WikiDer > БОСС (молекулярная механика)

BOSS (molecular mechanics)
Система биохимического и органического моделирования
Оригинальный автор (ы)Уильям Л. Йоргенсен
Разработчики)Исследовательская группа Йоргенсена, Йельский университет
изначальный выпуск1987; 33 года назад (1987)
Стабильный выпуск
4.9 / январь 2013; 7 лет назад (2013-01)
Написано вФортран
Операционная системаUnix, Linux, Windows
Платформаx86, x86-64
Доступно ванглийский
ТипМолекулярное моделирование
ЛицензияПроприетарный
Интернет сайтзарби.chem.yale.edu/программного обеспечения.html

Система биохимического и органического моделирования (БОСС) - это универсальная программа молекулярного моделирования, которая выполняет молекулярная механика расчеты, Метрополис Монте-Карло статистическая механика моделирования, и полуэмпирический Остин Модель 1 (AM1), PM3, и PDDG / PM3 квантовая механика расчеты.[1] Расчеты молекулярной механики охватывают минимизацию энергии, анализ нормального режима и конформационный поиск с помощью Оптимизированных потенциалов для моделирования жидкостей (OPLS) силовые поля. BOSS разработан проф. Уильям Л. Йоргенсен в Йельский университет, и распространяется на коммерческих условиях Cemcomco, LLC и Шредингер, Inc.

Ключевая особенность

  • OPLS силовое поле изобретатель
  • Оптимизация геометрии
  • Полуэмпирическая квантовая химия
  • Моделирование методом МК для чистых жидкостей, растворов, кластеров или газофазных систем
  • Свободные энергии вычисляются из статистического возмущения (возмущение свободной энергии (FEP)) теория
  • TIP3P, TIP4P и TIP5P водные модели

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Jorgensen, W.L .; Тирадо-Ривес, Дж. (2005). «Молекулярное моделирование органических и биомолекулярных систем с использованием BOSS и MCPRO». J. Comput. Chem. 26 (16): 1689–1700. Дои:10.1002 / jcc.20297. PMID 16200637.

внешняя ссылка