на эндотелиальных клетках микрососудов головного мозга.[5] Cronobacter sakazakii является пищевым патогеном, вызывающим менингит у новорожденных, и было показано, что он связывает фибронектин через OmpA, и это сыграло значительную роль в проникновении через гематоэнцефалический барьер.[6] В Y. pestis протеин Ail связывается с ламинином и гепарином, что позволяет бактериям прикрепляться к клеткам-хозяевам.[7] В Borrelia afzelii белок BAPKO_0422, представляет собой OmpA-подобный трансмембранный домен и связывается с человеческим Фактор H.[8]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Pautsch A, Schulz GE (ноябрь 1998 г.). «Структура трансмембранного домена белка А внешней мембраны». Структурная биология природы. 5 (11): 1013–7. Дои:10.1038/2983. PMID 9808047. S2CID 20529728.
  2. ^ Смит С.Г., Махон В., Ламберт М.А., Фаган Р.П. (август 2007 г.). «Молекулярный швейцарский армейский нож: структура, функция и выражение OmpA». Письма о микробиологии FEMS. 273 (1): 1–11. Дои:10.1111 / j.1574-6968.2007.00778.x. PMID 17559395.
  3. ^ Сонг Т., Вай С.Н. (июль 2009 г.). «Новая мРНК, которая модулирует вирулентность и экологическую пригодность холерного вибриона». РНК Биология. 6 (3): 254–8. Дои:10.4161 / rna.6.3.8371. PMID 19411843.
  4. ^ Фернандес С., Хилти С., Широкий Г., Гюнтерт П., Вютрих К. (март 2004 г.). «Структура ЯМР интегрального мембранного белка OmpX». Журнал молекулярной биологии. 336 (5): 1211–21. Дои:10.1016 / j.jmb.2003.09.014. PMID 15037080.
  5. ^ Прасадарао Н.В., Шривастава П.К., Рудрабхатла Р.С., Ким К.С., Хуанг С.Х., Сукумаран С.К. (апрель 2003 г.). «Клонирование и экспрессия рецептора белка А внешней мембраны Escherichia coli K1, гомолога gp96». Инфекция и иммунитет. 71 (4): 1680–8. Дои:10.1128 / IAI.71.4.1680-1688.2003. ЧВК 152083. PMID 12654781.
  6. ^ Наир М.К., Венкитанараянан К., Силбарт Л.К., Ким К.С. (май 2009 г.). «Белок А внешней мембраны (OmpA) Cronobacter sakazakii связывает фибронектин и способствует инвазии эндотелиальных клеток микрососудов головного мозга человека». Патогены пищевого происхождения и болезни. 6 (4): 495–501. Дои:10.1089 / fpd.2008.0228. PMID 19415974.
  7. ^ Ямасита С., Лукачик П., Барнард Т.Дж., Нойнаж Н., Фелек С., Цанг Т.М., Круконис Е.С., Хиннебуш Б.Дж., Бьюкенен С.К. (ноябрь 2011 г.). «Структурное понимание Ail-опосредованной адгезии у Yersinia pestis». Структура. 19 (11): 1672–82. Дои:10.1016 / j.str.2011.08.010. ЧВК 3217190. PMID 22078566.
  8. ^ Дайер А., Браун Г., Стейскал Л., Laity PR, Бингхэм Р.Дж. (2015). «Белок внешней мембраны Borrelia afzelii BAPKO_0422 связывает человеческий фактор-H и, как предполагается, образует бета-ствол, охватывающий мембрану». Отчеты по бионауке. 35 (4): e00240. Дои:10.1042 / BSR20150095. ЧВК 4613713. PMID 26181365.