WikiDer > EGR1

EGR1
EGR1
Zinc finger DNA complex.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыEGR1, AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, реакция раннего роста 1
Внешние идентификаторыOMIM: 128990 MGI: 95295 ГомолоГен: 56394 Генные карты: EGR1
Расположение гена (человек)
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человек)[1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение EGR1
Геномное расположение EGR1
Группа5q31.2Начните138,465,479 бп[1]
Конец138,469,303 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE EGR1 201694 s at fs.png

PBB GE EGR1 201693 s at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001964

NM_007913

RefSeq (белок)

NP_001955

NP_031939

Расположение (UCSC)Chr 5: 138,47 - 138,47 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

EGR-1 (Белок 1 реакции раннего роста), также известный как ZNF268 (белок цинкового пальца 268) или NGFI-A (белок А, индуцированный фактором роста нервов) представляет собой белок что у людей кодируется EGR1 ген.

EGR-1 - млекопитающее фактор транскрипции. Его также называли Крокс-24, ТИС8 и ЗЕНК. Первоначально он был обнаружен в мышей.

Функция

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к Семья EGR Cys2Его2-тип цинковый палец белки. Это ядерный белок и функционирует как регулятор транскрипции. Продукты активируемых им генов-мишеней необходимы для дифференциации и митогенез. Исследования показывают, что это ген-супрессор опухоли.[4]

Он имеет отчетливый паттерн экспрессии в головном мозге, и было показано, что его индукция связана с нейрональной активностью. Несколько исследований показывают, что он играет роль в нейрональная пластичность.[5]

EGR-1 - важный фактор транскрипции в объем памяти формирование. Он играет важную роль в мозг нейрон эпигенетический перепрограммирование. EGR-1 набирает TET1 белок, который инициирует путь Деметилирование ДНК.[6] Удаление меток метилирования ДНК позволяет активировать нижестоящие гены. EGR-1 вместе с TET1 используется для программирования распределения сайтов метилирования в ДНК мозга во время развития мозга, в обучение и в долгосрочной перспективе нейрональная пластичность. Также было обнаружено, что EGR-1 регулирует экспрессию ВАМП2 (белок, важный для синаптический экзоцитоз).[7]

Помимо своей функции в нервной системе, имеются существенные доказательства того, что EGR-1 вместе с его паралогом EGR-2 индуцируется при фиброзных заболеваниях, имеет ключевые функции в фибриногенезе и необходим для экспериментально индуцированного фиброза у мышей.[8]

Структура

ДНК-связывающий домен EGR-1 состоит из трех цинковый палец домены Cys2Его2 Аминокислотная структура домена цинкового пальца EGR-1 представлена ​​в этой таблице с использованием однобуквенного аминокислотного кода. Пальцы с 1 по 3 обозначены f1 - f3. Цифры относятся к остаткам (аминокислотам) альфа-спираль (нуля нет). Остатки, помеченные знаком «x», не являются частью цинковых пальцев, а служат для их соединения.

-1123456789ИксИксИксИксИкс
f1MАEEрпYАCпVESCDррFSрSDELТрЧАСяряЧАСТгQKп
f2FQCАя--CMрNFSрSDЧАСLТТЧАСяАТЧАСТгEKп
f3FАCDя--CгрKFАрSDEрKрЧАСТKяЧАСLрQKD

Аминокислотный ключ: Аланин (Ала, А), Аргинин (Arg, R), Аспарагин (Asn, N), Аспарагиновая кислота (Asp, D), Цистеин (Cys, C), Глютаминовая кислота (Glu, E), Глутамин (Gln, Q), Глицин (Gly, G), Гистидин (Его, H), Изолейцин (Иль, я), Лейцин (Leu, L), Лизин (Лис, К), Метионин (Met, M), Фенилаланин (Phe, F), Пролин (Pro, P), Серин (Сер, S), Треонин (Thr, T), Триптофан (Трп, Вт), Тирозин (Tyr, Y), Валин (Вал, В)

В Кристальная структура из ДНК связанный доменом цинкового пальца EGR-1 был решен в 1991 году, что во многом способствовало ранним исследованиям ДНК-связывающих доменов цинкового пальца.[9]

Белок EGR-1 человека содержит (в необработанной форме) 543 аминокислоты с молекулярной массой 57,5 кДа, а ген расположен на хромосома 5.

Специфичность связывания ДНК

EGR-1 связывает последовательность ДНК 5'-GCG TGG GCG-3 '(и подобные 5'-GCG GGG GCG-3').[10][11]Позиция 6 f1 связывает 5 'G (первое основание слева); f1 позиция 3 ко второй базе (C); f1 позиция -1 привязывается к третьей позиции (G); f2 позиция 6 до четвертой базы (T); и так далее.

Взаимодействия

EGR-1 показал себя взаимодействовать с участием:

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000120738 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Entrez Gene: EGR1 реакция раннего роста 1".
  5. ^ Knapska E, Kaczmarek L (2004). «Ген нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: Zif286 / Egr1 / NGFI-A / Krox-24 / TIS-8 / ZENK?». Прогресс в нейробиологии. 74 (4): 183–211. Дои:10.1016 / j.pneurobio.2004.05.007. PMID 15556287. S2CID 39251786.
  6. ^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов. Nat Commun. 2019 29 августа; 10 (1): 3892. DOI: 10.1038 / s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
  7. ^ Петерсон Д., Тиль Г. (1996). «Роль белков цинкового пальца Sp1 и zif268 / egr-1 в регуляции транскрипции гена синаптобревина II человека». Европейский журнал биохимии. 239 (3): 827–34. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1996.0827u.x. PMID 8774732.
  8. ^ Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (май 2011 г.). «Факторы транскрипции раннего ответа на рост: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии». Матричная биология. 30 (4): 235–42. Дои:10.1016 / j.matbio.2011.03.005. ЧВК 3135176. PMID 21511034.
  9. ^ Павлетич Н.П., Пабо КО (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука. 252 (5007): 809–17. Дои:10.1126 / наука.2028256. PMID 2028256. S2CID 38000717.
  10. ^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК белка, индуцируемого фактором роста Zif268». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 86 (22): 8737–41. Дои:10.1073 / pnas.86.22.8737. ЧВК 298363. PMID 2510170.
  11. ^ Swirnoff AH, Milbrandt J (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и родственных факторов транскрипции цинкового пальца». Молекулярная и клеточная биология. 15 (4): 2275–87. Дои:10.1128 / mcb.15.4.2275. ЧВК 230455. PMID 7891721.
  12. ^ Чжан Ф., Линь М., Абиди П., Тиль Дж., Лю Дж. (Ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие Egr1 и c / EBPbeta приводит к транскрипционной активации гена рецептора липопротеинов низкой плотности человека». Журнал биологической химии. 278 (45): 44246–54. Дои:10.1074 / jbc.M305564200. PMID 12947119.
  13. ^ а б Сильверман Э.С., Ду Дж., Уильямс А.Дж., Вадгаонкар Р., Дразен Дж. М., Коллинз Т. (ноябрь 1998 г.). «ЦАМФ-элемент-элемент-связывающий-белок-связывающий белок (СВР) и p300 являются транскрипционными коактиваторами фактора-1 раннего ответа на рост (Egr-1)». Биохимический журнал. 336 (1): 183–9. Дои:10.1042 / bj3360183. ЧВК 1219856. PMID 9806899.
  14. ^ Руссо М.В., Севетсон Б.Р., Милбрандт Дж. (Июль 1995 г.). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A и Krox20». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (15): 6873–7. Дои:10.1073 / пнас.92.15.6873. ЧВК 41432. PMID 7624335.
  15. ^ Лю Дж., Гроган Л., Нау М.М., Аллегра С.Дж., Чу Э., Райт Дж.Дж. (апрель 2001 г.). «Физическое взаимодействие между p53 и геном первичного ответа Egr-1». Международный журнал онкологии. 18 (4): 863–70. Дои:10.3892 / ijo.18.4.863. PMID 11251186.
  16. ^ Пэ МХ, Чжон Ч., Ким Ш., Пэ МК, Чжон Дж. У., Ан Май, Бэ СК, Ким Н. Д., Ким Ч. В., Ким К. Р., Ким К. В. (октябрь 2002 г.). «Регулирование Egr-1 путем ассоциации с протеасомным компонентом C8». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1592 (2): 163–7. Дои:10.1016 / s0167-4889 (02) 00310-5. PMID 12379479.

дальнейшее чтение

внешние ссылки