WikiDer > Список секвенированных пластомов

List of sequenced plastomes
Карта гена пластома размером 156 т.п.н. Nicotiana tabacum.
Карта пластидного генома 154 т.п.н. модельного цветущего растения (Arabidopsis thaliana: Brassicaceae).
Сильно уменьшенная пластомная карта размером 27 т.п.н. паразитарного Hydnora visseri.

А пластом это геном из пластида, тип органелла нашел в растения и во множестве протоктисты. Количество известных пластида геном последовательности быстро росла в первом десятилетии двадцать первого века. Например, 25 хлоропласт геномы были секвенированы на один молекулярный филогенетический изучать.[1]

Цветковые растения особенно хорошо представлены в полных геномах хлоропластов. По состоянию на январь 2017 г. все их заказы представлены кроме Commelinales, Пикрамниялы, Huerteales, Escalloniales, Bruniales, и Paracryphiales.

Компиляция всех доступных полных геномов пластид поддерживается NCBI в публичном репозитории.[2]

Растения

Мохообразные s.l.

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаПримечания
Аневра мирабилис108,007[3][4]печеночник паразитарный; пластом содержит много псевдогенов
Антоцерос Formosae161,162122[5]роголистник; обширное редактирование РНК пластома
Маршанция полиморфный121,024[6]печеночник
Nothoceros энигматик153,208124[7]роголистник
Пеллия эндивиолистный120,546123[8]печеночник
Физкомитрелла патенты122,890118[9]мох
Птилидиум Pulcherrimum119,007122[10]печеночник
Тортула сельский122,630[11]мох

Папоротники и ликофиты

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаСемьяПримечания
Адиантум capillus-veneris150,568[12]Pteridaceae
Алсфила спинулоза156,661117[13]Cyatheaceae
Ангиоптерис Evecta153,901[14]Marattiaceae
Equisetum Arvense133,309Хвойные
Гуперция люцидула154,373[15]Lycopodiaceae
Изотес Flaccida145,303Isoetaceae
Псилотум нудум138,829117[16]Psilotaceae
Селагинелла uncinata138,829[17]Селагинелловые
Секвенированные пластомы папоротника и ликофита без информации о размере, количестве генов и / или ссылках.
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаСемьяПримечания
Equisetum HyemaleХвойные
Lygodium japonicumLygodiaceae
Марсилея кренатаМарсиловые
Офиоглоссум калифорнийOphioglossaceae
Селагинелла MoellendorffiiСелагинелловые

Голосеменные

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаСемьяПримечания
Криптомерия японская131,810114[18]Cupressaceae
Cycas микронезика[19]Cycadaceae
Cycas taitungensis163,403133[20]Cycadaceae
Эфедра хвощEphedraceae
Гинкго билоба156,945134[21]Ginkgoaceae
Gnetum парвифолиумGnetaceae
Picea engelmanniiSe404-851123,542114[22]Pinaceae
Picea glaucaPG29123,266114[23]Pinaceae
Picea glaucaWS77111123,421114[24]Pinaceae
Picea sitchensisQ903124,049114[25]Pinaceae
Pinus koraiensis116,866Pinaceae
Pinus thunbergii119,707[26]Pinaceae
Подокарпус макрофиллусПодокарповые
Welwitschia mirabilis119,726101[27]Welwitschiaceae

Цветущие растения

Ожидается, что в этой сортируемой таблице будут собраны полные геномы пластид, представляющие самый большой диапазон размеров, количества генов и семейств покрытосеменных.

Секвенированные пластомы с полным размером генома, количеством уникальных генов, ссылкой и годом публикации.
РазновидностьРазмер (бп)ГеныСсылкаГодСемьяПримечания
Acorus americanus153,819[19]2007Acoraceae
Agrostis stolonifera135,584110[28]2010Poaceae
Алнифиллум eberhardtii155,384113[29]2017Стираковые
Альстромерия aurea155,510112[30]2013Альстромериевые
Amborella trichopoda162,686[31]2003Amborellaceae
Anethum graveolens153,356[19]2007Apiaceae
Arabidopsis thaliana154,478[32]1999Brassicaceae
Атропа белладонна156,687[33]2002Пасленовые
Брахиподиум дистахион135,199110[28]2010Poaceae
Buxus microphylla159,010113[34]2007Buxaceae
Каликант флоридус var. глаукус153,337115[35]2003Calycanthaceae
Carpinus tientaiensis160,104114[36]2017Betulaceae
Chloranthus spicatus157,772113[34]2007Chloranthaceae
Citrus sinensis var. 'Ridge Pineapple'155,189[37]2006Rutaceae
Cocos nucifera154,731130[38]2013Арековые
Кофе арабика155,189[39]2007Rubiaceae
Коикс lacryma-jobi140,745[40]2009Poaceae
Конофолис американский45,67342[41]2013OrobanchaceaeНе фотосинтетический паразит
Cucumis sativus155,293[42]2007Тыквенные
Cuscuta exaltata125,373[43]2007Convolvulaceae
Cuscuta gronovii86,74486[44]2007Convolvulaceae
Cuscuta reflexa121,52198[44]2007Convolvulaceae
Cypripedium formosanum178,131[45]2015Орхидные
Cytinus hypocistis19,40023[46]2016CytinaceaeХолопаразитарный
Daucus carota155,911[47]2006Apiaceae
Dioscorea elephantipes152,609112[34]2007Dioscoreaceae
Drimys granadensis160,604113[48]2006Winteraceae
Epifagus virginiana70,02842[49]1992Orobanchaceae
Эпипогий афиллум30,65027[50]2015ОрхидныеМикогетеротрофный
Эпипогий розеум19,04729[50]2015ОрхидныеМикогетеротрофный
Эродиум карвифолиум116,935107[51]2016Гераниевые
Эродиум хризантем168,94696[51]2016Гераниевые
Эродиум тексанум130,812106[52]2011Гераниевые
Эвкалипт шаровидный subsp. глобус160,286[53]2005Миртовые
Fagopyrum esculentum ssp. родословная159,599[54]2008Polygonaceae
Герань пальматум155,794105[52]2011Гераниевые
Глицин макс152,218[55]2005Fabaceae
Gossypium barbadense160,317114[56]2006мальвовые
Gossypium hirsutum160,301[57]2006мальвовые
Helianthus annuus151,104[58]2007Сложноцветные
Hordeum vulgare subsp. vulgare136,482110[28]2010Poaceae
Hydnora visseri27,23324[59]2016AristolochiaceaeНе фотосинтетический голопаразит
Иллиций олигандрум148,552113[34]2007Schisandraceae (Sensu ПНГ III)
Ипомея пурпурная162,046[43]2007Convolvulaceae
Jasminum nudiflorum165,121[60]2007Oleaceae
Juglans regia160,367129[61]2017Juglandaceae
Lactuca sativa152,765[58]2007Сложноцветные
Лемна минор165,955[62]2008Аралиевые
Ликания Альба162,467112[63]2014Chrysobalanaceae
Lilium longiflorum152,793114[30]2013Лилии
Лириодендрон тюльпановый159,866[48][64]2006Магнолиевые
Lolium perenne135,282110[28]2010Poaceae
Lonicera japonica155,078[1]2010Caprifoliaceae
Лотос японский150,519[65]2000Fabaceae
Manihot esculenta161,453[66]2008Молочай
Monotropa hypopitys35,33645[67]2016ВересковыеМикогетеротрофный
Monsonia speciosa128,787106[52]2011Гераниевые
Морус индика156,599[68]2006Moraceae
Musa balbisiana169,503113[69]2016Musaceae
Nandina domestica156,599[70]2006Berberidaceae
Neottia nidus-avis92,06056[71]2011ОрхидныеМикогетеротрофный
Nelumbo nucifera163,330[1]2010Nelumbonaceae
Nicotiana tabacum155,943113[72]1986Пасленовые
Nuphar advena160,866117[73]2007Nymphaeaceae
Nymphaea alba159,930[74]2004Nymphaeaceae
Энотера аргилликола штамм Douthat 1165,055113[75]2008Onagraceae
Oenothera biennis штамм Suaveolens Grado164,807113[75]2008Onagraceae
Oenothera elata subsp. Хукери штамм Johansen Standard165,728113[75]2008Onagraceae
Oenothera glazioviana напряжение р/р-lamarckiana Швеция165,225113[75]2008Onagraceae
Энотера парвифлора штамм атровиренс Стандарт163,365113[75]2008Onagraceae
Oryza sativa индика 93-11134,496[76]2005Poaceae
Oryza sativa японика Nipponbare134,551110[77][28]1989Poaceae
Oryza sativa японика PA64S134,551[76]2005Poaceae
Осирис Альба147,253101[78]2015SantalaceaeГемипаразитарный
Женьшень обыкновенный156,318[79]2004Аралиевые
Пеларгония × hortorum217,942[80]2006Гераниевые
Петросавиа Stellaris103,83558[81]2014PetrosaviaceaeМикогетеротрофный
Фаленопсис афродита subsp. Formosana148,964[82]2006Орхидные
Phaseolus vulgaris 'Негр Джамапа'150,285[83]2007Fabaceae
Pilostyles Aethiopica11,3485[84]2016ApodanthaceaeЭндо-холопаразит
Pilostyles Hamiltonii15,1675[84]2016ApodanthaceaeЭндо-холопаразит
Piper cenocladum160,624113[48]2006Piperaceae
Платан западный161,791[70]2006Platanaceae
Populus alba156,505[85]2006Salicaceae
Ранункулюс макрантус155,158117[73]2007Лютиковые
Ризантелла гарднери59,19033[86]2011ОрхидныеПодземный микогетеротроф
Saccharum officinarum141,182110[28]2010Poaceae
Sciaphila плотноцветная21,48528[87]2015TriuridaceaeМикогетеротрофный
Solanum tuberosum155,298[88]2006Пасленовые
Сорго двухцветное140,754110[28]2010Poaceae
Spinacia oleracea150,725[89]2001Amaranthaceae
Trachelium caeruleum162,321[90]2008Campanulaceae
Trifolium subterraneum144,763111[91]2008Fabaceae
Triticum aestivum резюме. Китайская весна134,545110[92][93][28]2000Poaceae
Typha latifolia165,572113[28]2010Typhaceae
Макрокарпон вакцины176,045147[94]2013Вересковые
Альбом Viscum128,92196[78]2015ViscaceaeГемипаразитарный
Viscum минимум131,01699[78]2015ViscaceaeГемипаразитарный
Vitis vinifera160,928[95]2006Vitaceae
Юкка шидигера156,158[21]2005Спаржевые (Sensu ПНГ III)
Zea Mays140,384110[96][28]2010Poaceae
Секвенированные пластомы без информации о размере, количестве генов и / или ссылках.
РазновидностьРазмер (бп)ГеныСсылкаГодСемьяПримечания
Аир аир153,821Acoraceae
Aethionema cordifoliumBrassicaceae
Aethionema grandiflorumBrassicaceae
Antirrhinum majus[1]2010Подорожниковые
Арабис хирсутаBrassicaceae
Аукуба японская[1]2010Garryaceae
Bambusa oldhamii139,350Poaceae
Barbarea VernaBrassicaceae
Berberidopsis corallina[1]2010Berberidopsidaceae
Brassica rapaBrassicaceae
Bulnesia arborea[1]2010Зигофилловые
Capsella bursa-pastorisBrassicaceae
Карика папайяCaricaceae
Ceratophyllum demersum[97]2007Ceratophyllaceae
Cornus florida[1]2010Cornaceae
Crucihimalya wallichiiBrassicaceae
Cuscuta obtusifloraConvolvulaceae
Cuscuta reflexaConvolvulaceae
Dendrocalamus latiflorus139,365Poaceae
Dillenia indica[1]2010Dilleniaceae
Драба неморосаBrassicaceae
Ehretia acuminata[1]2010Boraginaceae
Elaeis oleifera[19]2007Арековые
Бересклет американский[1]2010Celastraceae
Festuca arundinaceaPoaceae
Фикус sp.[1]2010Moraceae
Guizotia abyssinicaСложноцветные
Gunnera manicata[1]2010Gunneraceae
HedyosmumнеопубликованныйChloranthaceae
Heuchera sanguinea[1]2010Камнеломки
Илекс корнута[1]2010Aquifoliaceae
Lepidium virginicumBrassicaceae
Liquidambar styraciflua (син. Altingia styraciflua)[1]2010Altingiaceae
Лобулярия морскаяBrassicaceae
Лотос корникулатусFabaceae
Medicago truncatulata124,033Fabaceae
Megaleranthis saniculifolia159,924Лютиковые
Meliosma cuneifolia[1]2010Sabiaceae
Настурция лекарственнаяBrassicaceae
Олимарабидопсис пумилаBrassicaceae
Phoenix dactyliferaАрековые
Нериум олеандр154,903Apocynaceae
Nicotiana sylvestris155,941Пасленовые
Nicotiana tomentosiformis155,745Пасленовые
Орыза нивара134,494Poaceae
Oxalis latifolia[1]2010Oxalidaceae
Пассифлора двуцветная[19]2007Passifloraceae
Phoradendron leucarpum[1]2010Viscaceae
Plumbago auriculata[1]2010Plumbaginaceae
Populus trichocarpa[98]2006Salicaceae
Черный Quercus[1]2010Fagaceae
Рододендрон simsii[1]2010Вересковые
Scaevola aemula[19]2007Гудениковые
Solanum Bulbocastanum155,371Пасленовые
Solanum lycopersicum155,460Пасленовые
Staphylea colchica[1]2010Staphyleaceae
Тритурия (син. Гидателла)неопубликованныйHydatellaceae
Троходендрон аралиоидес[1]2010Trochodendraceae
Ximenia americana2010Ximeniaceae[99]

Зеленые водоросли

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Bryopsis plumosa106,859115[100]
Chaetosphaeridium globosum131,183124[101]
Chara vulgaris
Хламидомонада Reinhardtii203,39599
Хлорелла vulgaris150,613209[102]
Chlorokybus atmophyticus201,76370[103]
Дуналиелла салинаCCAP 19/18269,044102[104]
Эмилиания Хаксли105,309150
Helicosporidium37,45454[105]
Лептосира Terrestris195,081117[106]
Мезостигма виридная42,424
Мономастикс114,52894[107]
Нефрозельмис оливацея200,799127[108]
Эдогониум кардиакум196,547103[109]
Oltmannsiellopsis виридис151,933105[110]
Остреококк тавр71,66686[111]
Псевдендоклониум акинетум195,867105[112]
Пикнококк провасолии80,21198[107]
Пирамимонас Parkeae101,605110[107]
Scenedesmus косой161,45296[113]
Стаураструм punctulatum[114]
Стигеоклониум Helveticum223,90297[115]
Tydemania Expeditionis105,200125[100]
Ульва sp.UNA0007182899,983102[116]
Volvox Carteri420,65091[117]
Зигнема циркумкаринатум

Красные водоросли

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаГодТаксонПримечания
Ahnfeltia plicata190,451205 (кодировка)[118]2016Анфельтиалес
Апофлеи Sinclairii182,437189 (кодировка)[118]2016Hildenbrandiales
Аспарагопсис таксомоторный177,091203 (кодировка)[118]2016
Подсимплекс бангиопсиса204,784194 (кодировка)[118]2016
Каллиартрон туберкулез178,981238[119]2013
Керамиум japonicum171,634199 (кодировка)[118]2016
Chondrus crispus180,086240[119]2013Gigartinales
Cyanidioschyzon merolae10D149,987243[120]2003
Цианидий кальдарийRK1164,921230[121]2000
Erythrotrichia carnea210,691191 (кодировка)[118]2016
Galdieria sulphuraria074W167,741233[122]2015
Гелидий elegans174,748234[123]2016
Гелидий SinicolaUC276620177,095232[124]2019Может быть синонимом G. coulteri
Гелидий вагум179,853234[123]2016
Gracilaria Changii183,855231[125]2018Грасиляриалес
Грасилярия хорда182,459201 (кодировка)[118]2016Грасиляриалес
Грасилярия саликорния179,757235[126]2014Грасиляриалес
Грасилярия Tenuistipitatavar. Люи183,883238[127]2004Грасиляриалес
Грасилярия вермикулофилла180,254239неопубликованныйГрасиляриалес
Grateloupia filicina195,990265неопубликованный
Grateloupia taiwanensis191,270266[128]2013
Гильденбрандия rivularis189,725184 (кодировка)[118]2016
Hildenbrandia rubra180,141190 (кодировка)[118]2016
Куманоа американа184,025234[129]2018
Пальмария ладонь192,960245[129]2018
Plocamium cartilagineum171,392197 (кодирование)[118]2016
Порфира Pulchra194,175251[123]2016Bangiales
Порфира пурпурная191,028253[130]1993Bangiales
Порфира пупочная190,173250[131]2017Bangiales
Порфиридий пурпурныйNIES 2140217,694260[132]2014
Порфиридий сордидум259,429227[118]2016
Пиропия фуцикола187,282[133]2015Частичный геном
Pyropia haitanensisPH 38195,597254[134]2013
Пиропия канакаенсис189,931[133]2015Частичный геном
Пиропия перфората189,789247[133]2015
Пиропия yezoensis191,952264[134]2013
Родохете парвула221,665195 (кодировка)[118]2016
Родимения псевдопальматы194,153201 (кодировка)[118]2016
Рикетофик sp.180,384202 (кодировка)[118]2016
Schimmelmannia schousboei181,030202 (кодировка)[118]2016
Schizymenia dubyi183,959204 (кодировка)[118]2016
Sebdenia flabellata192,140205 (кодировка)[118]2016
Споролитон твердый191,464239[123]2016
Торея Hispida175,193228[129]2018
Vertebrata lanosa167,158192[135]2015Также отнесен к роду Полисифония

Глаукофиты

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Цианофора парадокс[136]

Мета-водоросли и апикомплексы

Мета-водоросли - это организмы с фотосинтетическими органеллами вторичного или третичного эндосимбиотического происхождения и их близкие нефотосинтезирующие, несущие пластиды родственники. Apicomplexans - вторично нефотосинтетическая группа хромальвеоаты которые сохраняют восстановленную пластидную органеллу.

Фотосинтетические хромальвеолаты

Геномы пластид динофлагеллат не организованы в единую кольцевую молекулу ДНК, как другие геномы пластид, а представляют собой ряд мини-кругов.

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылкаПримечания
Chromera velia
Chroomonas мезостигматикаCCMP1168139,403189[137]
Chroomonas PlacoideaCCAP978 / 8139,432186[137]Содержит 3 аннотированных псевдогена
Криптомонады CurvataCNUKR128,285182[137]
Криптомонады парамецийCCAP977 / 2a77,717115[138]
Эмилиания ХакслиCCMP 373105,309154[139]
Гиллардия тета121,524167[140]
Гетеросигма акашивоNIES 293159,370198[141]
Одонтелла Sinensis119,704175[142]
Phaeodactylum tricornutum117,369170[143]
Родомонада салинаCCMP1319135,854183[144]
Storeatula sp.CCMP1868140,953187[137]
Телеаулакс амфиоксияHACCP-CR01129,772179[145]
Thalassiosira псевдонана128,814180[143]

Хлорарахниофиты

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Bigelowiella натаны69,16698[146]
Гимнохлора звездчатыйCCMP205367,45197[147]
Лотарелла OceanicaCCMP62270,99794[148]
Лотарелла VacuolataCCMP24071,55795[147]
Partenskyella глоссоподияRCC36572,62099[147]

Эвгленофиты

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Астасия Longa73,2кб84
Euglena gracilis143.2кб128[149]

Apicomplexans

Секвенированные пластомы
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Chromera velia
Эймерия тенеллаPenn State34,8 КБ65[150]
Плазмодий falciparum34,7 КБ68
Theileria парваMugaga39,6 КБ71
Toxoplasma gondiiRH35.0кб65

Геномы нуклеоморфа

У некоторых фотосинтезирующих организмов эта способность была приобретена через симбиоз с одноклеточной зеленой водорослью (хлорофит) или красная водоросль (родофит). В некоторых таких случаях не только хлоропласт бывшей одноклеточной водоросли сохраняет свой собственный геном, но также сохраняется остаток водоросли. Когда при этом сохраняется ядро ​​и ядерный геном, это называется нуклеоморф.

Секвенированные геномы нуклеоморфов
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Аморфохлора амебовидный373,958340[151]
Bigelowiella натаныCCMP 621442,036426 (кодирование белка 344)[152][153]
Chroomonas мезостигматикаCCMP1168702,852581 (кодирование белка 505)[154]
Криптомонады парамеций487,066519 (кодирование белка 466)[155]
Гиллардия тета672,788743 (кодирование белка 632)[156]
Hemiselmis Андерсении571,872525 (кодирование 471 белка)[157]
Лотарелла Oceanica612,592654 (кодирование белка 608)[158]
Лотарелла Vacuolata431,876359[151]

Геномы цианелл

Одноклеточный эукариот Паулинелла хроматофора обладает органеллой ( Cyanelle), который представляет собой независимый случай приобретения фотосинтеза цианобактериальный эндосимбиоз. (Примечание: термин цианелла также применяется к пластидам глаукофитов.)

Секвенированные геномы цианелл
РазновидностьРазнообразиеРазмер (бп)ГеныСсылка
Паулинелла хроматофора1.02Мб867[159]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс Мур MJ, Soltis PS, Bell CD, Burleigh JG, Soltis DE (март 2010 г.). «Филогенетический анализ 83 пластидных генов решает вопрос о ранней диверсификации эвдикотов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (10): 4623–8. Bibcode:2010ПНАС..107.4623М. Дои:10.1073 / pnas.0907801107. ЧВК 2842043. PMID 20176954.
  2. ^ "Индекс / refseq / release / пластид". ftp.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-01-08.
  3. ^ Wickett NJ, Zhang Y, Hansen SK, Roper JM, Kuehl JV, Plock SA, Wolf PG, DePamphilis CW, Boore JL, Goffinet B (февраль 2008 г.). «Потеря функциональных генов происходит с минимальным уменьшением размера пластидного генома паразитического печеночника Aneura mirabilis». Молекулярная биология и эволюция. 25 (2): 393–401. Дои:10,1093 / молбев / мсм267. PMID 18056074.
  4. ^ Эволюция пластидного генома нефотосинтетической печеночника Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae)
  5. ^ Кугита М., Канеко А., Ямамото Ю., Такея Ю., Мацумото Т., Ёсинага К. (январь 2003 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта роголистника (Anthoceros formosae): понимание первых наземных растений». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (2): 716–21. Дои:10.1093 / нар / гкг155. ЧВК 140519. PMID 12527781.
  6. ^ К Охьяма, Фукузава, Х., Кохчи, Т., Сираи, Х., Сано, Т., Чанг З, Аота С., Инокучи Х, Озэки Х (2003). "Организация гена хлоропласта выведена из полной последовательности печеночника Marchantia polymorpha хлоропластная ДНК ». Природа. 322 (6079): 716–721. Bibcode:1986Натура.322..572O. Дои:10.1038 / 322572a0.
  7. ^ Вильярреал JC, Форрест LL, Wickett N, Goffinet B (март 2013 г.). «Пластидный геном роголистника Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): филогенетический сигнал в увеличении инвертированного повтора, псевдогенизации и усилении интронов» (PDF). Американский журнал ботаники. 100 (3): 467–77. Дои:10.3732 / ajb.1200429. PMID 23416362.
  8. ^ Гроше С, Функ Х.Т., Майер У.Г., Заунер С (2012). «Геном хлоропласта Pellia endiviifolia: содержание гена, модель редактирования РНК и происхождение редактирования хлоропласта» (PDF). Геномная биология и эволюция. 4 (12): 1349–57. Дои:10.1093 / gbe / evs114. ЧВК 3542565. PMID 23221608.
  9. ^ Сугиура К., Кобаяши Ю., Аоки С., Сугита С., Сугита М. (сентябрь 2003 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропласта мха Physcomitrella patens: свидетельство потери и перемещения rpoA из хлоропласта в ядро». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (18): 5324–31. Дои:10.1093 / нар / gkg726. ЧВК 203311. PMID 12954768.
  10. ^ Лаура Л. Форрест; Норман Дж. Уикетт, Саймон Дж. Кокс и Бернард Гоффине (2011). «Глубокое секвенирование Ptilidium (Ptilidiaceae) предполагает эволюционный застой в структуре пластидного генома печеночника» (PDF). Экология и эволюция растений. 144 (1): 29–43. Дои:10.5091 / plecevo.2011.535. HDL:10400.1/5518.
  11. ^ Оливер MJ, Murdock AG, Mishler BD, Kuehl JV, Boore JL, Mandoli DF, Everett KD, Wolf PG, Duffy AM, Karol KG (февраль 2010 г.). «Последовательность генома хлоропласта мха Tortula villageis: содержание генов, полиморфизм и структурное расположение относительно геномов хлоропластов других зеленых растений». BMC Genomics. 11: 143. Дои:10.1186/1471-2164-11-143. ЧВК 2841679. PMID 20187961.
  12. ^ Вольф П.Г., Роу, Калифорния, Синклер Р.Б., Хасебе М. (апрель 2003 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта лептоспорангиатного папоротника Adiantum capillus-veneris L». ДНК исследования. 10 (2): 59–65. Дои:10.1093 / dnares / 10.2.59. PMID 12755170.
  13. ^ Гао Л., Йи Икс, Ян Икс, Су ЙДж, Ван Т. (июнь 2009 г.). "Полная последовательность генома хлоропласта древовидного папоротника" Сосна обыкновенного ": понимание эволюционных изменений геномов хлоропластов папоротника". BMC Эволюционная биология. 9: 130. Дои:10.1186/1471-2148-9-130. ЧВК 2706227. PMID 19519899.
  14. ^ Ропер Дж. М., Хансен С. К., Вольф П. Г., Кароль К. Г., Мандоли Д. Ф., Эверетт К. Д., Кюль Дж., Буре Дж. Л. (2007). "Полная последовательность пластидного генома Angiopteris evecta (Г. Форст.) Hoffm. (Marattiaceae) ". Американский Папоротник Журнал. 97 (2): 95–106. Дои:10.1640 / 0002-8444 (2007) 97 [95: TCPGSO] 2.0.CO; 2.
  15. ^ Вольф П.Г., Кароль К.Г., Мандоли Д.Ф., Кюль Дж., Арумуганатан К., Эллис М.В., Мишлер Б.Д., Келч Д.Г., Олмстед Р.Г., Буре Дж.Л. (май 2005 г.). «Первая полная последовательность хлоропластного генома ликофита, Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)». Ген. 350 (2): 117–28. Дои:10.1016 / j.gene.2005.01.018. PMID 15788152.
  16. ^ Вакасуги, Т. (1998). «Полная нуклеотидная последовательность пластидного генома папоротника, Psilotum nudum". Эндоцитобиология и клеточные исследования. 13 (Приложение): 147. Видеть внешняя ссылка ниже.
  17. ^ Цудзи С., Уэда К., Нишияма Т., Хасебе М., Йошикава С., Конагая А., Нишучи Т., Ямагути К. (март 2007 г.). «Геном хлоропласта ликофита (микрофиллофита), Selaginella uncinata, имеет уникальную инверсию, транспозиции и многие потери генов». Журнал исследований растений. 120 (2): 281–90. Дои:10.1007 / s10265-006-0055-у. PMID 17297557.
  18. ^ Хирао Т., Ватанабэ А., Курита М., Кондо Т., Таката К. (июнь 2008 г.). «Полная нуклеотидная последовательность Cryptomeria japonica D. Don. Геном хлоропласта и сравнительная геномика хлоропласта: диверсифицированная геномная структура хвойных пород». BMC Биология растений. 8: 70. Дои:10.1186/1471-2229-8-70. ЧВК 2443145. PMID 18570682.
  19. ^ а б c d е ж Jansen RK, Cai Z, Raubeson LA, Daniell H, Depamphilis CW, Leebens-Mack J, Müller KF, Guisinger-Bellian M, Haberle RC, Hansen AK, Chumley TW, Lee SB, Peery R, ​​McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL (декабрь 2007 г.). «Анализ 81 гена из 64 пластидных геномов разрешает взаимоотношения у покрытосеменных и определяет эволюционные паттерны на уровне генома». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (49): 19369–74. Bibcode:2007PNAS..10419369J. Дои:10.1073 / pnas.0709121104. ЧВК 2148296. PMID 18048330.
  20. ^ Ву С.С., Ван Ю.Н., Лю С.М., Чау С.М. (июнь 2007 г.). «Геном хлоропласта (хпДНК) Cycas taitungensis и 56 сП генов, кодирующих белок Gnetum parvifolium: понимание эволюции хпДНК и филогении современных семенных растений». Молекулярная биология и эволюция. 24 (6): 1366–79. Дои:10.1093 / молбев / msm059. PMID 17383970.
  21. ^ а б Либенс-Мак Дж., Раубесон Л.А., Цуй Л., Кюль Дж. В., Фуркад М. Х., Чамли Т. В., Буре Дж. Л., Янсен Р. К., depamphilis CW (октябрь 2005 г.). «Идентификация базального узла покрытосеменных в филогении хлоропластного генома: отбор проб из зоны Фельзенштейна». Молекулярная биология и эволюция. 22 (10): 1948–63. Дои:10.1093 / molbev / msi191. PMID 15944438.
  22. ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д .; Гагалова Кристина К .; Уоррен, Рене Л .; Хаммонд, С. Остин; Макдональд, Хелен; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А. (13.06.2019). Stajich, Джейсон Э. (ред.). «Полная последовательность хлоропластного генома ели Энгельмана (Picea engelmannii, генотип Se404-851) из Западной Канады». Объявления о микробиологических ресурсах. 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. Дои:10.1128 / MRA.00382-19. ISSN 2576-098X. ЧВК 6588038. PMID 31196920.
  23. ^ Джекман, Шон Д .; Уоррен, Рене Л .; Gibb, Ewan A .; Вандервальк, Бенджамин П .; Мохамади, Хамид; Чу, Джастин; Раймонд, Энтони; Удовольствие, Стивен; Куп, Робин; Wildung, Mark R .; Ритланд, Кэрол Э. (январь 2016 г.). «Органелларные геномы ели белой (Picea glauca): сборка и аннотации». Геномная биология и эволюция. 8 (1): 29–41. Дои:10.1093 / gbe / evv244. ISSN 1759-6653. ЧВК 4758241. PMID 26645680.
  24. ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д .; Гагалова Кристина К .; Уоррен, Рене Л .; Хаммонд, С. Остин; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А .; Мунгалл, Эндрю Дж. (06.06.2019). Рокас, Антонис (ред.). «Полная последовательность хлоропластного генома ели белой (Picea glauca, генотип WS77111) из Восточной Канады». Объявления о микробиологических ресурсах. 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. Дои:10.1128 / MRA.00381-19. ISSN 2576-098X. ЧВК 6554609. PMID 31171622.
  25. ^ Кумб, Лорен; Уоррен, Рене Л .; Джекман, Шон Д .; Ян, Чен; Вандервальк, Бенджамин П .; Мур, Ричард А .; Удовольствие, Стивен; Куп, Робин Дж .; Больманн, Йорг; Холт, Роберт А.; Джонс, Стивен Дж. М. (15 сентября 2016 г.). Будак, Хикмет (ред.). «Сборка полного генома хлоропласта ели ситкинской с использованием данных секвенирования GemCode 10X Genomics». PLOS One. 11 (9): e0163059. Bibcode:2016PLoSO..1163059C. Дои:10.1371 / journal.pone.0163059. ISSN 1932-6203. ЧВК 5025161. PMID 27632164.
  26. ^ Вакасуги Т., Цудзуки Дж., Ито С., Накашима К., Цудзуки Т., Сугиура М. (октябрь 1994 г.). «Потеря всех генов ndh, как определено путем секвенирования всего генома хлоропластов черной сосны Pinus thunbergii». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 91 (21): 9794–8. Bibcode:1994PNAS ... 91.9794W. Дои:10.1073 / пнас.91.21.9794. ЧВК 44903. PMID 7937893.
  27. ^ McCoy SR, Kuehl JV, Boore JL, Raubeson LA (май 2008 г.). «Полная последовательность пластидного генома Welwitschia mirabilis: необычно компактный пластом с повышенной скоростью расхождения». BMC Эволюционная биология. 8: 130. Дои:10.1186/1471-2148-8-130. ЧВК 2386820. PMID 18452621.
  28. ^ а б c d е ж грамм час я j Guisinger et al., Implications of the Plastid Genome Sequence of Typha (Typhaceae, Poales) для понимания эволюции генома у Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010)
  29. ^ Ян М., Мур М.Дж., Мэн А., Яо X, Ван Х. (21.09.2016). «Первая полная последовательность пластома семейства базальных астерид Styracaceae (Ericales) обнаруживает большую инверсию». Систематика и эволюция растений. 303 (1): 61–70. Дои:10.1007 / s00606-016-1352-0. ISSN 0378-2697.
  30. ^ а б Ким Дж. С., Ким Дж. Х (18 июня 2013 г.). «Сравнительный анализ генома и филогенетическая взаимосвязь порядка Liliales Insight на основе полных последовательностей пластидного генома двух лилий (Lilium longiflorum и Alstroemeria aurea)». PLOS One. 8 (6): e68180. Bibcode:2013PLoSO ... 868180K. Дои:10.1371 / journal.pone.0068180. ЧВК 3688979. PMID 23950788.
  31. ^ Горемыкин В.В., Хирш-Эрнст К.И., Вольфль С., Хеллвиг Ф.Х. (сентябрь 2003 г.). «Анализ последовательности генома хлоропласта Amborella trichopoda предполагает, что амборелла не является базальным покрытосеменным». Молекулярная биология и эволюция. 20 (9): 1499–505. Дои:10.1093 / molbev / msg159. PMID 12832641.
  32. ^ Сато С., Накамура Ю., Канеко Т., Асамизу Е., Табата С. (октябрь 1999 г.). «Полная структура генома хлоропласта Arabidopsis thaliana». ДНК исследования. 6 (5): 283–90. Дои:10.1093 / днарес / 6.5.283. PMID 10574454.
  33. ^ Шмитц-Линневебер С., Регель Р., Дю Т.Г., Хупфер Х., Херрманн Р.Г., Майер Р.М. (сентябрь 2002 г.). «Пластидная хромосома Atropa belladonna и ее сравнение с хромосомой Nicotiana tabacum: роль редактирования РНК в создании дивергенции в процессе видообразования растений». Молекулярная биология и эволюция. 19 (9): 1602–12. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004222. PMID 12200487.
  34. ^ а б c d Хансен Д.Р., Дастидар С.Г., Цай З., Пенафлор К., Кюль СП, Буре Дж.Л., Янсен Р.К. (ноябрь 2007 г.). «Филогенетические и эволюционные последствия полных последовательностей генома хлоропластов четырех рано расходящихся покрытосеменных: самшита (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae) и Illicium (Schisandraceae)». Молекулярная филогенетика и эволюция. 45 (2): 547–63. Дои:10.1016 / j.ympev.2007.06.004. PMID 17644003.
  35. ^ Горемыкин В., Хирш-Эрнст К.И., Вёльфль С., Хеллвиг Ф.Х. (2003). "Хлоропластный геном базальный покрытосеменные Каликант фертильный - структурный и филогенетический анализ ». Систематика и эволюция растений. 242 (1–4): 119–135. Дои:10.1007 / s00606-003-0056-4.
  36. ^ Ян Й, Ван М, Лу Зи, Се Х, Фэн С. (2017-01-04). "Характеристика полного генома хлоропласта Carpinus tientaiensis". Ресурсы по сохранению генетики. 9 (2): 339–341. Дои:10.1007 / s12686-016-0668-у. ISSN 1877-7252.
  37. ^ Баушер М.Г., Сингх Н.Д., Ли С.Б., Янсен Р.К., Даниелл Х. (сентябрь 2006 г.). «Полная последовательность хлоропластного генома Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными». BMC Биология растений. 6: 21. Дои:10.1186/1471-2229-6-21. ЧВК 1599732. PMID 17010212.
  38. ^ Хуан Ю.Ю., Мацке А.Дж., Мацке М. (30 августа 2013 г.). «Полная последовательность и сравнительный анализ генома хлоропластов кокосовой пальмы (Cocos nucifera)». PLOS One. 8 (8): e74736. Bibcode:2013PLoSO ... 874736H. Дои:10.1371 / journal.pone.0074736. ЧВК 3758300. PMID 24023703.
  39. ^ Самсон Н., Баушер М.Г., Ли С.Б., Янсен Р.К., Даниэль Х. (март 2007 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта кофе (Coffea arabica L.): организация и значение для биотехнологии и филогенетических отношений между покрытосеменными». Журнал биотехнологии растений. 5 (2): 339–53. Дои:10.1111 / j.1467-7652.2007.00245.x. ЧВК 3473179. PMID 17309688.
  40. ^ Leseberg CH, Duvall MR (октябрь 2009 г.). «Полный хлоропластный геном Coix lacryma-jobi и сравнительный молекулярно-эволюционный анализ пластомов злаков». Журнал молекулярной эволюции. 69 (4): 311–8. Bibcode:2009JMolE..69..311L. Дои:10.1007 / s00239-009-9275-9. PMID 19777151.
  41. ^ Wicke S, Müller KF, de Pamphilis CW, Quandt D, Wickett NJ, Zhang Y, Renner SS, Schneeweiss GM (октябрь 2013 г.). «Механизмы функциональной и физической редукции генома у фотосинтезирующих и нефотосинтетических паразитических растений семейства заразихи». Растительная клетка. 25 (10): 3711–25. Дои:10.1105 / tpc.113.113373. ЧВК 3877813. PMID 24143802.
  42. ^ Plader W, Yukawa Y, Sugiura M, Malepszy S (2007). «Полная структура генома хлоропласта огурца (Cucumis sativus L.): его состав и сравнительный анализ». Письма о клеточной и молекулярной биологии. 12 (4): 584–94. Дои:10.2478 / s11658-007-0029-7. ЧВК 6275786. PMID 17607527.
  43. ^ а б McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL, de Pamphilis CW (октябрь 2007 г.). «Полные последовательности пластидного генома предполагают строгий отбор для сохранения фотосинтетических генов у паразитических растений рода Cuscuta». BMC Биология растений. 7: 57. Дои:10.1186/1471-2229-7-57. ЧВК 2216012. PMID 17956636.
  44. ^ а б Funk HT, Berg S, Krupinska K, Maier UG, Krause K (август 2007 г.). «Полные последовательности ДНК пластидных геномов двух паразитических видов цветковых растений, Cuscuta reflexa и Cuscuta gronovii». BMC Биология растений. 7: 45. Дои:10.1186/1471-2229-7-45. ЧВК 2089061. PMID 17714582.
  45. ^ Lin CS, Chen JJ, Huang YT, Chan MT, Daniell H, Chang WJ, Hsu CT, Liao DC, Wu FH, Lin SY, Liao CF, Deyholos MK, Wong GK, Albert VA, Chou ML, Chen CY, Shih MC (Март 2015 г.). «Расположение и транслокация ndh генов хлоропластного происхождения в семействе Orchidaceae». Научные отчеты. 5: 9040. Bibcode:2015НатСР ... 5Э9040Л. Дои:10.1038 / srep09040. ЧВК 4356964. PMID 25761566.
  46. ^ Роке С., Куассак Э, Круод С., Боледа М., Бойер Ф, Альберти А., Джелли Л., Таберле П., Туиллер В., Ван Эс Дж., Лавернь С. (июль 2016 г.). «Понимание эволюции холопаразитарных растений: полный пластидный геном голопаразита Cytinus hypocistis (Cytinaceae)». Анналы ботаники. 118 (5): 885–896. Дои:10.1093 / aob / mcw135. ЧВК 5055816. PMID 27443299.
  47. ^ Рулман Т., Ли С.Б., Янсен Р.К., Хостетлер Дж. Б., Таллон Л. Дж., Городской компакт-диск, Даниэль Х (август 2006 г.). «Полная последовательность пластидного генома Daucus carota: значение для биотехнологии и филогении покрытосеменных растений». BMC Genomics. 7: 222. Дои:10.1186/1471-2164-7-222. ЧВК 1579219. PMID 16945140.
  48. ^ а б c Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Leebens-Mack J, Carlson JE, dePamphilis CW, Boore JL, Jansen RK (октябрь 2006 г.). «Полные последовательности пластидного генома Drimys, Liriodendron и Piper: значение для филогенетических взаимоотношений магнолиид». BMC Эволюционная биология. 6: 77. Дои:10.1186/1471-2148-6-77. ЧВК 1626487. PMID 17020608.
  49. ^ Вулф К. Х., Морден К. В., Палмер Дж. Д. (ноябрь 1992 г.). «Функция и эволюция минимального пластидного генома нефотосинтетического паразитического растения». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (22): 10648–52. Bibcode:1992PNAS ... 8910648W. Дои:10.1073 / pnas.89.22.10648. ЧВК 50398. PMID 1332054.
  50. ^ а б Щелкунов М.И., Штратникова В.Ю., Нуралиев М.С., Селосс М.А., Пенин А.А., Логачева М.Д. (январь 2015). «Изучение пределов редукции пластидных геномов: исследование микогетеротрофных орхидей Epipogium aphyllum и Epipogium roseum». Геномная биология и эволюция. 7 (4): 1179–91. Дои:10.1093 / gbe / evv019. ЧВК 4419786. PMID 25635040.
  51. ^ а б Blazier JC, Jansen RK, Mower JP, Govindu M, Zhang J, Weng ML, Ruhlman TA (июнь 2016 г.). «Вариабельное присутствие инвертированного повтора и стабильность пластома в Erodium». Анналы ботаники. 117 (7): 1209–20. Дои:10.1093 / aob / mcw065. ЧВК 4904181. PMID 27192713.
  52. ^ а б c Гизингер М.М., Кюль СП, Буре Дж.Л., Янсен Р.К. (январь 2011 г.). «Чрезвычайная реконфигурация пластидных геномов в семействе покрытосеменных Geraniaceae: перестройки, повторы и использование кодонов». Молекулярная биология и эволюция. 28 (1): 583–600. Дои:10.1093 / molbev / msq229. PMID 20805190.
  53. ^ Стейн Д.А. (2005). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта тасманской голубой камеди, Eucalyptus globulus (Myrtaceae)». ДНК исследования. 12 (3): 215–20. Дои:10.1093 / dnares / dsi006. PMID 16303753.
  54. ^ Логачева М.Д., Самигуллин Т.Х., Дхингра А, Пенин А.А. (май 2008 г.). «Сравнительная геномика и филогенетика хлоропластов Fagopyrum esculentum ssp. Ancestrale - дикого предка культурной гречихи». BMC Биология растений. 8: 59. Дои:10.1186/1471-2229-8-59. ЧВК 2430205. PMID 18492277.
  55. ^ Саски К., Ли С.Б., Дэниэл Х, Вуд ТК, Томкинс Дж., Ким Х.Г., Янсен Р.К. (сентябрь 2005 г.). «Полная последовательность генома хлоропласта Gycine max и сравнительный анализ с другими геномами бобовых». Молекулярная биология растений. 59 (2): 309–22. Дои:10.1007 / s11103-005-8882-0. PMID 16247559.
  56. ^ Ибрагим Р.И., Адзума Дж., Сакамото М. (октябрь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта хлопчатника (Gossypium barbadense L.) со сравнительным анализом последовательностей среди 9 двудольных растений». Гены и генетические системы. 81 (5): 311–21. Дои:10.1266 / ggs.81.311. PMID 17159292.
  57. ^ Ли С.Б., Кайттанис С., Янсен Р.К., Хостетлер Дж.Б., Таллон Л.Дж., Городской компакт-диск, Даниэл Х. (март 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов Gossypium hirsutum: организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными». BMC Genomics. 7: 61. Дои:10.1186/1471-2164-7-61. ЧВК 1513215. PMID 16553962.
  58. ^ а б Тимме Р.Э., Кюль СП, Буре Дж.Л., Янсен Р.К. (март 2007 г.). «Сравнительный анализ пластидных геномов Lactuca и Helianthus (Asteraceae): идентификация дивергентных регионов и категоризация общих повторов». Американский журнал ботаники. 94 (3): 302–12. Дои:10.3732 / ajb.94.3.302. PMID 21636403.
  59. ^ Науманн Дж., Дер Дж. П., Вафула Е.К., Джонс С.С., Вагнер С.Т., Хонаас Л.А., Ральф П.Е., Болин Дж.Ф., Маасс Е., Нейнхейс К., Ванке С., dePamphilis CW (январь 2016 г.) «Обнаружение и характеристика сильно дивергентного пластидного генома нефотосинтетического паразитарного растения Hydnora visseri (Hydnoraceae)». Геномная биология и эволюция. 8 (2): 345–63. Дои:10.1093 / gbe / evv256. ЧВК 4779604. PMID 26739167.
  60. ^ Ли Х.Л., Янсен Р.К., Чамли Т.В., Ким К.Дж. (май 2007 г.). «Перенос генов в геномах хлоропластов Jasminum и Menodora (Oleaceae) происходит из-за множества перекрывающихся инверсий». Молекулярная биология и эволюция. 24 (5): 1161–80. Дои:10.1093 / молбев / msm036. PMID 17329229.
  61. ^ Ху Y, Woeste KE, Zhao P (01.01.2017). «Джугланы и их вклад в филогению хлоропластов». Границы растениеводства. 7: 1955. Дои:10.3389 / fpls.2016.01955. ЧВК 5216037. PMID 28111577.
  62. ^ Марданов А.В., Равин Н.В., Кузнецов Б.Б., Самигуллин Т.Х., Антонов А.С., Колганова Т.В., Скабин К.Г. (июнь 2008 г.). «Полная последовательность генома хлоропласта ряски (Lemna minor): структурная организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными». Журнал молекулярной эволюции. 66 (6): 555–64. Bibcode:2008JMolE..66..555M. Дои:10.1007 / s00239-008-9091-7. PMID 18463914.
  63. ^ Malé PJ, Bardon L, Besnard G, Coissac E, Delsuc F, Engel J, Lhuillier E, Scotti-Saintagne C, Tinaut A, Chave J (сентябрь 2014 г.). «Скимминг генома с помощью секвенирования дробовика помогает разрешить филогению семейства пантропических деревьев». Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (5): 966–75. Дои:10.1111/1755-0998.12246. PMID 24606032.
  64. ^ Лян Х., Карлсон Дж. Э., Либенс-Мак Дж. Х., Уолл П. К., Мюллер Л. А., Бузго М., Ландхер Л. Л., Ху Й., ДиЛорето Д. С., Илут, округ Колумбия, Поле D, Танксли С. Д., Ма Х, Клод (2008). "База данных EST для Лириодендрон тюльпановый L. floral buds: первый ресурс EST для функциональной и сравнительной геномики Liriodendron ». Генетика деревьев и геномы. 4 (3): 419–433. Дои:10.1007 / s11295-007-0120-2.
  65. ^ Като Т., Канеко Т., Сато С., Накамура Ю., Табата С. (декабрь 2000 г.). «Полная структура генома хлоропластов бобовых растений Lotus japonicus». ДНК исследования. 7 (6): 323–30. Дои:10.1093 / днарес / 7.6.323. PMID 11214967.
  66. ^ Дэниэл Х., Вурдак К.Дж., Канагарадж А., Ли С.Б., Саски С., Янсен Р.К. (март 2008 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта маниоки (Manihot esculenta) и эволюция atpF у Malpighiales: редактирование РНК и множественные потери интрона группы II». ТЕГ. Теоретическая и прикладная генетика. Theoretische und Angewandte Genetik. 116 (5): 723–37. Дои:10.1007 / s00122-007-0706-y. ЧВК 2587239. PMID 18214421.
  67. ^ Равин Н.В., Груздев Е.В., Белецкий А.В., Мазур А.М., Прохорчук Е.Б., Филюшин М.А., Кочиева Е.З., Кадников В.В., Марданов А.В., Скрябин К.Г. (ноябрь 2016 г.). «Утрата фотосинтетических путей в пластидном и ядерном геномах у нефотосинтетических микогетеротрофных эвдикотов Monotropa hypopitys». BMC Биология растений. 16 (Дополнение 3): 238. Дои:10.1186 / s12870-016-0929-7. ЧВК 5123295. PMID 28105941.
  68. ^ Рави В., Хурана Дж. П., Тяги А. К., Хурана П. (2006). «Хлоропластный геном шелковицы: полная нуклеотидная последовательность, генная организация и сравнительный анализ». Генетика деревьев и геномы. 3 (1): 49–59. Дои:10.1007 / s11295-006-0051-3.
  69. ^ Шетти С.М., Мд Шах М.Ю., Макале К., Мохд-Юсуф Й., Халид Н., Осман Р.Й. (июль 2016 г.). «Полная последовательность генома хлоропласта, подтверждающая структурную неоднородность инвертированных повторов у диких предшественников культивируемых бананов и подорожников». Геном растений. 9 (2). Дои:10.3835 / plantgenome2015.09.0089. PMID 27898825.
  70. ^ а б Мур MJ, Dhingra A, Soltis PS, Shaw R, Farmerie WG, Folta KM, Soltis DE (август 2006 г.). «Быстрое и точное пиросеквенирование пластидных геномов покрытосеменных растений». BMC Биология растений. 6: 17. Дои:10.1186/1471-2229-6-17. ЧВК 1564139. PMID 16934154.
  71. ^ Логачева М.Д., Щелкунов М.И., Пенин А.А. (01.01.2011). «Секвенирование и анализ пластидного генома микогетеротрофной орхидеи Neottia nidus-avis». Геномная биология и эволюция. 3: 1296–303. Дои:10.1093 / gbe / evr102. ЧВК 3228488. PMID 21971517.[постоянная мертвая ссылка]
  72. ^ Шинозаки К., Оме М, Танака М, Вакасуги Т, Хаясида Н, Мацубаяси Т, Заита Н., Чунвонгсе Дж, Обоката Дж, Ямагути-Шинозаки К., Охто С, Торазава К., Менг BY, Сугита М, Дено Х, Камогашира Т., Ямада К., Кусуда Дж., Такайва Ф., Като А., Тодох Н., Шимада Х., Сугиура М. (сентябрь 1986 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта табака: его генная организация и экспрессия». Журнал EMBO. 5 (9): 2043–2049. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1986.tb04464.x. ЧВК 1167080. PMID 16453699.
  73. ^ а б Raubeson LA, Peery R, ​​Chumley TW, Dziubek C, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (июнь 2007 г.). «Сравнительная геномика хлоропластов: анализ, включающий новые последовательности покрытосеменных Nuphar advena и Ranunculus macranthus». BMC Genomics. 8: 174. Дои:10.1186/1471-2164-8-174. ЧВК 1925096. PMID 17573971.
  74. ^ Горемыкин В.В., Хирш-Эрнст К.И., Вельфль С., Хеллвиг Ф.Х. (июль 2004 г.). «Геном хлоропластов Nymphaea alba: полногеномный анализ и проблема определения наиболее базальных покрытосеменных». Молекулярная биология и эволюция. 21 (7): 1445–54. Дои:10.1093 / молбев / мш147. PMID 15084683.
  75. ^ а б c d е Greiner S, Wang X, Rauwolf U, Silber MV, Mayer K, Meurer J, Haberer G, Herrmann RG (апрель 2008 г.). «Полные нуклеотидные последовательности пяти генетически различных пластидных геномов Oenothera, подраздел Oenothera: I. Оценка последовательности и эволюция пластома». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (7): 2366–78. Дои:10.1093 / nar / gkn081. ЧВК 2367718. PMID 18299283.
  76. ^ а б Ю Дж, Ван Дж, Лин В, Ли С., Ли Х, Чжоу Дж и др. (Февраль 2005 г.). «Геномы Oryza sativa: история дупликаций». PLOS Биология. 3 (2): e38. Дои:10.1371 / journal.pbio.0030038. ЧВК 546038. PMID 15685292.
  77. ^ Хирацука Дж., Шимада Х., Уиттиер Р., Исибаши Т., Сакамото М., Мори М., Кондо С., Хонджи И., Сан С. Р., Мэн Б. (июнь 1989 г.). «Полная последовательность генома хлоропласта риса (Oryza sativa): межмолекулярная рекомбинация между отдельными генами тРНК составляет основную инверсию пластидной ДНК во время эволюции зерновых». Молекулярная и общая генетика. 217 (2–3): 185–94. Дои:10.1007 / BF02464880. PMID 2770692.
  78. ^ а б c Петерсен Г., Куэнка А., Себерг О. (август 2015 г.). «Эволюция пластома у гемипаразитических омел». Геномная биология и эволюция. 7 (9): 2520–32. Дои:10.1093 / gbe / evv165. ЧВК 4607522. PMID 26319577.
  79. ^ Ким KJ, Ли HL (август 2004 г.). «Полные последовательности генома хлоропластов корейского женьшеня (Panax schinseng Nees) и сравнительный анализ эволюции последовательностей среди 17 сосудистых растений». ДНК исследования. 11 (4): 247–61. Дои:10.1093 / dnares / 11.4.247. PMID 15500250.
  80. ^ Чамли Т.В., Палмер Дж. Д., Косилка Дж. П., Фуркад Х. М., Кали П. Дж., Буре Дж. Л., Янсен Р.К. (ноябрь 2006 г.). «Полная последовательность хлоропластного генома Pelargonium x hortorum: организация и эволюция самого большого и наиболее сильно перестроенного генома хлоропластов наземных растений». Молекулярная биология и эволюция. 23 (11): 2175–90. Дои:10.1093 / molbev / msl089. PMID 16916942.
  81. ^ Логачева М.Д., Щелкунов М.И., Нуралиев М.С., Самигуллин Т.Х., Пенин А.А. (январь 2014 г.). «Пластидный геном микогетеротрофного однодольного растения Petrosavia stellaris демонстрирует как потерю генов, так и множественные перестройки». Геномная биология и эволюция. 6 (1): 238–46. Дои:10.1093 / gbe / evu001. ЧВК 3914687. PMID 24398375.
  82. ^ Чанг СС, Линь Х.С., Линь И.П., Чоу Т.Й., Чен Х.Х., Чен У.Х., Ченг СН, Линь С.Й., Лю С.М., Чанг СС, Чау С.М. «Хлоропластный геном Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): сравнительный анализ скорости эволюции с травой и его филогенетические последствия». Молекулярная биология и эволюция. 23 (2): 279–91. Дои:10.1093 / molbev / msj029. PMID 16207935.
  83. ^ Гуо X, Кастильо-Рамирес С., Гонсалес В., Бустос П., Фернандес-Васкес Дж. Л., Сантамария Р. И., Арельяно Дж., Севаллос М. А., Давила Г. (июль 2007 г.). «Быстрое эволюционное изменение пластома фасоли обыкновенной (Phaseolus vulgaris L) и геномная диверсификация хлоропластов бобовых». BMC Genomics. 8: 228. Дои:10.1186/1471-2164-8-228. ЧВК 1940014. PMID 17623083.
  84. ^ а б Беллот С., Реннер СС (декабрь 2015 г.). «Пластомы двух видов эндопаразитного рода Pilostyles (Apodanthaceae) каждый сохраняют только пять или шесть возможных функциональных генов». Геномная биология и эволюция. 8 (1): 189–201. Дои:10.1093 / gbe / evv251. ЧВК 4758247. PMID 26660355.
  85. ^ Окумура С., Савада М., Пак Ю.В., Хаяси Т., Шимамура М., Такасе Х., Томидзава К. (октябрь 2006 г.). «Трансформация пластид тополя (Populus alba) и экспрессия чужеродных белков в хлоропластах деревьев». Трансгенные исследования. 15 (5): 637–46. Дои:10.1007 / s11248-006-9009-3. PMID 16952016.
  86. ^ Деланной Э., Фуджи С., Colas des Francs-Small C, Brundrett M, Small I (июль 2011 г.). «Безудержная потеря генов у подземной орхидеи Rhizanthella gardneri подчеркивает эволюционные ограничения на пластидные геномы». Молекулярная биология и эволюция. 28 (7): 2077–86. Дои:10.1093 / molbev / msr028. ЧВК 3112369. PMID 21289370.
  87. ^ Лам В.К., Сото Гомес М., Грэм С.В. (июль 2015 г.). «Сильно восстановленный пластом Mycoheterotrophic Sciaphila (Triuridaceae) является колинеарным со своими зелеными родственниками и подвергается строгой очистительной селекции». Геномная биология и эволюция. 7 (8): 2220–36. Дои:10.1093 / gbe / evv134. ЧВК 4558852. PMID 26170229.
  88. ^ Чунг Х.Дж., Чон Дж.Д., Пак Х.В., Ким Дж.Х., Ча Х.В., Мин С.Р., Чжон В.Дж., Лю Дж.Р. (декабрь 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропласта Solanum tuberosum и сравнительный анализ с видами Solanaceae выявили наличие делеции 241 п.н. в последовательности ДНК хлоропласта культивированного картофеля». Отчеты о растительных клетках. 25 (12): 1369–79. Дои:10.1007 / s00299-006-0196-4. PMID 16835751.
  89. ^ Schmitz-Linneweber C, Maier RM, Alcaraz JP, Cottet A, Herrmann RG, Mache R (февраль 2001 г.). «Пластидная хромосома шпината (Spinacia oleracea): полная нуклеотидная последовательность и генная организация». Молекулярная биология растений. 45 (3): 307–15. Дои:10.1023 / А: 1006478403810. PMID 11292076.
  90. ^ Haberle RC, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (апрель 2008 г.). «Обширные перестройки в геноме хлоропластов Trachelium caeruleum связаны с повторами и генами тРНК». Журнал молекулярной эволюции. 66 (4): 350–61. Bibcode:2008JMolE..66..350H. CiteSeerX 10.1.1.174.5498. Дои:10.1007 / s00239-008-9086-4. PMID 18330485.
  91. ^ Cai Z, et al. (2008). "Обширная реорганизация пластидного генома Trifolium subterraneum (Fabaceae) связан с многочисленными повторяющимися последовательностями и новыми вставками ДНК ». Дж Мол Эвол. 67: 696–704. Дои:10.1007 / s00239-008-9180-7.
  92. ^ Огихара Ю., Исоно К., Кодзима Т., Эндо А., Ханаока М., Шиина Т. и др. (2000). "Китайская яровая пшеница (Triticum aestivum L.) Геном хлоропласта: полная последовательность и клоны контига ». Репортер по молекулярной биологии растений. 18 (3): 243–253. Дои:10.1007 / BF02823995.
  93. ^ Огихара Й, Исоно К., Кодзима Т, Эндо А, Ханаока М, Шиина Т, Терачи Т, Уцуги С., Мурата М, Мори Н., Такуми С., Икео К., Годжобори Т, Мурай Р., Мурай К., Мацуока Й, Охниши Ю. , Тадзири Х., Цуневаки К. (январь 2002 г.). «Структурные особенности пластома пшеницы, выявленные полным секвенированием ДНК хлоропластов». Молекулярная генетика и геномика. 266 (5): 740–6. Дои:10.1007 / s00438-001-0606-9. PMID 11810247.
  94. ^ Фахардо Д., Сеналик Д., Эймс М., Чжу Х., Стеффан С.А., Харбут Р., Полашок Дж., Форса Н., Гиллеспи Е., Крон К., Залапа Дж. Э. (2013). «Полная последовательность пластидного генома Vaccinium macrocarpon: структура, содержание гена и перестройки, выявленные секвенированием следующего поколения». Генетика деревьев и геномы. 9 (2): 489–498. Дои:10.1007 / s11295-012-0573-9.
  95. ^ Янсен Р.К., Кайттанис К., Саски С., Ли С.Б., Томкинс Дж., Алверсон А.Дж., Даниэлл Х. (апрель 2006 г.). «Филогенетический анализ Vitis (Vitaceae) на основе полных последовательностей генома хлоропластов: влияние отбора образцов таксона и филогенетических методов на разрешение отношений между розидами». BMC Эволюционная биология. 6: 32. Дои:10.1186/1471-2148-6-32. ЧВК 1479384. PMID 16603088.
  96. ^ Майер Р.М., Некерманн К., Иглой Г.Л., Кессель Х. (сентябрь 1995 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов кукурузы: содержание генов, горячие точки расхождения и точная настройка генетической информации путем редактирования транскриптов». Журнал молекулярной биологии. 251 (5): 614–28. Дои:10.1006 / jmbi.1995.0460. PMID 7666415.
  97. ^ Мур MJ, Bell CD, Soltis PS, Soltis DE (декабрь 2007 г.). «Использование данных в масштабе пластидного генома для разрешения загадочных взаимоотношений между базальными покрытосеменными». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (49): 19363–8. Bibcode:2007ПНАС..10419363М. Дои:10.1073 / pnas.0708072104. ЧВК 2148295. PMID 18048334.
  98. ^ Джеральд А. Тускан и др. (110 авторов). 2006. "Геном черного хлопкового дерева", Populus trichocarpa (Торр. И Грей) ". Наука 313 (5793):1596-1604.
  99. ^ Никрент Д.Л., Малеко В., Видал-Рассел Р., Дер JP (2010). «Пересмотренная классификация санталалес». Таксон. 59 (2): 538–558. Дои:10.1002 / налог.592019.
  100. ^ а б Лелиаерт Ф, Лопес-Баутиста Дж. М. (март 2015 г.). «Геномы хлоропластов Bryopsis plumosa и Tydemania Expeditiones (Bryopsidales, Chlorophyta): компактные геномы и гены бактериального происхождения». BMC Genomics. 16 (1): 204. Дои:10.1186 / s12864-015-1418-3. ЧВК 4487195. PMID 25879186.
  101. ^ Турмель М., Отис С., Лемье С. (август 2002 г.). «Последовательности хлоропластов и митохондрий харофита Chaetosphaeridium globosum: понимание времени событий, которые реструктурировали ДНК органелл внутри линии зеленых водорослей, которые привели к наземным растениям». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (17): 11275–80. Bibcode:2002PNAS ... 9911275T. Дои:10.1073 / pnas.162203299. ЧВК 123247. PMID 12161560.
  102. ^ Вакасуги Т., Нагаи Т., Капур М., Сугита М., Ито М., Ито С., Цудзуки Дж., Накашима К., Цудзуки Т., Сузуки Ю., Хамада А., Охта Т., Инамура А., Ёсинага К., Сугиура М. (май 1997 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропласта зеленой водоросли Chlorella vulgaris: существование генов, возможно участвующих в делении хлоропласта». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (11): 5967–72. Bibcode:1997PNAS ... 94,5967 Вт. Дои:10.1073 / pnas.94.11.5967. ЧВК 20890. PMID 9159184.
  103. ^ Турмель М., Отис С., Лемье С. (май 2007 г.). «Неожиданно большой и неплотно упакованный митохондриальный геном в зеленой водоросле Chlorokybus atmophyticus». BMC Genomics. 8: 137. Дои:10.1186/1471-2164-8-137. ЧВК 1894977. PMID 17537252.
  104. ^ Smith DR, et al. (Май 2010 г.). «Геномы органелл Dunaliella salina: большие последовательности, наполненные интронной и межгенной ДНК». BMC Биология растений. 10: 83. Дои:10.1186/1471-2229-10-83. ЧВК 3017802. PMID 20459666.
  105. ^ де Конинг А.П., Килинг П.Дж. (апрель 2006 г.). «Полная последовательность пластидного генома паразитической зеленой водоросли Helicosporidium sp. Сильно восстановлена ​​и структурирована». BMC Биология. 4: 12. Дои:10.1186/1741-7007-4-12. ЧВК 1463013. PMID 16630350.
  106. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Turmel M, Lemieux C (июль 2007 г.). «Последовательность хлоропластного генома зеленой водоросли Leptosira terrestris: множественные потери инвертированного повтора и обширные перестройки генома в Trebouxiophyceae». BMC Genomics. 8: 213. Дои:10.1186/1471-2164-8-213. ЧВК 1931444. PMID 17610731.
  107. ^ а б c Турмель М., Ганьон М.С., О'Келли С.Дж., Отис С., Лемье С. (март 2009 г.). «Геномы хлоропластов зеленых водорослей Pyramimonas, Monomastix и Pycnococcus пролили новый свет на эволюционную историю празинофитов и происхождение вторичных хлоропластов эвгленид». Молекулярная биология и эволюция. 26 (3): 631–48. Дои:10.1093 / молбев / msn285. PMID 19074760.
  108. ^ Турмель М., Отис С., Лемье С. (август 1999 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропластов зеленой водоросли Nephroselmis olivacea: понимание архитектуры наследственных геномов хлоропластов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (18): 10248–53. Bibcode:1999PNAS ... 9610248T. Дои:10.1073 / пнас.96.18.10248. ЧВК 17874. PMID 10468594.
  109. ^ Бруард Дж. С., Отис С., Лемье С., Турмель М. (июнь 2008 г.). «Последовательность ДНК хлоропластов зеленой водоросли Oedogonium cardiacum (Chlorophyceae): уникальная архитектура генома, производные признаки, общие с Chaetophorales, и новые гены, полученные путем горизонтального переноса». BMC Genomics. 9: 290. Дои:10.1186/1471-2164-9-290. ЧВК 2442088. PMID 18558012.
  110. ^ Помбер Дж. Ф., Лемье С., Турмель М. (февраль 2006 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропласта зеленой водоросли Oltmannsiellopsis viridis обнаруживает характерную четырехчастную архитектуру в геноме хлоропласта ранних расходящихся ульвофитов». BMC Биология. 4: 3. Дои:10.1186/1741-7007-4-3. ЧВК 1402334. PMID 16472375.
  111. ^ Роббенс С., Дерелль Е., Ферраз С., Вуйтс Дж., Моро Х., Ван де Пер Y (апрель 2007 г.). «Полная последовательность хлоропластной и митохондриальной ДНК Ostreococcus tauri: геномы органелл самого маленького эукариота являются примерами уплотнения». Молекулярная биология и эволюция. 24 (4): 956–68. Дои:10.1093 / молбев / msm012. PMID 17251180.
  112. ^ Помбер Дж. Ф., Отис С., Лемье С., Турмель М. (сентябрь 2005 г.). «Последовательность генома хлоропластов зеленой водоросли Pseudendoclonium akinetum (Ulvophyceae) выявляет необычные структурные особенности и новое понимание порядка ветвления линий хлорофитов». Молекулярная биология и эволюция. 22 (9): 1903–18. Дои:10.1093 / molbev / msi182. PMID 15930151.
  113. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Lemieux C, Turmel M (апрель 2006 г.). «Полная последовательность хлоропластного генома зеленой водоросли Scenedesmus obliquus демонстрирует компактную генную организацию и предвзятое распределение генов по двум цепям ДНК». BMC Эволюционная биология. 6: 37. Дои:10.1186/1471-2148-6-37. ЧВК 1513399. PMID 16638149.
  114. ^ Турмель М., Отис С., Лемье С. (октябрь 2005 г.). «Полные последовательности ДНК хлоропластов зеленых водорослей Staurastrum и Zygnema хлоропластов показывают, что геном хлоропластов претерпел значительные изменения в ходе эволюции Zygnematales». BMC Биология. 3: 22. Дои:10.1186/1741-7007-3-22. ЧВК 1277820. PMID 16236178.
  115. ^ Беланже А.С., Бруар Дж. С., Шарлебуа П., Отис С., Лемье С., Турмель М. (ноябрь 2006 г.). «Отличительная архитектура генома хлоропласта в хлорофиковой зеленой водоросли Stigeoclonium helveticum». Молекулярная генетика и геномика. 276 (5): 464–77. Дои:10.1007 / s00438-006-0156-2. PMID 16944205.
  116. ^ Мелтон Дж. Т., Лелиаерт Ф, Тронхольм А, Лопес-Баутиста Дж. М. (2015). «Полный хлоропласт и митохондриальные геномы зеленой макроводоросли Ulva sp. UNA00071828 (Ulvophyceae, Chlorophyta)». PLOS One. 10 (4): e0121020. Bibcode:2015PLoSO..1021020M. Дои:10.1371 / journal.pone.0121020. ЧВК 4388391. PMID 25849557.
  117. ^ Смит Д. Р., Ли Р. В. (март 2009 г.). «Митохондриальные и пластидные геномы Volvox carteri: раздутые молекулы, богатые повторяющейся ДНК». BMC Genomics. 10 (132): 132. Дои:10.1186/1471-2164-10-132. ЧВК 2670323. PMID 19323823.
  118. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q Ли Дж., Чо СН, Пак С.И., Чой Дж. У., Сон Х.С., Вест Дж. А., Бхаттачарья Д., Юн Х. «Параллельная эволюция высококонсервативной архитектуры пластидного генома у красных морских водорослей и семенных растений». BMC Биология. 14 (1): 75. Дои:10.1186 / s12915-016-0299-5. ЧВК 5010701. PMID 27589960.
  119. ^ а б Яноушковец Дж., Лю С.Л., Мартоне П.Т., Карре В., Леблан К., Коллен Дж., Килинг П.Дж. (25 марта 2013 г.). Бхаттачарья Д. (ред.). «Эволюция пластидных геномов красных водорослей: древняя архитектура, интроны, горизонтальный перенос генов и таксономическая полезность пластидных маркеров». PLOS One. 8 (3): e59001. Bibcode:2013PLoSO ... 859001J. Дои:10.1371 / journal.pone.0059001. ЧВК 3607583. PMID 23536846.
  120. ^ Охта Н., Мацудзаки М., Мисуми О, Миягишима С.И., Нодзаки Х., Танака К., Син-И Т., Кохара Ю., Куроива Т. (апрель 2003 г.). «Полная последовательность и анализ пластидного генома одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae». ДНК исследования. 10 (2): 67–77. Дои:10.1093 / dnares / 10.2.67. PMID 12755171.
  121. ^ Глёкнер Г., Розенталь А., Валентин К. (октябрь 2000 г.). «Структура и репертуар генов древних красных водорослей пластидного генома». Журнал молекулярной эволюции. 51 (4): 382–90. Bibcode:2000JMolE..51..382G. CiteSeerX 10.1.1.566.2529. Дои:10.1007 / s002390010101. PMID 11040290.
  122. ^ Jain K, Krause K, Grewe F, Nelson GF, Weber AP, Christensen AC, Mower JP (декабрь 2014 г.). «Экстремальные особенности органеллярных геномов Galdieria sulphuraria: следствие полиэкстремофилии?». Геномная биология и эволюция. 7 (1): 367–80. Дои:10.1093 / gbe / evu290. ЧВК 4316638. PMID 25552531.
  123. ^ а б c d Ли Дж., Ким К.М., Ян Э.К., Миллер К.А., Бу С.М., Бхаттачарья Д., Юн Х.С. (март 2016 г.). «Реконструкция сложной эволюционной истории мобильных плазмид в геномах красных водорослей». Научные отчеты. 6 (1): 23744. Bibcode:2016НатСР ... 623744Л. Дои:10.1038 / srep23744. ЧВК 4814812. PMID 27030297.
  124. ^ Бу Г. Х., Хью-младший (февраль 2019 г.). «Филогеномика и мультигенная филогения расшифровывают две новые загадочные морские водоросли из Калифорнии, Gelidium gabrielsonii и G. kathyanniae (Gelidiales, Rhodophyta)». Журнал психологии. 55 (1): 160–172. Дои:10.1111 / иен.12802. PMID 30341779.
  125. ^ Хо CL, Ли В.К., Лим Э.Л. (март 2018 г.). «Раскрытие ядерного и хлоропластного геномов агара, продуцирующего красную макроводоросль, Gracilaria changii (Rhodophyta, Gracilariales)». Геномика. 110 (2): 124–133. Дои:10.1016 / j.ygeno.2017.09.003. PMID 28890206.
  126. ^ Кэмпбелл, Мэтью А .; Престинг, Гернот; Беннет, Мэтью С .; Шервуд, Элисон Р. (21 февраля 2014 г.). «Высококонсервативные органеллярные геномы у Gracilariales, как установлено с использованием новых данных по гавайской инвазивной водоросли Gracilaria salicornia (Rhodophyta»). Phycologia. 53 (2): 109–116. Дои:10.2216/13-222.1.
  127. ^ Hagopian JC, Reis M, Kitajima JP, Bhattacharya D, de Oliveira MC (октябрь 2004 г.). «Сравнительный анализ полной последовательности пластидного генома красной водоросли Gracilaria tenuistipitata var. Liui дает представление об эволюции родопластов и их взаимосвязи с другими пластидами». Журнал молекулярной эволюции. 59 (4): 464–77. Bibcode:2004JMolE..59..464H. CiteSeerX 10.1.1.614.9150. Дои:10.1007 / s00239-004-2638-3. PMID 15638458.
  128. ^ Деприст М.С., Бхаттачарья Д., Лопес-Баутиста Дж. М. (2013-07-19). «Пластидный геном красной макроводоросли Grateloupia taiwanensis (Halymeniaceae)». PLOS One. 8 (7): e68246. Bibcode:2013PLoSO ... 868246D. Дои:10.1371 / journal.pone.0068246. ЧВК 3716797. PMID 23894297.
  129. ^ а б c Чо ЧХ, Чхве Дж. У., Лам Д. В., Ким К. М., Юн Х.С. (2018-05-08). «Пластидный анализ генома трех видов красных водорослей Nemaliophycidae предполагает адаптацию к окружающей среде для сред обитания с ограниченным содержанием железа». PLOS One. 13 (5): e0196995. Bibcode:2018PLoSO..1396995C. Дои:10.1371 / journal.pone.0196995. ЧВК 5940233. PMID 29738547.
  130. ^ Reith M, Munholland J (апрель 1993 г.). "Генная карта высокого разрешения генома хлоропластов красной водоросли Porphyra purpurea". Растительная клетка. 5 (4): 465–475. Дои:10.1105 / tpc.5.4.465. ЧВК 160285. PMID 12271072.
  131. ^ Brawley SH, Blouin NA, Ficko-Blean E, Wheeler GL, Lohr M, Goodson HV и др. (Август 2017 г.). «Porphyra umbilicalis (Bangiophyceae, Rhodophyta)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 114 (31): E6361 – E6370. Дои:10.1073 / pnas.1703088114. ЧВК 5547612. PMID 28716924.
  132. ^ Таджима Н., Сато С., Маруяма Ф., Курокава К., Охта Х., Табата С., Секин К., Морияма Т., Сато Н. (май 2014 г.). «Анализ полного пластидного генома одноклеточной красной водоросли Porphyridium purpureum». Журнал исследований растений. 127 (3): 389–97. Дои:10.1007 / s10265-014-0627-1. PMID 24595640.
  133. ^ а б c Хьюги Дж. Р., Габриэльсон П. У., Ромер Л., Тортолани Дж., Сильва М., Миллер К. А., Янг Дж. Д., Мартелл К., Рюдигер Е. (июнь 2014 г.). «Минимально деструктивный отбор типовых образцов Pyropia (Bangiales, Rhodophyta) позволяет восстановить полные пластидные и митохондриальные геномы». Научные отчеты. 4 (1): 5113. Bibcode:2014НатСР ... 4Э5113Н. Дои:10.1038 / srep05113. ЧВК 4044621. PMID 24894641.
  134. ^ а б Ван Л., Мао И, Конг Ф, Ли Дж, Ма Ф, Чжан Б., Сунь П, Би Дж, Чжан Ф, Сюэ Х, Цао М. (29 мая 2013 г.). «Полная последовательность и анализ пластидных геномов двух экономически важных красных водорослей: Pyropia haitanensis и Pyropia yezoensis». PLOS One. 8 (5): e65902. Bibcode:2013PLoSO ... 865902W. Дои:10.1371 / journal.pone.0065902. ЧВК 3667073. PMID 23734264.
  135. ^ Саломаки Э.Д., Никлз К.Р., Лейн CE (апрель 2015 г.). «Призрачный пластид Choreocolax polysiphoniae». Журнал психологии. 51 (2): 217–21. Дои:10.1111 / jpy.12283. PMID 26986516.
  136. ^ Лёффельхардт В., Бонерт Х. Дж., Брайант Д.А. (1997). "Полная последовательность Cyanophora paradoxa геном цианеллы (Glaucocystophyceae) ". Систематика и эволюция растений. 11. Springer Вена. С. 149–162. Дои:10.1007/978-3-7091-6542-3_8. ISBN 9783211830352.
  137. ^ а б c d Ким Джи, Мур CE, Арчибальд Дж.М., Бхаттачарья Д., Йи Джи, Юн Х.С., Шин В. (июль 2017 г.). «Эволюционная динамика геномов криптофитов пластид». Геномная биология и эволюция. 9 (7): 1859–1872. Дои:10.1093 / gbe / evx123. ЧВК 5534331. PMID 28854597.
  138. ^ Донахер Н., Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Малфатти С.А., Цепь П.С., Хара Ю., Арчибальд Дж. М. (ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность пластидного генома вторично нефотосинтетической водоросли Cryptomonas Paramecium: сокращение, уплотнение и ускоренная скорость эволюции». Геномная биология и эволюция. 1: 439–48. Дои:10.1093 / gbe / evp047. ЧВК 2839278. PMID 20333213.
  139. ^ Санчес Пуэрта М.В., Бахварофф Т.Р., Делвиче С.Ф. (01.01.2005). «Полная последовательность пластидного генома гаптофита Emiliania huxleyi: сравнение с другими пластидными геномами». ДНК исследования. 12 (2): 151–6. Дои:10.1093 / dnares / 12.2.151. PMID 16303746.
  140. ^ Дуглас С.Е., Пенни С.Л. (февраль 1999 г.). «Пластидный геном криптофитовой водоросли Guillardia theta: полная последовательность и консервативные группы синтении подтверждают его общее происхождение с красными водорослями». Журнал молекулярной эволюции. 48 (2): 236–44. Bibcode:1999JMolE..48..236D. Дои:10.1007 / PL00006462. PMID 9929392.
  141. ^ Каттолико Р.А., Джейкобс М.А., Чжоу Й., Чанг Дж., Дюплесси М., Либранд Т., Маккей Дж., Онг Х.С., Симс Е., Рокап Дж. (Май 2008 г.). «Анализ секвенирования хлоропластного генома штаммов Heterosigma akashiwo CCMP452 (Западная Атлантика) и NIES293 (Западная часть Тихого океана)». BMC Genomics. 9 (1): 211. Дои:10.1186/1471-2164-9-211. ЧВК 2410131. PMID 18462506.
  142. ^ Коваллик К.В., Штобе Б., Шаффран И., Крот-Панчич П., Фрейер У. (декабрь 1995 г.). «Хлоропластный геном хлорофиллы + c-содержащей водоросли, Odontella sinensis». Репортер по молекулярной биологии растений. 13 (4): 336–342. Дои:10.1007 / BF02669188. ISSN 0735-9640.
  143. ^ а б Oudot-Le Secq MP, Grimwood J, Shapiro H, Armbrust EV, Bowler C, Green BR (апрель 2007 г.). «Геномы хлоропластов диатомовых водорослей Phaeodactylum tricornutum и Thalassiosira pseudonana: сравнение с другими пластидными геномами красной линии». Молекулярная генетика и геномика. 277 (4): 427–39. Дои:10.1007 / s00438-006-0199-4. PMID 17252281.
  144. ^ Хан Х., Паркс Н., Козера С., Кертис Б.А., Парсонс Б.Дж., Боуман С., Арчибальд Дж.М. (август 2007 г.). «Последовательность пластидного генома криптофитной водоросли Rhodomonas salina CCMP1319: латеральный перенос предполагаемого механизма репликации ДНК и тест филогении хромистовых пластид». Молекулярная биология и эволюция. 24 (8): 1832–42. Дои:10.1093 / молбев / мсм101. PMID 17522086.
  145. ^ Ким Джи, Юн Х.С., Йи Джи, Ким ХС, Йих В, Шин В (2015-06-05). Пржиборский JM (ред.). "Пластидный геном Cryptomonad Teleaulax amphioxeia". PLOS One. 10 (6): e0129284. Bibcode:2015PLoSO..1029284K. Дои:10.1371 / journal.pone.0129284. ЧВК 4457928. PMID 26047475.
  146. ^ Роджерс МБ, Гилсон П.Р., Су В., Макфадден Г.И., Килинг П.Дж. (январь 2007 г.). «Полный хлоропластный геном хлорарахниофита Bigelowiella natans: свидетельство независимого происхождения хлорарахниофитов и вторичных эндосимбионтов эвгленид». Молекулярная биология и эволюция. 24 (1): 54–62. Дои:10.1093 / molbev / msl129. PMID 16990439.
  147. ^ а б c Судзуки С., Хиракава Ю., Кофудзи Р., Сугита М., Исида К.И. (июль 2016 г.). «Последовательности пластидного генома Gymnochlora stellata, Lotharella vacuolata и Partenskyella glossopodia обнаруживают замечательную структурную консервацию среди видов хлорарахниофитов». Журнал исследований растений. 129 (4): 581–590. Дои:10.1007 / s10265-016-0804-5. PMID 26920842.
  148. ^ Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Браун М.В., Кертис Б.А., Роджер А.Дж., Ка-Шу Вонг Г., Мелкониан М., Арчибальд Дж.М. (май 2014 г.). «Нуклеоморфные и пластидные последовательности генома хлорарахниофита Lotharella oceanica: конвергентная восстановительная эволюция и частая рекомбинация у водорослей, несущих нуклеоморф». BMC Genomics. 15 (1): 374. Дои:10.1186/1471-2164-15-374. ЧВК 4035089. PMID 24885563.
  149. ^ Hallick RB, Hong L, Drager RG, Favreau MR, Monfort A, Orsat B, Spielmann A, Stutz E (июль 1993 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропласта Euglena gracilis». Исследования нуклеиновых кислот. 21 (15): 3537–44. Дои:10.1093 / nar / 21.15.3537. ЧВК 331456. PMID 8346031.
  150. ^ Цай X, Фуллер А.Л., Макдугалд Л.Р., Чжу Г. (декабрь 2003 г.). «Апикопластный геном кокцидий Eimeria tenella». Ген. 321: 39–46. Дои:10.1016 / j.gene.2003.08.008. PMID 14636990.
  151. ^ а б Сузуки С., Сирато С., Хиракава Ю., Исида К.И. (2015). «Нуклеоморфные геномные последовательности двух хлорарахниофитов, Amorphochlora amoebiformis и Lotharella vacuolata». Геномная биология и эволюция. 7: 1533–1545. Дои:10.1093 / gbe / evv096.
  152. ^ Гилсон П.Р., Су В., Сламовиц С.Х., Рейт М.Э., Килинг П.Дж., Макфадден Г.И. (июнь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность нуклеоморфа хлорарахниофита: самое маленькое ядро ​​в природе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (25): 9566–71. Bibcode:2006PNAS..103.9566G. Дои:10.1073 / pnas.0600707103. ЧВК 1480447. PMID 16760254.
  153. ^ Кертис Б.А., Танифуджи Г., Бурки Ф., Грубер А., Иримиа М., Маруяма С. и др. (Декабрь 2012 г.). «Геномы водорослей раскрывают эволюционный мозаицизм и судьбу нуклеоморфов» (PDF). Природа. 492 (7427): 59–65. Bibcode:2012Натура 492 ... 59С. Дои:10.1038 / природа11681. PMID 23201678.
  154. ^ Мур CE, Кертис Б., Миллс Т., Танифуджи Г., Арчибальд Дж. М. (2012). «Нуклеоморфная последовательность генома криптофитной водоросли Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 выявляет клон-специфическую потерю гена и сложность генома». Геномная биология и эволюция. 4 (11): 1162–75. Дои:10.1093 / gbe / evs090. ЧВК 3514955. PMID 23042551.
  155. ^ Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Уилер Т.Дж., Длутек М., Донахер Н., Арчибальд Дж.М. (2011). «Полная последовательность нуклеоморфа генома нефотосинтетической водоросли Cryptomonas Paramecium показывает основной набор генов нуклеоморфа». Геномная биология и эволюция. 3: 44–54. Дои:10.1093 / gbe / evq082. ЧВК 3017389. PMID 21147880.
  156. ^ Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М., Битон М., Пенни С., Дэн Л. Т., Ву Х, Райт М., Кавальер-Смит Т., Майер У. Г. (апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID 11323671.
  157. ^ Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (декабрь 2007 г.). «Нуклеоморфный геном Hemiselmis andersenii обнаруживает полную потерю и уплотнение интронов как фактор структуры и функции белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (50): 19908–13. Bibcode:2007ПНАС..10419908Л. Дои:10.1073 / pnas.0707419104. ЧВК 2148396. PMID 18077423.
  158. ^ Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Браун М.В., Кертис Б.А., Роджер А.Дж., Ка-Шу Вонг Г., Мелконян М., Арчибальд Дж.М. (май 2014 г.). «Нуклеоморфные и пластидные последовательности генома хлорарахниофита Lotharella oceanica: конвергентная восстановительная эволюция и частая рекомбинация у водорослей, несущих нуклеоморф». BMC Genomics. 15: 374. Дои:10.1186/1471-2164-15-374. ЧВК 4035089. PMID 24885563.
  159. ^ Новак ЕС, Мелконян М, Glöckner G (март 2008 г.). «Последовательность хроматофорного генома Paulinella проливает свет на приобретение фотосинтеза эукариотами». Текущая биология. 18 (6): 410–8. Дои:10.1016 / j.cub.2008.02.051. PMID 18356055.

внешняя ссылка

  1. ^ Деннис, Р. Д. (январь 1976 г.). «Морфогенетические гормоны насекомых и механизмы развития нематоды Nematospiroides dubius». Сравнительная биохимия и физиология. A, Сравнительная физиология. 53 (1): 53–56. Дои:10.1016 / с0300-9629 (76) 80009-6. ISSN 0300-9629. PMID 184.