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Homologe Chromosomen sind zwei korrespondierende Chromosomen in einem Zellkern. Im Allgemeinen, auch beim Menschen, treten Chromosomen in Paaren homologer Chromosomen auf, wobei eines von der Mutter und das andere vom Vater stammt. Zum Beispiel enthält der Zellkern einer menschlichen Zelle zwei homologe Kopien des Chromosom 1.

Zwei homologe Chromosomen haben die gleiche Struktur, sind aber nicht identisch. Sie enthalten die gleichen Gene an der gleichen Stelle, aber mit unterschiedlicher genetischer Information, weil die Allele Sei anders. Zum Beispiel können beide homologen Chromosomen für die Augenfarbe kodieren, aber eines für blaue Augen und das andere für braun.