WikiDer > HLA-B46

HLA-B46

главный комплекс гистосовместимости (человек), класс I, B46
АллелиВ * 4601
Структура (Видеть HLA-B)
Символ (ы)HLA-B
EBI-HLAВ * 4601
Locuschr.6 6п21.31

HLA-B46 (B46) - это HLA-B серотип. Серотип определяет генные продукты аллеля HLA-B * 4601.[1]B * 4601 возник в результате редкого интерлокуса, преобразование гена между B62, вероятно, B * 1501, а HLA-C аллель.[2] B * 4601 является наиболее распространенным аллелем HLA-B, который не имеет происхождения в Африке, и, по оценкам, 400 миллионов человек в Восточной Азии являются носителями аллеля B46. При обнаружении B * 4601 отделяется только от 2 HLA-Cw аллели, ограниченное количество HLA-A и HLA-DRB1 аллели, предполагающие, что аллель недавно расширился из группы ограниченного размера в Юго-Восточной Азии. Чрезвычайно низкие частоты за пределами Восточной Азии являются показателями недавнего распространения B46 из недавно небольшой популяции. Распределение частот предполагает, что предковая популяция B46 проживала на юго-востоке Китая или, возможно, в Бирме (Мьянма или Лаос, не проверено). B46 в Азии коррелирует с выращивание влажного риса. Исключения примечательны: он был обнаружен в нивхах на северо-востоке острова Сакалин, у айнов и родственной нивхам (генетически) тлинглетной популяции на Аляске на незначительных уровнях.

Серотип

Распознавание серотипа B46 некоторых продуктов генов аллельной группы HLA B * 46[3]
В * 46B46ДругойОбразец
аллель%%размер (N)
460159291487

Серотипирование для B * 4601 плохое, и предпочтительнее использовать SSP-ПЦР. B * 46: 01 - один из четырех аллелей B, который не реагирует ни с Bw4, ни с Bw6. Остальные В * 18: 06, В * 55: 03 и В * 73: 01.[4]

B * 4601 Частоты аллелей

HLA B * 4601 частоты
частота
исх.численность населения(%)
[5]Buyei (Китай)21.6
[5]Мяо (Китай)18.4
[6]Хан (2) (Юньнань, Китай)17.9
[6]Тайский (в Сингапуре)17.2
[6]Южный китайский (на Тайване)17.2
[6]Китайский (в Гонконг)16.3
[6]Хакка (2) (Тайвань)15.6
[6]Гуанчжоу (Китай)15.5
[6]Северо-восточный Таиланд15.1
[6]Миннан (В среднем 1 и 2) (Тайвань)15.0
[6]Средне-китайский (на Тайване)15.0
[6]Хакка (Тайвань)13.6
[6]Ухань (Китай)13.5
[6]Маонан (Гуанси, Китай)13.4
[6]Китайский (в Сингапуре)13.4
[5]вьетнамский13.2
[6]Южный Хань (Китай)11.5
[6]Шанхай, Китай)11.2
[6]Мэйчжоу Хан (Гуандун, Китай)10.0
[6]Шицзячжуан Тяньцзянь Хан (Пекин)9.6
[6]Гуанчжоу Хан (Китай)9.4
[6]Таиланд9.2
[6]Nu (Юньнань, Китай)9.0
[6]Северный китайский (на Тайване)8.6
[6]Пазех (Тайвань)8.2
[6]Аичи (Япония)7.6
[6]Лису (Юньнань, Китай)7.2
[6]Пекин, Китай)6.8
[6]Наси (Юньнань, Китай)6.1
[6]Хуэй (Цинхай, Китай)5.9
[6]Северная Хань (Китай)5.7
[6]Япония (3)5.0
[6]Хиого (Япония)4.7
[6]Южная Корея (3)4.4
[6]Мужчина (Харбин, Китай)4.1
[6]Сирая (Тайвань)3.9
[6]Центральная Япония3.6
[6]Linqu County (Шаньдун, Китай)3.3
[6]Тиморцы2.6
[6]Внутренняя Монголия (Китай)2.0
[6]Яванский (в Сингапуре)2.0
[6]Oold (Монголия)1.9
[6]Нивхи (Сахалин I, Россия) остров1.9
[6]Тао (Тайвань)1.7
[6]Риау малайский (в Сингапуре)1.5
[6]Тува (2) (Россия)1.4
[6]Тибетский (Китай)1.3
[6]Халх (Улан-Батор, Монголия)1.2
[6]Айны (Хоккайдо, Япония)1.0
[6]Окинава (на Гавайях, США)1.0
[6]Коренное население (Тайвань)0.9
[6]Халха (Монголия)0.5
[6]Брахуи (Пакистан)0.5
HLA-B * 4601 изобилие
Темно-красный = 7% или больше
Красный = от 3 до 7%
Оранжевый = от 1 до 3%
Зеленый = от 0 до 1%
Черный = регионы не введены

A2-Cw11 (1) -B46

Этот гаплотип уникален в нескольких отношениях, во-первых, и, что наиболее важно, серотип B46 не из Африки, это отличает его от всех других известных серотипов B. Это результат события рекомбинации между B62 (B * 1501) и аллелем HLA-C в Азии. Это событие произошло недавно, так как есть только один основной аллель, а второстепенные аллели находятся на частотах следов. Между этим гаплотипом, аллелями, несущими A24 и A11, произошла некоторая рекомбинация, вероятно, в местной (или племенной популяции). B46 встречается везде, где бывают азиатские народы, занимающиеся выращиванием влажного риса, и редко встречается в группах коренных народов, не занимающихся сельским хозяйством. Единственным исключением являются Нинхвет Сибири и Восточный тлинглет на Аляске. Этот вклад B46, по-видимому, был недавним. Из-за количества людей, представленных в группах выборки, и его относительной высокой частоты в этой группе, A2-B46 является одним из наиболее частых, если не самым частым гаплотипом AB в мире, даже несмотря на то, что он отсутствует у коренного населения. большинства народов мира.

Частоты гаплотипов HLA A2-B46
частотаРанг в
исх.численность населения(%)Поп.
[5]Буй16.611
[5]Мяо13.61
[5]Сингапур
(Китайский)
11.42
[7]Хаошань10.11
[5]Южный Хань7.82
[5]Вьетнам7.81
[5]Тайский7.21
[5]Тайский китайский4.0
[5]Японский3.34
[5]Ли3.0
[5]Корея2.8
[5]Уйгар2.7
[5]Маньчжурский2.6
[5]Внутренний Монг.1.9
[5]Северная Хань1.8
1 самая высокая частота. А-Б в Азии.

Этот гаплотип уникален в нескольких отношениях, во-первых, и, что наиболее важно, серотип B46 не из Африки, это отличает его от всех других основных серотипов B, кроме В * 48. Это результат события рекомбинации между B62(В * 1501) и HLA-C аллель в Азии. Это событие произошло недавно, так как есть только один основной аллель, а второстепенные аллели находятся на частотах следов. Между этим гаплотипом, аллелями, несущими A24 и A11, произошла некоторая рекомбинация, вероятно, в местной (или племенной популяции). B46 встречается везде, где бывают азиатские народы, занимающиеся выращиванием влажного риса, и редко встречается в группах коренных народов, не занимающихся сельским хозяйством. Единственным исключением являются Нинхвет Сибири и Восточный тлинглет на Аляске. Этот вклад B46, по-видимому, был недавним. Из-за количества людей, представленных в группах выборки, и его относительной высокой частоты в этой группе, A2-B46 является одним из наиболее частых, если не самым частым гаплотипом AB в мире, даже несмотря на то, что он отсутствует у коренного населения. большинства народов мира.

Наиболее распространенный гаплотип и, вероятно, наследственный гаплотип, учитывая его распространение от Нинхивета до Индонезии:

А*0207 : C*0102 : B*4601 : DRB1*0901 : DQA1*0302 : DQB1*0303

Другой гаплотип, более распространенный в Корее и Японии, - это

А*0207 : C*0102 : B*4601 : DRB1*0803 : DQA1*0103 : DQB1*0601

B46 или тесно связанный аллель, возможно, находились в процессе положительного отбора у рисоводелов в Азии.

Рекомендации

  1. ^ Marsh, S.G .; Альберт, Э. Д .; Bodmer, W. F .; Bontrop, R.E .; Dupont, B .; Erlich, H.A .; Fernández-Viña, M .; Герати, Д. Э .; Holdsworth, R .; Hurley, C.K .; Lau, M .; Lee, K. W .; Мах, Б .; Maiers, M .; Mayr, W. R .; Müller, C.R .; Parham, P .; Petersdorf, E.W .; Сасадзуки, Т .; Strominger, J. L .; Svejgaard, A .; Terasaki, P. I .; Tiercy, J.M .; Троусдейл, Дж. (2010). «Номенклатура факторов системы HLA, 2010». Тканевые антигены. 75 (4): 291–455. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2010.01466.x. ЧВК 2848993. PMID 20356336.
  2. ^ Hildebrand WH, Domena JD, Shen SY и др. (1994). «HLA-B15: широко распространенное и разнообразное семейство аллелей HLA-B». Тканевые антигены. 43 (4): 209–18. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1994.tb02327.x. PMID 7521976.
  3. ^ Аллельная форма запроса IMGT / HLAЕвропейский институт биоинформатики
  4. ^ Voorter, CE; van der Vlies, S; Кик, М; ван ден Берг-Лунен, EM (октябрь 2000 г.). «Неожиданные паттерны реактивности Bw4 и Bw6 в новых аллелях». Тканевые антигены. 56 (4): 363–70. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2000.560409.x. PMID 11098937.
  5. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q Сасадзуки, Такехико; Цудзи, Кимиёси; Айзава, Мики (1992). HLA 1991: материалы одиннадцатого Международного семинара и конференции по гистосовместимости, состоявшихся в Иокогаме, Япония, 6–13 ноября 1991 г.. Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-262390-4.
  6. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае аф аг ах ай эй ак аль являюсь ан ао ap водный ар в качестве в au средний ау топор Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Н., Комеровски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net". Тканевые антигены. 61 (5): 403–7. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660. Внешняя ссылка в | название = (помощь)
  7. ^ Ху С.П., Луан Дж. А., Ли Б. и др. (2007). «Генетическая связь между Chaoshan и другими китайскими ханьскими популяциями: данные распределения частот аллелей HLA-A и HLA-B». Являюсь. J. Phys. Антрополь. 132 (1): 140–50. Дои:10.1002 / ajpa.20460. PMID 16883565.