WikiDer > Мотив GlnA РНК
| glnA РНК-мотив | |
|---|---|
 Консенсус вторичная структура из glnA РНК | |
| Идентификаторы | |
| Символ | glnA РНК |
| Рфам | RF01739 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | СНГ-регулирующий элемент; рибопереключатель |
| Домен (ы) | цианобактерии |
| ИДТИ | GO: 0070406 (связывание глутамина); |
| ТАК | SO: 0000035 (рибопереключатель); |
| PDB структуры | PDBe |
В глютаминовый рибопереключатель (ранее glnA Мотив РНК) является сохраняющимся РНК структура, которая была предсказана биоинформатика.[1] Он присутствует в различных линиях передачи цианобактерии, а также некоторые фаги заражают цианобактерии. Он также встречается в ДНК извлекается из невозделываемых бактерии живущий в океан предположительно разновидности цианобактерий.
glnA РНК находятся в предполагаемых 5 'непереведенные регионы из гены кодирование нескольких классов белок которые участвуют в метаболизм азота. Наиболее заметными из этих классов белков являются аммоний транспортеры, ферменты глютамин синтетаза и глутамат-синтаза и пII белок, который сам регулирует азотистый обмен. Дальнейшая поддержка возможной роли цис-регуляторный элемент в контроле метаболизма азота Prochlorococcus marinus ген, разработанный как PMT1479, был более репрессирован, чем другой другой ген в этом организме, когда он рос без достаточного количества азот.[1][2]
Было продемонстрировано, что glnA РНК соответствуют глутаминпереплет рибопереключатели,[3] то есть они определяют концентрацию глутамина, чтобы измерить общую доступность азота, и соответствующим образом регулируют гены, расположенные ниже по течению. Первоначальное предложение о функции рибопереключателя было основано на приведенных выше доказательствах того, что glnA РНК СНГ-регуляторная, а также умеренная сложность конструкции в трехстворчатом сочленении glnA Мотив РНК, сопоставимый со структурами других известных рибопереключателей. Немного glnA РНК расположены рядом с другими glnA РНК. Эти «тандемные договоренности» также демонстрируют глициновые рибопереключатели и Рибопереключатели ТПП где они позволяют клетке выключать или включать гены при меньшем изменении концентрации лиганда рибопереключателя. Другими словами, кривая отклика рибопереключателя больше напоминает цифровой функция.[4][5] Однако такой кооперативной привязки не наблюдалось.[3] Первый in vivo доказательства того, что РНК функционируют как глутаминовые рибопереключатели, показали, что эти рибопереключатели контролируют экспрессию глютамин синтетаза ингибирование белка IF17 в Synechocystis sp. PCC 6803 таким образом представляя ключевой элемент управления деятельностью GS в Цианобактерии.[6]
Возможное структурное сходство наблюдалось между glnA Мотив РНК и Нижестоящий пептидный мотив.[1] Наиболее очевидное сходство наблюдается между стеблями, обозначенными «P1» в каждом мотиве, но наблюдались и другие сходства.[1] Было высказано предположение, что оба мотива представляют собой рибопереключатели, участвующие в метаболизме азота. Тот факт, что РНК из обоих мотивов избирательно связывают глутамин, подтверждает эту гипотезу, но подробные структурные данные пока недоступны. В glnA мотив имеет петлю E[7][8] структура (также называемая модулем выпуклой G) внутри него.
использованная литература
- ^ а б c d Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК 2864571. PMID 20230605.
- ^ Толонен А.С., Аач Дж., Линделл Д. и др. (2006). «Глобальная экспрессия генов экотипов Prochlorococcus в ответ на изменения в доступности азота». Мол. Syst. Биол. 2 (1): 53. Дои:10.1038 / msb4100087. ЧВК 1682016. PMID 17016519.
- ^ а б Эймс Т.Д., Брейкер Р.Р. (январь 2011 г.). «Бактериальные аптамеры, избирательно связывающие глутамин». РНК Биол. 8 (1): 82–89. Дои:10.4161 / rna.8.1.13864. ЧВК 3127080. PMID 21282981.
- ^ Мандал М., Ли М., Баррик Дж. Э. и др. (Октябрь 2004 г.). «Глицин-зависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для контроля экспрессии генов». Наука. 306 (5694): 275–279. Дои:10.1126 / science.1100829. PMID 15472076.
- ^ Велц Р., Брейкер Р. Р. (апрель 2007 г.). «Связывание лиганда и характеристики генного контроля тандемных рибопереключателей у Bacillus anthracis». РНК. 13 (4): 573–582. Дои:10.1261 / rna.407707. ЧВК 1831863. PMID 17307816.
- ^ Klähn S, Bolay P, Wright PR, Atilho RM, Brewer KI, Hagemann M, Breaker RR, Hess WR (август 2018 г.). «Рибопереключатель глутамина является ключевым элементом регуляции глютаминсинтетазы у цианобактерий». Нуклеиновые кислоты Res. Дои:10.1093 / нар / gky709. ЧВК 6212724. PMID 30085248.
- ^ Вестхоф Э. (2010). «Удивительный мир бактериальных структурированных РНК». Геном Биол. 11 (3): 108. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-108. ЧВК 2864558. PMID 20236470.
- ^ Ли, JC (2003). Структурные исследования рибосомальной РНК на основе перекрестного анализа сравнительных моделей и трехмерных кристаллических структур (Кандидатская диссертация). Техасский университет.