WikiDer > Секвенирование всего генома

Whole genome sequencing
«Секвенирование генома» перенаправляет сюда. Для секвенирования только ДНК см. Секвенирование ДНК.
Электрофореграммы обычно используются для секвенирования частей генома.[1]
Изображение 46 хромосом, составляющих диплоидный геном мужчины. (The митохондриальная хромосома не отображается.)

Секвенирование всего генома якобы процесс определения полного ДНК последовательность действий организма геном за один раз. Это влечет за собой определение последовательности всех действий организма. хромосомный ДНК, а также ДНК, содержащиеся в митохондрии а для растений в хлоропласт. На практике последовательности генома, которые почти завершены, также называют последовательностями целого генома.[2]

Секвенирование всего генома широко использовалось в качестве инструмента исследования, но в 2014 году оно было внедрено в клиниках.[3][4][5] В будущем персонализированная медицинаданные о последовательности всего генома могут быть важным инструментом для руководства терапевтическим вмешательством.[6] Инструмент секвенирование генов в SNP уровень также используется для определения функциональных вариантов из ассоциативные исследования и улучшить знания, доступные исследователям, заинтересованным в эволюционная биология, и, следовательно, может заложить основу для прогнозирования восприимчивости к болезням и реакции на лекарства.

Не следует путать секвенирование всего генома с ДНК-профилирование, который определяет только вероятность того, что генетический материал был получен от конкретного человека или группы, и не содержит дополнительной информации о генетических отношениях, происхождении или предрасположенности к конкретным заболеваниям.[7] Кроме того, не следует путать секвенирование всего генома с методами секвенирования определенных подмножеств генома - такие методы включают секвенирование всего экзома (1-2% генома) или SNP-генотипирование (<0,1% генома). По состоянию на 2017 г. не было полных геномов ни для одного млекопитающие, в том числе люди. От 4% до 9% генома человека, в основном спутниковая ДНК, не было секвенировано.[8]

Терминология

Он также известен как WGS, полное секвенирование генома, полное секвенирование генома, или секвенирование всего генома.

История

Первым секвенированным полным геномом бактерии была бактерия Haemophilus influenzae.
Червь Caenorhabditis elegans был первым животным, у которого был секвенирован весь геном.
Drosophila melanogaster'Весь геном был секвенирован в 2000 году.
Arabidopsis thaliana был первым секвенированным геномом растений.
Геном лабораторной мыши Mus musculus был опубликован в 2002 году.
Потребовалось 10 лет и 50 ученых со всего мира, чтобы секвенировать геном Elaeis guineensis (пальмовое масло). Этот геном было особенно сложно секвенировать, потому что в нем было много повторяющиеся последовательности которые сложно организовать.[9]

Методы секвенирования ДНК, используемые в 1970-х и 1980-х годах, были ручными, например Секвенирование Максама-Гилберта и Секвенирование по Сэнгеру. С помощью этих методов были секвенированы несколько полных геномов бактериофагов и вирусов животных, но переход к более быстрым автоматизированным методам секвенирования в 1990-х годах облегчил секвенирование более крупных бактериальных и эукариотических геномов.[10]

Первым организмом, чей геном был секвенирован, был Haemophilus influenzae в 1995 г.[11] После этого геномы других бактерий и некоторых археи были впервые секвенированы, в основном из-за их небольшого размера генома. H. influenzae имеет геном из 1830140 пар оснований ДНК.[11] В отличие, эукариоты, и то и другое одноклеточный и многоклеточный такие как Амеба дубия и люди (Homo sapiens) соответственно, имеют гораздо большие геномы (см. Парадокс C-ценности).[12] Амеба дубия имеет геном 700 миллиардов нуклеотид пары разбросаны по тысячам хромосомы.[13] Люди содержат меньше нуклеотид пары (около 3,2 млрд в каждой половая клетка - обратите внимание, точный размер человеческого генома все еще пересматривается), чем A. dubia однако размер их генома намного превышает размер генома отдельных бактерий.[14]

Первые геномы бактерий и архей, в том числе H. influenzae, были секвенированы Секвенирование дробовика.[11] В 1996 году первый эукариотический геном (Saccharomyces cerevisiae) была секвенирована. С. cerevisiae, а модельный организм в биология имеет геном всего около 12 миллионов нуклеотид пары,[15] и был первым одноклеточный эукариот, чтобы секвенировать весь его геном. Первый многоклеточный эукариот и животноесеквенировать весь его геном было нематода червь: Caenorhabditis elegans в 1998 г.[16] Геномы эукариот секвенируются несколькими методами, включая секвенирование коротких фрагментов ДНК и секвенирование более крупных клонов ДНК из Библиотеки ДНК такие как бактериальные искусственные хромосомы (BAC) и искусственные хромосомы дрожжей (YAC).[17]

В 1999 году вся последовательность ДНК человека хромосома 22, самый короткий человек аутосом, был опубликован.[18] К 2000 году второе животное и второе беспозвоночный (пока что первый насекомое) был секвенирован геном плодовой мушки Drosophila melanogaster - популярный выбор модельного организма в экспериментальных исследованиях.[19] Первый завод геном - модельный организм Arabidopsis thaliana - также был полностью секвенирован к 2000 году.[20] К 2001 г. был опубликован проект всей последовательности генома человека.[21] Геном лабораторной мыши Mus musculus был завершен в 2002 году.[22]

В 2004 г. Проект "Геном человека" опубликовал неполную версию генома человека.[23] В 2008 году группа из Лейдена, Нидерланды, сообщила о секвенировании первого женского генома человека (Марджолейн Крик).

В настоящее время тысячи геномов были полностью или частично секвенированы.

Детали эксперимента

Клетки, используемые для секвенирования

Практически любой биологический образец, содержащий полную копию ДНК - даже очень небольшое количество ДНК или древняя ДНК—Может предоставить генетический материал, необходимый для полного секвенирования генома. Такие образцы могут включать слюна, эпителиальные клетки, Костный мозг, волосы (если волосы содержат волосяной фолликул), семена, листья растений или что-либо еще, что имеет ДНК-содержащие клетки.

Последовательность генома отдельной клетки, выбранной из смешанной популяции клеток, может быть определена с использованием методов секвенирование генома одной клетки. Это имеет важные преимущества в микробиологии окружающей среды в тех случаях, когда отдельная клетка определенного вида микроорганизма может быть выделена из смешанной популяции с помощью микроскопии на основе ее морфологических или других отличительных характеристик. В таких случаях обычно необходимые этапы изоляции и роста организма в культуре могут быть опущены, что позволяет секвенировать гораздо больший спектр геномов организмов.[24]

Секвенирование одноклеточного генома тестируется как метод предимплантационная генетическая диагностика, при этом клетка из эмбриона, созданная экстракорпоральное оплодотворение берется и анализируется перед перенос эмбриона в матку.[25] После имплантации внеклеточная ДНК плода можно принять простым венепункция от матери и используется для секвенирования всего генома плода.[26]

Ранние техники

Генетический анализатор ABI PRISM 3100. Такие капиллярные секвенаторы автоматизировали первые попытки секвенирования геномов.

Секвенирование почти всего генома человека было впервые выполнено в 2000 году частично за счет использования секвенирование дробовика технологии. В то время как полногеномное секвенирование для малых (4000–7000 базовая пара) геномы использовались уже в 1979 году,[27] более широкое применение выиграло от попарного концевого секвенирования, известного в просторечии как секвенирование двуствольного ружья. Поскольку проекты секвенирования начали включать более длинные и сложные геномы, несколько групп начали понимать, что полезную информацию можно получить путем секвенирования обоих концов фрагмента ДНК. Хотя секвенирование обоих концов одного и того же фрагмента и отслеживание парных данных было более обременительным, чем секвенирование одного конца двух отдельных фрагментов, знание того, что две последовательности были ориентированы в противоположных направлениях и были длиной примерно с фрагмент отдельно от каждого другой был ценным при восстановлении последовательности исходного целевого фрагмента.

Первое опубликованное описание использования парных концов было в 1990 году как часть секвенирования человеческого HPRT локус[28] хотя использование парных концов было ограничено закрытием пробелов после применения традиционного подхода к секвенированию дробовика. Первое теоретическое описание чистой стратегии попарного концевого секвенирования, предполагающей фрагменты постоянной длины, было в 1991 году.[29] В 1995 году было введено новшество использования фрагментов разных размеров,[30] и продемонстрировали, что чистая стратегия попарного концевого секвенирования возможна на больших мишенях. Впоследствии эта стратегия была принята Институт геномных исследований (TIGR) для секвенирования всего генома бактерии Haemophilus influenzae в 1995 г.[31] а затем Celera Genomics секвенировать весь геном плодовой мухи в 2000 г.,[32] а затем и весь геном человека. Прикладные биосистемы, теперь называется Технологии жизни, произвела автоматические капиллярные секвенаторы, используемые как Celera Genomics, так и The Human Genome Project.

Современные методы

Основная статья: Секвенирование ДНК

Хотя капиллярное секвенирование было первым подходом к успешному секвенированию почти полного генома человека, оно по-прежнему слишком дорого и занимает слишком много времени для коммерческих целей. С 2005 г. капиллярное секвенирование постепенно вытесняется высокая пропускная способность (ранее «нового поколения») технологии секвенирования, такие как Секвенирование красителей Illumina, пиросеквенирование, и SMRT-секвенирование.[33] Все эти технологии продолжают использовать базовую стратегию «дробовика», а именно распараллеливание и генерацию матрицы посредством фрагментации генома.

Появляются и другие технологии, в том числе нанопористая технология. Хотя технология секвенирования нанопор все еще дорабатывается, ее переносимость и потенциальная способность генерировать длинные считывания имеют отношение к приложениям для секвенирования всего генома.[34]

Анализ

В принципе, полное секвенирование генома может дать нуклеотид последовательность ДНК отдельного организма. Однако необходимо провести дальнейший анализ, чтобы выяснить биологическое или медицинское значение этой последовательности, например, как эти знания могут быть использованы для предотвращения заболевания. Методы анализа данных секвенирования разрабатываются и уточняются.

Поскольку при секвенировании генерируется много данных (например, примерно шесть миллиардов пар оснований в каждом диплоидном геноме человека) его выходные данные хранятся в электронном виде и требуют большой вычислительной мощности и емкости памяти.

Хотя анализ данных WGS может быть медленным, этот шаг можно ускорить, используя специальное оборудование.[35]

Коммерциализация

Основная статья: Геном за 1000 долларов
Общая стоимость секвенирования всего генома человека, рассчитанная NHGRI.

Ряд государственных и частных компаний конкурируют за разработку платформы полного секвенирования генома, коммерчески надежной как для исследований, так и для клинического использования.[36] включая Illumina,[37] Knome,[38] Sequenom,[39]454 Науки о жизни,[40] Тихоокеанские биологические науки,[41] Полная геномика,[42]Helicos Biosciences,[43] GE Global Research (General Electric), Affymetrix, IBM, Интеллектуальные биосистемы,[44] Life Technologies, Oxford Nanopore Technologies,[45] и Пекинский институт геномики.[46][47][48] Эти компании хорошо финансируются и поддерживаются венчурные капиталисты, хедж-фонды, и инвестиционные банки.[49][50]

Коммерческая цель стоимости секвенирования, которую часто упоминали до конца 2010-х годов, была $1,000Однако частные компании работают над достижением новой цели - всего 100 долларов.[51]

Поощрение

В октябре 2006 г. X Prize Foundation, работая в сотрудничестве с Научным фондом Дж. Крейга Вентера, учредила Приз Archon X для геномики,[52] намереваясь наградить 10 миллионов долларов "первой команде, которая сможет создать устройство и использовать его для секвенирования 100 геномов человека в течение 10 дней или меньше, с точностью не более одной ошибки на каждые 1000000 секвенированных оснований, с последовательностями, точно покрывающими не менее 98% генома и при текущих расходах не более 1000 долларов за геном ".[53] В Приз Archon X for Genomics была отменена в 2013 году до официальной даты начала.[54][55]

История

В 2007, Прикладные биосистемы начали продавать секвенсор нового типа под названием SOLiD System.[56] Технология позволяла пользователям секвенировать 60 гигабайт за один прогон.[57]

В июне 2009 года Illumina объявила, что они запускают свою собственную службу персонального полного секвенирования генома в глубина 30 × по 48000 долларов за геном.[58][59] В августе основатель Helicos Biosciences, Стивен Квейк, заявил, что с помощью компании Single Molecule Sequencer он секвенировал свой собственный полный геном менее чем за 50 000 долларов.[60] В ноябре Complete Genomics опубликовала рецензируемую статью в Наука демонстрируя свою способность секвенировать полный геном человека за 1700 долларов.[61][62]

В мае 2011 года Illumina снизила стоимость услуги полного секвенирования генома до 5000 долларов за геном человека или до 4000 долларов при заказе 50 или более.[63]Helicos Biosciences, Pacific Biosciences, Complete Genomics, Illumina, Sequenom, ION Torrent Systems, Halcyon Molecular, NABsys, IBM и GE Global, похоже, идут лицом к лицу в гонке за коммерциализацию полного секвенирования генома.[33][64]

По мере снижения затрат на секвенирование ряд компаний начали утверждать, что их оборудование скоро достигнет уровня генома в 1000 долларов. Технологии жизни в январе 2012 г.,[65] Oxford Nanopore Technologies в феврале 2012 г.,[66] и Иллюмина в феврале 2014 г.[67][68] В 2015 г. NHGRI оценил стоимость получения последовательности полного генома примерно в 1500 долларов.[69] В 2016 г. Veritas Genetics начала продавать секвенирование всего генома, включая отчет о некоторой информации в секвенировании, за 999 долларов.[70] Летом 2019 года Veritas Genetics снизила стоимость WGS до 599 долларов.[71] В 2017 году BGI начала предлагать WGS по цене 600 долларов.[72]

Однако в 2015 году некоторые отмечали, что эффективное использование секвенирования всего гена может стоить значительно больше 1000 долларов.[73] Кроме того, как сообщается, остаются части генома человека, которые не были полностью секвенированы к 2017 году.[74][75][76]

Сравнение с другими технологиями

ДНК-микрочипы

Полное секвенирование генома дает информацию о геноме, которая на порядки больше, чем Массивы ДНК, предыдущий лидер в технологии генотипирования.

Для людей массивы ДНК в настоящее время предоставляют генотипическую информацию до миллиона генетических вариантов,[77][78][79] в то время как полное секвенирование генома предоставит информацию обо всех шести миллиардах оснований в геноме человека, или в 3000 раз больше данных. Из-за этого полное секвенирование генома считается подрывные инновации к рынкам массивов ДНК, поскольку точность обоих варьируется от 99,98% до 99,999% (в неповторяющихся участках ДНК), а их расходные материалы стоимостью 5000 долларов за 6 миллиардов пар оснований конкурентоспособны (для некоторых приложений) с массивами ДНК (500 долларов за 1 млн базовых пар).[40]

Приложения

Частоты мутаций

Секвенирование всего генома установило мутация частота для всего генома человека. Частота мутаций во всем геноме между поколениями людей (от родителей к детям) составляет около 70 новых мутаций на поколение.[80][81] Еще более низкий уровень вариабельности был обнаружен при сравнении секвенирования полного генома в клетках крови у пары монозиготных (однояйцевых близнецов) 100-летних долгожителей.[82] Было обнаружено только 8 соматических различий, хотя соматические вариации, встречающиеся менее чем в 20% клеток крови, не будут обнаружены.

В специфически кодирующих белки областях генома человека, по оценкам, существует около 0,35 мутаций, которые могут изменить последовательность белка между родительскими / дочерними поколениями (менее одного мутировавшего белка на поколение).[83]

При раке частота мутаций намного выше из-за нестабильность генома. Эта частота может дополнительно зависеть от возраста пациента, воздействия агентов, повреждающих ДНК (таких как УФ-излучение или компоненты табачного дыма), и активности / бездействия механизмов репарации ДНК.[нужна цитата] Кроме того, частота мутаций может варьироваться в зависимости от типа рака: в клетках зародышевой линии частота мутаций составляет примерно 0,023 мутации на мегабазу, но это число намного выше при раке груди (1,18–1,66 соматических мутаций на мегабазу), раке легких (17,7) или при меланомах (≈33).[84] Поскольку гаплоидный геном человека состоит примерно из 3200 мегабаз,[85] это означает около 74 мутаций (в основном в некодирование регионов) в ДНК зародышевой линии на поколение, но 3,776-5,312 соматических мутаций на гаплоидный геном при раке груди, 56,640 при раке легких и 105,600 в меланомах.

Распределение соматических мутаций по геному человека очень неравномерно,[86] таким образом, богатые генами области с ранней репликацией получают меньше мутаций, чем гетерохроматин с низким содержанием генов и поздней репликацией, вероятно, из-за дифференциальной активности репарации ДНК.[87] В частности, гистоновая модификация H3K9me3 связан с высоким,[88] и H3K36me3 с низкой частотой мутаций.[89]

Полногеномные исследования ассоциации

Основная статья: Полногеномное исследование ассоциации

В исследованиях полногеномное секвенирование может быть использовано в исследовании общегеномной ассоциации (GWAS) - проекте, направленном на определение генетического варианта или вариантов, связанных с заболеванием или каким-либо другим фенотипом.[90]

Диагностическое использование

Дальнейшая информация: Персональная геномика, предсказательная медицина, и выборное генетическое и геномное тестирование

В 2009, Иллюмина выпустила свои первые полногеномные секвенаторы, которые были одобрены для клинического, а не только для исследовательского использования. академические медицинские центры начал незаметно использовать их, чтобы попытаться диагностировать, что не так с людьми, которым стандартные подходы не помогли.[91] В 2009 году команда из Стэнфорда во главе с Юан Эшли выполнил клиническую интерпретацию полного генома человека биоинженером Стивеном Квейком.[92] В 2010 году команда Эшли сообщила о молекулярном вскрытии всего генома.[93] а в 2011 году расширил рамки интерпретации до полностью секвенированной семьи, семьи Вест, которая была первой семьей, секвенированной на платформе Illumina.[94] Стоимость секвенирования генома в то время составляла 19 500 долларов США, которые выставлялись пациенту, но обычно оплачивались из гранта на исследования; один человек в то время обратился за возмещением в свою страховую компанию.[91] Например, одному ребенку потребовалось около 100 операций к тому времени, когда ему исполнилось три года, и его врач обратился к секвенированию всего генома, чтобы определить проблему; потребовалось около 30 человек, в том числе 12 биоинформатика экспертов, трех специалистов по секвенированию, пяти врачей, двух консультантов по генетическим вопросам и двух специалистов по этике для выявления редкой мутации в XIAP это вызывало широко распространенные проблемы.[91][95][96]

Благодаря недавнему снижению затрат (см. Выше) секвенирование всего генома стало реальным применением в диагностике ДНК. В 2013 году консорциум 3Gb-TEST получил финансирование от Европейского Союза для подготовки системы здравоохранения к этим инновациям в ДНК-диагностике.[97][98] Оценка качества схемы, Оценка медицинских технологий и руководящие указания должны быть на месте. Консорциум 3Gb-TEST определил анализ и интерпретацию данных последовательностей как наиболее сложный этап диагностического процесса.[99] На встрече Консорциума в Афинах в сентябре 2014 года Консорциум придумал слово генотрансляция для этого решающего шага. Этот шаг приводит к так называемому геноотчет. Необходимы руководящие принципы для определения необходимого содержания этих отчетов.

Genomes2People (G2P), инициатива Бригам и женская больница и Гарвардская медицинская школа была создана в 2011 году для изучения интеграции геномного секвенирования в клиническую помощь взрослым и детям.[100] Директор G2P, Роберт С. Грин, ранее возглавлял исследование REVEAL - Оценка риска и образование в отношении болезни Альцгеймера - серию клинических испытаний, изучающих реакцию пациентов на знание их генетического риска для болезни Альцгеймера.[101][102]

В 2018 году исследователи из Института геномной медицины Rady Children's в Сан-Диего, Калифорния, определили, что быстрое полногеномное секвенирование (rWGS) может вовремя диагностировать генетические нарушения, чтобы изменить неотложное медицинское или хирургическое лечение (клиническое применение) и улучшить результаты у остро больных младенцев. . Исследователи сообщили о ретроспективном когортном исследовании остро больных новорожденных в областной детской больнице с июля 2016 года по март 2017 года. 42 семьи получили rWGS для этиологической диагностики генетических нарушений. Диагностическая чувствительность rWGS составила 43% (восемнадцать из 42 младенцев) и 10% (четверо из 42 младенцев) для стандартных генетических тестов (P = 0,0005). Показатель клинической применимости rWGS (31%, тринадцать из 42 младенцев) был значительно выше, чем для стандартных генетических тестов (2%, один из 42; P = 0,0015). Одиннадцать (26%) младенцев с диагностической rWGS избежали заболеваемости, у одного была снижена вероятность смертности на 43%, а один начал паллиативную помощь. У шести из одиннадцати младенцев смена руководства позволила снизить затраты на стационарное лечение на 800-20000 долларов. Эти результаты повторяют предыдущее исследование клинической применимости rWGS для лечения острых заболеваний у новорожденных в стационаре и демонстрируют улучшение результатов и чистую экономию на здравоохранении. rWGS заслуживает рассмотрения в качестве теста первого уровня в этой настройке.[103]

Исследование ассоциации редких вариантов

Исследования секвенирования всего генома позволяют оценить ассоциации между сложными признаками и кодированием, и некодированием. редкие варианты (частота второстепенного аллеля (MAF) <1%) по геному. Одновариантный анализ обычно имеет низкую мощность для выявления ассоциаций с редкими вариантами, а тесты набора вариантов были предложены для совместного тестирования эффектов данных наборов нескольких редких вариантов.[104] Аннотации SNP помогают расставить приоритеты в отношении редких функциональных вариантов, а включение этих аннотаций может эффективно повысить эффективность анализа генетической ассоциации редких вариантов в исследованиях секвенирования всего генома.[105]

Этические проблемы

Введение полногеномного секвенирования может иметь этические последствия.[106] С одной стороны, генетическое тестирование потенциально может диагностировать предотвратимые заболевания как у человека, проходящего генетическое тестирование, так и у его родственников.[106] С другой стороны, генетическое тестирование имеет такие потенциальные недостатки, как генетическая дискриминация, потеря анонимности и психологические последствия, такие как обнаружение отсутствие отцовства.[107]

Некоторые специалисты по этике настаивают на защите частной жизни людей, проходящих генетическое тестирование.[106] Действительно, Конфиденциальность проблемы могут вызывать особую озабоченность, когда несовершеннолетние пройти генетическое тестирование.[108] Генеральный директор Illumina Джей Флэтли заявил в феврале 2009 года, что «к 2019 году станет обычным делом картировать гены младенцев при их рождении».[109] Это потенциальное использование секвенирования генома является весьма спорным, так как это идет вразрез с установленными этичный нормы для прогнозирования генетическое тестирование бессимптомных несовершеннолетних, которые хорошо зарекомендовали себя в области медицинская генетика и генетическое консультирование.[110][111][112][113] Традиционные руководящие принципы генетического тестирования разрабатывались в течение нескольких десятилетий с тех пор, как впервые появилась возможность тестировать генетические маркеры, связанные с заболеванием, до появления экономически эффективного комплексного генетического скрининга.

Когда человек подвергается полному секвенированию генома, он раскрывает информацию не только о своих собственных последовательностях ДНК, но и о возможных последовательностях ДНК своих близких генетических родственников.[106] Эта информация может дополнительно раскрыть полезную прогностическую информацию о нынешних и будущих рисках для здоровья родственников.[114] Следовательно, возникают важные вопросы о том, какие обязательства, если таковые имеются, возлагаются на членов семей лиц, проходящих генетическое тестирование. В западном / европейском обществе проверенных людей обычно поощряют делиться важной информацией о любых генетических диагнозах со своими близкими родственниками, поскольку важность генетического диагноза для потомства и других близких родственников обычно является одной из причин обращения за генетическим тестированием в больницу. первое место.[106] Тем не менее, серьезная этическая дилемма может развиться, когда пациенты отказываются поделиться информацией о диагнозе, поставленном для серьезного генетического нарушения, которое можно легко предотвратить и где существует высокий риск для родственников, несущих ту же мутацию заболевания. При таких обстоятельствах врач может подозревать, что родственники хотели бы знать о диагнозе, и, следовательно, врач может столкнуться с конфликтом интересов в отношении конфиденциальности пациента и врача.[106]

Проблемы конфиденциальности могут также возникнуть, когда в научных исследованиях используется секвенирование всего генома. Исследователям часто требуется помещать информацию о генотипах и фенотипах пациентов в общедоступные научные базы данных, такие как базы данных по локусам.[106] Несмотря на то, что в локус-специфические базы данных передаются только анонимные данные о пациентах, родственники могут идентифицировать пациентов в случае обнаружения редкого заболевания или редкой миссенс-мутации.[106] Общественная дискуссия о внедрении передовых методов судебной экспертизы (таких как расширенный семейный поиск с использованием общедоступных веб-сайтов о родословной ДНК и подходов к фенотипированию ДНК) была ограниченной, разрозненной и несосредоточенной. По мере того как судебная генетика и медицинская генетика сходятся в направлении секвенирования генома, проблемы, связанные с генетическими данными, становятся все более взаимосвязанными, и может потребоваться дополнительная правовая защита.[115]

Люди с общедоступными последовательностями генома

Первыми секвенированными почти полными геномами человека были два американца преимущественно Северо-западное европейское происхождение в 2007 (Дж. Крейг Вентер в 7,5 раза покрытие,[116][117][118] и Джеймс Уотсон в 7,4 раза).[119][120][121] После этого в 2008 году была проведена последовательность анонимных Хань китайский мужчина (в 36 раз),[122] а Йорубан человек из Нигерия (в 30 раз),[123] женский клинический генетик (Марджолейн Крик) из Нидерландов (в 7-8 раз), и женщина кавказской Лейкемия пациенту (при 33 и 14-кратном покрытии опухоли и нормальных тканей).[124] Стив Джобс был одним из первых 20 человек, чей геном был секвенирован полностью, как сообщается, за 100 000 долларов.[125] По состоянию на июнь 2012 г., было открыто 69 почти полных геномов человека.[126] В ноябре 2013 года испанская семья обнародовала свои личные данные по геномике в соответствии с законом. Лицензия Creative Commons в области общественного достояния. Работой руководил Мануэль Корпус и данные, полученные прямое генетическое тестирование потребителя с 23andMe и Пекинский институт геномики). Считается, что это первый такой Публичная геномика набор данных для всей семьи.[127]

Смотрите также

Секвенированные геномы

Рекомендации

  1. ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2008). «Глава 8». Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука Гарланд. п. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  2. ^ «Определение полногеномного секвенирования - Словарь терминов NCI по раку». Национальный институт рака. 2012-07-20. Получено 2018-10-13.
  3. ^ Гилиссен (июль 2014 г.). «Секвенирование генома определяет основные причины тяжелой умственной отсталости». Природа. 511 (7509): 344–7. Bibcode:2014Натура.511..344G. Дои:10.1038 / природа13394. PMID 24896178. S2CID 205238886.
  4. ^ Нет, К; Waddell, N; Wayte, N; Патч, AM; Бейли, П; Ньюэлл, Ф; Холмс, О; Финк, JL; Куинн, MC; Тан, YH; Лампе, G; Quek, K; Loffler, KA; Manning, S; Идрисоглу, S; Миллер, Д; Сюй, Q; Waddell, N; Wilson, PJ; Bruxner, TJ; Христос, АН; Харливонг, я; Nourse, C; Нурбахш, Э; Андерсон, М; Kazakoff, S; Леонард, C; Дерево, S; Simpson, PT; Reid, LE; Краузе, L; Хасси, диджей; Уотсон, Д.И. Лорд, фургон; Nancarrow, D; Филлипс, Вашингтон; Готли, Д; Смитерс, БМ; Уайтмен, округ Колумбия; Hayward, NK; Кэмпбелл, П.Дж.; Пирсон, СП; Гриммонд, С. М.; Барбур, AP (29 октября 2014 г.). «Геномные катастрофы часто возникают при аденокарциноме пищевода и приводят к онкогенезу». Nature Communications. 5: 5224. Bibcode:2014 НатКо ... 5.5224N. Дои:10.1038 / ncomms6224. ЧВК 4596003. PMID 25351503.
  5. ^ ван Эль, CG; Корнел, MC; Борри, П; Hastings, RJ; Fellmann, F; Ходжсон, SV; Ховард, ХК; Камбон-Томсен, А; Knoppers, BM; Meijers-Heijboer, H; Scheffer, H; Tranebjaerg, L; Дондорп, Вт; де Верт, GM (июнь 2013 г.). «Секвенирование всего генома в здравоохранении. Рекомендации Европейского общества генетики человека». Европейский журнал генетики человека. 21 Дополнение 1: S1–5. Дои:10.1038 / ejhg.2013.46. ЧВК 3660957. PMID 23819146.
  6. ^ Муни, Шон (сентябрь 2014 г.). «Прогресс в направлении интеграции фармакогеномики в практику». Генетика человека. 134 (5): 459–65. Дои:10.1007 / s00439-014-1484-7. ЧВК 4362928. PMID 25238897.
  7. ^ Журнал Kijk, 01 января 2009 г.
  8. ^ «Псс, геном человека никогда не был полностью секвенирован». СТАТ. 2017-06-20. В архиве с оригинала от 23.10.2017. Получено 2017-10-23.
  9. ^ Маркс, Вивьен (11 сентября 2013 г.). «Секвенирование следующего поколения: головоломка генома». Природа. 501 (7466): 263–268. Bibcode:2013Натура.501..263M. Дои:10.1038 / 501261a. PMID 24025842.
  10. ^ др.], Брюс Альбертс ... [и др. (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука Гарланд. п. 551. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  11. ^ а б c Fleischmann, R .; Адамс, М .; Белый, О; Clayton, R .; Киркнесс, Э .; Kerlavage, A .; Bult, C .; Могила, Дж .; Dougherty, B .; Меррик, Дж .; др., д. (28 июля 1995 г.). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука. 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Научный ... 269..496F. Дои:10.1126 / science.7542800. PMID 7542800.
  12. ^ Эдди, Шон Р. (ноябрь 2012 г.). «Парадокс C-ценности, мусорная ДНК и КОДИРОВКА». Текущая биология. 22 (21): R898 – R899. Дои:10.1016 / j.cub.2012.10.002. PMID 23137679.
  13. ^ Пеллисер, Жауме; ФЭЙ, Майкл Ф .; Лейтч, Илья Дж. (15 сентября 2010 г.). "Самый крупный из них эукариотический геном?". Ботанический журнал Линнеевского общества. 164 (1): 10–15. Дои:10.1111 / j.1095-8339.2010.01072.x.
  14. ^ Консорциум по секвенированию генома человека, международный (21 октября 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID 15496913.
  15. ^ Goffeau, A .; Barrell, B.G .; Bussey, H .; Дэвис, Р. У .; Dujon, B .; Feldmann, H .; Галиберт, Ф .; Hoheisel, J.D .; Jacq, C .; Johnston, M .; Louis, E.J .; Mewes, H.W .; Murakami, Y .; Philippsen, P .; Tettelin, H .; Оливер, С. Г. (25 октября 1996 г.). «Жизнь с 6000 генов». Наука. 274 (5287): 546–567. Bibcode:1996Наука ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID 8849441. S2CID 16763139. В архиве (PDF) из оригинала 7 марта 2016 г.
  16. ^ Консорциум по секвенированию C. elegans (11 декабря 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука. 282 (5396): 2012–2018. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID 9851916.CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка на сайт)
  17. ^ Альбертс, Брюс (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука о гирляндах. п. 552. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  18. ^ Данэм, И. (декабрь 1999 г.). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–495. Bibcode:1999Натура.402..489D. Дои:10.1038/990031. PMID 10591208.
  19. ^ Адамс MD; Celniker SE; Холт Р.А.; и другие. (2000-03-24). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука. 287 (5461): 2185–2195. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID 10731132.
  20. ^ Инициатива по геному арабидопсиса (2000-12-14). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana». Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID 11130711.
  21. ^ Venter JC; Адамс MD; Myers EW; и другие. (2001-02-16). «Последовательность генома человека». Наука. 291 (5507): 1304–1351. Bibcode:2001Научный ... 291.1304V. Дои:10.1126 / science.1058040. PMID 11181995.
  22. ^ Waterston RH; Lindblad-Toh K; Бирни Э; и другие. (2002-10-31). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 Натур. 420..520Вт. Дои:10.1038 / природа01262. PMID 12466850.
  23. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (07.09.2004). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID 15496913.
  24. ^ Браславский, Идо; и другие. (2003). «Информация о последовательности может быть получена из отдельных молекул ДНК». Proc Natl Acad Sci USA. 100 (7): 3960–3984. Bibcode:2003ПНАС..100.3960Б. Дои:10.1073 / pnas.0230489100. ЧВК 153030. PMID 12651960.
  25. ^ Хегер, Моника (2 октября 2013 г.). «Секвенирование единичных клеток делает успехи в клинике онкологических заболеваний и первым применением ПГД». Новости клинического секвенирования.
  26. ^ Юркевич, И. Р .; Korf, B.R .; Леманн, Л. С. (2014). «Пренатальное полногеномное секвенирование - этично ли стремление узнать будущее плода?». Медицинский журнал Новой Англии. 370 (3): 195–7. Дои:10.1056 / NEJMp1215536. PMID 24428465.
  27. ^ Staden R (июнь 1979 г.). «Стратегия секвенирования ДНК с использованием компьютерных программ». Нуклеиновые кислоты Res. 6 (7): 2601–10. Дои:10.1093 / nar / 6.7.2601. ЧВК 327874. PMID 461197.
  28. ^ Эдвардс, А; Каски, Т. (1991). «Стратегии закрытия для случайного секвенирования ДНК». Методы: дополнение к методам энзимологии. 3 (1): 41–47. Дои:10.1016 / S1046-2023 (05) 80162-8.
  29. ^ Эдвардс А; Voss H; Рис P; Чивителло А; Stegemann J; Schwager C; Zimmermann J; Erfle H; Caskey CT; Ансорге В. (апрель 1990 г.). «Автоматическое секвенирование ДНК человеческого локуса HPRT». Геномика. 6 (4): 593–608. Дои:10.1016 / 0888-7543 (90) 90493-Е. PMID 2341149.
  30. ^ Roach JC; Boysen C; Ван К; Худ L (март 1995 г.). «Парное секвенирование конца: единый подход к геномному картированию и секвенированию». Геномика. 26 (2): 345–53. Дои:10.1016 / 0888-7543 (95) 80219-C. PMID 7601461.
  31. ^ Fleischmann RD; Адамс MD; Белый O; Clayton RA; Киркнесс Э.Ф .; Kerlavage AR; Bult CJ; Могила JF; Догерти Б.А.; Меррик Дж. М.; Маккенни; Саттон; Фитцхью; Поля; Гоцин; Скотт; Ширли; Лю; Глодек; Келли; Вайдман; Филлипс; Spriggs; Хедблом; Хлопок; Utterback; Ханна; Нгуен; Саудек; и другие. (Июль 1995 г.). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука. 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Научный ... 269..496F. Дои:10.1126 / science.7542800. PMID 7542800.
  32. ^ Адамс, доктор медицины; и другие. (2000). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID 10731132.
  33. ^ а б Мухопадхьяй Р. (февраль 2009 г.). «Секвенаторы ДНК: следующее поколение». Анальный. Chem. 81 (5): 1736–40. Дои:10.1021 / ac802712u. PMID 19193124.
  34. ^ Квонг, JC; McCallum, N; Синченко, В; Хауден, ВР (апрель 2015 г.). «Секвенирование всего генома в клинической микробиологии и здравоохранении». Патология. 47 (3): 199–210. Дои:10.1097 / пат.0000000000000235. ЧВК 4389090. PMID 25730631.
  35. ^ Стрикленд, Элиза (2015-10-14). «Новые генетические технологии позволяют диагностировать тяжелобольных младенцев в течение 26 часов - IEEE Spectrum». Spectrum.ieee.org. В архиве из оригинала от 16.11.2015. Получено 2016-11-11.
  36. ^ "Статья: Гонка за сокращение затрат на секвенирование всего генома Новости генной инженерии и биотехнологии - биотехнология от лаборатории до бизнеса". Genengnews.com. Архивировано из оригинал на 2006-10-17. Получено 2009-02-23.
  37. ^ «Расходы на секвенирование всего генома продолжают снижаться». Eyeondna.com. В архиве из оригинала от 25.03.2009. Получено 2009-02-23.
  38. ^ Хармон, Кэтрин (28.06.2010). «Секвенирование генома для всех нас». Scientific American. В архиве из оригинала 2011-03-19. Получено 2010-08-13.
  39. ^ Сан-Диего / Новости технологий округа Ориндж. "Sequenom для разработки технологии секвенирования одиночных молекул на основе нанопор третьего поколения". Freshnews.com. Архивировано из оригинал на 2008-12-05. Получено 2009-02-24.
  40. ^ а б "Статья: Секвенирование всего генома за 24 часа Новости генной инженерии и биотехнологии - биотехнология от лаборатории до бизнеса". Genengnews.com. Архивировано из оригинал на 2006-10-17. Получено 2009-02-23.
  41. ^ «Pacific Bio приоткрывает завесу над своими усилиями по высокоскоростному секвенированию генома». VentureBeat. 2008-02-10. В архиве из оригинала от 20 февраля 2009 г.. Получено 2009-02-23.
  42. ^ «Мир Био-ИТ». Био-IT Мир. 2008-10-06. В архиве из оригинала от 17.02.2009. Получено 2009-02-23.
  43. ^ «С новой машиной Helicos делает шаг ближе к секвенированию личного генома». Xconomy. 2008-04-22. В архиве из оригинала от 02.01.2011. Получено 2011-01-28.
  44. ^ «Затраты на секвенирование всего генома продолжают падать: 300 миллионов долларов в 2003 году, 1 миллион долларов в 2007 году, 60 000 долларов в настоящее время, 5000 долларов к концу года». Nextbigfuture.com. 2008-03-25. В архиве из оригинала 20.12.2010. Получено 2011-01-28.
  45. ^ «Наножидкостной чип Хань Цао может значительно сократить расходы на секвенирование ДНК». Обзор технологий. Архивировано из оригинал 29 марта 2011 г.
  46. ^ Юлия Кароу (26 октября 2015). «BGI запускает настольный секвенсор в Китае; планирует зарегистрировать платформу в CFDA». GenomeWeb. Получено 2 декабря 2018.
  47. ^ «BGI запускает новый настольный секвенсор в Китае, регистрирует более крупную версию в CFDA». 360Dx. GenomeWeb. 11 ноября 2016 г.. Получено 2 декабря 2018.
  48. ^ Моника Хегер (26 октября 2018 г.). «BGI запускает новый секвенсор, поскольку клиенты сообщают данные с более ранних инструментов». GenomeWeb. Получено 2 декабря 2018.
  49. ^ Джон Кэрролл (14 июля 2008 г.). "Pacific Biosciences получает 100 миллионов долларов за технологию секвенирования". FierceBiotech. В архиве из оригинала 2009-05-01. Получено 2009-02-23.
  50. ^ Сибли, Лиза (2009-02-08). «Полная геномика радикально снижает стоимость». Силиконовая долина / Бизнес-журнал Сан-Хосе. Sanjose.bizjournals.com. Получено 2009-02-23.
  51. ^ Сара Невилл (5 марта 2018 г.). «Более дешевое секвенирование ДНК открывает секреты редких болезней». Financial Times. Получено 2 декабря 2018.
  52. ^ Карлсон, Роб (2007-01-02). «Несколько мыслей о быстром секвенировании генома и Премии Архонта - синтез». Synthesis.cc. В архиве из оригинала 2008-08-08. Получено 2009-02-23.
  53. ^ "Обзор ПРИЗА: ПРИЗ Archon X за геномику".
  54. ^ Диамандис, Питер. «Опережая инновации: отмена XPRIZE». Huffington Post. В архиве из оригинала от 25.08.2013.
  55. ^ Олдхаус, Питер. «Приз X за геномы отменен до его начала». В архиве из оригинала от 21.09.2016.
  56. ^ «SOLiD System - анонсирована платформа для секвенирования ДНК нового поколения». Gizmag.com. 2007-10-27. В архиве из оригинала 19.07.2008. Получено 2009-02-24.
  57. ^ "Геном за 1000 долларов: скоро?". Dddmag.com. 2010-04-01. В архиве из оригинала 2011-04-15. Получено 2011-01-28.
  58. ^ «Индивидуальное секвенирование генома - Illumina, Inc». Everygenome.com. Архивировано из оригинал на 2011-10-19. Получено 2011-01-28.
  59. ^ «Illumina запускает услугу персонального секвенирования генома за 48 000 долларов: генетическое будущее». Scienceblogs.com. Архивировано из оригинал 16 июня 2009 г.. Получено 2011-01-28.
  60. ^ Уэйд, Николас (11 августа 2009 г.). «Стоимость расшифровки генома снижена». Нью-Йорк Таймс. В архиве из оригинала от 21.05.2013. Получено 2010-05-03.
  61. ^ «Индекс технологий». ABC News. Архивировано 15 мая 2016 года.. Получено 29 апреля 2018.CS1 maint: BOT: статус исходного URL-адреса неизвестен (ссылка на сайт)
  62. ^ Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ и др. (2010). «Секвенирование генома человека с использованием несвязанного основания считывает самособирающиеся наномассивы ДНК». Наука. 327 (5961): 78–81. Bibcode:2010Sci ... 327 ... 78D. Дои:10.1126 / science.1181498. PMID 19892942. S2CID 17309571.
  63. ^ «Illumina объявляет о ценах на геном в размере 5000 долларов - Bio-IT World». Архивировано из оригинал на 17.05.2011.
  64. ^ «NHGRI награждает более чем 50 миллионов долларов за разработку недорогих технологий секвенирования ДНК». Genome Web. 2009. В архиве из оригинала от 03.07.2011.
  65. ^ «Life Technologies представляет настольный секвенсор Ion Proton ™; разработанный для расшифровки генома человека за один день за 1000 долларов» (пресс-релиз). Архивировано из оригинал 23 декабря 2012 г.. Получено 30 августа, 2012.
  66. ^ ЭНДРЮ ПОЛЛАК (17 февраля 2012 г.). "Oxford Nanopore представляет крошечное устройство для секвенирования ДНК - The New York Times". Нью-Йорк Таймс. В архиве из оригинала от 07.01.2013. Получено 2016-11-11.
  67. ^ «Секвенсор Illumina обеспечивает геном за 1000 долларов». Новости: Геномика и протеомика. Gen. Eng. Biotechnol. Новости (бумага). 34 (4). 15 февраля 2014. с. 18.
  68. ^ Отметьте Хайден, Эрика (15 января 2014 г.). «Неужели геном за 1000 долларов настоящий?». Природа. Дои:10.1038 / природа.2014.14530.
  69. ^ «Стоимость секвенирования генома человека». www.genome.gov. В архиве из оригинала от 25.11.2016.
  70. ^ «С услугой секвенирования всего генома за 999 долларов Veritas ставит перед собой цель демократизировать информацию о ДНК».
  71. ^ Эндрюс, Джо (2019-07-01). «Veritas Genetics, конкурент 23andMe, снижает цену на секвенирование всего генома на 40% до 600 долларов». CNBC. Получено 2019-09-02.
  72. ^ Меган Молтени (18 мая 2017 г.). «Китайский геномный гигант нацелился на совершенный секвенсор». Проводной. Получено 2 декабря 2018.
  73. ^ Филлипс, К. А; Плетчер, М. Дж; Ладабаум, У (2015). «Является ли« Геном за 1000 долларов »действительно 1000 долларов? Понимание всех преимуществ и затрат геномного секвенирования». Технологии и здравоохранение. 23 (3): 373–379. Дои:10.3233 / THC-150900. ЧВК 4527943. PMID 25669213.
  74. ^ "Блог: Истинный размер генома человека | Veritas Genetics".
  75. ^ «Псс, геном человека никогда не был полностью секвенирован». statnews.com. 2017-06-20.
  76. ^ «Несмотря на то, что вы слышали, геном человека не полностью секвенирован». Geneticliteracyproject.org. 2017-06-23.
  77. ^ «Ядро геномики». Gladstone.ucsf.edu. Архивировано из оригинал 30 июня 2010 г.. Получено 2009-02-23.
  78. ^ Nishida N; Koike A; Tajima A; Огасавара Y; Ishibashi Y; Uehara Y; Иноуэ I; Токунага К. (2008). «Оценка производительности платформы Affymetrix SNP Array 6.0 с участием 400 японцев». BMC Genomics. 9 (1): 431. Дои:10.1186/1471-2164-9-431. ЧВК 2566316. PMID 18803882.
  79. ^ Петроне, Джастин. «Illumina, чип DeCode Build 1M SNP; запуск во втором квартале должен совпасть с выпуском массива SNP 6.0 от Affy | Новости BioArray | Массивы». GenomeWeb. В архиве из оригинала 2011-07-16. Получено 2009-02-23.
  80. ^ Roach JC; Glusman G; Смит AF; и другие. (Апрель 2010 г.). «Анализ генетической наследственности в семейном квартете методом полногеномного секвенирования». Наука. 328 (5978): 636–9. Bibcode:2010Sci ... 328..636R. Дои:10.1126 / science.1186802. ЧВК 3037280. PMID 20220176.
  81. ^ Компакт-диск Кэмпбелла; Chong JX; Malig M; и другие. (Ноябрь 2012 г.). «Оценка частоты мутаций человека с использованием аутозиготности в популяции-основателе». Nat. Genet. 44 (11): 1277–81. Дои:10,1038 / нг. 2418. ЧВК 3483378. PMID 23001126.
  82. ^ Ye K; Бикман М; Lameijer EW; Zhang Y; Moed MH; ван ден Аккер Э. Б.; Дилен Дж; Houwing-Duistermaat JJ; Кремер Д; Анвар SY; Ларос Дж. Ф.; Джонс Д; Рейн К; Блэкберн B; Potluri S; Длинный Q; Гурьев В; ван дер Брегген Р; Westendorp RG; 't Hoen PA; ден Даннен Дж; van Ommen GJ; Willemsen G; Pitts SJ; Cox DR; Нин З; Boomsma DI; Slagboom PE (декабрь 2013 г.). «Старение как ускоренное накопление соматических вариантов: полногеномное секвенирование пар монозиготных близнецов столетнего и среднего возраста». Twin Res Hum Genet. 16 (6): 1026–32. Дои:10.1017 / thg.2013.73. PMID 24182360.
  83. ^ Keightley PD (февраль 2012 г.). «Скорость и фитнес-последствия новых мутаций у людей». Генетика. 190 (2): 295–304. Дои:10.1534 / genetics.111.134668. ЧВК 3276617. PMID 22345605.
  84. ^ Тунец М; Амос CI (ноябрь 2013 г.). «Геномное секвенирование при раке». Рак Lett. 340 (2): 161–70. Дои:10.1016 / j.canlet.2012.11.004. ЧВК 3622788. PMID 23178448.
  85. ^ Моран, Лоуренс А. (24 марта 2011 г.). "Sandwalk: насколько велик геном человека?". sandwalk.blogspot.com. В архиве с оригинала на 1 декабря 2017 г.. Получено 29 апреля 2018.
  86. ^ Ходжкинсон, Алан; Чен, Инь; Эйр-Уокер, Адам (январь 2012 г.). «Масштабное распространение соматических мутаций в геномах рака». Человеческая мутация. 33 (1): 136–143. Дои:10.1002 / humu.21616. ISSN 1098-1004. PMID 21953857.
  87. ^ Супек, Фрэн; Ленер, Бен (07.05.2015). «Дифференциальная репарация несовпадений ДНК лежит в основе вариаций скорости мутаций в геноме человека». Природа. 521 (7550): 81–84. Bibcode:2015Натура.521 ... 81S. Дои:10.1038 / природа14173. ISSN 0028-0836. ЧВК 4425546. PMID 25707793.
  88. ^ Шустер-Бёклер, Бенджамин; Ленер, Бен (23.08.2012). «Организация хроматина оказывает большое влияние на частоту региональных мутаций в раковых клетках человека». Природа. 488 (7412): 504–507. Bibcode:2012Натура.488..504S. Дои:10.1038 / природа11273. ISSN 1476-4687. PMID 22820252. S2CID 205229634.
  89. ^ Супек, Фрэн; Ленер, Бен (27.07.2017). «Кластерные сигнатуры мутаций показывают, что подверженная ошибкам репарация ДНК нацелена на мутации активных генов». Клетка. 170 (3): 534–547.e23. Дои:10.1016 / j.cell.2017.07.003. HDL:10230/35343. ISSN 1097-4172. PMID 28753428.
  90. ^ Яно, К; Ямамото, Э; Ая, К; Такеучи, H; Ло, ПК; Hu, L; Ямасаки, М; Йошида, S; Китано, Н; Hirano, K; Мацуока, М. (август 2016 г.). «Полногеномное ассоциативное исследование с использованием полногеномного секвенирования позволяет быстро выявить новые гены, влияющие на агрономические характеристики риса». Природа Генетика. 48 (8): 927–34. Дои:10,1038 / нг.3596. PMID 27322545. S2CID 22427006.
  91. ^ а б c Эбботт, Фил (2010). «Американские клиники спокойно принимают секвенирование всего генома: Nature News». Природа. Дои:10.1038 / новости.2010.465. В архиве из оригинала на 2017-04-16. Получено 2016-11-11.
  92. ^ Эшли, EA; Бьютт, Эй Джей; Уиллер, MT; Chen, R; Klein, TE; Дьюи, ИП; Дадли, JT; Ormond, KE; Павлович, А; Морган, АА; Пушкарев Д; Нефф, Н.Ф .; Хаджинс, L; Гонг, L; Ходжес, Л. М.; Берлин, DS; Thorn, CF; Сангкуль, К; Hebert, JM; Вун, М; Сагрейя, H; Whaley, R; Ноулз, JW; Чжоу, MF; Thakuria, СП; Розенбаум, AM; Заранек А.В.; Церковь, GM; Грили, HT; Quake, SR; Альтман, РБ (1 мая 2010 г.). «Клиническая оценка с использованием личного генома». Ланцет. 375 (9725): 1525–35. Дои:10.1016 / S0140-6736 (10) 60452-7. PMID 20435227.
  93. ^ Дьюи, Фредерик Э .; Уиллер, Мэтью Т .; Кордеро, Серджио; Perez, Marco V .; Павлович, Алекс; Пушкарев Дмитрий; Фриман, Джеймс V .; Quake, Стив Р .; Эшли, Юан А. (апрель 2011 г.). «МОЛЕКУЛЯРНАЯ Аутопсия ПРИ ВНЕЗАПНОЙ СМЕРТИ СЕРДЦА С ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬЮ ПОЛНОГО ГЕНОМА». Журнал Американского колледжа кардиологии. 57 (14): E1159. Дои:10.1016 / S0735-1097 (11) 61159-5.
  94. ^ Дьюи, Фредерик Э .; Чен, Ронг; Cordero, Sergio P .; Ормонд, Келли Э .; Калешу, Коллин; Karczewski, Konrad J .; Whirl-Carrillo, Мишель; Уиллер, Мэтью Т .; Дадли, Джоэл Т .; Бирнс, Джейк К .; Cornejo, Omar E .; Ноулз, Джошуа В .; Вун, Марк; Сангкуль, Катрин; Гонг, Ли; Торн, Кэролайн Ф .; Hebert, Joan M .; Каприотти, Эмидио; Дэвид, Шон П .; Павлович, Александра; Уэст, Энн; Такурия, Джозеф V .; Болл, Мадлен П .; Заранек, Александр В .; Rehm, Heidi L .; Церковь, Джордж М .; West, John S .; Bustamante, Carlos D .; Снайдер, Майкл; Альтман, Русь Б .; Klein, Teri E .; Butte, Atul J .; Эшли, Юан А. (15 сентября 2011 г.). «Поэтапный геномный риск для всего генома в семейном квартете с использованием контрольной последовательности главного аллеля». PLoS Genetics. 7 (9): e1002280. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002280.
  95. ^ «Один на миллиард: жизнь мальчика, медицинская загадка». Jsonline.com. В архиве из оригинала от 05.10.2013. Получено 2016-11-11.
  96. ^ Майер А.Н., Диммок Д.П., Арка М.Дж. и др. (Март 2011 г.). «Своевременный приход в геномную медицину». Genet. Med. 13 (3): 195–6. Дои:10.1097 / GIM.0b013e3182095089. PMID 21169843. S2CID 10802499.
  97. ^ «Внедрение диагностических приложений 3Gb-тестирования в генетику человека». В архиве из оригинала 10.11.2014.
  98. ^ Boccia S, Mc Kee M, Adany R, Boffetta P, Burton H, Cambon-Thomsen A, Cornel MC, Gray M, Jani A, Knoppers BM, Khoury MJ, Meslin EM, Van Duijn CM, Villari P, Zimmern R, Cesario А., Пуггина А., Колотто М., Риккарди В. (август 2014 г.). «Помимо геномики общественного здравоохранения: предложения международной рабочей группы». Eur J Общественное здравоохранение. 24 (6): 877–879. Дои:10.1093 / eurpub / cku142. ЧВК 4245010. PMID 25168910.
  99. ^ «Новости RD-Connect 18 июля 2014». Rd-connect.eu. В архиве из оригинала 10 октября 2016 г.. Получено 2016-11-11.
  100. ^ «Genomes2People: дорожная карта геномной медицины». www.frontlinegenomics.com. В архиве из оригинала 14 февраля 2017 г.. Получено 29 апреля 2018.
  101. ^ «Исследование по оценке риска и просвещению в отношении болезни Альцгеймера (REVEAL) - Исследовательская группа HBHE по генетике». hbhegenetics.sph.umich.edu. В архиве из оригинала 29 сентября 2017 г.. Получено 29 апреля 2018.
  102. ^ «Оценка риска и обучение болезни Альцгеймера (REVEAL) II - Полный текст - ClinicalTrials.gov». Clinicaltrials.gov. В архиве из оригинала 14 февраля 2017 г.. Получено 29 апреля 2018.
  103. ^ Farnaes L; Хилдрет А; Суини Н.М.; Кларк ММ; Чоудхури S; Nahas S; Cakici JA; Benson W; Каплан РХ; Kronick R; Bainbridge MN; Фридман Дж; Золотой JJ; Ding Y; Veeraraghavan N; Dimmock D; Kingsmore SF (2018). «Быстрое секвенирование всего генома снижает младенческую заболеваемость и стоимость госпитализации». NPJ Геномная медицина. 3: 10. Дои:10.1038 / s41525-018-0049-4. ЧВК 5884823. PMID 29644095.
  104. ^ Ли, Сынгын; Abecasis, Gonçalo R .; Бёнке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2014 г.). «Редко-вариантный анализ ассоциации: планы исследований и статистические тесты». Американский журнал генетики человека. 95 (1): 5–23. Дои:10.1016 / j.ajhg.2014.06.009. ISSN 0002-9297. ЧВК 4085641. PMID 24995866.
  105. ^ Ли, Сихао; Ли, Зилин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М .; Лю, Яову; Чен, Хан; Солнце, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К .; Аслибекян Стелла; Баллантайн, Кристи М .; Bielak, Лоуренс Ф .; Бланжеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд У .; Брум, Джай Джи; Conomos, Мэтью П.; Корреа, Адольфо; Каплс, Л. Адриенн; Curran, Joanne E .; Фридман, Барри I .; Го, Сюцин; Хинди, Джордж; Ирвин, Маргарита Р .; Кардиа, Шэрон Л. Р .; Катиресан, Секар; Хан, Алина Т .; Куперберг, Чарльз Л .; Лори, Кэти С.; Лю, X. Ширли; Махани, Майкл С .; Manichaiku, Ani W .; Мартин, Лиза В .; Матиас, Расика А .; МакГарви, Стивен Т .; Mitchell, Braxton D .; Montasser, May E .; Мур, Джилл Э .; Morrison3, Alanna C .; О’Коннелл, Джеффри Р .; Palmer, Nicholette D .; Пампана, Ахил; Перальта, Хуан М .; Пейзер, Патрисия А .; Псати, Брюс М .; Redline, Сьюзен; Райс, Кеннет М .; Рич, Стивен С .; Смит, Дженнифер А .; Tiwari, Hemant K .; Цай, Майкл Ю .; Vasan, Ramachandran S .; Ван, Фэй Фэй; Weeks, Daniel E .; Вен, Чжипин; Уилсон, Джеймс Дж .; Янек, Лиза Р .; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed Lipids; Нил, Бенджамин М .; Сюняев, Шамиль Р .; Abecasis, Gonçalo R .; Роттер, Джером I .; Виллер, Кристен Дж .; Peloso, Gina M .; Натараджан, Прадип; Линь, Сихун (сентябрь 2020 г.). «Динамическое включение множества функциональных аннотаций in silico дает возможность проводить анализ ассоциации редких вариантов в крупных масштабных исследованиях секвенирования всего генома». Природа Генетика. 52 (9): 969–983. Дои:10.1038 / s41588-020-0676-4. ISSN 1061-4036. ЧВК 7483769. PMID 32839606.
  106. ^ а б c d е ж грамм час Sijmons, R.H .; Ван Ланген, И.М. (2011). «Клинический взгляд на этические вопросы генетического тестирования». Подотчетность в исследованиях: политика и обеспечение качества. 18 (3): 148–162. Bibcode:2013ARPQ ... 20..143D. Дои:10.1080/08989621.2011.575033. PMID 21574071. S2CID 24935558.
  107. ^ Айдай Э; Де Кристофаро Э; Hubaux JP; Цудик Г (2015). «Озноб и острые ощущения от секвенирования всего генома». arXiv:1306.1264 [cs.CR].
  108. ^ Borry, P .; Evers-Kiebooms, G .; Корнел, MC; Кларк, А; Dierickx, K; Комитет государственной профессиональной политики (PPPC) Европейского общества генетиков человека (ESHG) (2009). «Генетическое тестирование у бессимптомных несовершеннолетних. Основные соображения относительно рекомендаций ESHG». Eur J Hum Genet. 17 (6): 711–9. Дои:10.1038 / ejhg.2009.25. ЧВК 2947094. PMID 19277061.
  109. ^ Хендерсон, Марк (2009-02-09). «Генетическое картирование младенцев к 2019 году преобразит профилактическую медицину». Лондон: Times Online. В архиве из оригинала от 11.05.2009. Получено 2009-02-23.
  110. ^ McCabe LL; McCabe ER (июнь 2001 г.). «Постгеномная медицина. Пресимптоматическое тестирование для прогноза и профилактики». Клин перинатол. 28 (2): 425–34. Дои:10.1016 / S0095-5108 (05) 70094-4. PMID 11499063.
  111. ^ Нельсон Р.М.; Botkjin JR; Кодиш Э.Д .; и другие. (Июнь 2001 г.). «Этические вопросы генетического тестирования в педиатрии». Педиатрия. 107 (6): 1451–5. Дои:10.1542 / педы.107.6.1451. PMID 11389275.
  112. ^ Borry P; Fryns JP; Schotsmans P; Dierickx K (февраль 2006 г.). «Тестирование несущей способности несовершеннолетних: систематический обзор руководств и документов с изложением позиции». Евро. J. Hum. Genet. 14 (2): 133–8. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5201509. PMID 16267502.
  113. ^ Borry P; Stultiens L; Nys H; Cassiman JJ; Dierickx K (ноябрь 2006 г.). «Пресимптоматическое и прогностическое генетическое тестирование у несовершеннолетних: систематический обзор руководящих принципов и документов с изложением позиции». Clin. Genet. 70 (5): 374–81. Дои:10.1111 / j.1399-0004.2006.00692.x. PMID 17026616. S2CID 7066285.
  114. ^ Макгуайр, Эми, L; Колфилд, Тимоти (2008). «Наука и общество: этика исследований и проблема секвенирования всего генома». Природа Обзоры Генетика. 9 (2): 152–156. Дои:10.1038 / nrg2302. ЧВК 2225443. PMID 18087293.
  115. ^ Кертис, Кейтлин; Херевард, Джеймс; Мангельсдорф, Мари; Хасси, Карен; Деверо, Джон (18 декабря 2018 г.). «Защита доверия к медицинской генетике в новую эру судебной экспертизы». Генетика в медицине. 21 (7): 1483–1485. Дои:10.1038 / s41436-018-0396-7. ЧВК 6752261. PMID 30559376.
  116. ^ Уэйд, Николас (4 сентября 2007 г.). «В гонке геномов продолжение - личное». Нью-Йорк Таймс. В архиве из оригинала от 11 апреля 2009 г.. Получено 22 февраля, 2009.
  117. ^ Ледфорд, Хайди (2007). «Доступ: все о Крейге: первая« полная »последовательность генома». Природа. 449 (7158): 6–7. Bibcode:2007Натура 449 .... 6л. Дои:10.1038 / 449006a. PMID 17805257.
  118. ^ Леви С., Саттон Дж., Нг ПК, Феук Л., Халперн А. Л., Валенц Б. П., Аксельрод Н., Хуанг Дж., Киркнесс Е. Ф., Денисов Г., Лин И., Макдональд Дж. Р., Панг А. В., Шаго М., Стоквелл Т. Б., Циамоури А., Бафна В. , Bansal V, Kravitz SA, Busam DA, Beeson KY, McIntosh TC, Remington KA, Abril JF, Gill J, Borman J, Rogers YH, Frazier ME, Scherer SW, Strausberg RL, Venter JC (сентябрь 2007 г.). «Диплоидная последовательность генома отдельного человека». ПЛОС Биол. 5 (10): e254. Дои:10.1371 / journal.pbio.0050254. ЧВК 1964779. PMID 17803354.
  119. ^ Уэйд, Уэйд (1 июня 2007 г.). «Пионер ДНК Ватсон получает собственную карту генома». Интернэшнл Геральд Трибюн. Архивировано из оригинал 27 сентября 2008 г.. Получено 22 февраля, 2009.
  120. ^ Уэйд, Николас (31 мая 2007 г.). «Расшифрован геном первопроходца ДНК». Нью-Йорк Таймс. В архиве с оригинала 20 июня 2011 г.. Получено 21 февраля, 2009.
  121. ^ Уилер Д.А.; Srinivasan M; Egholm M; Shen Y; Chen L; Макгуайр А; Он W; Chen YJ; Махиджани V; Roth GT; Gomes X; Тартаро К; Niazi F; Turcotte CL; Ирзык Г.П .; Лупски-младший; Chinault C; Песня XZ; Лю И; Юань Y; Назарет L; Цинь X; Музный ДМ; Маргулис М; Weinstock GM; Гиббс Р.А.; Ротберг JM (2008). «Полный геном человека путем массового параллельного секвенирования ДНК». Природа. 452 (7189): 872–6. Bibcode:2008Натура 452..872Вт. Дои:10.1038 / природа06884. PMID 18421352.
  122. ^ Ван Дж; Ван, Вэй; Ли, Жуйцян; Ли, Инжруй; Тиан, Гэн; Гудман, Лори; Фан, Вэй; Чжан, Цзюньцин; Ли, Цзюнь; Чжан, Цзюаньбинь, Цзюаньбинь; Го, Йиран, Йиран; Фэн, Биньсяо, Биньсяо; Ли, Хэн, Хэн; Лу, Яо, Яо; Фанг, Сяодун, Сяодун; Лян, Хуэйцин, Хуэцин; Ду, Чжэнлинь, Чжэнлинь; Ли, Донг, Донг; Чжао, Ицин, Ицин; Ху, Yujie, Yujie; Ян, Чжэньчжэнь, Чжэньчжэнь; Чжэн, Ханьчэн, Ханьчэн; Хеллманн, Инес, Инес; Иноуе, Майкл, Майкл; Пул, Джон, Джон; И, Синь, Синь; Чжао, Цзин, Цзин; Дуань, Цзиньцзе, Цзиньцзе; Чжоу, Ян, Ян; и другие. (2008). «Диплоидная последовательность генома азиатского человека». Природа. 456 (7218): 60–65. Bibcode:2008 Натур 456 ... 60 Вт. Дои:10.1038 / природа07484. ЧВК 2716080. PMID 18987735.
  123. ^ Bentley DR; Баласубраманский S; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего генома человека с использованием химии обратимых терминаторов». Природа. 456 (7218): 53–9. Bibcode:2008Натура 456 ... 53Б. Дои:10.1038 / природа07517. ЧВК 2581791. PMID 18987734.
  124. ^ Ley TJ; Mardis ER; Ding L; Фултон Б; McLellan MD; Чен К; Dooling D; Данфорд-Шор BH; McGrath S; Hickenbotham M; Повар L; Abbott R; Larson DE; Кобольдт Д.К .; Pohl C; Smith S; Хокинс А; Abbott S; Локк Д; Hillier LW; Майнер Т; Fulton L; Магрини V; Wylie T; Glasscock J; Коньерс Дж; Sander N; Ши X; Осборн-младший; и другие. (2008). «Секвенирование ДНК цитогенетически нормального генома острого миелоидного лейкоза». Природа. 456 (7218): 66–72. Bibcode:2008Натура 456 ... 66л. Дои:10.1038 / природа07485. ЧВК 2603574. PMID 18987736.
  125. ^ Лор, Стив (2011-10-20). "В новой книге подробно рассказывается о борьбе Джобса с раком". Нью-Йорк Таймс. В архиве из оригинала от 28.09.2017.
  126. ^ «Полные наборы данных по секвенированию генома человека в его общедоступный геномный репозиторий». Архивировано из оригинал 10 июня 2012 г.
  127. ^ Corpas M, Cariaso M, Coletta A, Weiss D, Harrison AP, Moran F, Yang H (12 ноября 2013 г.). «Полный набор данных общедоступной семейной геномики». bioRxiv 10.1101/000216.

внешняя ссылка