WikiDer > PubChem - Википедия

PubChem - Wikipedia
PubChem
PubChem logo.svg
Содержание
ОписаниеХимические вещества и их биотесты
Типы данных
захвачен		dhsh
ОрганизмыЛюди и другие животные
Контакт
Исследовательский центрNCBI
Основное цитированиеPMID 15879180
Доступ
Интернет сайтhttps://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
Скачать URLFTP
веб-сервис URLPUG-просмотр[1]
Разное
ЛицензияВсеобщее достояние

PubChem это база данных из химический молекулы и их активность в отношении биологических тестов. Система поддерживается Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), компонент Национальная медицинская библиотека, который является частью США Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США). Доступ к PubChem можно получить бесплатно через веб-интерфейс пользователя. Миллионы сложных структур и описательных наборов данных можно бесплатно загрузить через FTP. PubChem содержит несколько описаний веществ и небольших молекул с менее чем 100 атомами и 1000 связями. Более 80 поставщиков баз данных вносят свой вклад в растущую базу данных PubChem.[2]

Базы данных

PubChem состоит из трех динамически растущих первичных баз данных. По состоянию на 1 ноября 2017 г .:

  • Соединения, 93,9 миллиона записей [3] (по сравнению с 54 миллионами записей в сентябре 2014 г.), содержит чистые и охарактеризованные химические соединения.[4]
  • Вещества, 236 миллионов записей[5] (по сравнению со 163 миллионами записей в сентябре 2014 г.[6]), содержит также смеси, выдержки, комплексы и не охарактеризованные вещества.
  • BioAssay, биологическая активность результаты из 1,25 миллиона[7] (по сравнению с 6000 в сентябре 2014 г.[8]) высокопроизводительный скрининг программы с несколькими миллионами значений.

Поиск

Поиск в базах данных возможен по широкому спектру свойств, включая химическую структуру, фрагменты имен, химическая формула, молекулярный вес, XLogP, и водородная связь количество доноров и акцепторов.

PubChem содержит собственный онлайн редактор молекул с Улыбки/ СМАРТС и ИнЧИ поддержка, позволяющая импортировать и экспортировать все распространенные форматы файлов химических веществ для поиска структур и фрагментов.

Каждое обращение предоставляет информацию о синонимах, химических свойствах, химической структуре, включая строки SMILES и InChI, биоактивности и ссылки на структурно связанные соединения и другие базы данных NCBI, такие как PubMed.

В форме текстового поиска в полях базы данных можно искать, добавляя имя поля в квадратных скобках к поисковому запросу. Числовой диапазон представлен двумя числами, разделенными двоеточием. Условия поиска и имена полей не чувствительны к регистру. Круглые скобки и логические операторы И, ИЛИ, и НЕ могут использоваться. И предполагается, если оператор не используется.

Пример (Правило пяти Липинского):

0: 500 [mw] 0: 5 [hbdc] 0:10 [hbac] -5: 5 [logp]

История

PubChem был выпущен в 2004 году.[9]

Проблемы ACS

В Американское химическое общество выразил обеспокоенность по поводу общедоступной базы данных PubChem, поскольку она, похоже, напрямую конкурирует с существующими Химическая служба рефератов.[10] Они очень заинтересованы в этом вопросе, поскольку Chemical Abstracts Service генерирует значительную часть доходов общества. Чтобы отстаивать свою позицию против базы данных PubChem, ACS активно лоббировала Конгресс США.

Вскоре после создания PubChem Американское химическое общество лоббировал Конгресс США ограничить работу PubChem, которая, по их утверждениям, конкурирует с их Химическая служба рефератов.[11]

Поля базы данных


Идентификационные номера
•Идентификационный номер в текущей базе данных[UID]
•Идентификационный номер вещества[SID]
•Идентификационный номер соединения[CID]
•Идентификационный номер BioAssay[BAID], [AID]

Общий
•Любое поле базы данных[ВСЕ]
•Комментарий[CMT]
•Дата депонирования[DDAT], [DEPDAT]
•Внешний идентификатор вкладчика[SRID], [SRCID]
•Название источника[SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
•Дата выпуска исходного кода[SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
•Медицинская тематическая рубрика (MeSH) термин[MSHT], [MESHT]
•Узел дерева MeSH[MSHN], [MESHTN]
•Фармакологические действия MeSH[PHMA], [PHARMA]

Свойства вещества
•Синонимы веществ[SYNO]
•Название ИЮПАК[UPAC], [IUPAC]
•Международный химический идентификатор (ИнЧИ)[INCHI]
•Молекулярный вес[MW], [MWT], [MOLWT]
•Химические элементы[ELMT], [EL]
•Неводородные атомы[HAC], [HACNT]
•Изотоп считать[IAC], [IACNT]
•Общий официальное обвинение[TFC], [CHG], [CHRG]
•Хиральный количество атомов[ACC], [ACCNT]
•Определенное количество хиральных атомов[ACDC], [ACDCNT]
•Неопределенное количество хиральных атомов[ACUC], [ACUCNT]
•Водородная связь количество акцепторов[HBAC], [HBACNT]
•Количество доноров водородной связи[HBDC], [HBDCNT]
•Таутомер считать[TC], [TCNT], [TTMC]
•Количество вращающихся облигаций[РБК], [РБКНТ]
•XLogP[12][XLGP], [LOGP]

Свойства соединения
•Составные синонимы[CSYN], [CSYNO]
•Количество компонентов[CC], [CCNT]
•Количество ковалентных единиц (молекул)[CUC], [CUCNT]
•Общее количество биоактивности[TAC]

Смотрите также

  • Химическая база данных
    • CAS Common Chemistry - под управлением Американского химического общества
    • База данных сравнительной токсикогеномики - управляется Государственным университетом Северной Каролины.
    • ЧЭМБЛ - управляется Европейским институтом биоинформатики
    • ChemSpider - управляется Королевским химическим обществом Великобритании.
    • DrugBank - управляется Университетом Альберты
    • ИЮПАК - управляется швейцарским Международным союзом чистой и прикладной химии (IUPAC)
    • Moltable - в ведении Национальной химической лаборатории Индии
    • PubChem - управляется Национальным институтом здравоохранения США.
    • BindingDB - управляется Калифорнийским университетом в Сан-Диего
    • SCRIPDB - управляется Университетом Торонто, Канада
    • Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) - управляется Национальным институтом здравоохранения США.
    • Entrez - под управлением Национального института здоровья США
    • GenBank - под управлением Национального института здоровья США

Рекомендации

  1. ^ Ким, Сунгван; Thiessen, Paul A .; Cheng, Tiejun; Чжан, Цзянь; Гиндулыте, Аста; Болтон, Эван Э. (9 августа 2019 г.). «PUG-View: программный доступ к химическим аннотациям, интегрированный в PubChem». Журнал химинформатики. 11 (1): 56. Дои:10.1186 / s13321-019-0375-2. ЧВК 6688265. PMID 31399858.
  2. ^ «Исходная информация PubChem». Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.
  3. ^ «Результаты поиска по всем соединениям». Получено 28 января 2016.
  4. ^ "all [filter] - Результаты PubChem Compound". Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.. Получено 7 января 2011.
  5. ^ "all [filter] - Результаты PubChem Substance". Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.. Получено 28 января 2016.
  6. ^ "all [filter] - Результаты PubChem Substance". Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.. Получено 7 января 2011.
  7. ^ "all [filter] - Результаты биоанализа PubChem". Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.. Получено 28 января 2016.
  8. ^ "all [filter] - Результаты биоанализа PubChem". Проект PubChem. США: Национальный центр биотехнологической информации.. Получено 7 января 2011.
  9. ^ «О PubChem». Получено 3 мая 2014.
  10. ^ Кайзер Дж (май 2005 г.). «Научные ресурсы. Химики хотят, чтобы NIH сократил базу данных». Наука. 308 (5723): 774. Дои:10.1126 / science.308.5723.774a. PMID 15879180. S2CID 166918466.
  11. ^ «PubChem и Американское химическое общество». Изменение научного общения. США: Калифорнийский университет. 2005-05-31. Получено 2018-10-15.
  12. ^ Cheng T (ноябрь 2007 г.). «Вычисление коэффициентов разделения октанол-вода путем управления аддитивной моделью со знаниями». Журнал химической информации и моделирования. 47 (6): 2140–2148. Дои:10.1021 / ci700257y. PMID 17985865.

внешняя ссылка