WikiDer > Список сайтов разреза рестрикционным ферментом: Ba – Bc - Википедия

List of restriction enzyme cutting sites: Ba–Bc - Wikipedia
Основные статьи: Список сайтов разрезания рестрикционных ферментов и Фермент рестрикции
Легенда о азотистые основания
КодНуклеотид представлен
ААденин (А)
CЦитозин (С)
граммГуанин (ГРАММ)
ТТимин (Т)
NA, C, G или T
MА или С
рA или G
WА или Т
YC или T
SC или G
KG или T
ЧАСA, C или T
BC, G или T
VA, C или G
DA, G или T


В этой статье содержится список наиболее изученных рестрикционных ферментов, названия которых начинаются с Ba до Bc включительно. Он содержит около 120 ферментов.

Приведена следующая информация:

  • Фермент: Принятое название молекула, согласно международно принятой номенклатура[1][2], и библиографические ссылки. (Дальнейшее чтение: см. Раздел "Номенклатура"в статье"Фермент рестрикции".)
  • Код PDB: Код, используемый для определения структуры белка в PDB база данных белковых структур. Трехмерная атомная структура белка дает очень ценную информацию для понимания внутренних деталей механизма его действия.[3][4].
  • Источник: Организм, который естественным образом производит фермент.
  • Последовательность распознавания: Последовательность ДНК, распознаваемая ферментом и с которой он специфически связывается.
  • Резать: Участок разреза и продукты ДНК разреза. В последовательность распознавания и место разрезания обычно совпадают, но иногда сайт разреза может находиться на расстоянии нескольких десятков нуклеотидов от сайта распознавания[5][6].
  • Изошизомеры и неошизомеры: An изошизомер является фермент который распознает ту же последовательность, что и другой. А неошизомер представляет собой особый тип изошизомера, который распознает одну и ту же последовательность, но разрезает другим способом. Для каждого фермента указано не более 8-10 наиболее распространенных изошизомеров, но их может быть намного больше. Неошизомеры выделены жирным шрифтом зеленого цвета (например: BamHI). Когда "Нет на Дата", это означает, что на эту дату в базах данных не было зарегистрированных изошизомеров с четко определенным участком разрезания. Изошизомеры, указанные белым шрифтом и серым фоном, соответствуют ферментам, не указанным в текущих списках:
как в этом не перечисленном ферменте: EcoR70I 


Навигация по всему списку

Ферменты рестрикции

Ba - Bc

ФерментКод PDBИсточникПоследовательность распознаванияРезатьИзошизомеры
Bac36IBacillus alcalophilus 36 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavAII, Bce22I, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
BaeI [7]Bacillus sphaericus 5 'ACN4GTAYC
3 'ТГН4CATYG 		5 '--- ACN4GTAYCN6NNNNNN   --- 3'
3 '--- TGN4CATYGN6N   NNNNN --- 5 ' 		 - Нет, май 2010 г. -
Бали [8][9]Brevibacterium albidum 5 'TGGCCA
3 'ACCGGT 		5 '--- TGG   CCA --- 3 '
3 '--- ACC   GGT --- 5 '
Bal228IBacillus alcalophilus 228 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavAII, BshKI, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
BamHI [10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20]

[21][22][23][24][25][26][27][28][29][30]		1BAMBacillus amyloliquefaciens ЧАС 5 'GGATCC
3 'CCTAGG 		5 '--- G   GATCC --- 3 '
3 '--- CCTAG   G --- 5 ' 		AccEBI, AliI, ApaCI, AsiI, Bce751I, Bsp98I, Bsp4009I, BspAAIII, CelI, Nsp29132II, NspSAIV, SolI, SurI
БамНИИBacillus amyloliquefaciens N 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BcuAI, BsrAI, CauI, EagMI, FdiI, HgiCII, HgiJI, SinI
BanI [31][32]Bacillus aneurinolyticus 5 'GGYRCC
3 'CCRYGG 		5 '--- G   GYRCC --- 3 '
3 '--- CCRYG   G --- 5 ' 		AccB1I, BbvBI, BspT107I, Eco64I, HgiCI, HgiHI, MspB4I, PfaAI
BanII [12][31]Bacillus aneurinolyticus 5 'GRGCYC
3 'CYCGRG 		5 '--- GRGCY   C --- 3 '
3 '--- С   YCGRG --- 5 '
BanIII [31]Bacillus aneurinolyticus 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		AagI, BavCI, Bsa29I, BseCI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI, ClaI
BanAIбацилла сибирской язвы 5 'GGCC
3 'CCGG 		5 '--- GG   CC --- 3 '
3 '--- CC   GG --- 5 '
BasIБациллы sp. 5 'CCAN5TGG
3 'ГГТН5АКК 		5 '--- CCANNNN   NTGG --- 3 '
3 '--- GGTN   NNNNACC --- 5 ' 		AccB7I, AcpII, Asp10HII, Esp1396I, PflBI, PflMI, Van91I
BauIBacillus aquaemaris RFL1 5 'CACGAG
3 'GTGCTC 		5 '--- С   ACGAG --- 3 '
3 '--- GTGCT   C --- 5 '
БавиBacillus alvei 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- GTC   GAC --- 5 '
БавайBacillus alvei А 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- GTC   GAC --- 5 '
BavAIIBacillus alvei А 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavBII, BshKI, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
БавБИBacillus alvei B 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- GTC   GAC --- 5 '
BavBIIBacillus alvei B 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, Bac36I, BavAII, BshKI, BspBII, Bsu54I, FmuI, Pde12I
BavCIBacillus alvei C 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		AagI, BanIII, Bsa29I, BseCI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI, ClaI
BbeI [33]Bifidobacterium breve YIT4006 5 'GGCGCC
3 'CCGCGG 		5 '--- GGCGC   C --- 3 '
3 '--- С   CGCGG --- 5 '
BbiIIБифидобактерии бифидум YIT4007 5 'GRCGYC
3 'CYGCRG 		5 '--- GR   CGYC --- 3 '
3 '--- CYGC   RG --- 5 ' 		AcyI, AhaII, BbiII, HgiHII, Hin1I, Hsp92I, Msp17I, PamII
Bbi24IБифидобактерии бифидум С-24 5 'ACGCGT
3 'TGCGCA 		5 '--- А   CGCGT --- 3 '
3 '--- ТГКГК   А --- 5 '
BbrIBordetella bronchiseptica 4994 5 'AAGCTT
3 'TTCGAA 		5 '--- А   AGCTT --- 3 '
3 '--- TTCGA   А --- 5 '
Bbr7IBacillus brevis 7 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACN6N   NNNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGN6NNNNNN   --- 5'
BbrPI [34][35]Bacillus brevis 5 'CACGTG
3 'GTGCAC 		5 '--- CAC   ГТГ --- 3 '
3 '--- GTG   CAC --- 5 ' 		AcvI, BcoAI, Eco72I, PmaCI, PmlI, PspCI
BbsI [36]Bacillus Laterosporus 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BbuI [37]Bacillus circans 5 'GCATGC
3 'CGTACG 		5 '--- GCATG   C --- 3 '
3 '--- С   GTACG --- 5 '
BbvI [38][39]Bacillus brevis 5 'GCAGC
3 'CGTCG 		5 '--- GCAGCN7N   NNNN --- 3 '
3 '--- CGTCGN7NNNNN   --- 5' 		AlwXI, BseKI, BseXI, Bsp423I, Bst12I, Bst71I, BstV1I
BbvII [40]Bacillus brevis 80 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
Bbv12I [41]Bacillus brevis 12 5 'GWGCWC
3 'CWCGWG 		5 '--- GWGCW   C --- 3 '
3 '--- С   WCGWG --- 5 '
Alw21I, AspHI, Bsh45I, BsiHKAI,
HgiAI, HpyF46II, MspV281I
Bbv16IIBacillus brevis 16 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BbvAIBacillus brevis А 5 'ГААН4TTC
3 'CTTN4AAG 		5 '--- ГААНН   NNTTC --- 3 '
3 '--- CTTNN   NNAAG --- 5 ' 		Asp700I, MroXI, PdmI, XmnI
BbvAIIBacillus brevis А 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BavCI, Bci29I, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BbvAIIIBacillus brevis А 5 'TCCGGA
3 'AGGCCT 		5 '--- т   CCGGA --- 3 '
3 '--- AGGCC   Т --- 5 ' 		AccIII, Aor13HI, BlfI, BseAI, Bsp13I, BspEI, Bsu23I, Kpn2I
BbvBIBacillus brevis B 5 'GGYRCC
3 'CCRYGG 		5 '--- G   GYRCC --- 3 '
3 '--- CCRYG   G --- 5 ' 		БанИ, БшНИ, BspT107I, Eco64I, HgiCI, HgiHI, MspB4I, PfaAI
BbvCI [42]Bacillus brevis 5 'CCTCAGC
3 'GGAGTCG 		5 '--- CC   TCAGC --- 3 '
3 '--- GGAGT   CG --- 5 ' 		AbeI
Bca77IBacillus caldolyticus 5 футов WCCGGW
3 'WGGCCW 		5 '--- Вт   CCGGW --- 3 '
3 '--- WGGCC   W --- 5 '
BccIBacteroides caccae 5 'CCATC
3 'GGTAG 		5 '--- CCATCNNNN   N --- 3 '
3 '--- GGTAGNNNNN   --- 5'
Bce4IBacillus cereus B4 5 'GCN7GC
3 'CGN7CG 		5 '--- GCNNNNN   NNGC --- 3 '
3 '--- CGNN   NNNNNCG --- 5 '
Bce22IBacillus cereus 22 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, Bac36I, BavAII, BshKI, BspBII, CcuI, FmuI, Pde12I
Bce83I [43]Bacillus cereus 83 5 'CTTGAG
3 'GAACTC 		5 '--- CTTGAGN13NNN   --- 3'
3 '--- GAACTCN13N   NN --- 5 '
Bce243IBacillus cereus 5 'GATC
3 'CTAG 		5' ---   GATC --- 3 '
3 '--- CTAG   --- 5' 		Bfi57I, Bsp143I, BspJI, BstMBI, CviAI, Kzo9I, NdeII, Sth368I
Bce751IBacillus cereus 751 5 'GGATCC
3 'CCTAGG 		5 '--- G   GATCC --- 3 '
3 '--- CCTAG   G --- 5 ' 		BamHI, Bce751I, BnaI, Bsp98I, Bsp4009I, BstI, NspSAIV, Pfl8I
BceAIBacillus cereus 1315 5 'ACGGC
3 'TGCCG 		5 '--- ACGGCN11N   NN --- 3 '
3 '--- TGCCGN11NNN   --- 5'
BceBIBacillus cereus 1323 5 футов CGCG
3 'GCGC 		5 '--- CG   CG --- 3 '
3 '--- GC   GC --- 5 ' 		AccII, Bsh1236I, BtkI, Csp68KVI, FalII, FauBII, FnuDII, SelI, Тай
BceCIBacillus cereus 1195 5 'GCN7GC
3 'CGN7CG 		5 '--- GCNNNNN   NNGC --- 3 '
3 '--- CGNN   NNNNNCG --- 5 '
BcefI [44]Bacillus cereus fluorescens 5 'ACGGC
3 'TGCCG 		5 '--- ACGGCN10NN   N --- 3 '
3 '--- TGCCGN10NNN   --- 5'
BcgI [45][46]Bacillus coagulans 5 'CGAN6ТГК
3 'GCTN6АЧГ 		5 '--- CGAN6ТГКН9NNN   --- 3'
3 '--- GCTN6ACGN9N   NN --- 5 '
Bci29IBacillus circans 29 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BavCI, BciBI, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BciBIBacillus circans B 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BavCI, BcmI, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BciBIIBacillus circans B 5 'CCWGG
3 'GGWCC 		5 '--- CC   WGG --- 3 '
3 '--- GGW   CC --- 5 ' 		Аджни, ApyI, BptI, Bst1I, BstOI, BstM6I, Bst2UI, ЭкоРИИ, MvaI
BciVI [47]Bacillus circans 5 футов GTATCC
3 'CATAGG 		5 '--- GTATCCN4NN   --- 3'
3 '--- CATAGGN4N   N --- 5 ' 		BfuI
BclI [15][48][49]Bacillus caldolyticus 5 'ТГАТКА
3 'ACTAGT 		5 '--- т   GATCA --- 3 '
3 '--- ACTAG   Т --- 5 '
AbaI, BsiQI, BspXII,
BstT7I, FbaI, Ksp22I, ParI 
Млрд куб. МБациллы sp. 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BsuTUI, Bsu15I, BavCI, Bli86I, BspZEI, Rme21I, BseCI, BdiI
BcnI [50][51][52]2ODHBacillus centrosporus RFL1 5 'CCSGG
3 'GGSCC 		5 '--- CC   SGG --- 3 '
3 '--- GGS   CC --- 5 '
AhaI, AseII, AsuC2I,БпуМИ,CauII,
Eco1831I, HgiS22I,Kpn49kII, NciI
BcoI [53]Bacillus coagulans СМ 1 5 'CYCGRG
3 'GRGCYC 		5 '--- С   YCGRG --- 3 '
3 '--- GRGCY   C --- 5 ' 		Ama87I, AquI, BsoBI, BstSI, Eco88I, NspSAI, OfoI, PunAI
Bco5IBacillus coagulans 5 5 'CTCTTC
3 'ГАГААГ 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
Bco27IBacillus coagulans 27 5 'CCGG
3 'GGCC 		5 '--- С   CGG --- 3 '
3 '--- GGC   C --- 5 '
Bco116IBacillus coagulans 116 5 'CTCTTC
3 'ГАГААГ 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
Bco118IBacillus coagulans 118 5 'RCCGGY
3 'YGGCCR 		5 '--- R   CCGGY --- 3 '
3 '--- YGGCC   R --- 5 '
BcoAIBacillus coagulans AUCM B-732 5 'CACGTG
3 'GTGCAC 		5 '--- CAC   ГТГ --- 3 '
3 '--- GTG   CAC --- 5 ' 		AcvI, BbrPI, Eco72I, PmaCI, PmlI, PspCI
BcoKIBacillus coagulans 5 'CTCTTC
3 'ГАГААГ 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
BcuIBacillus coagulans Против 29-022 5 'ACTAGT
3 'ТГАТКА 		5 '--- А   CTAGT --- 3 '
3 '--- ТГАТК   А --- 5 ' 		AhII, AclNI, SpeI
BcuAIBacillus cereus БКМ Б-814 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BamNxI, BsrAI, Csp68KI, EagMI, FssI, HgiCII, HgiJI, SinI
Этот список неполный; вы можете помочь добавление недостающих предметов с надежные источники.

Примечания

  1. ^ Смит Х.О., Натанс Д. (декабрь 1973 г.). «Письмо: Предлагаемая номенклатура для бактериальных систем модификации и рестрикции и их ферментов». J. Mol. Биол. 81 (3): 419–23. Дои:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID 4588280.
  2. ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т., Бхагват А.С., Бикл Т.А., Битинаит Дж., Блюменталь Р.М., Дегтярев С.К., Драйден Д.Т., Дибвиг К., Фирман К., Громова Е.С., Гампорт Р.И., Халфорд С.Е., Хаттман С., Хейтман Дж., Хорнби Д.П. , Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh Э, Рао Д.Н., Райх Н., Репин В.Е., Селкер Э.У., Шоу П.С., Штейн Д.К., Стоддард Б.Л., Шибальский В., Траутнер Т.А., Ван Эттен Дж.Л., Витор Дж.М., Уилсон Г.Г., Сюй С.Ю. (апрель 2003 г.). «Номенклатура рестрикционных ферментов, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (7): 1805–12. Дои:10.1093 / nar / gkg274. ЧВК 152790. PMID 12654995.
  3. ^ Джереми МБ, Джон LT, Люберт S (2002). «3. Структура и функции белка». Биохимия. Сан-Франциско: В. Х. Фриман. ISBN 0-7167-4684-0.
  4. ^ Анфинсен К. Б. (1973). «Принципы, регулирующие сворачивание белковых цепей». Наука. 181 (4096): 223–30. Дои:10.1126 / science.181.4096.223. PMID 4124164.
  5. ^ Кесслер C, Манта V (август 1990 г.). «Специфичность рестрикционных эндонуклеаз и модификации ДНК метилтрансфераз - обзор (издание 3)». Ген. 92 (1–2): 1–248. Дои:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-Б. PMID 2172084.
  6. ^ Pingoud A, Jeltsch A (сентябрь 2001 г.). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (18): 3705–27. Дои:10.1093 / nar / 29.18.3705. ЧВК 55916. PMID 11557805.
  7. ^ Sears LE, Zhou B, Aliotta JM, Morgan RD, Kong H (сентябрь 1996 г.). «BaeI, еще одна необычная BcgI-подобная эндонуклеаза рестрикции». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (18): 3590–2. Дои:10.1093 / nar / 24.18.3590. ЧВК 146138. PMID 8836187.
  8. ^ Уэно Х., Като И., Ишино Ю. (июнь 1996 г.). «Клонирование и экспрессия системы рестрикции-модификации BalI». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (12): 2268–70. Дои:10.1093 / nar / 24.12.2268. ЧВК 145948. PMID 8710495.
  9. ^ Гелинас Р.Э., Майерс П.А., Вайс Г.Х., Робертс Р.Дж., Мюррей К. (август 1977 г.). "Специфическая эндонуклеаза из Brevibacterium albidum". Дж Мол Биол. 114 (3): 433–40. Дои:10.1016/0022-2836(77)90260-1. PMID 909093.
  10. ^ Вэй Х, Терриен С., Бланшар А., Гуань С., Чжу З. (май 2008 г.). «Индекс верности обеспечивает систематическое количественное определение звездной активности эндонуклеаз рестрикции ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (9): e50. Дои:10.1093 / nar / gkn182. ЧВК 2396408. PMID 18413342.
  11. ^ Нишигаки К., Канеко Ю., Вакуда Х, Хусими Ю., Танака Т. (август 1985 г.). «Эндонуклеазы рестрикции типа II расщепляют однонитевые ДНК в целом». Нуклеиновые кислоты Res. 13 (16): 5747–60. Дои:10.1093 / nar / 13.16.5747. ЧВК 321909. PMID 2994012.
  12. ^ а б Нельсон М., Христос К., Шильдкраут I (июль 1984 г.). «Изменение очевидной специфичности распознавания рестрикционной эндонуклеазы ДНК-метилазами». Нуклеиновые кислоты Res. 12 (13): 5165–73. Дои:10.1093 / nar / 12.13.5165. ЧВК 318911. PMID 6087274.
  13. ^ Нельсон П.С., Папас Т.С., Швайнфест CW (февраль 1993 г.). «Расщепление эндонуклеазой рестрикции гемиметилированной ДНК 5-метил-дезоксицитозина при высоких соотношениях фермента и субстрата». Нуклеиновые кислоты Res. 21 (3): 681–6. Дои:10.1093 / nar / 21.3.681. ЧВК 309169. PMID 8441677.
  14. ^ Грин П.Дж., Хейнекер Х.Л., Боливар Ф., Родригес Р.Л., Бетлах М.С., Коваррубиас А.А., Бакман К., Рассел Д.Д., Тейт Р., Бойер Х.В. (июль 1978 г.). «Общий метод очистки рестрикционных ферментов». Нуклеиновые кислоты Res. 5 (7): 2373–80. Дои:10.1093 / nar / 5.7.2373. ЧВК 342170. PMID 673857.
  15. ^ а б Хуанг Л.Х., Фарнет К.М., Эрлих К.С., Эрлих М. (март 1982 г.). «Переваривание сильно модифицированной ДНК бактериофага рестрикционными эндонуклеазами». Нуклеиновые кислоты Res. 10 (5): 1579–91. Дои:10.1093 / nar / 10.5.1579. ЧВК 320551. PMID 6280151.
  16. ^ Уилсон Г. А., Янг Ф. Э. (сентябрь 1975 г.). «Выделение специфичной для последовательности эндонуклеазы (BamI) из Bacillus amyloliquefaciens ЧАС". Дж Мол Биол. 97 (1): 123–5. Дои:10.1016 / S0022-2836 (75) 80028-3. PMID 1177312.
  17. ^ Робертс Р.Дж., Уилсон Г.А., Янг Ф.И. (январь 1977 г.). «Последовательность распознавания специфической эндонуклеазы BamH.I из Bacillus amyloliquefaciens ЧАС". Природа. 265 (5589): 82–4. Bibcode:1977Натура 265 ... 82R. Дои:10.1038 / 265082a0. PMID 834250.
  18. ^ Брукс Дж. Э., Беннер Дж. С., Хейтер Д. Ф., Зильбер К. Р., Сзнитер Л. А., Ягер-Куинтон Т., Моран Л. С., Слатко Б. Е., Уилсон Г. Г., Нванкво Д. О. (февраль 1989 г.). «Клонирование системы рестрикционной модификации BamHI». Нуклеиновые кислоты Res. 17 (3): 979–97. Дои:10.1093 / nar / 17.3.979. ЧВК 331717. PMID 2537955.
  19. ^ Виадиу Х., Аггарвал А.К. (май 2000 г.). «Структура BamHI, связанного с неспецифической ДНК: модель скольжения ДНК». Мол. Клетка. 5 (5): 889–95. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80329-9. PMID 10882125.
  20. ^ Джордж Дж., Чирикджян Дж. Г. (апрель 1982 г.). «Последовательно-специфическая эндонуклеаза BamHI: ослабление узнавания последовательности». Proc Natl Acad Sci USA. 79 (8): 2432–6. Bibcode:1982PNAS ... 79.2432G. Дои:10.1073 / пнас.79.8.2432. ЧВК 346212. PMID 6283522.
  21. ^ Мухопадхьяй П., Рой КБ (1984). «Последовательность-специфическая метилаза BamHI. Очистка и характеристика». Журнал биологической химии. 259 (16): 10357–62. PMID 6469968.
  22. ^ Робинсон ЧР, Слигар С.Г. (апрель 1995 г.). «Неоднородность молекулярного распознавания эндонуклеазами рестрикции: эффекты осмотического и гидростатического давления на специфичность BamHI, Pvu II и EcoRV». Proc Natl Acad Sci USA. 92 (8): 3444–8. Bibcode:1995PNAS ... 92.3444R. Дои:10.1073 / пнас.92.8.3444. ЧВК 42183. PMID 7724581.
  23. ^ Виадиу Х., Аггарвал А.К. (октябрь 1998 г.). «Роль металлов в катализе эндонуклеазой рестрикции BamHI». Нат Структ Биол. 5 (10): 910–6. Дои:10.1038/2352. PMID 9783752.
  24. ^ Ньюман М., Стржелека Т., Дорнер Л.Ф., Шильдкраут И., Аггарвал А.К. (август 1995 г.). «Структура эндонуклеазы Bam HI, связанной с ДНК: частичное сворачивание и разворачивание при связывании ДНК». Наука. 269 (5224): 656–63. Bibcode:1995Научный ... 269..656N. Дои:10.1126 / science.7624794. PMID 7624794.
  25. ^ Рой К.Б., Врушанк Д. (июль 1995 г.). «Bam HI расщепляет самокомплементарный додекамер d-CGCGGAGCCGCG перед двумя G и, возможно, связывается в большой бороздке ДНК». Биохим Мол Биол Инт. 36 (4): 759–70. PMID 8528138.
  26. ^ Ньюман М., Стшелецка Т., Дорнер Л.Ф., Шильдкраут И., Аггарвал А.К. (май 1994 г.). «Структура рестрикционной эндонуклеазы bamhi, фазированная при разрешении 1,95 A с помощью MAD-анализа». Структура. 2 (5): 439–52. Дои:10.1016 / S0969-2126 (00) 00045-9. PMID 8081758.
  27. ^ Ньюман М., Стшелецка Т., Дорнер Л.Ф., Шильдкраут И., Аггарвал А.К. (апрель 1994 г.). «Структура рестрикционной эндонуклеазы BamHI и ее связь с EcoRI». Природа. 368 (6472): 660–4. Bibcode:1994Натура.368..660Н. Дои:10.1038 / 368660a0. PMID 8145855.
  28. ^ Рой КБ, Врушанк Д., Джаярам Б. (июль 1994 г.). «Использование феномена изотопного разбавления для определения кинетических констант Km и Kcat для эндонуклеазы рестрикции BamHI: эмпирический и итерационный подход». Анальный биохим. 220 (1): 160–4. Дои:10.1006 / abio.1994.1313. PMID 7978240.
  29. ^ Брукс Дж. Э., Натан П. Д., Ландри Д., Снитер Л. А., Уэйт-Риз П., Айвз С. Л., Моран Л. С., Слатко Б. Е., Беннер Дж. С. (февраль 1991 г.). «Характеристика клонированной системы рестрикционной модификации BamHI: ее нуклеотидная последовательность, свойства метилазы и экспрессия в гетерологичных хозяевах». Нуклеиновые кислоты Res. 19 (4): 841–50. Дои:10.1093 / nar / 19.4.841. ЧВК 333720. PMID 1901989.
  30. ^ Мухопадхьяй П., Рой К.Б. (октябрь 1998 г.). «Белковая инженерия эндонуклеазы рестрикции BamHI: замена Cys54 на Ala усиливает каталитическую активность». Protein Eng. 11 (10): 931–5. Дои:10.1093 / белок / 11.10.931. PMID 9862213.
  31. ^ а б c Sugisaki H, Maekawa Y, Kanazawa S, Takanami M (октябрь 1982 г.). «Новые эндонуклеазы рестрикции из Acetobacter aceti и Bacillus aneurinolyticus». Нуклеиновые кислоты Res. 10 (19): 5747–52. Дои:10.1093 / nar / 10.19.5747. ЧВК 320926. PMID 6292849.
  32. ^ Шильдкраут I, Линч Дж., Морган Р. (июль 1987 г.). «Сайт расщепления для эндонуклеаз рестрикции BanI и HgiC I составляет 5 '... G снижает GPyPuCC ... 3'". Шильдкраут I, Линч Дж, Морган Р.. 15 (13): 5492. Дои:10.1093 / nar / 15.13.5492. ЧВК 305987. PMID 3037499.
  33. ^ Хосака Т., Сакураи Т., Такахаши Х., Сайто Х. (февраль 1982 г.). «Новая сайт-специфическая эндонуклеаза Bbei из Bifidobacterium breve». Ген. 17 (2): 117–22. Дои:10.1016/0378-1119(82)90063-4. PMID 6282709.
  34. ^ Веселы З., Шмитц Г.Г., Ярш М., Кесслер С. (июнь 1990 г.). "BbrPI, новый изошизомер PmacI из Bacillus brevis, распознающий 5'-CAC / GTG-3'". Нуклеиновые кислоты Res. 18 (11): 3423. Дои:10.1093 / nar / 18.11.3423. ЧВК 330975. PMID 2162525.
  35. ^ Кафри Т., Хершко А., Разин А. (июнь 1993 г.). «Исследование метилирования CpG в CACGTG с помощью фермента рестрикции BbrPI». Нуклеиновые кислоты Res. 21 (12): 2950. Дои:10.1093 / nar / 21.12.2950. ЧВК 309701. PMID 8332512.
  36. ^ Протозанова Э., Демидов В.В., Нильсен П.Е., Франк-Каменецкий М.Д. (июль 2003 г.). «Псевдокомплементарные ПНК как селективные модификаторы активности белков на дуплексной ДНК: на примере рестрикционных ферментов типа II». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (14): 3929–35. Дои:10,1093 / нар / гкг450. ЧВК 165965. PMID 12853608.
  37. ^ Обер Э., Сперджен С., Рэй В., Дэвис Дж. (Октябрь 1990 г.). «Очистка и характеристика изошизомера SphI из Bacillus Circicans». Нуклеиновые кислоты Res. 18 (20): 6152. Дои:10.1093 / nar / 18.20.6152. ЧВК 332440. PMID 2146591.
  38. ^ Gingeras TR, MIlazzo JP, Roberts RJ (ноябрь 1978 г.). «Компьютерный метод определения сайтов распознавания рестрикционных ферментов». Нуклеиновые кислоты Res. 5 (11): 4105–27. Дои:10.1093 / nar / 5.11.4105. ЧВК 342737. PMID 724510.
  39. ^ Хаттман С., Кейстер Т., Готтерер А. (октябрь 1978 г.). «Специфичность последовательности ДНК-метилаз из Bacillus amyloliquefaciens и Bacillus brevis". Дж Мол Биол. 124 (4): 701–11. Дои:10.1016 / 0022-2836 (78) 90178-Х. PMID 712853.
  40. ^ Матвиенко Н.И., Пачкунов Д.М., Крамаров В.М. (1984). «Последовательность узнавания сайт-специфической эндонуклеазы BbvII из Bacillus brevis 80". FEBS Lett. 177: 23–36. Дои:10.1016/0014-5793(84)80973-4.
  41. ^ Репин В.Е., Речкунова Н.И., Дегтярев С.К., Хачатурян А.А., Африкян Е.К. (1989). «Аэробные спорообразующие бактерии как продуценты эндонуклеаз рестрикции». Биол Дж Армения. 42: 969–72.
  42. ^ Heiter DF, Lunnen KD, Wilson GG (май 2005 г.). «Сайт-специфические ДНК-связывающие мутанты гетеродимерной эндонуклеазы рестрикции R.BbvCI». Дж Мол Биол. 348 (3): 631–40. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.02.034. PMID 15826660.
  43. ^ Матвиенко Н.Н.; Крамаров В.М.; Иванов Л.Ю; Матвиенко Н.И. (апрель 1992 г.). «Bce83I, эндонуклеаза рестрикции из Bacillus cereus 83, которая распознает новую непалиндромную последовательность 5'-CTTGAG-3 'и стимулируется S-аденозилметионином». Нуклеиновые кислоты Res. 20 (7): 1803. Дои:10.1093 / nar / 20.7.1803. ЧВК 312275. PMID 1315959.
  44. ^ Venetianer P, Orosz A (апрель 1988 г.). «BcefI, эндонуклеаза рестрикции нового типа IIS». Нуклеиновые кислоты Res. 16 (7): 3053–60. Дои:10.1093 / nar / 16.7.3053. ЧВК 336451. PMID 2835751.
  45. ^ Kong H, Roemer SE, Waite-Rees PA, Benner JS, Wilson GG, Nwankwo DO (январь 1994). «Характеристика BcgI, новый вид системы ограничения-модификации». J Biol Chem. 269 (1): 683–90. PMID 8276869.
  46. ^ Конг Х., Морган Р. Д., Маунус Р. Е., Шильдкраут I (февраль 1993 г.). «Уникальная эндонуклеаза рестрикции BcgI из Bacillus coagulans». Нуклеиновые кислоты Res. 21 (4): 987–91. Дои:10.1093 / nar / 21.4.987. ЧВК 309233. PMID 8451198.
  47. ^ Робертс Р.Дж., Маселис Д. (январь 1997 г.). «REBASE-рестрикционные ферменты и метилазы». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (1): 248–62. Дои:10.1093 / nar / 25.1.248. ЧВК 146408. PMID 9016548.
  48. ^ Rowland GC, Lim PP, Glass RE (июль 1992 г.). "'«Эндонуклеазы рестрикции, специфичные для стоп-кодонов: их использование для картирования и манипуляции с генами». Ген. 116 (1): 21–6. Дои:10.1016 / 0378-1119 (92) 90624-Х. PMID 1628840.
  49. ^ Бингем А.Х., Аткинсон Т., Скиаки Д., Робертс Р.Дж. (октябрь 1978 г.). «Специфическая эндонуклеаза из Bacillus caldolyticus». Нуклеиновые кислоты Res. 5 (10): 3457–67. Дои:10.1093 / nar / 5.10.3457. ЧВК 342687. PMID 724493.
  50. ^ Янулайтис А., Климасаускас С., Петрусите М., Буткус В. (сентябрь 1983 г.). «Модификация цитозина в ДНК с помощью BcnI-метилазы дает N4-метилцитозин». FEBS Lett. 161 (1): 131–4. Дои:10.1016/0014-5793(83)80745-5. PMID 6884523.
  51. ^ Янулайтис А.А., Петрусите М.А., Яскелавичене Б.П., Краев А.С., Скрябин К.Г., Баев А.А. (январь 1982 г.). "Новая эндонуклеаза рестрикции BcnI от Bacillus centrosporus RFL 1 ". FEBS Lett. 137 (2): 178–80. Дои:10.1016/0014-5793(82)80343-8. PMID 6277689.
  52. ^ Sokolowska M, Kaus-Drobek M, Czapinska H, ​​Tamulaitis G, Szczepanowski RH, Urbanke C, Siksnys V, Bochtler M (июнь 2007 г.). «Мономерная эндонуклеаза рестрикции BcnI в апо-форме и в асимметричном комплексе с целевой ДНК». Дж Мол Биол. 369 (3): 722–34. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.03.018. PMID 17445830.
  53. ^ Леунг С.М., Кам К.М., Чан К.Ю., Шоу ПК (1990). «Очистка и характеристика рестрикционной эндонуклеазы BcoI из почвенного изолята Bacillus coagulans". FEMS Microbiol Lett. 66 (2): 153–6. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1990.tb03988.x. PMID 1936944.