WikiDer > IDH3B

IDH3B
IDH3B
Идентификаторы
ПсевдонимыIDH3B, H-IDHB, RP46, изоцитратдегидрогеназа 3 (NAD (+)) бета, изоцитратдегидрогеназа (NAD (+)) 3 бета, изоцитратдегидрогеназа (NAD (+)) 3 некаталитическая субъединица бета
Внешние идентификаторыOMIM: 604526 MGI: 2158650 ГомолоГен: 5035 Генные карты: IDH3B
Расположение гена (человек)
Хромосома 20 (человек)
Chr.Хромосома 20 (человек)[1]
Хромосома 20 (человек)
Геномное расположение IDH3B
Геномное расположение IDH3B
Группа20p13Начинать2,658,395 бп[1]
Конец2,664,219 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE IDH3B 201509 в формате fs.png

PBB GE IDH3B 210014 x at fs.png

PBB GE IDH3B 210418 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001258384
NM_006899
NM_174855
NM_174856
NM_001330763

NM_130884
NM_001362752

RefSeq (белок)

NP_001245313
NP_001317692
NP_008830
NP_777280

н / д

Расположение (UCSC)Chr 20: 2,66 - 2,66 МбChr 2: 130,28 - 130,28 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Бета-субъединица изоцитратдегидрогеназы [НАД], митохондриальная является фермент что у людей кодируется IDH3B ген.[5][6]

Изоцитратдегидрогеназы (IDH) катализировать окислительный декарбоксилирование из изоцитрат к 2-оксоглутарат. Эти ферменты принадлежат к двум разным подклассам, один из которых использует НАД(+) как акцептор электронов а другой НАДФ (+). Сообщалось о пяти изоцитратдегидрогеназах: о трех НАД (+) - зависимых изоцитратдегидрогеназах, которые локализуются в митохондриальном матриксе, и о двух. НАДФ(+) - зависимые изоцитратдегидрогеназы, одна из которых митохондриальный а другой преимущественно цитозольный. НАД (+) - зависимые изоцитратдегидрогеназы катализируют аллостерически регулируемый ограничивающий шаг из цикл трикарбоновых кислот. Каждый изофермент представляет собой гетеротетрамер который состоит из двух альфа подразделения, одна бета-субъединица и одна гамма-субъединица. Белок, кодируемый этим геном, представляет собой бета-субъединицу одного изофермента НАД (+) - зависимой изоцитратдегидрогеназы. Для этого гена описаны три альтернативно сплайсированных варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы. [предоставлено RefSeq, июль 2008 г.][6]

Структура

IDH3 - один из трех изоферментов изоцитратдегидрогеназы, два других - IDH1 и IDH2, и кодируется одним из пяти генов изоцитратдегидрогеназы, которые IDH1, IDH2, IDH3A, IDH3B, и IDH3G.[7] Гены IDH3A, IDH3B, и IDH3G кодируют субъединицы IDH3, который является гетеротетрамер состоит из двух α-субъединиц 37 кДа (IDH3α), одной β-субъединицы 39 кДа (IDH3β) и одной γ-субъединицы 39 кДа (IDH3γ), каждая из которых имеет отдельные изоэлектрические точки.[8][9][10] Выравнивание их аминокислотные последовательности выявляет ~ 40% идентичности между IDH3α и IDH3β, ~ 42% идентичности между IDH3α и IDH3γ и еще более близкую идентичность 53% между IDH3β и IDH3γ, что составляет 34% идентичности и 23% сходства для всех трех типов субъединиц.[9][10][11][12] В частности, Arg88 в IDH3α имеет важное значение для каталитической активности IDH3, тогда как эквивалентные Arg99 в IDH3β и Arg97 в IDH3γ в значительной степени участвуют в аллостерической регуляции фермента с помощью ADP и NAD.[11] Таким образом, возможно, что эти субъединицы произошли от дупликация гена общего предкового гена и исходного каталитического Arg остаток были адаптированы к аллостерическим функциям в β- и γ-субъединицах.[9][11] Так же, Жерех181 в IDH3α необходим для катализа, в то время как эквивалентные Asp192 в IDH3β и Asp190 в IDH3γ усиливают НАД- и Mn2+-обвязка.[9] Поскольку окислительное декарбоксилирование, катализируемое IDH3, требует связывания НАД, Mn2+, а субстрат isocitrate, все три субъединицы участвуют в каталитической реакции.[10][11] Более того, исследования фермента в сердце свиньи показывают, что димеры αβ и αγ составляют два сайта связывания для каждого из его лиганды, в том числе изоцитрат, Mn2+, и НАД - в одном тетрамере IDH3.[9][10]

Изоформы

В IDH3B ген содержит 12 экзоны и кодирует два альтернативно сращенный изоформы: IDH3β1 (349 остатки) и IDH3β2 (354 остатка).[13][14] Эти изоформы тканеспецифичны и обладают оптимальным pH совпадающие с тканями-мишенями. IDH3β1 с оптимальным pH 8,0 выражается в мозг и почка, тогда как IDH3β2 с оптимальным pH 7,6 выражается в сердце и скелетные мышцы.[14]

Функция

Как изоцитратдегидрогеназа, IDH3 катализирует обратимое окислительное декарбоксилирование изоцитрата с образованием α-кетоглутарат (α-KG) и CO2 как часть Цикл TCA в метаболизме глюкозы.[8][9][10][11][15] Этот шаг также учитывает сопутствующие снижение NAD + в NADH, который затем используется для генерации АТФ сквозь электронная транспортная цепь. Примечательно, что IDH3 полагается на NAD + в качестве своего акцептор электронов, в отличие от NADP +, такого как IDH1 и IDH2.[8][9] Активность IDH3 регулируется потребностями клетки в энергии: когда клетке требуется энергия, IDH3 активируется АДФ; а когда энергия больше не требуется, IDH3 ингибируется АТФ и NADH.[9][10] Эта аллостерическая регуляция позволяет IDH3 действовать как лимитирующая ступень в цикле TCA.[15][16] Внутри клеток было обнаружено, что IDH3 и его субъединицы локализовать к митохондрии.[9][10][15]

Клиническое значение

Гомозиготный мутации с потерей функции IDH3B ген был связан с пигментный ретинит, нейродегенерация стержни и конусы в сетчатка приводит к слепоте.[12][13][17]

Интерактивная карта проезда

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы ссылки на соответствующие статьи. [§ 1]

[[Файл:
TCACycle_WP78перейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти на WikiPathwaysперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статье
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
[[
]]
TCACycle_WP78перейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти в HMDBперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти на WikiPathwaysперейти к статьеперейти к статьеперейти к статьеперейти к статье
| {{{bSize}}} px | alt = Цикл TCA редактировать]]
  1. ^ Интерактивную карту путей можно редактировать на WikiPathways: "TCACycle_WP78".

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000101365 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027406 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Ким Ё, Пак Ш., Кан Ё.Дж., Ко Х.Дж., Ким Ш., Пак С.И., Сон У, Ха Т.Л. (январь 2000 г.). «Отнесение митохондриального NAD (+) - специфичного гена бета-субъединицы изоцитратдегидрогеназы (IDH3B) к полосе 20p13 хромосомы человека посредством гибридизации in situ и радиационного гибридного картирования». Cytogenet Cell Genet. 86 (3–4): 240–1. Дои:10.1159/000015348. PMID 10575215. S2CID 85139434.
  6. ^ а б «Ген Entrez: IDH3B изоцитратдегидрогеназа 3 (NAD +) бета».
  7. ^ Димитров Л., Хонг С.С., Ян С., Чжуан З., Хейсс Д.Д. (2015). «Новые разработки в патогенезе и терапевтическом воздействии мутации IDH1 в глиоме». Международный журнал медицинских наук. 12 (3): 201–13. Дои:10.7150 / ijms.11047. ЧВК 4323358. PMID 25678837.
  8. ^ а б c Цзэн, Л; Моринибу, А; Кобаяши, М; Чжу, Y; Ван, Х; Гото, Y; Йом, CJ; Чжао, Т; Хирота, К; Шиномия, К; Итасака, S; Йошимура, М; Guo, G; Hammond, EM; Хираока, М. Харада, H (3 сентября 2015 г.). «Аберрантная экспрессия IDH3α способствует росту злокачественной опухоли путем индукции HIF-1-опосредованного метаболического перепрограммирования и ангиогенеза». Онкоген. 34 (36): 4758–66. Дои:10.1038 / onc.2014.411. PMID 25531325.
  9. ^ а б c d е ж грамм час я Бзымек, КП; Колман, РФ (8 мая 2007 г.). «Роль альфа-Asp181, бета-Asp192 и гамма-Asp190 в отличительных субъединицах человеческой НАД-специфической изоцитратдегидрогеназы». Биохимия. 46 (18): 5391–7. Дои:10.1021 / bi700061t. PMID 17432878.
  10. ^ а б c d е ж грамм Soundar, S; О'хаган, М; Фомулу, KS; Колман, РФ (28 июля 2006 г.). «Идентификация Mn2 + -связывающих аспартатов из альфа, бета и гамма субъединиц NAD-зависимой изоцитратдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 281 (30): 21073–81. Дои:10.1074 / jbc.m602956200. PMID 16737955.
  11. ^ а б c d е Soundar, S; Парк, JH; Ха, TL; Колман, РФ (26 декабря 2003 г.). «Оценка с помощью мутагенеза важности 3 аргининов в альфа, бета и гамма субъединицах НАД-зависимой изоцитратдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 278 (52): 52146–53. Дои:10.1074 / jbc.m306178200. PMID 14555658.
  12. ^ а б Данге, М; Колман, РФ (2 июля 2010 г.). «Каждый консервативный тир активного сайта в трех субъединицах изоцитратдегидрогеназы человека выполняет разные функции». Журнал биологической химии. 285 (27): 20520–5. Дои:10.1074 / jbc.m110.115386. ЧВК 2898308. PMID 20435888.
  13. ^ а б Hartong, DT; Данге, М; McGee, TL; Берсон, Э.Л .; Дрыя, ТП; Колман, РФ (октябрь 2008 г.). «Понимание роли изоцитратдегидрогеназ в цикле Кребса на основе пигментного ретинита». Природа Генетика. 40 (10): 1230–4. Дои:10,1038 / нг.223. ЧВК 2596605. PMID 18806796.
  14. ^ а б Ким, YO; Koh, HJ; Kim, SH; Jo, SH; Ха, JW; Jeong, KS; Ли, Эй Джей; Песня, Би Джей; Ха, TL (24 декабря 1999 г.). «Идентификация и функциональная характеристика новой тканеспецифической изоформы бета-субъединицы НАД (+) - зависимой изоцитратдегидрогеназы». Журнал биологической химии. 274 (52): 36866–75. Дои:10.1074 / jbc.274.52.36866. PMID 10601238.
  15. ^ а б c Ха, TL; Ким, YO; О, АйЮ; Песня, Би Джей; Инадзава, Дж. (1 марта 1996 г.). «Отнесение гена альфа-субъединицы изоцитратдегидрогеназы (IDH3A) к митохондриальной NAD + человека человека к 15q25.1 -> q25.2 посредством гибридизации in situ». Геномика. 32 (2): 295–6. Дои:10.1006 / geno.1996.0120. PMID 8833160.
  16. ^ Йошими, N; Футамура, Т; Берген, ЮВ; Иваяма, Y; Ишима, Т; Селлгрен, С; Экман, CJ; Якобссон, Дж; Pålsson, E; Какумото, К; Охги, Y; Йошикава, Т; Landén, M; Хашимото, К. (19 января 2016 г.). «Метаболомика спинномозговой жидкости определяет ключевую роль изоцитратдегидрогеназы в биполярном расстройстве: доказательства в поддержку гипотезы митохондриальной дисфункции». Молекулярная психиатрия. 21 (11): 1504–1510. Дои:10.1038 / mp.2015.217. ЧВК 5078854. PMID 26782057.
  17. ^ Fahim, AT; Дайгер, ИП; Велебер, Р.Г .; Пагон, РА; Адам, депутат; Ardinger, HH; Уоллес, ЮВ; Амемия, А; Бин, LJH; Птица, ТД; Фонг, Коннектикут; Меффорд, ХК; Смит, RJH; Стивенс, К. (1993). «Обзор пигментного ретинита». PMID 20301590. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)

дальнейшее чтение

внешняя ссылка