WikiDer > Хлорофлекси (класс)

Chloroflexi (class)

Хлорофлексия
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Хлорофлекси
Учебный класс:
Хлорофлексия

Gupta et al. 2013
Заказы и подписки

Herpetosiphonales
Хлорофлексалес

Синонимы

Хлорофлексия Кастенхольц 2001

В Хлорофлексия являются одним из шести классов бактерии в филюм Хлорофлекси, известный как нитчатый зеленые несернистые бактерии. Они используют свет для получения энергии и названы в честь зеленого пигмента, который обычно содержится в фотосинтетических телах, называемых хлоросомы.

Хлорофлексия обычно бывает нитчатой ​​и может перемещаться бактериальное скольжение. Они факультативно аэробный, но не производят кислород в процессе производства энергии из света, или фототрофия. Кроме того, у хлорофлексии есть другой метод фототрофии (фотогетеротрофия) чем правда фотосинтезирующие бактерии.

Этимология

Название «Chloroflexi» является неолатиновым множественным числом от «Chloroflexus», которое является названием первого описанного рода. Существительное представляет собой сочетание греческого хлор (χλωρός)[1] означает "зеленовато-желтый" и латинское флексус (из флекто)[2] значение «изогнутый» означает «зеленый изгиб».[3] Название не связано с хлором, элементом, подтвержденным в 1810 г. Сэр Хэмфри Дэви и назван в честь его бледно-зеленого цвета.

Таксономия и молекулярные подписи

Смотрите также: Геномика и Сохраненные индели подписи

Класс хлорофлексии - это группа с глубоким ветвлением. фотосинтезирующие бактерии (за исключением Герпетосифон и Kallotenue разновидностей), которые в настоящее время состоят из трех отрядов: Хлорофлексалес, Herpetosiphonales, и Каллотенуалес.[4][5][6][7][8] Herpetosiphonales и Kallotenuales каждый состоит из одного рода в пределах своей собственной семьи, Herpetosiphonaceae (Герпетосифон) и Kallotenuaceae (Kallotenue) соответственно, а Хлорофлексалес более филогенетически разнообразны.[4][5][7]

Микроскопические отличительные характеристики

Члены филума Хлорофлекси находятся монодермы и окрашивают в основном грамотрицательные, тогда как большинство видов бактерий diderms и пятно Грамотрицательный, за исключением грамположительных Фирмикуты (низкие грамположительные результаты ГХ), Актинобактерии (высокий GC, грамположительные) и Deinococcus-Thermus группа (грамположительные, дидерманы с густым пептидогликаном).[9][10][11]

Генетические отличительные характеристики

Сравнительный геномный анализ недавно уточнил таксономию класса Хлорофлексия, деля Хлорофлексалес в подотряд Chloroflexineae состоящий из семей Осциллахлоридные и Chloroflexaceae, и подотряд Roseiflexineae содержащий семью Roseiflexaceae.[4] Пересмотренная таксономия была основана на идентификации ряда сохраненные индели подписи (CSI), которые служат высоконадежными молекулярными маркерами общего происхождения.[12][13][14][15]

Физиологические отличительные характеристики

Дополнительным подтверждением разделения Chloroflexales на два подотряда являются наблюдаемые различия в физиологических характеристиках, где каждый подотряд характеризуется различными каротиноиды, хиноны, и жирная кислота профили, которые постоянно отсутствуют в другом подотряде.[4][16][17]

В дополнение к разграничению таксономических рангов, CSI могут играть роль в уникальных характеристиках членов клады: в частности, вставка из четырех аминокислот в белке пируват флаводоксин / ферредоксин оксидоредуктазу, белке, который играет важную роль в фотосинтезирующие организмы, был обнаружен исключительно среди всех представителей рода Хлорофлексус, и считается, что он играет важную функциональную роль.[18][19]

Дополнительная работа была проделана с использованием CSI для определения филогенетического положения Хлорофлексия относительно соседних фотосинтетических групп, таких как цианобактерии.[20]

Хлорофлексия виды образуют четкую линию с Хлороби виды, их ближайшие филогенетические родственники. Было обнаружено, что CSI используется обоими Хлорофлексия и Хлороби члены, что было интерпретировано как результат горизонтальный перенос генов событие между двумя родственниками.[21]

Таксономия

Смотрите также: Бактериальная систематика

В настоящее время принятая таксономия выглядит следующим образом:[4][5][22]

Кроме того, «Kouleothrix aurantiaca» и «Dehalobium chlorocoercia» полностью не описаны.

Рекомендации

  1. ^ χλωρός. Лидделл, Генри Джордж; Скотт, Роберт; Греко-английский лексикон на Проект Персей
  2. ^ Льюис, Чарльтон Т. и Чарльз Шорт, Латинский словарь. Оксфорд: Clarendon Press, 1879. Онлайн-версия на Perseus
  3. ^ Бреннер, Дон Дж .; Krieg, Noel R .; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984]. «Вводные очерки». В Гаррити, Джордж М. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer (ориг-паб Лондон: Williams & Wilkins). п. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. Британская библиотека № GBA561951.
  4. ^ а б c d е Гупта Р.С., Чандер П., Джордж С. (2013). «Филогенетическая основа и молекулярные сигнатуры для класса Chloroflexia и его различных клад; предложение о разделении класса Chloroflexia class. Nov. [Исправлено] на подотряд Chloroflexineae subord. Nov., Состоящий из исправленного семейства Oscillochloridaceae и семейства Chloroflexaceae fam. nov. и подотряд Roseiflexineae subord. nov., содержащий семейство Roseiflexaceae fam. nov ". Антони ван Левенгук. 103 (1): 99–119. Дои:10.1007 / s10482-012-9790-3. PMID 22903492.
  5. ^ а б c Коул Дж. К., Гилер Б. А., Хейслер Д. Л., Палисок М. М., Уильямс А. Дж., Дохналкова А. С., Минг Х., Ю. Т. Т., Додсворт Дж. А., Ли В. Дж., Хедлунд Б. П. (2013). «Kallotenue papyrolyticum gen. Nov., Sp. Nov., Целлюлолитический и нитчатый термофил, представляющий новую линию происхождения (Kallotenuales ord. Nov., Kallotenuaceae fam. Nov.) В классе Chloroflexia». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 63 (Часть 12): 4675–82. Дои:10.1099 / ijs.0.053348-0. PMID 23950149.
  6. ^ Гупта Р.С., Мухтар Т., Сингх Б. (1999). «Эволюционные отношения между фотосинтезирующими прокариотами (Heliobacterium chlorum, Chloroflexus aurantiacus, цианобактерии, Chlorobium tepidum и протеобактерии): последствия, касающиеся происхождения фотосинтеза». Мол Микробиол. 32 (5): 893–906. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1999.01417.x. PMID 10361294.
  7. ^ а б Сэйерс; и другие. «Хлорофлексия». база данных таксономии. Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). Получено 25 октября 2016.
  8. ^ Euzeby J (2013). «Список новых имен и новых комбинаций, ранее эффективно, но не действительно опубликованных». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 63: 1577–1580. Дои:10.1099 / ijs.0.052571-0.
  9. ^ Сатклифф, И. (2010). "Перспектива уровня филума на архитектуре оболочки бактериальной клетки". Тенденции в микробиологии. 18 (10): 464–470. Дои:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  10. ^ Кэмпбелл К., Сатклифф И.К., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный протеомный анализ Acidaminococcus Кишечник поддерживает связь между биогенезом внешней мембраны у Negativicutes и Proteobacteria» (PDF). Arch. Микробиол. 196 (4): 307–310. Дои:10.1007 / s00203-014-0964-4. PMID 24535491.
  11. ^ Гупта Р.С. (2003). «Эволюционные отношения между фотосинтетическими бактериями». Photosynth Res. 76 (1–3): 173–183. Дои:10.1023 / А: 1024999314839. PMID 16228576.
  12. ^ Гупта, Р. (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию». FEMS Microbiol. Rev. 40 (4): 520–553. Дои:10.1093 / femsre / fuw011. PMID 27279642.
  13. ^ Гупта, Р. (1998). «Филогения белков и сигнатурные последовательности: переоценка эволюционных взаимоотношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 62 (4): 1435–1491. Дои:10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998. ЧВК 98952. PMID 9841678.
  14. ^ Рокас, А .; Голландия, П. (2000). «Редкие геномные изменения как инструмент филогенетики». Тенденции в экологии и эволюции. 15 (11): 454–459. Дои:10.1016 / S0169-5347 (00) 01967-4. PMID 11050348.
  15. ^ Gupta, R.S .; Гриффитс, Э. (2002). «Актуальные вопросы бактериальной филогении». Теоретическая популяционная биология. 61 (4): 423–434. Дои:10.1006 / tpbi.2002.1589. PMID 12167362.
  16. ^ Hanada, S .; Пирсон, Б.К. (2006). «Семья Chloroflexaceae». В Дворкин, М .; Falkow, S .; Розенберг, Э .; Schleifer, K.H .; Stackebrandt, E. (ред.). Прокариоты: Справочник по биологии бактерий. Нью-Йорк: Спрингер. С. 815–842.
  17. ^ Pierson, B.K .; Кастенхольц, Р.В. (1992). «Семья Chloroflexaceae». In Balows, A .; Truper, H.G .; Дворкин, М .; Harder, W .; Шлейфер, К. (ред.). Прокариоты. Нью-Йорк: Спрингер. С. 3754–3775.
  18. ^ Гупта Р.С. (2010). «Молекулярные сигнатуры для основных типов фотосинтезирующих бактерий и их подгрупп». Фотосинт. Res. 104 (2–3): 357–372. Дои:10.1007 / s11120-010-9553-9. PMID 20414806.
  19. ^ Штольц, Ф.М .; Гансманн, И. (1990). «MspI RFLP, обнаруженный с помощью зонда pFMS76 D20S23, выделенного из библиотеки ДНК, специфичной для хромосомы 20 с сортировкой по потоку». Исследования нуклеиновых кислот. 18 (7): 1929. Дои:10.1093 / nar / 18.7.1929. ЧВК 330654. PMID 1692410.
  20. ^ Хадка Б., Адеолу М., Бланкеншип Р. Э., Гупта Р. С. (2016). «Новое понимание происхождения и разнообразия фотосинтеза на основе анализа консервативных инделей в основных белках реакционного центра». Photosynth Res. 131 (2): 159–171. Дои:10.1007 / s11120-016-0307-1. PMID 27638319.
  21. ^ Гупта Р.С. (2012). «Происхождение и распространение фотосинтеза на основе консервативных последовательностей в ключевых белках биосинтеза бактериохлорофилла». Мол Биол Эвол. 29 (11): 3397–412. Дои:10.1093 / молбев / mss145. PMID 22628531.
  22. ^ Классификация статьи Chloroflexi в LPSN; Euzéby, J.P. (1997). «Список названий бактерий с позиции в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 47 (2): 590–2. Дои:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.

дальнейшее чтение

  • Гаррити GM, Холт JG (2001). "Phylum BVI. Chloroflexi phy. Nov". In Boone, D.R., Castenholz, R.W. (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии. Руководство Берджи по систематической бактериологии. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. п.169. ISBN 978-0-387-98771-2.

внешняя ссылка

внешняя ссылка